陆渊雷先生力主中西医之汇通，以“中医科学化”为己任。曾说：“余之治医也，主以汉师训诂，远西科学。读汉唐古书，博考深思，去其浮空执滞，为之疏通互证。向之中西画若鸿沟者，窃不自量，辄欲糅合为一。故方术则中土，理法则远西。”
一、主张中医科学化
陆渊雷倡导“中医科学化”的思想是受其师恽铁樵先生提倡的中医革新思想的熏陶，又鉴于余云岫等废止中医派抨击“中医不科学”等言论，故而积极主张并探讨“中医科学化”。
陆先生主张应该立足中医，吸取西医精华，相互取长补短，使中医科学化。例如在《改造中医之商榷》一文中陆先生说：“中医不欲自存则已，苟欲自存，舍取用科学别无途径。”在《答黄劳勉》一文中说：“医药所以救疾苦，免夭折，人命至重，苟有良好方法，当一律研究采用，不当存中西医门户之见，更不当与保存国粹、提倡国货并为一谈。是以仆之志愿，欲治中西为一炉，使中医研究西医之科学原理，使西医采用中医之简效疗法，盖不但望中医得西法而言归实际，亦望西医得中法而更有进步也。”
1931年中央国医馆成立，陆先生任常务理事兼学术整理委员会专任委员，陆先生代表中央国医馆学术整理委员会拟定《国医药学术整理大纲草案》，整理宗旨是将国医学方法部分加以科学合理的说明。其目的：第一步使此后业医之士渐成科学化；第二步使世界医学界得明了国医学之真价值；第三步使国医学融合世界医学，产生一种新医学，俾救死已疾之法益臻完善。强调中医学中“宜加入必须之科学，如理化、胎生学、解剖学、生理学、病理学、病原细菌学及西医诊断学之一部分。五行生克、六气标本、司天在泉须废除”。
陆先生还曾详细阐述了中医与科学的关系：第一，科学代表真理论而中医的实效代表真实践。第二，中医有不合理地方，但是同时中医实践所代表的真理也不容忽视，即中医的实用性或广义上的“科学性”。并且科学可以解释并最终发现中医蕴于自身的真理。第三，科学是工具，可以为中医用来与世界医学交流。从这里我们可以看出陆先生对中医切实的临床疗效的信心，同时也表明，对他来说，“科学”是中性的，没有“中”、“西”之分；中医切实的有效性说明，中医可以通过科学化来证明是科学的。
陆先生直到晚年，甚至疾病缠身还在倡导中医科学化，他对于中医科学化的目的，如何实现科学化都有非常详细的论述，而且还通过各种途径宣传中医科学化的思想。陆先生指出中医科学化的目的并不仅仅是用科学来整理研究中医学，保存中医，还具有更深刻的含义。他认为学术有是非，不可存中西偏见。其有名同实异，名异实同者，当先审其名实，而后定其是非。医学所以救夭扎，已疾苦，不可与保存国粹，杜塞漏卮诸主义相提并论，故整理国医药学术，引用科学原理时，不受破坏国粹之名；或采用国外药品时，也不受利权外溢之名。希望能达到业医之士科学化，世界医学了解中医真价值，最终使不信国医者可以信，不知国医者可以知。
对于如何实现中医科学化，陆先生主张：
(1)打破旧说。陆先生倡导中医科学化，他认为中医治疗行之有效，而且在某些方面甚至超过西医。中医通过经验积累，从药效上推其所以然，从而得出疏略错误的生理解剖诸说，所以药效多真确，而学说反多臆想。他认为：“《素问》《灵枢》《八十一难》理论之书，多出于古人之悬揣，不合生理、解剖、病理，尊奉之以为医学之根柢，自招物议，引起废止中医之危机，此大不智也。”中医要实现科学化，首先必须打破旧有的模式，即对中医传统理论进行全面评比，应该摒弃那些“太玄”的内容，特别是诸如五运六气等学说，用科学的态度来对待中医理论，反对盲目崇拜古人的作法。如他在《伤寒论今释·叙例》中所说：“金元以后医家，困守《内经》，莫能自拔，单词支义，奉为金科，驰骛空言，不验实效，其谬于科学也亦宜。夫科学岂能反乎事实哉?大论用药之法，从之则愈，违之则危，事实也，其必有科学治理存焉。余虽短浅，持科学以寻大论之旨，往往砉如解牛，动中肯綮。”
