杜佑字君卿，京兆万年县人。
父亲杜希望，讲信用，一诺千金，他交往的人都是当世英才豪杰。任安陵县令，都督宋庆礼上表章向皇帝报告他的优异政绩。犯了小错丢了官。开元年间，交河公主嫁给突骑施，朝廷任命希望为和亲使者。信安郡王漪上表章向朝廷举荐，安排他任灵州别驾、关内道支度判官。从代州都督任上召回京都，应答皇帝对边防事务的咨询，玄宗皇帝认为他有才能。与吐蕃一道进攻勃律，勃律乞求归降。李林甫右丞相刚兼陇西节度使，所以任命希望为鄯州都督，执掌留后。驿使传令，希望越过陇州，打败了乌莽的军队，斩了一千多颗首级，进兵攻占新城，整顿军队班师回来。提拔为鸿胪卿。这时设置镇西军，希望带领军队部署在边塞下，吐蕃害怕，送来求和书信。
希望答复说“：接受求和不是我当臣子能专断的。”吐蕃全军争夺檀泉，希望军打了大小几十仗，俘虏了他们的大首领，进军至莫门，烧毁敌军屯积的粮草，摧毁城堡后回军。朝廷给他的两儿子封了官。
当时战争经常发生，府库钱粮空虚，希望在那里经营几年，钱粮草料细丝织布富足有余。宦官牛仙童巡视边塞，有人劝希望巴结他，讨他欢心。希望回答说：“用行贿保官位，我不忍做。”仙童回朝报告皇帝说希望不称职，降职为恒州刺史，调到西河郡。后来仙童收诸将领金银贿赂事泄露，判了死罪，给仙童金银行贿的人都判了罪。希望爱好重视文学，如崔颢等在当时很著名的一些诗人文学家都汇集在他的门下。
杜佑因是功臣之子任命为济南参军事、剡县县丞。曾经拜访润州刺史韦元甫，元甫把他看作是老朋友的儿子来接待他，没有用常礼厚待他。有一天，元甫有一疑难案件不能决断，就考一考杜佑，杜佑替他辨别真伪抓住关键，判断得没有不全面的。元甫认为他是奇才，安排他任司法参军。元甫后调任浙西、淮南节度使，都上表章举荐杜佑，安排在他的幕府任职。杜佑入朝任工部郎中，充任江淮青苗使，两次升为容管经略使。杨炎任宰相时，先后任金部郎中、水陆转运使，改任度支兼和籴使。当时军队的粮饷靠漕运，杜佑能全权决断。以户部侍郎的官衔兼度支。建中初年，河朔的军队长期作战，百姓穷困，赋税无法征收。
杜佑认为挽救疲敝穷困的方法没有比得上节约财政支出的，节约财政支出就要裁减官员。于是上奏章给皇帝说：“汉光武帝建武年间，撤除了四百个县，官吏一概十人中选一人；三国时魏国太和年间分别派出使者减少官员，正始年间合并郡县；东晋孝武帝太元年间裁减了七百名官员；隋朝文帝开皇年间废除了五百个郡；本朝贞观初年裁减宫女、妃嫔、太监六百人。设立官员的根本目的，是治理百姓，所以古代都按人口设置官吏，不肯虚设。自汉朝到唐朝，因为战争国家财政困难原因而裁减官员，的确是挽救疲敝穷困的最合适的办法。古代帝舜时，只有皋陶一人做狱官，现在刑部尚书、大理寺卿是两个皋陶；只有垂一人做工官，现在工部尚书、将作监相当于两个垂；只有契一人任司徒，现在有司徒、户部尚书相当于两个契；只有伯夷一人任礼官，现在礼部尚书、礼仪使相当于两个伯夷；只有伯益一人任治理山川河流的官，现在虞部郎中、都水使者，相当于两个伯益。周穆王时只伯礒一人任太仆，现在太仆卿、驾部郎中、尚辇奉御、闲厩使，相当于四个伯礒。古代天子有六军，汉朝设置前后左右四员将军，现在十二卫、神策八军、共设置了六十员将军，原有的官职没有废除，新的官职一天天增多，况且汉朝设置别驾的官职，是跟随刺史巡察的，像现在观察使有副职一样。
