方腊起义是北宋末年东南地区一次颇有规模的农民起义，数十万之众，坚持了半年多时间，然而它的余波一直延续了二十余年。由于史籍记载的歧义，有关起义首领方腊的一些事迹，至今没有完全搞清。
北宋徽宗时期，蔡京、童贯等“六贼”把持朝政，穷奢极欲，赋役沉重。徽宗在六贼的怂恿下，更竭天下以自奉，大肆搜括民间奇花异石，以纲船运入都城开封，建筑宫殿苑圃，时称“花石纲”。睦州青溪（今浙江淳安）一带出产各种花石竹木，民众受害尤深，百姓忍无可忍，终于在宣和二年（1120）十月，爆发了方腊领导的农民起义。两浙苦花石纲已久，人民争起响应，聚众至数十万，攻破睦、歙、杭、处、衢、婺等州，声震东南。方腊自称“圣公”，建元“永乐”，设官分职。第二年，朝廷发兵十五万南下镇压。四月，方腊退守青溪帮源洞，因腹背受敌，战败被俘。八月，在京城被杀。这次起义，有一些细节问题，由于载籍歧异，存在不少疑点，这些疑点实为方腊起义中的关键问题。
一是方腊的出身与籍贯。南宋陈均的《皇朝编年纲目备要》、刘时举的《续宋编年资治通鉴》，还有方勺的《青溪寇轨》及所附洪迈《容斋逸史》等史籍，都记载“方腊家有漆园”。曾敏行《独醒杂志》说得最为详细：“方腊家有漆林之饶……腊又为里胥，县令不许其雇募。腊数被困辱，因不胜其愤，聚众作乱。”其中方腊还自言：“吾家本中产”。如此看来，方腊至少属中小地主阶层。方勺《青溪寇轨》还明确说方腊是“睦州青溪县堨村居人”。《宋史·方腊传》也清楚载：“方腊者，睦州青溪人也，世居县竭村”。
保存在《桂林方氏宗谱》中的元人徐直之、刘彭寿的两篇传记，即徐直之的《忠义彦通方公传》（即《方庚传》）和刘彭寿的《宋故承信郎彦通公墓亭记》，载方腊为睦州青溪县万年乡地主方庚的“佣人”。还有，清人方象璜《重修桂林方氏宗谱序》中称，方腊为方世熊家佣，方世熊为方庚的兄长。此外，歙县、淳安的方氏谱牒，也一般称方腊是“佣工”，是“桶匠”，如南宋的《甲戌谱》到近代的《歙淳方氏会宗统谱》等。诸谱都载方腊为“歙人”，《山郭方氏宗谱》详细考察了方氏宗族的源流，认为方腊出于歙县拓源方氏，也就是说，方腊是徽州歙县人，而来睦州青溪县佣工。
有学者指出，家谱的记载一般是不太可信的，如上述《桂林方氏宗谱》中关于宋代事迹的记载矛盾百出，是不能作基本史料来用的。尤其是写《方庚传》的徐直之，他是方庚一个五世孙女的孙子，他记述方腊为方庚家的“佣人”，只是来源于他祖母在他幼年时的口述，并没有任何宋代的文献史料作依据。元人刘彭寿是当时的淳安县令，他是应方庚的六世孙、七世孙的要求而写《墓亭记》，既然要称道方庚之“忠烈”，自然主要根据家谱中原有的材料略加拔高而已，所述方腊事迹无非抄之家谱。
也有学者指出，方腊家有漆园的说法，以《独醒杂志》记载最为详尽，而此书“下至谑浪之语，细琐之汇……是皆近世贤士大夫之言或州里故老之所传”。《四库全书总目》评论该书：“盖以记录为主，不以考证为主。”所以对旧说错误之处“皆不辨而述之”。所以其有关方腊成分的记载，也是难以深信的。《宋史》方腊“世居县碣村”之言来自《青溪寇轨》，而后者说方腊是“睦州青溪县碣村居人”，其“居人”顾名思义并非指其籍贯。
