顾允成，字季时，宪成的弟弟。性情耿直，注重名节。参加万历十一年(1583)会试，十四年才赴殿试。对策中有这样的话：“陛下因为郑妃勤于奉侍，册封为皇贵妃，朝廷大臣私下担心不已。请求册立太子，晋封王恭妃，不是得不到皇上答复就是立刻被斥退。不幸郑贵妃擅威弄权，她的亲戚左右大张其势，内廷、外廷之害多得不得了。不久张居正欺上专权，陛下认为他不可信，把朝政托付给二三个小人。恐怕张居正的专权，还与陛下不一致。而这些人专权，只给了陛下一致。不一致则容易抓空隙，予以调整，一致则难于插手挽救。”执掌朝政的大惊而且愤恨，把他排在末名。

正好南畿督学御史德清人房寰，连连上疏诋毁都御史海瑞，顾允成气愤异常。与同年生彭遵古、诸寿贤上疏弹劾他，大意说：“房寰嫉妒贤明、丑化正直的人，不知道人间的廉耻。我等自幼读书，就知道仰慕海瑞，认为他是当代伟人。房寰大肆贪污，听说海瑞的风范，应当羞愧而死，反而敢制造谣言诬陷，我等深表痛心。因而弹劾他欺君罔上的七大罪状。”房寰奏疏刚上时，朝野之士恨得咬牙切齿。而政府庇护他，仅仅拟定圣旨责怪了他。等到得到顾允成等的奏疏，说房寰已遭到严厉的责备，不应当出格妄自上奏，夺去三人的官服，回家自省，而且命令九卿约束办事进士，不要擅自议论朝政。南京太仆卿沈思孝上疏说：“二三年来，今天以建议防人，明天以越职加人罪，而且告诫诸部门加以约束，进士议论时政的，命令堂官管制。禁止大臣作奸犯法是可以的，反过来却禁止大臣直言劝谏；教他们磨砺德行、树立名节是可以的，想不到反过来教大臣保持沉默以取得宠幸。这个风气一开，弊端的尽头是哪儿呢？御史为避开祸害希望得到宠爱不再说什么，一般官吏又不应该说；大臣持有俸禄不说，小臣又不许说。万一奸臣擅权，危及宗庙、社稷，陛下怎么能听到呢？我遍考前朝的旧事，练纲、邹智、孙磐、张璁都是以书生向朝廷建议，没有听说有罪，为什么独独禁锢顾允成呢？”奏疏进入内宫，因违背圣旨被责备，三个人遂被除去官籍。房寰又诋毁海瑞和沈思孝，其言狂妄到了极点。从而得罪了清议，贬为江西副使。给事中张鼎思弹劾他的奸诈与贪污，房寰也攻击张鼎思私人请托一事。各位给事中纷纷不平，连上奏章攻击房寰，房寰与张鼎思同时被贬，再也没有振作起来。

很久以后，南京御史陈邦科请求录用顾允成等，皇上不答应。巡按御史又说到此事，皇上下诏许他作为教授使用。顾允成在南康、保定任教授。后为国子监博士，升为礼部主事。三位皇子一同封王的命令下达，顾允成与同官张纳陛、工部主事岳元声合作上疏劝谏说：“册立大典，近年来没有再敢亵渎的，因为已奉有二十一年颁行的明令诏书。今天已到期，群臣没有不殷切盼望的。而首席辅臣王锡爵星夜赶到朝廷，见到礼部尚书罗万化、仪制郎于孔兼，就告诫他们不要说，慷慨独自担当。我等实在感到欣慰。不想陛下拿出禁中密札，竟然给了王锡爵私人，三王同时分封的朝议于是达成。即使次辅臣赵志皋、张位也没有预先听说，天下的事并不是一家的私事，长子封为王，祖宗以来没有这样的规矩，王锡爵怎么能独自专断，陛下怎能开创这一先例呢？”当时，光禄丞朱维京、给事中王如坚的奏疏先呈上，皇上震怒，让他们到边境去戍守。朱维京的同官涂杰、王学曾接着上疏，被斥退为百姓。到这时，劝谏者更加多，皇上知道不可以全部斥退，只是回答“按照圣旨行事”。不久竟然停止。

没有多久，吏部尚书孙钅龙等因为过失被责怪。顾允成认为张位实主使其事，上疏极力攻击张位，牵涉到王锡爵。纳陛也上疏极力辩论，并涉及到执掌朝政的人。皇上发了脾气，将顾允成贬为光州判官，纳陛贬为邓州判官。他们俩都乞求告假回乡，不再出来做官。