世祖顺治元年（明崇祯十七年）（弘光元年）正月乙卯，明南京地震。
三月丙申，明淮安巡按御史王燮诛贼党巩克顺以殉。壬寅，明南京孝陵夜哭。
五月庚寅，明马士英、史可法奉福王由崧监国南京。戊戌，明以御史郭维经为应天府丞，仍兼原职。固辞，不许。明以总兵黄蜚镇京口。癸卯，明分应天、苏松为二巡抚，以太常寺少卿左懋第为应天巡抚。明以忻城伯赵之龙总督京营戎政。乙巳，明以大理寺丞祁彪佳为苏松巡抚。壬子，明高傑兵犹在扬州，进士郑元勋为州人所杀。
六月丁巳朔，明增淮、扬兵三万，从马士英请也。明大学士高宏图督漕江上。丙寅，明以游击吴志葵为总兵，镇守吴淞。癸未，明命总兵黄斌卿防御京口。
七月庚寅，明命总兵金声桓驻防扬州。
九月丙戌朔，明高傑袭黄得功于仪真之土桥，史可法和解之。明高傑请瓜州，泰兴、邵伯盐税助军。乙未，明命黄斌卿屯九江，郑鸿逵屯镇江，黄蜚屯芜湖、采石。丁酉，明兴平伯高傑率兵赴镇江。史可法锐意复中原，出巡淮上，阅泽清、良佐军，皆虚夸不足用。惟高傑所统四万人皆山、陕劲卒，欲使为前锋，乃与傑论事，往复多所奖借。傑之妻邢氏，亦劝傑倾心可法。可法喜曰：“吾事集矣。”乃命王相业监其军，奏李成栋、贺大成、王之纲、李本探、胡茂桢为大将。傑请入居扬州，治装行。九月乙未祭旗，疾风折大纛，西洋炮无故自裂。傑曰：“是偶然耳。”遂于十月戊辰登舟。丙午，明督师大学士史可法视师清江浦，以图中原。
十一月壬辰，明令北方流寓诸生寄学淮安。乙未，是夜明端门外火。丙申，明督师史可法遣兵复宿迁，进援邳州。丁酉，明苏松巡抚祁彪佳罢。丁未，明以张凤翔为兵部尚书，巡抚苏松。辛亥，明筑金山，圌山城。明刘泽清荐时敏开屯海上，苏京驻庙湾防海。从之。寻又请令时敏开屯大瞿山。明自五月不雨，至于是月，河流竭，太湖可涉人。
十二月甲戌，明命史可法会兵援邳州。戊寅，明兴平伯高傑北征，发徐州。
二年（明弘光二年）正月戊戌，明佃丹阳练湖。辛亥，明史可法赴徐州，召诸将士盟立高傑子元爵为世子，甥总兵李本深为提督，请恤于朝，一军帖然。
二月己未，明加盐课。甲子，明黄得功欲以兵入扬州，令太监卢九德谕止之。明命于苏州织造大婚冠服。丁卯，明命太监高起潜安抚高傑将士驻扬州。甲戌，饶余郡王阿巴泰奏：二月初三日，闻南兵渡河图徐州沛县李家楼，随遣固山额真准塔等领兵星夜前往，贼马步兵二千有余屯驻徐州十五里外，我军冲击贼营，贼兵赴河死者无算，擒逆渠六人，安抚百姓，秋毫无犯，获人口、牛马甚多。
三月戊子，明以太监乔上总理两淮盐课。戊申，明以钱继登总理两淮盐法兼理江防。罢巡盐御史。
四月己未，明左梦庚反，陷东流，南京戒严。辛酉，明总兵李成栋弃徐州，清多铎师入之。乙丑，多铎师至泗州，阿山等取泗北淮河桥，明守将遁，遂夜渡淮。丙寅，明史可法自泗州退保扬州。己巳，明钱继登兼抚扬州。庚午，多铎师达扬州，檄明阁部史可法降。不从，闭门拒守。明以霍达巡抚苏松（未之任）。刘泽清大掠淮安，寻降于清。丁丑，多铎部将拜尹图等克扬州，明史可法等不屈，杀之，遂屠其城（《扬州十日记》：二十五日早，督镇牌至，内有“一人当之，不累百姓”之语，闻者莫不感泣。又传巡军小捷，人人加额焉。旋观城上守城者尚严整，再至市上，人言汹汹。忽数十骑自北而南，奔腾狼狈，势如波涌，中拥一人则督镇史可法也。盖奔东城外，兵逼近不能出，欲奔南关，故由此。是时，始知敌兵入城无疑矣。骑稍远，守城兵纷纷下窜，弃胄抛戈，并有碎首折胫者。回视城橹，已一空矣。邻人相约共迎王师，设案焚香，亦不敢抗。予知事已不济如此，然不能拂众议，姑连应曰：“唯唯”。于是，改换服色，引领而待。天渐暮，大兵杀人声已彻门外，诸黠卒恐避匿者多，绐众人以安民符节不诛，匿者竞出从之，共集五六十，妇女参半。三满卒领之，一卒提刀前导，一卒横槊后逐，一卒居中，或左或右以防逃逸。数十人如驱牛羊，稍不前即加捶挞，或即杀之。诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土。满地皆婴儿，或衬马蹄，或籍人足，肝脑涂地，泣声盈野。行过一沟一池，堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平。自二十五日起，至此已五日，私幸或可薄赦，又纷纷传洗城之说，城中残喘，冒死缒城逃去者大半。旧有官沟壅塞不能通流，至是如坦途。亦有团户焚死者，由数口至百口，一室之中正不知积骨多少，大约此际无处可避，亦不能避，避则或一犯之，无金死，有金亦死。惟出露道旁与尸骸杂处，生死反未可知。后遇一红衣人，满帽皂靴，曰：“明日王爷下令封刀，汝等得生矣。”众心稍定。次日为五月朔日，势虽不甚烈，然未尝不杀掠，而富家大室方且搜括无余，子女由十余岁起抢掠殆无遗类。是日，兴平伯复入城，而寸丝粒米尽入虎口矣。初二日，传府道州县已置官吏，执安民牌，遍谕百姓毋得惊惧。又谕各寺院僧人焚化积尸，而寺院中藏匿妇女亦复不少，亦有惊饿死者。查焚尸簿载数共八十余万，其落井投河、闭门焚缢者不与焉，被掳者不与焉。初三日，出示放赈。初四日，天晴，烈日蒸薰，尸气薰人，前后左右处处焚烧，烟结如雾，腥闻数十里。初五日，往来打粮者日不下数十辈。虽不操戈，而各执槌恐吓，诈人财物，每有毙于杖下者。一遇妇女，仍肆掳劫。初不知为清兵、为镇兵，为乱民也）。