两说势均力敌，谁也说服不了谁。不过从史籍的作者方面来看，北宋末至南宋初的方勺、洪迈、陈均都异口同声地肯定方腊“家有漆园”，绝不是偶然的巧合。而对方徐直之、刘彭寿诸人都在离方腊起义已有二百余年之后的元代，虽然也有学者认为，徐直之是以一些与方庚生前活动直接相关的原始材料作依据的，但我们毕尽没有看到这些原始材料。由此是否可以说，方腊为中产阶层的说法要略占上风呢？
二是方腊是否为摩尼教的首领。众多史籍都把方腊起义与妖魔鬼怪，旁门左道牵扯在一起，如《皇朝编年纲目备要》诸史籍说；“腊以妖术诱之，数日之间，哨聚响应者至数万人。”《宋史·方腊传》其言“托左道以惑众”，“无弓矢介胄，唯以鬼神诡秘事相扇訹”。《宋会要辑稿》也说：“方寇者，本狂愚无知之民，传习妖教，假神奇以惑众，遂谋僭道。”所载江东转运副使奏曰：“访闻贼徒虽多，全少器械，惟以人众为援……童子妇人在前，饰以丹黛，假为妖怪，以惊我师……又为长人服大衣，作机关以动，上执矛戟，旗帜饰以丹黛，为鬼神之貌，以惑官兵，皆不足畏。”此类记载，不一而足。
那么，方腊起义军的上述情况，到底是一般的鬼神迷信活动，还是用当时流行的摩尼教在组织起义呢？《宋会要辑稿·禁约》载，宣和年间，江浙一带诸州村民多学妖法，自称明教，又号吃菜事魔，各村建有斋堂或道场，其经文与道、佛诸教不同，人们夜聚晓散，时而结集社会，习以成风。这就是摩尼教，其敬摩尼为光明之神，或尊张角为教祖，提倡素食、戒酒、禁欲、裸葬等教规。如起义与此教有关，方腊就应该是摩尼教的首领。然而此点。宋代史籍记载相当含混，致使近代学者的看法也完全不同。
不少史学著作认为，方腊起义时盛传的“妖术”、“左道”应与当时的摩尼教有关。首先，起义队伍中不少将领都是摩尼教徒或首领，如教徒兰溪朱言、剡县仇道人裘日新、仙居吕师囊，还有郑魔王、方七佛、八大王、俞道安等人。其次，史籍中关于摩尼教的“妖法”记载，常与方腊起义有关。《建炎以来系年要录》载绍兴四年五月，起居舍人王居正说：“伏见两浙州县有吃菜事魔之俗。方腊以前，法禁尚宽，而事魔之俗犹未至于甚炽。方腊之后，法禁愈严，而事魔之俗愈不可胜禁。”陆游在《条对状》中这样说：“淮南谓之二襘之，两浙谓之牟尼教，江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类，名号不一，明教尤甚……汉之张角、晋之孙恩、近岁之方腊，皆是类也。”《容斋逸史》说得最清楚：睦州方腊之乱，其徒处处相煸而起。闻其法断荤酒，不事神佛、祖先，不会宾客，死则袒葬。”庄绰《鸡肋篇》中也有完全相同的记载。当时，睦州一带确是吃菜事魔教秘密活动的重要地区，信教的人很多，所以方腊以宗教为掩护，组织起义队伍，是完全可能的。因此有人认为方腊是青溪摩尼教首领，或称其为睦州一带的魔头，或称其是食菜事魔教的首领。