(2)主张用现代医学知识以解释中医学。陆先生认为：“国医所以欲科学化，并非逐潮流，趋时髦也。国医有实效，而科学是实理。天下无不合理之实效，而国医之理论乃不合实理。”所以他认为应该以现代医学知识为主体，借以解释中医学，能解释通者，即以现代医学取而代之，不能解释通者，则据现代医学而否定之。例如陆先生对于中医治疗疾病的原理和机制，就主张“用科学方法去解释。第一步，要研究这个证候是身上起了何种特异机转；第二步，要研究这个药方为什么能祛除这个证候；第三步，要研究这个证候祛除了，为什么害的病会全体好。这三步研究皆有了正确的答案，就成了一种有根据的学理”。
其中，《伤寒论今释》是陆先生中医科学化的代表性著作。如陆先生对太阳病的解释，“太阳病者，正气抗病之趋势向上向表，其目的欲令汗出，而从汗液中排除毒性物质也。人体受病毒刺激，立即产生抗毒力。抗毒之法，盖视毒害性物质之种类而有不同，虽细菌免疫学家亦未能详知。大抵是产生某种物质，使与毒害性物质结合而化成无毒之物。抗毒力产生时必恶寒发热。注射防疫疫苗者，用动物做细菌试验，或制造治疗血清者，大多数见恶寒发热可以征也。恶寒既常与发热同时发作，且伤寒以发热为主证，则知经文‘恶寒’二字，即含有发热在内。当发热时，体内新陈代谢亢进，而心脏之张缩力为之加强，心力强则脉搏大，大而未甚充实，则重按即觉其轻。且古人观念，谓太阳病在肌表，遂以心理作用，认此大而较轻之脉为浮脉。不然，脉管有结缔组织，固著于一定部位，太阳轻浅之病，岂能移脉管而浮向外表耶?由是言之，脉浮二字，亦含发热在内，脉浮发热而产生抗毒力矣。倘使毒害性物质相当强盛，则新生少量之抗毒力未足以抵抗而胜任愉快。计之上者，莫如排除其一部分毒害性物质，使仅留于体内者，不足以危及生命，适足以引生抗毒力。太阳为热病之初起，病菌学证明病初起时，毒害性物质多在血液中，欲排除之莫如出汗。汗腺在肌表，欲出汗，则气血必。{，；当而向表。吾于下文将说明一事，人体之种种功能，表之于上，里之于下，常相联系。又汗腺之排列，上半身较多，故气血向表以求出汗者，同时比向上，气血向上，则上部充血，而头为之痛，项为之强，剧者且见鼻衄。故头项强痛为气血向上向表之征。而是正气欲令病毒与俱汗出之征。太阳之病理如是，故发汗解肌为太阳病之唯一疗法。”该文是从微生物学的理论，把太阳病的发病机制解释为机体抗毒力量之体现。同时，该书对中医某些理论进行了科学化的厘定，如“亡阳者，体温被蒸散过多，细胞之生活力因而衰退也”；关于脉浮的解释，“脉管有结缔组织，固定于一定部位，太阳轻浅之病，岂能移脉管而浮向外表?”等等。
在其《病理学补证》中，也曾用非常浅显的西医知识来对中医的某些理论进行阐述，例如，陆先生对中医脾、肝的阐述。中医曰：“脾主为胃行其津液。”陆氏释：“此指脾具有吸收的功能(《病理学补正》，本段引文同)，营养吸收良好，就长得丰腴润泽；吸收不良，则瘦削枯黄，即中医所说‘脾主肌肉’。肌肉的肥瘦于四肢最明显，故中医曰‘脾主四肢’。即指‘脾’具有吸收功能，所以遇到吸收障碍的病，中医称作‘脾病’，治疗用增强组织吸收的药，就名健脾。如吸收作用亢盛，身体水分多数被吸收到血管淋巴管，组织就不免比较干燥，所以健脾药有燥湿的作用。至于中医的所谓肝，大半指神经，肝风指神经紧张，愉悦则指神经舒缓，忧怒指神经刺激。”上述论述在当时确属新颖透彻，为学中医者易于接受。