五月丙戌，多铎师至扬子江（明镇海伯郑鸿逵等以水师扼瓜州、仪真而守。清军阵北岸，相距三日，多铎夜令拜音图、图赖、阿山督率舟师由运河至南岸，列于江之西，距瓜州十五里）。明分苏松、常镇为二巡抚。杨文骢巡抚常镇，兼辖扬州沿海等处。已丑，是夜大雾，多铎军从坎坛挟轻舟飞渡，黎明升高阜，大队开闸放舟，蔽江而南。诸军始觉，仓皇列阵甘露寺，铁骑冲之悉溃。杨文骢走苏州，郑鸿逵与郑彩等以舟师入海走福建。庚寅，以保定巡抚王文奎为兵部侍郎兼副都御史，总督淮、扬、提督漕运、海防军务兼理粮饷。乙未，大军驻郊坛门，明忻城伯赵之龙、魏国公徐允爵、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等迎降。丙申，明赵之龙等大开洪武门，迎多铎入南京城，率勋戚文武百官献册，行四拜礼。戊戌，多铎于行宫受明文武百官朝贺，递职名者如蝟。赵之龙令百姓设香案，每家各贴黄纸，书大清国皇帝万万岁。多铎查百官不朝者，妻子为俘，差假者，堂官报名注册。每日点名，百官俱四鼓往，午后归。庚子，遣广西道御史李发元巡视两淮盐课，贵州道御史刘明偀巡漕。
六月庚申，遣河南道监察御史毛九华巡按应天，广东道试监察御史赵宏文巡按苏松，浙江道监察御史陈昌言提督南直学政。明苏州陷，杨文骢走处州，在籍少詹事徐汧、中书舍人文震亨等死之。明巡抚田仰等以舟师奉义阳王驻崇明沙。辛酉，明吴县生员陆士钥等起兵太湖。明吴淞提督吴志葵等谋复苏州，不克。明常熟陷，贡生项志宁等死之。丙寅，下薙发令。以福王就擒，遣侍卫绰克图、巴克善等赍敕往谕和硕豫亲王多铎等，敕曰：“览王等奏捷，不胜喜悦。江南既定，福王就擒，此皆王与诸臣协力效忠所致。以天下为一家，正此时矣，王可移文各该地方，宣布德意，招抚居民；钱粮应征者照常征收，应解京者照常运送；其投降骑兵仍留彼地，步兵应留若干，应裁若干，尔等酌量裁减。文武各官印信，俟尔等除授文册到日颁发。守洪武陵寝官员且暂留，将其官役、地亩、钱粮数目俱明证于册，送京裁夺。南京或仍为京，或改为省，俟大定日再议。一切紧要图籍，俱着收藏毋失。”辛未，命南京乡试于十月举行，从科臣龚鼎孳及学臣高去奢请也。是月，明宗室盛沥，中书舍人卢象观起兵袭江宁，不克。
闰六月辛巳，明江阴典史阎应元等起兵拒守。江宁贡生黄毓祺等起兵行塘。无锡生员顾杲谋起兵不克，死。常州生员张龙文起兵谋复府城，败死。庚寅，明松江在籍前兵部右侍郎沈犹龙、兵科给事中陈子龙等起兵拒守。辛卯，户部议复：山西巡按黄徽允疏言，江南额赋较他省独重，百姓久称苦累，漕、白二粮与岁供绢布其尤甚者也。漕运归官兑，则需索可省；白粮归官解，则民困可苏。应悉如御史言，其库贮绢布现存无多，应解本色一年，嗣后再议。从之。癸巳，命内院大学士洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省地方。乙未，明昆山前总兵王佐才、诸生归庄、顾炎武等起兵拒守。城陷，王佐才死之。己亥，明太仓生员王湛起兵谋复州城不克，死之。乙巳，谕南京着改为江南省，设官事宜照各省例行。
七月壬子，改应天府为江宁府，府尹为知府。掌印指挥、管屯指挥暂留，余指挥俱裁。卫所改为州县。洪武陵设守陵太监四名。命贝勒勒克德浑为平南大将军，往江南代豫亲王多铎。渝洪承畴：“江南初经归命，宜约束官兵，勿得扰民，责成抚按问民疾苦，兴利除弊，速图善后之策。”癸丑，明嘉定陷，在籍前任通政使侯峒曾、进士黄淳耀死之。屠城。乙卯，以土国宝为右副都御史，巡抚江宁，总理粮储、军务。王之晋为苏松道，李景廉为常镇道，王懩为苏松常镇粮储道，刘汉式为扬州道，周亮工为两淮都转盐运使。辛未，以张士第为江南布政司参政，管左布政使事；申朝纪为江南右布玫使；于重华为江南按察副使。丁丑，以陈锦为右副都御史，提督操江兼管巡江。
八月乙酉，明松江陷，沈犹龙等死之。辛丑，明江阴陷，阎应元等死之。攻守凡八十一日，兵民无一降者。城破，殉难者比比皆是，尸骸枕藉，街巷池井皆满，臭不可近。明金山卫陷，指挥侯承祖死之。
九月乙卯，萧县渠寇徐库等就擒。辛酉，镇守庐、凤固山额真准塔奏：“明新昌王潜遁海岛云台山，聚众作乱，攻陷兴化县，官兵进剿，斩之于淮安，平之。”丙寅，改江南武乡试期于明年二月。庚午，海寇田仰寇福山，江宁巡抚土国宝击败之。是年秋，明溧阳副将钱国华起兵不克，死之。
十月乙酉，增设江南道御史一员，巡视上江、下江御史二员，巡仓御史一员。是月，御史赵弘文言：“江南之赋，当明初开基，收取姑苏，张士诚抗守，经久未下，及天下大定，遂以极重之粮额困之。此吴县每亩三斗四升四合，长洲每亩三斗七升五合，遂贻民间三百年未有之苦。目前商贾不通，城市罢织，民无生业。若重困以旧额，恐富者贫而贫者死，此同归于尽之势也。伏乞敕部详核，或照宋、元旧制，或照常、镇二府，减太重以苏民困，此亦收摄人心之第一义。又江南之役，有官户、民户，复有子户，其应免若干亩请规定之。庶穷檐小民无复苦乐不均之叹。”下部议。
十一月甲寅，命甲喇章京巴山为左翼，梅勒章京康喀赖为右翼，率官兵镇守江宁。癸酉，以李成栋为镇守吴淞总兵官。
十二月己卯，江南学臣高去奢疏言：“江南乡试旧额生员，中式一百二十五名、监生三十八名。今南雍已裁，本省在监者即与生员一体考试，应增二十名。”从之。辛卯，江宁遥抚土国宝奏报，逆绅吴日生、荆本彻出没太湖作乱，连剩掠，剿平之。癸巳，漕运总督王文奎奏：海寇马西禄、王大功缚献首贼酆报国等，并带海船二十五艘，兵丁五百余名，诣江宁投诚。又如皋贼首于锡几、刘一雄等久聚江海，为总兵官孔希贵所擒，如皋一带悉平。壬寅，洪承畴奏：“以江宁、苏、松、常、镇五府隶抚臣土国宝辖，庐、凤、淮、扬四府，滁、和、徐三州隶抚臣赵福星辖。其原颁敕书俱照各分属地方另行改正。”从之。
