《滇南本草》书中所载许多药物都是《本草纲目》未载之药，对我国中医药学的完善做出很大的贡献，尤其对云南本土医药研究具有宝贵价值。许多常见的中医药，都是始载于《滇南草本》，例如，可用于各种出血症常用的止血药物仙鹤草，有散寒解表、祛风除湿、活血舒筋、消食积、止痛等功效的灯盏花，还有具有祛风、利湿、通经活络的川牛膝、川草乌、贝母等都是始载于《滇南本草》。书中除了对草药的记载外，对花卉、水果甚至牛奶的药用价值都有记载，例如樱桃、蒲公英可入药等。《滇南本草》中记载了不少来源于彝族药的药材（如：滇重楼、滇黄精、滇龙胆、云黄连、金荞麦等），有的已成为云南地道药材，并收载入《中国药典》。《滇南本草》对云南本地药材的记载 如:“滇连,一名云连……功效胜川黄连百倍”，“云连”因此得名。这些记载对考证云南本地药材属性提供了依据。 此外，在《滇南本草》中，还有关于云南人用烟草治病的记载：“野烟，又名烟草，性温，味辛麻，有大毒。治疗毒疔疮、一切热毒疮；或吃牛马驴骡死肉，中此恶毒，唯用此物可救。”这种“野烟”也许就是云南的原生烟，这些记载对研究云南烟草业发展的历史渊源有着紧密地联系。

《滇南本草》成书至今已近600年，被历代云南人奉为“滇中至宝”。多年来，不仅其药物学方面的内容日臻完善，而且在地名研究、酒文化及历史研究等方面都具有颇高的价值，被称为“药物学的《红楼梦》”。

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