宋史专家朱瑞熙《论方腊起义与摩尼教的关系》一文提出异议，认为方腊不可能是摩尼教的首领，甚至不可能是教徒。首先，许多史籍只是含糊其辞地说方腊“托左道以惑众”，李焘的《续资治通鉴长编》素以治学严谨出名，也只说方腊“善妖术”。如果方腊果真是摩尼教首领，史籍不载简直是不可思议的。其次，方腊的身份职业也不允许他当摩尼教首领。按照教义，摩尼教徒不能积聚财产，且禁止结婚。如方腊为中产之家的漆园主，就不能为摩尼教首领。如方腊为一贫如洗的佣工，为了维持生活，须终岁勤劳，他也不可能有什么闲暇时间去进行传教活动。方腊有妻室、儿子，起义失败时一同为宋军俘获。再次，摩尼教主张断荤戒酒，而方腊起义伊始，就召集百余名骨干“椎牛酾酒”、“饮酒数行”，以发表著名的誓师演说，这些做法显然与摩尼教教规格格不入。由此，方腊起义所采用的“妖术”、“左道”之类，应是当时农村中流行的一些“星云神怪”、“役使鬼神”、“指挥一陰一兵”等迷信活动，或也利用了有关道教、佛教的一些活动。
当然如吕师囊、裘日新、郑魔王、俞道安等人，根据史料分析应是摩尼教的僧侣或首领，他们率领部分摩尼教徒参加了方腊起义，接受方腊的领导，作为起义军的几个方面军与官军进行着殊死的战斗。但他们不是方腊起义军的主力，因此在整个战场上不起决定性作用。而且这几支队伍参加起义军都较晚而先后不一，也使他们没能在对付官军的镇压方面，发挥出更大的威力。
所以，方腊起义只存在部分摩尼教徒参加的情况。
三是有无政治纲领及其口号的读法。有学者认为，方腊起义没有政治纲领，理由是在史料上没有发现其起义过程中提出过什么简明口号类的纲领。而史学界一般认为，方腊起义是利用了佛教《金刚经》的经文“是法平等，无有高下”作为口号，表达了农民要求平等的愿望，所以其政治纲领是“法平等”。
然而，史籍却如此记载起义者对这句口号的读法：《鸡肋篇》载，食菜事魔教“亦诵《金刚经》，取‘以色见我’为‘邪道’，故不事神佛。但拜日月，以为真佛，其说经如：‘是法平等，无有高下’，则以‘无’字连上句，大抵多如此解释。”就是说《金刚经》中的经文，教徒们读作“是法平等无，有高下”，读法一改，意思就相反了，即认为佛法所谓的“平等”是不存在的。《容斋逸史》中也有同样的记载，只是“其说经”，改为“其说不经”。而叶梦得《避暑录话》还谈到了如此读经的原因：“近世江浙有事魔吃菜者，云其原出于五斗米，而诵《金刚经》，其说皆与今佛者之言异，故或谓之《金刚禅》。”就是说，吃菜事魔教徒不是照本诵读佛经，而是往往按照自己的理解，去变动原意地诵读。所以，这只能说起义者在用佛经解释现实世界，而谈不上是什么政治口号。
有学者如此进行辩解：教徒们这样解释佛经，正是因为他们认识到佛经上所谓的“平等”，不过是欺骗，从现实社会中他们深深感受到等级的森严，人世的极不平等。所以将《金刚经》的改读，是对当时社会本质的揭露，也是对佛经的一种批判。起义农民在批判佛经的过程中，反映出他们向往一个真正“法平等”的社会，而这个社会正是他们奋斗的目标。所以，尽管起义首领方腊没有直接宣布“法平等”主张，但这一主张就从批判佛经的经文中折射出来，并指导着这次农民起义的实践。
也有学者提出，食菜事魔教的信仰者并不会误读佛经，《鸡肋篇》等史籍这样描述起义农民对佛经的错读，实是对方腊起义的诬蔑。
四是方腊起义失败被谁擒获。许多学者根据苏州灵岩山《韩忠武王世忠中兴佐命定国元勋之碑》，认为方腊就擒于韩世忠。碑文详细记载了方腊在青溪帮源洞被俘的经过：韩世忠时为王渊裨将，率军潜行溪谷间，询问村妇路径，终于到达洞口。即挺身仗戈而前，越险数里，直捣巢穴，先抓缚八大王，格杀数人后，遂擒获方腊，并缚俘以出。这段碑文收入《名臣碑传琬谈集》，与《容斋逸史》的记载也可相印证。后来，《宋史·韩世忠传》、《宋史纪事本末·方腊之乱》以及《续资治通鉴》诸书都采用这一说法。