三年二月辛巳，江南苏、松、常、镇督粮道王懩奏言：“臣职司江南省督粮，而官衔仍带湖广，不便统辖，乞改为江南官衔。”奏入，下部议。寻议：“南京未改为江南省时，各道俱于别省两司带衔。今既改为省，应如王懩所请，其各道官衔应一体更改。”从之。驻防江宁府侍郎巴山、梅勒章京、康喀赖等奏：“正月十二日夜，江宁府城内民与城外贼同谋作乱。事觉，捕斩为首者三十人。至十八日夜，贼首伪潞安王、瑞昌王复率贼兵二万余，三路入犯，俱击败之。”甲申，吏部议复：“招抚江南大学士洪承畴疏言，江南改京为省，一应设官自当与各省一例。应如所议，设操江都御史一员，左、右布政使各一员，分守江宁道一员，屯田水利道一员，布政使司经历、理问、都事、照磨各一员，按察使一员，驿传兼盐法道一员，分巡江宁兼江防道一员，整理马政道一员，按察使司经历、知事、照磨各一员；省城内掌印都司、操捕都司、管屯都司各一员，都司经历、断事、都事各一员；江宁府知府一员，江防同知、马政同知、船政同知、管粮同知各一员，捕盗通判二员，查盐通判、水利通判、管粮通判各一员，推官一员，经历、知事、照磨、检校各一员；江宁府儒学，江宁、上元两县儒学教授、教谕、训导俱照旧；两县县丞各二员，主簿、典史各一员。其部院等衙门俱应裁去，惟户、兵、工三部以军务方殷，兵马、钱粮、船艘为重，应于北京三部中差满、汉侍郎各一员，驻扎江南省城，协同经理。户部设司官六员，兵、工二部设司官各四员，皆隶衔北部，分理其事。”从之。丙戌，淮扬总督王文奎请设淮北、淮南、淮西并各道标大小二十七营，兵一万八千五百四十名，标下官一百八十八员，马一千八百五十三匹，战船一百六十艘。从之。丙申，遣侍郎巴山、梅勒章京、张大犹率师镇守江宁。
三月己未，以马鸣佩为户部右侍郎，总督江南各省粮储兼理钱法，驻扎江宁府。
五月庚午，以陈有明为工部侍郎，督理苏、杭织造。辛未，免江南沛、萧二县元年、二年荒地额赋之半。
六月己卯，遣御史宋调元巡按淮、扬。戊戌，遣御史卢传巡按苏、松。
八月辛巳，邳州土寇杨秉孝、王君实等哨聚党羽，僭号设官，谋攻邳城，掠民肆害。总督王文奎、淮徐道参议张兆罴调兵擒斩之。戊子，遣御史刘令尹巡按江南。
九月己酉，招抚江南大学士洪承畴奏：“伪瑞昌王朱谊氻结连江宁、常、镇、平、广逆党，谋犯省城，官兵进剿，擒谊劝并其党伪经略韦尔韬、伪总兵杨三贯、夏含章等。”命斩之。乙卯，遣御史王燮巡视两淮盐课。
十二月癸酉朔，苏松提督吴胜兆奏：“故明遂平王朱绍鲲及伪职方杨模等，拥众太湖，勾连海寇，谋为不轨。副将詹世勋等率兵扑剿，擒绍鲲等。”命斩之。
四年正月丙午，凤阳巡抚陈子龙奏报，官兵救援如皋，捣焚李七、赵云等贼巢，斩级千六百有奇。庚戌，漕运总督王文奎坐擅免荒田租赋及渎请故明陵寝祀典革职，下刑部议罪。乙卯，以杨声远为淮扬总督。
二月丁酉，以赵福星为江南左布政使，张文衡为江南按察使。降江宁巡抚士国宝一级，调外用，以擒获奸细王伯时不请旨，擅杀故也。
三月己未，以周伯达为江宁巡抚。壬戌，免江南崇明盐课、马役银。
四月辛卯，江宁巡抚土国宝奏：苏松提督吴胜兆谋叛，杀死方姓推官，杨姓同知。督标将官高永义等立缚胜兆并同谋之陆冏，获伪银印一颗，随解江宁。内院臣洪承畴研审确情，请旨发落。其叛党马雄、顾友成逃脱。疏入，命察永义等功次并二厅官被杀情由，脱逃叛党严缉务获。
五月壬寅，江宁巡抚土国宝奏：“舟山海寇沈廷扬等联复犯崇明，游击李云龙等分兵追剿，廷扬就擒，俘斩贼兵千余，湖、海诸寇悉平。”己未，招抚江南大学士洪承畴奏：“故明推官陈子龙阴受伪鲁王部院职衔，结连太湖巨寇，潜通舟山余孽。章京索卜图计擒之，子龙投水死，湖、海诸寇闻风解散，苏、松一带渐平。”
六月甲午，苏松提督吴胜兆谋反，鞫实伏诛。
七月甲辰，免江南徐州去年荒地额赋一年并漕米半年。戊午，调马国柱为兵部尚书兼右都御史，总督江南、江西、河南等处。壬戌，遣御史王显巡按苏、松等处，匡兰兆巡视漕运。
八月乙亥，遣御史张翮巡视两淮盐课。乙未，降补原任江宁巡抚土国宝为江南布政使司参政兼佥事，管按察使事。
九月戊戌，遣御史梁应龙巡按苏、松。辛亥，淮安土贼张华山等用伪隆武年号，啸聚贼众千余，攻据庙湾。游击潘延吉、同知耿嘉乐弃城走，俱革职提问。辛酉，漕运总督杨声远奏：官兵剿庙湾土贼，擒斩甚众。癸亥，遣御史窦蔚巡按江宁。
十月庚辰，罢淮扬总督杨声远职，以所属盐城地方土贼猖獗，疏于防守也。癸未，以吴惟华为户部右侍郎兼右副都御史，总督淮、扬。
十一月甲辰，以陈极新为江南右布政使兼管督粮道。辛亥，招抚江南大学士洪承畴奏：“犯僧函可，系臣会试房师故明礼部尚书韩日缵之子，出家多年，于顺治二年正月内，自广东来江宁刷印藏经。值大兵平定江南，粤东路阻未回，久住省城，臣在江南从不一见。今以广东路通回里，向臣请牌。臣给印牌，约束甚严。因出城门盘验，经笥中有福王答阮大铖书稿，字失避忌；又有变纪一书，干预时事。函可不行焚毁，自取愆尤。臣与函可有世谊，理宜避嫌，情罪轻重不敢拟议。其僧徒金猎等四名，原系随从，历审无涉。臣谨将原给牌文及函可书帖封送内院，乞敕部察议。”得旨：“洪承畴以师弟情面辄与函可印牌，大不合理，着议处具奏；函可等着巴山、张大猷差的当员役拿解来京。”寻，部议承畴革职。得旨宽免。
五年三月丙午，吏部奏：“江南等处票委官员赴任迟延，真伪难凭，请自今以后一概停止，以杜顶替、匿诈之弊。”从之。
闰四月乙卯，江宁巡抚周伯达卒。
五月丁卯，遣御史王士骥巡视两淮盐课。壬午，以土国宝为右副都御史，巡抚江宁、提督军务。己丑，以夏一鹗为江南按察使，刘汉祚为江南左布政使。庚寅，江南通州妖人苏成造逆书，谋为不轨，被获伏诛。
九月癸亥，遣御史金元桢巡按苏、松。
十月戊戌，设淮安府城守尉一员，防御七员，骁骑校八员。
十二月辛卯，遣章京觉罗固霸达等领官兵驻防江宁府。壬辰，遣御史陈显忠巡按江宁。
六年二月乙卯，兵部议复：漕运总督吴惟华奏，防护运河各有专汛，应令梁成珠梅以南，漕督任之；以北，山东督抚任之，各照管辖饬防，不得诿卸，以重封守。从之。
三月乙丑，土贼攻陷海州城，知州张懋勋死之。