参军是在府衙参谋军事的，像今天节度使府的判官一样。官名职务只是名称变化而不同罢了，哪是实际有那么多官职呢？的确应当斟酌繁省。想达到天下太平者必须首先正名。神龙年间，设置官职的法规被败坏了，有关衙门大规模召集人才做候补官，既没有缺员，又设置一千名员外官，从这以后成为常例。在开元、天宝年间，天下没有祸乱，在编户口九百多万，国家贮藏钱财的仓库都装满了，即使有浪费，也不会出大毛病。现在百姓穷困贫弱，天下户口只一百三十万，陛下命令使者复查，只得三百万户，只天宝年间的三分之一，其中还有五分之二是浮寄户。出赋税的户数减少了，但领取俸禄的官员人数仍旧那么多，怎么能不改革呢？
“议事官员认为天下还有跋扈不服从朝廷的，一裁撤官吏，被罢免的官吏都去投靠他。这是按常情说的，像不是最高明的建议。况且有才艺的人荐用，没有才德的人哪担心他逃离呢？更何况顾及亲戚家产！建武年间公孙述、隗嚣没有消灭，太和、正始、太元时期吴国、蜀国鼎立，开皇年间陈国还割据江南，都招揽有才智的人才，还担心人才流失去资助了敌方。现在田悦一类人刑罚繁多、横征暴敛，只抚恤军人，待读书人像奴隶，本来没有像范睢帮助秦国建立功业、贾季帮助狄国强盛之类的忧虑。如果因为陋习沿袭已久不能立即改革，但应该暂且减裁别驾、参军、司马等官职，州县编制定额内的官吏，粗略计户设置尉。应当在裁减之列的，如果有才德，由当地长官报告朝廷，如果所报不实，推荐的人应当惩罚裁撤。不被人推荐的，随便安置，也有什么害处呢？像魏设置柱国的勋官，当时封给老年德高望重有大功的人，显贵宠爱第一，周、隋时期已给封了很多，国家作为功勋的等级，只封给三十顷田地。又开府仪同三司、光禄大夫，也是官名，因为它太多，转作阶官等级，随时势订立条规，遇有毛病就改变，为什么要因循守旧怕改革呢？”
奏章送入，没有察看。
卢杞执掌国政，讨厌他，调出京都到苏州任刺史。前一任的刺史因母亲死了服丧离任，杜佑的母亲健在，辞官不赴任，改任饶州刺史。不久升任岭南节度使。杜佑为他们修四通八达的大路，疏散街市住宅区的房屋，用来平息火灾。
朱涯、黎州的百姓三个朝代守住险要不归附朝廷，杜佑征讨平定了这两个地方。
召回朝封为尚书右丞。不久，出京任淮南节度使，因为母亲死服丧要求离任，皇帝下诏书不批准。
徐州节度使张建封病故，军队发生骚乱，要立他的儿子张忄音做节度使，向朝廷请示，皇帝没有批准，因此命令杜佑任检校尚书左仆射、同中书门下平章事、徐泗节度使征讨平定骚乱。杜佑准备战船，派部下将领孟准渡过淮河攻击徐州，没有打胜，领兵退回。杜佑对于领兵打仗应付战场的变化没有长处，因此固守边界不敢进攻。因此朝廷任命张忄音为徐州节度使，分濠、泗两州隶属于淮南节度使。当初，杜佑开挖雷陂用来扩大灌溉面积，开垦海边荒弃的土地为良田，积藏的米达到五十万斛，排列三十座兵营，兵马整齐，四邻都怕他。但姑息放纵部下官吏，所以南宫亻尊、李亚、郑元均到了争夺权力扰乱政局的地步，皇帝替杜佑罢免了他们的官职。
贞元十九年(803)，杜佑被任为检校司空同中书门下平章事。德宗皇帝病故，朝廷命令他代理冢宰。升任检校司徒，兼度支盐铁使。当时王叔文任副度支盐铁使，杜佑又因为王叔文是宰相，自己就不亲自处理本职事务，王叔文就专擅了度支盐铁使的权力。后来王叔文因母亲病亡守丧回家，杜佑才有所察觉，郎中陈谏说须请示王叔文，杜佑说：“正使不能决断处理吗？”于是把陈谏调出任河中郡少尹。王叔文想废除太子，希望杜佑帮忙，杜佑没有答应，因此阴谋赶走他，还没有决定王叔文就失败了。杜佑又荐李巽作为自己的副职。宪宗守丧，杜佑又代理冢宰，把度支盐铁使全部让给李巽。当初，度支府节约费用，安排许多官吏临时代替各衙门的工作，繁杂没有条理，杜佑把营造修缮的事务交还匠作监，木炭事务归还司农卿，煮丝染色归还少府，职务简明。第二年，任为司徒、封为岐国公。
