祝万龄，湖广咸宁人。父亲祝世乔，远游不归。万龄十五岁单身去寻找，行程数千里，终于找到父亲。后由选贡授南康通判，为官清廉谨慎。

万龄拜同乡人冯从吾为师，万历四十四年(1616)中进士，授保定知府。天启六年(1626)，魏忠贤尽毁天下书院，万龄非常愤怒。魏忠贤党人李鲁生弹劾万龄，散布讹言，说天变、地震、物怪、人妖等，都是由于书院所造成的。万龄因而被撤职。

崇祯初年，起任万龄为黄州知府，他在黄州把本府生员召集于定惠书院，以儒家正学来开导他们。在黄州任职三年后，调为河南副使，监军磁州。辉县之北与山西陵川之南，有个水峪村，是农民起义军老回回部的根据地，在此已数十年。万龄与山西监司王肇生合兵进剿，大战六次，焚烧三百余里，攻克此村。万龄因功加右参政之职。

义军由山西入河北，进攻新乡。万龄截击，义军转战陵川，其后又攻新乡。万龄战败，削职归家。汤开远为他伸冤，无效。许久以后，廷臣交相举荐，正准备任用，西安为义军所陷。万龄赴关中书院，哭拜先圣，上吊自尽。泾阳人佥事王征、太常寺卿耀州宋师襄、咸宁人怀庆通判窦光仪、长安人仪封知县徐方敬、咸宁人芮城知县徐芳声、明王朝宗族举人米谊及举人席增光都在西安，城破被杀。