五月丁丑，裁苏州、松江同知各一员。
七月己未，增设江南省城管理仓库官一员，盐城营游击一员。辛酉，户部议复：“江宁巡抚土国宝奏，华亭县义米一项，始于义士顾正心悯里人差役之苦、宗族赡养之难，捐赀置田四万八千余亩，每岁租米四万三千余石，帮贴赔累，优恤贫穷。原与有司无涉，应仍归正心子孙收种，以成义举。”从之。漕运总督吴惟华奏报，擒获江北叛贼白玉麟等三十三人。辛巳，淮安、扬州、苏州各属州县卫所冰雹伤稼。谕确勘蠲恤。
十月已亥，以孙塔、杨起祥为户部侍郎，管理盐法，驻扎扬州府。甲辰，遣御史聂玠巡按淮、扬。
十一月己未，遣御史张慎学巡按苏、松。己巳，江南、江西、河南总督马国柱奏：“江南既改京为省，国学宜改为府学，即其旧址而新理之，仍支学田租银以供春秋祀事。”章下所司，寻议从之。辛未，徐州副将周维墉剿平沛县湖陵土寇。癸未，扬州道佥事胡江枉法贪污，赃至七千两。总督马国柱劾之。令提问追拟。
十二月辛丑，江南巡抚土国宝以兵饷不足，请旨增派。
七年二月丁未，遣御史王国楠巡按淮、扬，盛复选巡按江宁。
七月癸丑，裁江宁开通厂宝源局鼓铸、马政、船政，苏州水利、扬州造船、淮安造船等同知，江宁捕盗、水利、管粮，松江水利，镇江农、马等通判。乙卯，北京造城，新增钱粮，江南加派五十九万五千七百七十四两九钱。丙子，裁苏松提督学政，归并江宁督学御史。
九月甲寅，遣御史王士骥巡视两淮盐课。
十月庚寅，山阳县高堰、清河县文华坝等处堤成。己酉，免句容县逃丁荒地额赋。
八年闰二月己巳，裁江南督饷侍郎、淮安总理漕运侍郎。
三月丁亥，都察院条议巡方事宜：“督学，江宁、苏松应分为二差；巡按，江宁、苏松、淮、扬并为二差；巡视盐政，两淮为一差。”从之。壬辰，遣御史秦世祯巡按苏、松、常、镇、淮、扬，张瑃巡视两淮盐课，张中元巡视漕运。
四月辛酉，以王文奎为漕运总督。
五月庚子，巡视漕储御史张中元列款疏参总漕吴惟华贪婪误漕状。命革职严讯。
七月戊寅，兵部奏：江南改直为省，其武闱不应分上江、下江，应照各省事例，统于省城乡试。从之。
八月丙寅，苏松巡按秦世祯以江南事重差烦，征解失宜，民不堪命，条上兴除八事：“一、田地令业主自相丈量，明注印册，以清花诡；一、额定粮数，俱填易知由单。设有增减，另给小单一纸，则奸胥不得藉口；一、由单详开钱粮总撒数目及花户姓名，先给后征，以便磨对；一、催科不许差人，设立滚单以次追比，则法简而事易办；一、收粮听里户自纳，簿柜俱加司府封印，以防奸弊；一、解放先急后缓，勒限掣销完验，不得分毫存留衙役之手；一、民差查田均派，排门册对，庶不至苦乐不均；一、备用银两，每事节省，额外不得透支。布政司将征解原册按季提查，年终报部。扶同容隐者按律议处，庶无挪移侵欺。”下所司议。
九月戊寅，以郑廷櫆为江南右布政使。
十月丙辰，江南逛按秦世祯劾奏江宁抚臣土国宝徇庇贪污请不法事。命革职严讯。壬戌，遣御史朱绂巡视漕运。
十二月丁巳，江宁巡抚土国宝闻革职严讯之旨，自缢。丁卯，以周国佐为江宁巡抚、提督军务。戊辰，增设吴县、长洲、嘉定、昆山、常熟、吴江、华亭、上海、青浦、武进、宜兴、无锡、江阴管粮主簿各一员。准高淳县岁输漕粮一万六千八百五十石改征折色，着为例。
九年五月己卯，户部奏言：“江阴、青浦二县有坐派养牛之税，实属病民，请严饬督抚、按臣、行府州县官，将牛、牙杂税等项，止许于买卖市集照例抽收。若有横派乡民者，指名参处。”报可。辛卯，遣御史陈自德巡视两推盐课。
七月庚辰，免淮安牙行六、七两年份逋欠税银。辛巳，御史杨世学条陈治河事宜，略曰：“治河之道，未有不使之多途以入海者。前代止治河，今则兼治淮。淮为河之下流，而滨海诸州县，如泰州、盐城、兴化、刘庄、白驹诸盐场，又淮之下流。各处下有海口，上有闸坝，河水暴涨，多开闸坝使出海口，则自无溃决，此乃前代已行之效。国初，居民因新昌余贼缘海遁去，渐次堵塞，继而水道变为圩田，豪右蠹胥据为已有，此海口之所由塞也。海口既塞，则行船安稳，商人便之，不乐复开。虽有安东、庙湾亦可入海，而流不疏则势不杀，急行壅溢，所以溃决。上决于开封，中决于邳、宿，下决于高、宝。而奸人阻挠，簧鼓其辞，以乱当事之心。此所以岁岁报工，年年告溃，民力重困而功用迄无成也。乞敕河漕重臣毋惑浮言，毋委属吏，亲至其地，详为相度，将海口之处尽行开浚，其漕堤闸口，启闭各因其时。然后循下流面上至河身，别其浅溢，去其淤沙，使河身益深足以容水，则波不及陆而委易达海，淮右之民，庶几其有瘳乎！”章下部议。丙申，工部右给事中胡之俊疏言：“今天下财赋半出东南，而东南要地莫如苏、浙。苏、松、嘉、湖地势汙下，旧有刘家河、吴淞江等处引水入海，日久壅淤，河道成田，土豪占据，多所阻挠。年来淹没漂沦，水患见告。职此之故考地志，三吴之水悉汇震泽，震泽广三万六千顷，并溪港诸水，势甚横烈，皆以三江为入海之路。东江河身湮没，久不可稽，仅存松江之吴淞、苏州之刘河。刘河，即娄江也。唐、宋、元、明，以三江泄震泽之水，始不为害。今三吴江道尽塞，受祸甚剧，财赋重地，悉委波涛，百万粮储，从何措办？请敕部从长计议，疏通故道，国计民生胥赖之矣。”章下所司。戊戌，户部左侍郎王永吉条陈治河事宜，略曰：谨按黄水自邳、宿而下至清河口，淮、泗之水聚于洪泽湖，亦出清河口，黄、淮交会东入于海。然黄强淮弱，势不相敌，淮、泗逼而南趋，直走四百余里，出瓜州、仪真，方能达江。一线运河，收束甚紧，即有大小闸洞沿途宣泄，而海口不开，下流壅塞，所以河堤溃决，修筑岁费金钱。九载以来，八年昏垫，海口之当开，固刻不容缓者也。查海口之在兴化、泰州、盐城境内者，俱被附近愚民将闸门填塞，滴水不通。咽喉重地，岁岁陆沉，关系匪轻。乞敕河漕重臣，遴委才能属员亲往相度，勿听一偏之词，务收两全之利。开凿深通，复其故道，淮、泗之水消，则黄河之势减，平成之绩，亿万年永赖之矣。下所司议。