然而许多史籍却说方腊为陕西名将辛兴宗等捕获。《东都事略·徽宗纪》载，宣和“三年……夏四月，庚寅，童贯以其将辛兴宗与方腊战于青溪，擒之”。《宋史·徽宗纪》亦载：“忠州防御史辛兴宗擒方腊于青溪。”《续通鉴长编纪事本末》卷一百四十一载，官军合围击败方腊起义军，在“翌日搜山”中，“王察、辛兴宗、杨惟忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中”。《皇朝编年纲目备要·徽宗皇帝》也说：王“禀寻及辛嗣宗、杨惟忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中”。此“辛嗣宗”应是“辛兴宗”之误。应该说，载“辛兴宗擒方腊”的史籍并不少于载“韩世忠擒方腊”者，是否因为韩世忠以后成为中兴名将，后人便将此功往名将身上揽呢？然而《宋史纪事本末·方腊之乱》又这样讲述：韩世忠率兵入洞“擒腊以出，辛兴宗领兵截桐口，掠为己功”，《续资治通鉴》也采此说法。当时辛兴宗为剿方腊官军的主将之一，而韩世忠只是裨将，那么是否主将在掠取裨将之功呢？
有学者根据《桂林方氏宗谱》所载徐直之的《方庚传》，认为方腊是为方庚所诱捕。其如是说：宣和三年四月，起义已大部被官军镇压，就是没有捕得方腊。不离方腊左右的方京，一次出洞寻食品，被方庚抓住，方庚以利诱之，使方京回去骗方腊，说：“刚出洞，，就看到两个太一陽一在相斗，天象如此，不是在说圣公要东山再起嘛！”并请方腊出洞观看，方腊以为是真的，便走出帮源洞以观日影，方庚正埋伏了打手，将方腊生擒，献给官军。这简直就是一篇传奇小说的片断，你觉得可信吗？而清人方象磺的《重修桂林方氏宗谱叙》是说，方庚奔命江淮，迎领官军，为韩世忠军向导，乃诱擒方腊，并其党羽。方庚本人在《上郑寺丞札子》中也说：“投身军前，为之乡导，大破贼徒，安复州县，立功非一。”这好像有一些可能，然也只是韩世忠军的向导，其作用有多大呢？
有学者根据范圭《宋故武功大夫河东第二将折公（可存）墓志铭》，认为也可能是折可存捕获了方腊。铭文说：折可存率三将兵，奋然先登，将士用命，方腊被擒，迁官武节大夫。有学者指出，据《宋史·杨震传》，杨震虽“从折可存讨方腊”，但折可存当时率军是在浙东一带镇压吕师囊等部，没有参加围剿帮源洞的战斗，所以铭文不可信，不如理解为：方腊起义被镇压后，折可存官升武节大夫。另外，《舆地纪胜》卷八说：“宣和初，腊陷睦州，命刘光世、姚平仲擒之，斩于都下。”似乎方腊是被刘光世、姚平仲二将擒获的。其实，查有关史籍可知，刘光世当时正率部攻打衢、信等州，俘获郑魔王，后又攻下龙游、兰溪、婺州等地，姚平仲也正率部征讨浙东一带，四月下旬才攻下浦江县。两将都不可能参加四月下旬围剿帮源洞的战斗。
此外，据《严州府志》等书记载，擒获方腊者，还有王马、余木杓、余宗德诸将，但也均没有多少确凿的证据。另有方腊就擒于宋江说，由于宋江是否投降官军都还存在疑问，所以此说更悬，且看另一专节的分析。