(3)创刊、撰写文章。陆先生还非常重视舆论宣传工具，曾就改造中医发表《改造中医之商榷》一文(载于《中国医学月刊》)，提出：1承认中医疗效，主张用科学方法研究中医实效“……国医有实效，而科学是真理，天下无不合实理之实效，而国医之理论乃不合实理……今用科学以研求其实效，解释其已知者，然后不信国医者可以信，不知国医者可以知，然后国医之特长，可以公布于世界医学界，而世界医学界可以得此而有长足之进步。国医科学化如此，岂能徒标榜空言哉”!2中医科学化必须吸收其他科学知识。陆先生曾指出“担任科学化之工作者，须有国医旧说根底，且须通晓普通科学，不然即无从化起”。3强调改造中医，沟通中西医，只有中医能胜任。4主张中医科学化的方法应从研究证候与药性人手。
另外，陆先生1934年创办《中医新生命》杂志。其创刊宗旨是用中药治疗疾病，用现代科学研究其方法原理，在该刊上发表了大量文章，大力宣传“中医科学化”观点，一时影响广泛。现代名医任应秋老先生回忆时就谈到深受其“中医科学化”影响。
任应秋在上海学习期间，接触到陆渊雷的这种学术观点，觉得非常有道理。特别是一些关于临床方面的解说，认为科学性很强，足以说服人。于是任应秋先生开始仿效陆先生的做法，以“中医科学化”为己任，所著《任氏传染病学》《仲景脉法学案》《中医各科精华一集·内科学》《中医各科精华二集·内科治疗学》等，均属“中医科学化”观点的代表作。在20世纪50年代初期，所著《中国医学史略》《脉学批判十讲》等书，仍是“中医科学化”的产物。1957年出版的《伤寒论语译》亦有“中医科学化”的影子。该书序文中提到：“近人注解伤寒论的也不在少数，唯陆渊雷的《伤寒论今释》，多用现代医学浅显理论来解释论中所举的证治，颇有帮助对内容的了解，引用各家的注释和病案也较多，在学习中可以进行比较、分析和归纳，而易于深入，所以亦算是学习伤寒论较好的一本参考书。”并且其书上也较多的引用了陆渊雷的《伤寒论今释》的见解。足见陆先生的“中医科学化”观点对任应秋先生早期学术思想影响之深。但是后来，任应秋逐渐认识到中医科学化的道路是走不通的。
任应秋在《从头学，全面继承，打下发扬祖国医学遗产的坚固基础》一文中对中医科学化的思想进行了剖析：“陆先生认为‘国医之胜于西医者，在治疗，不在理论’。就无异乎说，中医的治疗，是没有理论指导的，治疗有效，理论不通，难道说世界上有不可知的实践吗?”“陆先生说：‘经方治病，未言其理，其理有未可知。’但《伤寒论》说：‘桂枝本为解肌，若其人脉浮紧，发热汗不出者，不可与之也，常须识此，勿令误也。’难道这不是明明白白在解释桂枝汤解表的道理吗?”任应秋认为陆先生倡导的中医科学化存在以下的问题。“第一把祖国医学的理论体系搞乱了；第二祖国医学的基础理论将越发荒废而不能收拾了；第三现有的科学资料还代替不了祖国医药的理论，也说明不了整个问题。因而越想说明，越是说不明了。”
后人对于陆先生倡导的中医科学化争议较大。王大鹏认为陆先生中医科学化的主张是偏于创新的激进派，具有明显的西医化倾向，而且否定《内经》《难经》等中医经典，说中医是经验医，有“废医存药”之导向。《中西医汇通研究精华》一书认为陆先生的中医科学化与日本汉方医学的思想接近，片面之处，不容忽视。对于这种观点，陈健民则认为陆先生在30年代就提出中医科学化导致产生一种新医学，这是非常难能可贵的。而且陆先生对《内经》理论并不是全盘否定，如“阴阳者，自然界相对现象……不必废，或竞不可废者也”，“察舌所得且较切脉为有把握”。而且陆先生是在继承中医学中提倡中医科学化的，其局限性是时代造成的，理应实事求是地肯定陆先生在中医历史中的地位，不可以“叛徒”视之。
笔者认为评价任何个人或其学说均不能背离当时当地的历史环境，不管怎么讲，陆氏坚持以中医为本，勇于学习接受新知，奋力探索使中医走出艰深难晓的困境，促使其科学化、民众化，这种进取的精神令人敬仰。此虽亦为时势所趋，但毕竞对后人有所启迪，为今天方兴未艾的中西医结合事业作出了早期的探索。