八月癸丑，以周天成为工部右侍郎，督理苏州等处织造。丙辰，总督马国柱奏报江南旱灾，谕速救济。
十月庚子，免沛县六年至八年份水灾逋赋。戊申，令江宁仓差归并于西新关。甲寅，以御史李成纪巡按苏、松，林起宗巡按江宁。
十二月癸卯，河道总督杨方兴疏言：“清口为黄、淮交汇之处，伏秋淮弱黄强，黄遂内灌，前人置闸、筑坝，原以防浊沙淤淀之患。自闸禁废弛，岁需挑浚，为费不赀，今请于清江、通济二闸适中处，寻兴福闸旧址，先行修复，启一闭二，以时蓄泄，岁可省无限挑浚之费。”下所司议奏。乙巳，命江阴县岁解子鲚鱼通行折色，着为令。
十年正月丙申，复设扬州府西河船政同知。
五月甲戌，裁各省巡按。
六月己未，复设江南鼓铸炉。
十一月戊申，河道总督杨方兴疏言：“黄河旧绕邳城，因患其淹灌，始徙于羊山之南，不意土中伏有虎山，复激水北流。今董家堂堤岸冲决，势难捍御，议于虎山、象山以南改挑新河四千一百七十余丈，旧河筑坝截流，使水尽归新河，以利运道。”章下部议。丙辰，户部奏官：“江南各府属旱灾，除有漕粮州县已经改折，其无漕粮州县卫所被灾八分以上者，免十分之三；七分以下者，免十之二；四分，免十之一。”从之。
十二月丙戌，江宁巡抚周国佐疏报：海逆入犯吴淞，遣副将张思达、参将雷应春等出洋进剿，将士奋勇转战一百四十余里，杀贼无算。
十一年正月辛丑，以宁、苏等处连年水旱，小民困苦已极，暂停织造二年。乙巳，以史记功为江南按察使。戊申，免江宁、苏、松、常、镇、淮、徐等属州县卫十年份旱涝租赋。癸丑，总督马国柱奏报：海贼分入犯崇明、镇江、靖江、泰兴等地，败之。乙卯，马国柱奏报：海寇犯金山，夜窃大炮，复烧毁金山、瓜州船只，顺流而遁。
二月己巳，礼科给事中季开生以海贼突犯江北，势颇猖獗，条陈战守六要：“一、远侦探；一、扼要害；一、备器械；一、严海禁；一、杜接济；一、密稽察。”下所司议。癸未，江宁巡抚周国佐奏报：海逆张名振等入犯，败之于淘港、杨家嘴、小洪、东阜等处，俘斩甚众。
三月戊戌，免扬州、淮安、徐州所属州县去年水旱灾伤额赋。
四月丙寅，工科给事中张玉治奏言：“江南镇江咽喉重地，因无建牙重臣整饬战具，以致贼兵内犯。查旧制，设文武操江二员，今止存操江巡抚一员，又驻八百里外，鞭长不及，恐误事机。合请移驻京口，专防江海。吴淞要地，仍责令苏州总兵官镇守。无事，则训练水师；有事，则飞舸追剿。职守既定，南北各无推诿，海氛扑灭，可计日待矣。”下所司速议。壬申，周国佐奏：败寇张名振于崇明南沙嘴、寿兴沙等处，焚获贼船甚多。甲戌，以冯如京为江南右布政使。丙戌，命江宁昂邦章京管效忠移驻镇江，苏州提督张天禄移镇吴淞，总兵官王燝移镇刘河。
五月丁未，遣刑部郎中刘世杰往江南恤刑。
六月庚辰，苏州、常州、松江、镇江等府飓风海溢，房屋树木半被漂没倾拔，男妇溺死无算。
八月庚午，谕吏部：“朕览江宁巡抚周国佐历来章奏，词语模糊，意见游移，此必事事假手左右，胸中漫无主持。苏、松重地，岂容阘茸之人因循贻误！周国佐着解任回旗，该部会推才品堪任者具奏。”甲戌，以张中元为右佥都御史，巡抚江宁。
九月丁未，江南、江西总督马国柱以衰老休致。庚戌，改江南、江北提督学院为提学道。辛亥，降漕运总督沈文奎三级凋用，以督催漕运稽迟也。
十月辛未，免江南淮、扬二府、徐州被灾额赋。
十一月庚戌，以余应魁为江南按察使。
十二月辛巳，漕运总督沈文奎疏报：招垦江北荒屯地九千九百余顷，征银二万一千有奇。
六月甲寅，以孔允樾巡按苏、松。庚申，严禁沿海省分，无许片帆入海，违者立置重典。己巳，裁江南操捕、管屯都司各一员。
七月乙酉，给事中季开生奏：“近日臣之家人自通州来，遇吏部郎中张九徵回籍，其船几被使者封去。据称奉旨往扬州买女子，恐奉使者不能仰体宸衷，借端强买，小民无知，未免惊慌，必将有嫁娶非时，骨肉析离之惨；且乘机而奸棍挟仇捏报、官牙垄利挪移诸弊，断不能无。乞皇上速收成命。”得旨：“前内官监具奏，乾清官告成在即，需用陈设器皿等项，合往南省买办，故令发库银遣人往买，初无买女子之事。太祖、太宗制度，宫中从无汉女，且朕素奉皇太后慈训，岂敢妄行。即天下大平之后尚且不为，何况今日，朕虽不德，每思效法贤圣之主，朝夕焦劳，屡次下诏求言，上书禁勿称圣，惟恐所行有失。若买女子入官，成何如主耶？季开生身为言官，果忠心为主，当言国家正务实事，何得以家人所闻、茫无的据之事，不行确访，辄妄捏渎奏？肆诬沽直，甚属可恶！着革职，从重议罪具奏。”寻部议：应杖一百，折赎流徒尚阳堡。从之。壬辰，遣刘士杰往江南恤刑。
八月壬申，降苏松提督张天禄职三级，以贼入汛地、伤兵焚船故也。癸酉，降总督马鸣珮职二级，夺江宁巡抚张中元俸，以海寇登岸焚掠，不据实入告，徇庇失事提督张天禄，以罪为功也。
九月戊子，复设江南福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生各营及沿江汛兵共一千八百名。
十月戊辰，谕江南督抚：督率所属各粮道恪奉漕规，冬兑春开，务依限到淮，勿得拖欠稽迟。辛未，复设总理漕务满洲侍郎一员，驻扎淮安。庚辰，添设江南黄浦参将一员，水陆官兵八百名。
十一月甲申，以吴库理为户部右侍郎，总理漕务。戊申，裁淮安府东新仓大使一员。
十二月甲子，以许宸为江南按察使。乙丑，增松江府水利通判一员。癸酉，初，海寇犯淘港，士卒被伤并抛失军器甚多，至是，革江南提督张天禄职。甲戌，以秦世祯为操江巡抚。
十三年正月已酉，革苏州总兵官王璟职，以海寇侵犯汛地，不能戮力戡定故也。
二月已未，分江南华亭县为两邑，旧邑名华亭，新邑名娄县。乙丑，江宁巡抚张中元保举隐逸故明进士陆贻吉、于沚。下所司议。辛未，裁江南兴屯道同知。
