柏耆有纵横家的本领，他的父亲柏良器，是当时有声威的将领。柏耆有志向抱负，急着想建立功名。当时，王承宗占据常山郡反叛，朝中大臣不想动武，柏耆骑着马到淮西军营中去拜访裴度，并说希望得到皇上一个任命赶赴镇州，可以凭口才招降他。裴度为他转达后，皇帝就任命他以左拾遗身份出使。他去后，用仁义打动了王承宗，以至于流下了眼泪。王承宗于是请求献出两个州，派两个儿子到京城做抵押。皇帝正式任命柏耆为左拾遗，他因为这一时很有名气。

后升任起居舍人。

王承元调任义成军统领，朝廷派谏议大夫郑覃去慰问成德军，并赏赐一百万贯钱。赏钱没送去，全军都议论纷纷，唐穆宗派柏耆去宣布皇帝的旨意，大家才信服高兴了。他后来调任兵部郎中、谏议大夫。

大和初年，李同捷反叛了，皇帝下诏命河北、河南各镇派兵征讨，长期没能平定。于是任命柏耆为德州大营诸军计会使，和判官沈亚之同去宣布皇帝旨意。

遇上横海节度使李佑攻占了德州，李同捷兵败，请求投降。李佑派大将万洪代替他驻守沧州，李同捷没有出城，柏耆率三百名骑兵进入沧州，找借口杀死了万洪，和李同捷一起去京城朝拜。上路后，有探子报告说王廷凑想出其不意派兵劫持李同捷，柏耆就杀死李同捷献上他的头。众将妒忌柏耆的功劳，都上奏章攻击他，唐文宗不得已，贬柏耆为循州司户参军、沈亚之为南康县县尉。宦官马国亮诬蔑柏耆接受了李同捷以前得到的王稷的女儿和奴仆婢女、珍宝。当初，李佑听说柏耆杀死了万洪，很吃惊，病就加重了。皇帝说：“李佑如果去世，就等于是柏耆杀死了他。”到这时，加上先前的怒气，下诏又贬为爱州长流参军，后杀死了他。