二、对于《伤寒论》的研究
陆先生认为“《伤寒论》为经方之冠，治疗之极，为学医所必由”。他说：“统观仲景书，但教人某证用某方，论中有桂枝证、柴胡证之名，可知意在治疗，不尚理论。中医之治疗有特长，理论则多凭空臆造，仲景不尚理论，正是识见胜人处，后人斤斤于风邪寒邪伤卫伤营之辨，而不于病证药方上著眼对勘，皆非读仲景书者。”“余以为理论当从西医之病名，治疗当宗仲景之审证为宜也。”
陆先生认为仲景学说的核心是在于六经辨证系统下所建立的方证与药证。他说：“大论精粹，在于证候方药。”陆先生在《日本人研究中医药之趋势》一文中，就高度评价了吉益东洞师法仲景“惟在证候以用药方，就药方以测证候”的观点。陆先生对仲景学说能“用古人之法，释以今日之理”，临床辨证用药，不拘成方，做到古方今用，推陈出新。此仅举陆氏对《伤寒论》中四逆汤的灵活应用，足以观其灵活化裁之妙。四逆汤见于《伤寒论》的太阳病、阳明病、少阴病、厥阴病、霍乱病等篇，并见于《金匮要略》的“呕吐哕下利病脉证治”中。原方参、附回阳祛寒，干姜温中散寒，甘草和中益气，合之能回阳救逆，主治三阴伤寒、太阳病误汗亡阳、吐利腹痛、四肢厥逆、脉沉或微细者。陆先生将四逆汤不仅用于外感伤寒，还广泛地用于内科杂病与妇科病。如对患有心悸胸闷，纳呆，脉迟细，舌苔淡白，属心脏衰弱者，四逆汤加红参、白术、茯苓等补气之品，以温阳补气；若心悸易醒，脉细弱而有歇止，舌苔如常，四逆汤合生脉饮及平肝安神之品．以补气养阴安神。至于咳嗽气喘，日久阳虚脉弱，陆先生常以四逆汤加参须、蛤蚧尾(二味加煎冲)及化痰止咳之药，以扶正祛邪。对于中焦脾胃之病，凡脾胃虚寒，腹胀嗳气，消化不良，口腻苔垢，脉微弱，合旋覆代赭汤化裁；若见洞泄肢冷，完谷不化，腹背寒，肠鸣腹痛，脉迟细，则合四君子汤加减，以温补脾肾。慢性肾炎阳虚水泛，手足浮肿，腰背酸痛，脉弱苔白者，四逆汤加桂枝、泽泻、猪苓等，以行气利水。附子能引补气药行十二经，以追复散失之元阳；引养血药人血分，以滋养不足之真阳；以白术为佐，为除寒湿之圣药。对于周身风湿疼痛，伴消化不良，脉细苔薄者，陆先生以四逆汤合白术、蕲蛇、全蝎、米仁、羌活、独活等同用。阳虚盗汗脉迟者，四逆汤加益气敛汗药。妇人月经不调，量少而色黯红，形寒目眩，腹痛脉迟苔薄，四逆汤合四君、四物出入。对《金匮要略》的研究陆先生撰写的《金匮要略今释》是他研讨仲景《金匮要略》的心得结晶，体现了陆先生的学术思想。陆先生首先对该书进行了校勘，他除了注意每段条文中个别字、词的讹脱倒衍外，还特别重视从大处着手，推敲整篇的意思，辨别后人添加的文字，正本清源。通过校勘他认为该书首篇之文亦与全书不类，“盖仲景书经汉末丧乱，即便散佚，后之编次者，不止叔和一人，各以己见作为首篇耳”。陆先生认为该书中以论述病机为主，且主要以脉论病，有论无方的部分与仲景原意相却甚远，为后人所添。当然，陆先生的校勘并非是凭空捏造，而是凭借自己小学方面的深厚功底，善于从文字人手。如《金匮》中几次出现的“肚”字，他认为：“肚字，《说文》《玉篇》俱不载，盖隋唐间后起之字。”以此证明《金匮》中此等条文皆后人之言。
另外，陆先生还善于从医理上、医学流派、临床实际等等角度对某些条文进行推断。当然，《金匮要略今释》作为倡导科学化的代表作，陆先生几乎都用西医的知识进行了探讨。例如对痰饮病，陆先生认为是由于过量之体液停滞于局部，其治病之主因为黏液膜或浆液膜之分泌亢进，致吸收障碍，以及淋巴液还流障碍，其他如淤血、血管壁的病变、心脏或肾脏的病变，都可以成为诱因，其病所多在胃肠及胸腹膜，亦有在气管、支气管者，故痰饮多为消化器病及呼吸器病。