闰五月己酉，江南、江西总督马鸣珮以病免。戊午，遣刘宗韩巡按江宁，李森先迅按苏、松。己未，以郎廷佐为江南、江西总督。
六月辛卯，转陈培桢为江南左布政使。癸巳，敕谕江南各省督、抚、镇等官曰：“朕惟自古帝王底定万邦，皆恩威并用，讨贰怀服，乃能使人心乐于归往，早享太平。本朝开创之初，睿王摄政，攻下江、浙、闽、广等处，未降者多被诛戮，以致遐方士民，疑畏窜匿。从海逆郑成功者，实繁有徒，或系啸聚有年，未经归化；或系被贼迫胁，反正无由；或系偶陷贼中，力难自拔，原其本念，未必甘心从逆。此辈皆朕赤子，迷罔无知，深可悯侧。今欲大开生路，许其自新。该督、抚、镇即广出榜文晓谕，如贼中伪官人等，有能悔过投诚，带领船只、兵丁、家口来归者，察照数目，分别破格升擢。更能设计擒斩郑成功等贼渠来献者，首功封为高爵，次第亦加世职，同来有功人等，显官封赏，皆所不惜。倘仍执迷不悟，郑逆所据不过海滨穷岛，波上游魂，势不能久。一旦绝其粮饷，阻其出没，遣发大兵，直捣巢穴，必致玉石俱焚，虽悔亦何及乎？其前次陷贼官兵及薪归人等，地方官问明来历，尽心安插，原有田产速行察给，即无田产亦设法周恤，务令得所。”辛丑，增设江南福山营千总一员，把总二员。癸卯，撤江南各省守催钱粮满官还京。
十一月辛亥，以王无咎为江南右布政使。壬子，裁江南下砂场副使一员，设松江府批验所大使一员。丙辰，江南荻港镇地裂水涌，溢陷民房百余家，溺男妇数百余口，覆没商船十余艘。丙寅，免海州本年荒地额赋。
十四年正月庚申，以卢慎言为江南按察使。
三月甲寅，江南、江西总督郎廷佐奏请舒江南三大困：“一、江南官多降调，为钱粮积欠多面考成严也。以数年之积逋，追征于一时，官有必去之念，民无慑服之心，为有司者，尚能力布皇仁耶？请将考成规则，去其降调之例，重不过革职戴罪，仍令在任，课其成功，自必安心治理矣；一、江南自八年至十三年，积欠钱粮四百余万，未必尽欠在民，或官吏侵蚀，或解役朋分，新旧牵混，上下朦胧。请以十四年为止，通将从前积欠，总令右布政使查其已解而无批回、被经承侵欺挪借者，及某官支用提取而不应开销者，注数请追，分为二册。若民间实欠，则又为一册，议定一年止征若干，示民知有应完之数。分路督催，责成各道，握总者为右布政使，按册而稽，专理旧欠。一切新粮，专责左布政使，则征新补旧之弊可除矣；一、江南为数省咽喉，商贾舟楫所聚，向因大军经过，封船载送，商民坐困。或谓禁封货船，但封空船，不知江河之内舍货船则空船无几，岂能载往还兵马乎？臣见江西已经造船备送兵马，江南亦可踵行，庶商困得苏，军机不误矣。”上以其言深切时弊，下所司详议。
五月癸亥，河道总督杨方兴引年乞休。上以其久任河督，勤练著劳，命以原官加太子太保致仕。
七月丙午，谕礼部：“江南省在明朝亦系直隶，故典试皆用词臣，今既改为省，以后着照浙江一体题差。”庚申，谕吏部：“总理河务，事关重大，必得其人，方能胜任。吏部右侍郎朱之锡气度端醇，才品勤敏，着升兵部尚书兼都察院右副都御史，总督河道，提督军务。”
九月辛丑，以亢得时为漕运总督。
十月癸酉，命都统赵布泰等驻防江宁。庚寅，加都督佥事、苏州总兵官梁化凤为都督同知，统率抽调各营一万名，改为水师，仍驻防崇明。两协设副将二员，各统水师二千名，驻防吴淞；游击六员，各统水师一千名，分泊崇明各沙，俱属梁化凤统辖。提督总兵马逢知专管陆师。裁苏州总兵官缺，从总督郎廷佐请也。
十一月癸亥，给事中阴应节参奏江南主考方犹等弊窦多端，榜发后，士子忿其不公，哭文庙、殴帘官，物议沸腾。其彰著者，如取中之方章钺系少詹事方拱乾第五子，悬成、亨咸，膏茂之弟，与犹联宗有素，乃乘机滋弊，冒滥贤书。请立赐提究严讯，以正国宪、重大典。得旨：“据奏，南闱情弊多端，物议沸腾，方犹等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方犹、钱开宗并同考试官并着革职，并中式举人方章钺，刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐速行严察明白，将人犯拿解刑部。”
十五年二月庚午，御史上官鉝劾奏江南省同考官舒城县知县龚勋，出闱后被诸生所辱，事涉可疑；又中式举人程度渊者啧有烦言，情弊昭著。应详细磨勘以厘夙奸。得旨：“着严察逮讯。”丙申，礼部议复：“御史上官鉝奏，江南新榜举人啧有烦言，应照京闹事例，请皇上钦定试期，亲加复试，以核真伪。至直省士子云集闱务，不便久稽，其江南新科举人应停止会试。”从之。
三月庚戌，上亲复试丁酉科江南举人。遣卫贞元巡按江宁。戊午，谕礼部：“前因丁酉科江南中式举人情弊多端，物议沸腾，屡见参奏，朕是以亲加复试。今取得吴珂鸣三次试卷，文理独优，特准同今科会试中式举人一体殿试。其汪溥勋等七十四名，仍准作举人。史继佚、詹有望、潘之彪、洪济、黄枢、秦广之、陈遡潢、许允芳，张允昌、何亮功、何炳、曹汉、马振飞、朱扶上、万世俊、黄中、董粤固，韩揆策、谢金章、许凤、杨大鲲、周篆、沈鹏举、史爽等亦准作举人，罚停会试。二科方域、林大节、杨廷章、张文运、汪席、陈珍、华廷樾、顾元龄、刘师汉、夏允光、程牧、孙弓安、叶甲、孙长发等十四名，文理不通，俱着革去举人。”