党项暗中联络吐蕃发动战乱，诸将领求取战功，请求征讨他们，杜佑认为没有优秀的守边防的臣子，他们有借口叛乱，就上奏疏说：古代周宣王中兴，猃狁发动战争，周宣王追击到太原，到边境就停止了，不想因为战争使国家疲敝，触怒疏远夷族。
秦朝仗恃兵力强大，向北抗击匈奴，向西赶走羌族各部落，结下仇怨的根本原因，实在是用流放的罪人守边。圣王治理天下，只想安定百姓，西部到沙漠，东部近大海，在北方与南方，只存声威和教化，哪能使国内疲弱和屈服外族呢？古代冯奉世假传皇帝命令杀了莎车王，把首级送到京城，宣帝讨论，准备给他赐爵位，封土地，只有肖望之一人说假传皇帝命令违犯法规，虽然有功不能效法，怕后来出使的人替国家在夷族狄族挑起事端。
等突厥默啜侵犯内地，开元初年，郝灵亻全捉住他杀了，自认为功劳第一，宋瞡担心守边塞的臣子因此求取功劳，只封给郝灵亻全郎将罢了，由于这时到开元盛世，不再讨论边境事务，大唐就安宁了。
这成功和失败的鉴戒离现在并不远。
党项是小藩国，与大唐的居民混杂居住，有时边塞的将领以掠夺他们的良马妻子儿女为利，征收苛捐杂税，强征徭役，就导致他们叛逃，与北方的狄族和西部的吐蕃相互勾结侵犯边塞。传说“：远方的人不服，就推广文德让他来归附。”
管仲说“：国家不要派勇猛的人守边境。”
这的确是圣哲见到细微的事物而知道事物的实质和发展趋势的谋略呀。现在戎族正强大，边防不充实，的确应该谨慎地选择优秀将领，使边塞坚固安定。禁绝诛杀求功，向对方显示诚心和信用，来侵犯就惩罚，离去就谨慎地防卫。对他们应当用友好的态度笼络，去掉他们的奸谋。何必屡次发动军队作战，坐取劳累和浪费钱粮呢？
皇帝赞赏并采纳了他的意见。
过了一年多，请求退休，皇帝不批准，命令他只需三五天到中书省去一次，主持平章政事。杜佑每次进见皇帝，皇帝都很尊敬他，以礼相待，称他的官职而不叫他的名字。后来几年，坚决请求退休回乡，皇帝不得已，同意了，仍封为光禄大夫，在太子太保的官职上退休。让他在每月十五日、三十日会朝，派宦官赐给厚礼。元和七年(812)，病故，享年七十八岁，赠册追封为太傅，谥号“安简”。
杜佑天性酷爱读书，即使显贵了也读书到深夜。这以前，刘秩摘取百家，求取周朝六官法，写《政典》五十三篇，房..称赞他才学超过了刘向。杜佑认为他不全面，因而补充他的缺漏，增加新的礼制，写了二百篇，自己给这著作命名为《通典》，上奏皇帝，皇帝下诏书大加赞美，儒家学者佩服这书语言简洁，内容丰富。
杜佑为人平易近人谦逊和顺，与事物不相违背，人们都尊敬爱戴他，比汉朝的胡广，但精练通畅文采比不上。在朱坡樊川，修治了很多亭台楼阁和草木，凿山引了一股泉水，与宾客在此饮酒奏乐。
后辈都每天早晨向他请安，显贵昌盛是当时第一。天性在吏职方面精通，治理政事不明察，多次主管赋税，视对百姓有利还是有害增加或减少赋税数目。议事官员称赞杜佑治理政务的成绩无缺陷。
只是晚年用妾做夫人，对他的名望有所影响。
他的儿子叫杜式方。