虽然陆先生在用西医知识探讨过程中，难免有一些对号入座，牵强附会之处，但是总的来说，这些论述对当时中西医结合具有一定的启发和推动作用。
四、中医辨证与西医辨病相结合
陆先生认为中医讲“辩证”，西医讲“辨病”，这是两个医学体系在疾病分类上的重大差异。中医是通过望、闻、问、切等直观方法搜集资料，在中医理论指导下并结合实践经验加以条理化、系统化，说明病位、病性、病因、病机以及正邪交争情况，反映出中医对各种疾病的认识，并指导临床治疗。中医的证候与西医书上的症状不同，西医的症状主要描写病异常状态，与诊断治疗上没有多大关系，而中医的证候却是用药治疗的标准。陆先生在《伤寒论今释》中曾用仲景辩证体系来阐明中医的证候与西医的症状之间的差异，陆先生说“《伤寒论》中有很多明显的状态，仲景偏偏不说，很细微的状态，仲景却不惮再三详说，诸君就可以明白。凡是仲景不说的，皆是不能作为用药标准的状态；凡是仲景所说的，皆是用药的标准。”陆先生指出：“学者须知病之与症，实不相蒙。研究病理当从病，或从病灶，或从其病菌，或从其所中之毒，西医所论详矣。商量治疗当从证，有自觉症，有他觉症，望闻问切，及按腹所得，仲景所论是矣。中医多以症候为病名，其病名既不当，故古医书之以病分类者，其说愈烦，则其失愈远，以其不知病灶、病菌而谈病理故也。西医近日之趋势，似欲每病得一特效药。然药之特效于病者，至今绝少，以其轻视审证，而必欲治疗原因故也。”《伤寒论今释·卷一》明确提出了中医辨证应与西医辨病有机结合。
五、反对运气和气化学说
陆先生认为：“中医治病有奇效，而说明多无稽，以无稽之说昭示于世，世且并疑其治效为幸中，此所以日受抨击，而无从自直也……将谓中医长于气化，西医长于解剖，气化精微而解剖泥滞？则解剖信而有征，气化向壁虚造。”因此，陆先生得出结论，中医如果想生存下去，就必须使中医科学化。除了主张以近代科学和医学知识充实中医学之外，陆先生主张摒弃五行、六气、十二经脉等学说。他重要的理论之一，就是认为中医主要在治疗上胜过西医，而中医治疗当首推仲景，但是仲景的《伤寒论》不以五行六气学说为主要依据，既然中医的治疗不是根据五行、六气、十二经脉等学说，那么我们就应该推翻它。陆先生的观点实际上是导源于章太炎先生。当然，他本人对于日本皇汉医学的研究，更使他坚信这种观点是正确的。他认为中医古书中凡是提到的五运、六气、干支、生克等论述，均由道家学者提出，虽然不能说他是迷信，但是想通过这种论述来研究医学，似乎是不可能的。
1934年，陆先生在他创办的《中医新生命》上发表了长篇学术思想撷萃《从根本上推翻气化》，彻底否定了气化学说。此文主要是说明“六气根本无理由”。曾觉叟撰文辩论，斥陆渊雷为“中医之叛徒”。但此后“中医精于气化”的论点渐不为人提及。
六、学习医学应该不拘于门户
陆先生倡导中西医结合的思想，认为我们从事中医的医生不仅要学习中医，更应该学习东洋知识。陆先生自己在其《伤寒论今释》《金匮要略今释》等著作中就大量引用了日本历代医家对张仲景学说研究的论述。据统计《伤寒论今释》中引用日本医家的论说达674处之多，而《金匮要略今释》中也引用了629处。而且引述的日本医书种类涉近40家。在历代的张仲景学说著述中，如陆先生这样广泛深入研究如此众多的国外医学资料的，在医学史上是前所未有的。
总之，陆渊雷主张中西医汇通，倡导中医科学化。在学术上主张将西方的理法和中土的方术糅合为一。对仲景学说能“用古人之法，释以今日之理”，对于仲景的方药有自己独到见解，不仅能随证加减，而且做到古方新用，推陈出新，疗效显著。时人有“北方萧龙友，南方陆渊雷”之美誉。