五月戊申，谕户部：“年来钱粮匮乏，屡经会议，未能实济急需，皆由费用繁多，积弊未革。今惟再筹裁省，严剔弊端，乃可渐致充裕。在京各衙门官，有一缺而设数员者，半属闲冗。着各衙门将满、汉司官，自笔帖式以上俱开列员数、职掌，奏请裁定。在外文武各官，如有赘员亦量行裁减。各省于顺治元、二年间开报荒田甚多，连年虽屡奉清察，未见报明，其中岂无豪强隐占，官吏欺蒙，上下推诿，不肯清出实数，按期征收，隐漏钱粮为数不少？江南芦政一项，地方广远，漫衍数省，连年虽经行察，其中隐混未清者甚多，责成抚按严行确察。又江南无锡等县，历来钱粮欠至数十万，地方官未见有大破积弊、征比完结者，皆由官吏作弊，上官不行严察，且乡绅举贡之豪强者，包揽钱粮，隐混抗官，多占地亩，不纳租税，反行挟制有司。有司官不能廉明自守者，更惧其权势，不敢征催。该部遇有如无锡等州县之欠钱粮者，察明奏请，选择廉明谨慎、满洲启心郎、理事等官，先往一县，不带多人，不预别事，专令督理拖欠钱粮。或钱粮在官借口民欠，或乡绅及其子弟、举贡、生员、土豪隐占地亩，抗不纳粮，或畏惧豪强不敢征比等项情弊，务期察明惩治。清察一处，即可为他处榜样。历年各省逋欠钱粮，多系贪官猾吏挪移隐蚀，以及乡绅、举贡、生员、土豪影射占隐。年来抚按未行清察，不能尽厘奸剔弊之职。今责成抚按严加清察，如有前项情弊，题参重处。如曲庇不行指参，本犯一经发觉，即治抚按以徇纵之罪。至于挪借侵蚀诸弊，有在藩司者，有在有司者，互相蒙隐，奸弊百出。虽严行追比，而完解无多。或借端脱卸，攀累无辜；或饰称产尽，希图豁免。责成巡抚不时稽核，巡抚巡历一处，将藩司经承及府州县章书提集，按册磨对，当面质讯。各省地丁钱粮，向来屡奉清察，奏报者少，况兵荒之后，册籍无存，岂无欺隐之弊。今责成抚按，大破情面，彻底清察。如仍徇庇，别经发觉，即治抚按以溺职之罪。又胥役侵蚀钱粮，往往假他人名色，置买田产，及事发追比则动称无产。承追之官不行严比，反听其优游延缓，是以积欠愈多。嗣后凡奸胥弊发，赃银能完与否，即当清察，勒限完结，逾限不完，即行治罪，不得姑息从容，稽延岁月。其他人代为胥吏影占田产者，承追官严加清察，重行治罪。又地方有司奉有设处供应之文，即借名横行科敛，且于正项之外暗征私派。今责成抚按严行清察，题参重处。以上种种情弊，虽因在外抚按屡奉谕旨，不能恪遵，亦由部中司官、笔帖式、书吏交相容隐，徇庇行私之所致也。今后堂官宜随事严加详察，尽革弊端，使司官等知所畏惧。如仍前因循曲庇，不肯大破情面，书吏等事一经发觉，即治司官、笔帖式之罪。堂官不行纠举，一同议处。着会同九卿、詹事、科道详议具奏。”
七月戊午，更定乡、会试额数，均减其半。
九月壬寅，苏松巡按王秉衡以索诈盐法道书役等银两，革职逮讯。
十二月己卯，以姚延著为江南按察使。
十六年正月丁巳，江宁巡抚张中元以病免。
三月丙申，调蒋国柱仍以兵部尚书兼右副都御史，巡抚江宁。
闰三月辛未，裁江浦、六合、清河、桃源、沭阳、赣榆、宿迁、睢宁各县儒学训导。乙亥，裁江南布政使司都事、按察使司知事各一。丁丑，以毛一麟为江南右布政使。戊子，再复试丁酉科江南举人。
五月甲戌，裁江宁府都事、断事各一员。
六月癸巳，裁句容县云亭驿驿丞。壬子，郑成功陷镇江府。
七月丙子，郑成功犯江南省城。庚辰，漕运总督亢得时闻郑成功入犯江宁，出师高邮，自溺死。壬午，裁砀山县儒学训导。
八月己丑朔，江南总督郎廷佐奏：“海寇郑成功自陷镇江，势愈猖撅，于六月二十六日逼犯江宁，城大兵单，难于守御，幸贵州凯旋梅勒章京噶褚哈、马尔赛等，统满兵从荆州乘船回京。闻贼犯江宁，星夜疾抵江宁。臣同驻防昂邦章京喀喀木、梅勒章京噶褚哈等密商，乘贼船尚未齐集，当先击其先到之船。喀喀木、噶褚哈等发满兵船二十艘，于六月三十日两路出剿，击败贼众，斩级颇多，获船二十艘，印二颗。至七月十二日，逆首郑成功亲拥战舰数千，贼众十余万，登陆攻犯江宁，城外连下八十三营，络绎不绝。安设大炮、地雷，密布云梯，复造木栅，思欲久困。又于上江、下江及江北等处，分布贼艘阻截要路。臣与喀喀木等昼夜固守，以待援兵协剿。至七月十五日，苏松水师总兵官梁化凤亲统马步官兵三千余名至江宁。又抚臣蒋国柱调发苏松提督标下游击徐登第领马步兵三百名，金山营参将张国俊领马步兵一千名，水师右营守备王大成领马步兵一百五十名，驻防杭州协领牙他里等领官兵五百名，俱抵江宁。臣等公议，贼今分兵逼城，立三营于仪凤、锺阜二门外，当先击之。随于七月二十三日派满兵堵贼诸营，防其应援。遂发总督、提督两标绿营官兵并梁化凤标营官兵，从仪凤、锺阜二门出剿。贼踞木栅，并力迎敌，我军各将领奋不顾身冒险先登，鏖战良久，阵擒伪总统余新，并斩伪总兵二员，击死贼众无算。至晚收军，臣等又公议，满洲绿旗官兵悉出击贼，恐城内空虚，留臣守城。其喀喀木、噶褚哈、马尔赛、梁化凤等由陆路进。汉兵提督管效忠、协领扎尔布巴图鲁、费雅住巴图鲁、臣标副将冯武卿等由水路进。各统官兵次日五鼓齐出，贼已离营，屯扎高山，摆设挨牌火炮，列阵迎敌。我兵自下仰攻，鏖战多时，贼始大败。生擒伪提督甘煇并伪总兵等官，阵斩贼众不计其数，烧毁贼艘五百余只。余孽顺流败遁，喀喀木、噶褚哈等复领水陆两路官兵疾追至镇江、瓜州，诸贼闻风乘舟而遁，大军于二十八日回江宁。”得旨：“据奏满、汉官兵奋勇，水陆并进，擒剿逆寇甚多。克奏大捷，深可嘉悦，着该部从优议叙具奏。”癸巳，命固山额真刘之源为镇海大将军，同梅勒章京、张元勋、周继新领官属兵丁驻防镇江。甲辰，江宁巡抚蒋国柱奏：“逆寇郑成功自江宁败遁南下，复犯崇明，游击刘国玉等击败之，贼俱南下。”下所司察叙。乙卯，逮江宁巡抚蒋国柱至京勘问，以海贼犯京口，国柱同提督管效忠败绩也。
九月己未朔，江宁巡抚蒋国柱奏：“镇江失守时，文官知府戴可进等六员、武官副将高谦等十四员皆失身从逆，独巡江营守备罗明异守谭家洲阵亡，应从优恤。”下所司察议。
十月丁酉，江南苏松巡按马腾升奏：“前因京口失守，特遣固山额真驻防镇江，诚虑之周也。而臣窃以为有不便者三：镇江之民疮痍未复，传闻大军驻扎，惶惧窜徒，若果兵临，势必侵扰，民何能安？且恐满兵骄悍成习，即号令有不能施，不便者一；以重兵驻防京口者，御海寇也，必须修备战艘，练习水师，此非满兵所长，不便者二；用兵之道，将有号令，兵有纪律，事权归一，兵力自优，何必设此无统摄之满兵株守一城，以虚糜兵饷，不便者三。臣为要地起见，为万民请命，不得不为皇上痛陈之。”得旨：“京口要地，向因防兵单弱，致海逆入寇失陷，故特遣满兵驻防。马腾升乃云未能御寇，辄先扰民。前贼至之日，镇江阖城从贼，理应诛戮，免其追究，已属法外之仁，今遣兵驻防，原以为民，何为反云扰民？征剿寇盗、平定地方，皆满兵之力，何云满兵骄悍成习？设防之兵，当水陆兼备，江宁大捷亦由陆兵力战败贼，何云非满兵所长？驻防之兵，该固山额真自能统摄，如有寇警，该固山额真自当相机堵剿，何云无统摄之满兵株守一城、虚糜兵饷？镇江原有绿旗兵不能御贼，地方文官不能以一矢加贼，马腾升身为巡方，远避他府，今乃借口为地方起见，妄行条奏，沽名市恩，且马腾升系何国之人，乃称满兵骄悍成习。是何意见，着作速明白回奏。”
十二月丁亥朔，苏松巡按马腾升遵旨回奏：“兵火之后，臣目击地方残破、人民流离。又过镇江，见谭家洲当江口瓜、镇之中，于此建立营垒，设立重兵，使深明水性之将练习舟师，统于督臣，足资弹压。讵知庙算神谟，动出万全，特遣满兵驻防，原使水陆兼备，靖寇卫民。臣一时愚昧，思虑未周，发此狂沦，罪复何辞！惟痛自刻责，仰听处分而已。”得旨：“此回奏巧言支饰，殊为可恶，着吏部从重议处具奏。”辛亥，以击败海寇功授苏松水师总兵官梁化凤三等阿达哈哈番，仍加左都督、太子太保。
十七年正月壬戌，裁苏州、镇江、徐州、太仓、镇海各卫经历，镇江织造局大使，通州通济库大使，松江递运所所官，毗陵、孟城、锡山各驿驿丞。丙寅，以朱国治为右副都御史，巡抚江宁。
二月癸巳，先是，漕运总督蔡士英奏：“国初设总漕一员，驻淮安；凤阳巡抚一员，驻泰州。自顺治六年，巡抚标兵调入粤西，遂撤凤抚归并漕督。漕务、海防势难兼理，请仍照初制，专管分任。”至是，九卿、科道会议：应如士英所请，其抚标官兵俟兵部议设。从之。戊戌，命总兵官杨捷驻扎扬州，防江北一路要汛。壬寅，免江南淮、扬二府、徐州去年份水灾额赋。甲寅，徐州夏镇民、涂弘德奏讦工部分司顾大申贪赃四十余万，令提京严审。
三月己巳，差户、兵、工三部官各一员，清查江南拖欠钱粮。
四月戊子，以蓝润为江南按察使。己丑，命总兵官刘芳名驻防江宁。乙未，遣御史张凤起巡按苏、松。
六月癸巳，以白色纯署河道总督。
八月甲申朔，议政王、贝勒、大臣、兵部、刑部议奏：“江南提督马逢知纵放奸细，阴附逆贼，贻误封疆，负国重恩，情罪重大。马逢知并其子俱应斩立决，妻妾家产俱籍没入官。江南巡按马腾升与逢知结为弟兄，同谋徇隐，亦应斩立决。”得旨：“据审马逢知交通海逆，情罪重大，但逢知彼时或贼至献城，或率兵从贼，叛迹显著，自应并伊子即行正法。今阅招内将海逆差来伪副将刘澄不即诛戮，仍行放回，阴附逆贼是真。至显为叛逆之处，尚未得实情。事关重辟，宜加详慎。马逢知并其亲子及马腾升俱应斩，着牢固监候，家产依议籍没。该部选才能侍郎一员，前往会同刘之源，郎廷佐、梁化凤确察逢知当日叛逆事迹，果有确据，再行加等治罪。”
九月戊午，江宁巡抚朱国治言：“郑逆未靖，请于海边、江口多设烽堠、炮台，以守御。”下所司速议。
十八年正月癸酉，户部议复：“御史胡文学疏言，江南等省漕粮改折收银，恐有杂派，乞严饬抚按痛除积弊，止许照价征收，不得仍借兑漕为名，恣行科索。”从之。巡按苏、松六府御史张凤起疏言：“苏、松、常、镇四府差繁赋重，漕米折价请仍照原议，每石折银一两。”下部知之。
二月己丑，免崇明县顺治十六年、十七年旧欠钱粮。戊申，江南总督郎廷佐疏言：临江、临海百姓修理烽墩，奉法惟谨，应予豁免丁徭，略示优恤。从之。
四月癸卯，江宁巡抚朱国治议复：“巡按苏、松御史马腾升疏言海防官驻扎事宜，请将苏州海防同知移驻常熟县，松江海防同知移驻上海县，各令其督修沿海桥梁、马路、墩堡，协催兵饷，严行保甲之法，稽查出洋船只。有警，与各营汛将弁相机商酌，庶责任专而事无贻误。”下部知之。
五月癸亥，以刘兴汉为江南按察使。
六月庚辰，江宁巡抚朱国治疏言：“苏、松、常、镇四府属并溧阳县，未完钱粮文武绅衿共一万三千五百一十七名，应照例议处。衙役人等二百五十四名，应严提究拟。”得旨：“绅衿抗粮殊为可恶，该部照定例严加议处。”丙午，溧阳县妖人端应国、妖妇曹氏妄称大乘邪教，煽惑愚民。江宁巡抚朱国治捕获以闻。
七月已酉，免江南盐城、萧县、睢宁去年旱灾赋。
八月甲寅，户部遵旨议复：“查明季加增练饷并无旧案，止有遣单一纸，每亩派征一分。直隶、山东、河南、江南、山西、浙江、江西、湖广、广东、福建、陕西、广西、四川十三省，共计五百七十七万一千余顷，每亩一分派征，计征银五百余万两。请敕该抚于十八年为始，限三月征完解部。”得旨：“如议速行。”已未，谕户部：“前因江南、浙江、福建、广东濒海地方逼近贼巢，海逆不时侵犯，以致生民不获宁宇，故尽令迁移内地，实为保全民生。今若不逮给田地居屋，小民何以资生。着该督抚详察酌给，务须亲身料理，安插得所，使小民尽沾实惠，不得但委属员；草率了事。尔部即遵谕速行。”命直隶各省，各设总督一员驻扎省城。
九月丁亥，改江南、江西总督郎廷佐为江南总督。壬辰，裁江、安提督、庐凤提督二缺，改苏松提督粱化凤为江南通省提督。
十月己酉，以林起龙为漕运总督。丁巳，以祖永烈为苏州宁海将军，驻扎苏州。辛酉，韩世琦调江宁巡抚。
十一月壬辰，以孙代为江南右布政使。
十二月庚戌，户部议复：江南总督郎廷佐疏言，崇明县地丁钱粮虽已蠲免，其盐课仍应完解。得旨：崇明孤悬海外，逆贼来犯，皆赖兵民同心协力，固守全城，所欠盐课着予豁免。己未，以柳天擎为江南按察使。
