万历六年（1578年），明神宗举行大婚典礼，然而婚后皇后迟迟未有生育，直到万历九年（1581年）才产下一女。皇帝没有儿子，皇位继承便出现问题，这是事关国本的大事，一时间，皇帝什么时候能生皇子便成为朝野关注的热点。万历十年（1582年）八月，王恭妃生下神宗的皇长子朱常洛，这本是大喜之事，然而明神宗却反应冷淡。为什么会这样呢？

事情还要从皇长子朱常洛的生母王恭妃说起。原来王恭妃本是慈宁宫的宫女，一次，明神宗来到慈宁宫索水洗手，王氏捧了水盆侍候神宗洗手，不想神宗一时兴起，便“私幸之”。不料“有心栽花花不开，无心插柳柳成荫”，明神宗的这次意外风流却使王恭妃怀上了身孕。慈圣李太后看到王氏体形出现变化，追问之下得知此事。一日，神宗陪李太后用膳，李太后便向神宗问起他私幸王氏之事。神宗因为王氏出身卑微，加上自己也并不是真的喜欢王氏，便矢口否认。不料纸包不住火，原来明朝制度，皇帝对宫女“有私幸，必有赐赍”，随侍的文书宦官即在内起居注上记录下来，以备需要时查核。李太后早已查过内起居注，掌握事情真相，见皇帝否认，便命人取来内起居注。面对白纸黑字的证据，神宗只得低头承认。李太后见神宗对此事有意隐瞒，便开导神宗说：“我年纪已经老了，还没有孙子，如果王氏能生个儿子，也是宗社的福分，何必要隐瞒呢？”母命难违，神宗不得已在万历十年（1582年）四月，将身怀六甲的王氏册封为恭妃。同年八月，王恭妃生下皇长子朱常洛。然而，神宗毕竟对王恭妃缺乏感情基础，册立其为恭妃也是在母亲压力下的违心之举，因此尽管王恭妃生下皇长子朱常洛，神宗却长期不给其加封位号，甚至还将她打入冷宫，根本不见她一面。朱常洛也因为母亲不受宠，，惨遭池鱼之殃，史载自朱常洛诞生始，“一应恩礼俱从薄”。有人认为，神宗冷淡王恭妃母子的最重要原因，便是早在万历十年（1582年）三月，也就是在李太后压力下册封王氏为恭妃之前，神宗就已经爱上另一个女子郑氏。郑氏是大兴人，万历初年进宫，有闭月羞花之貌，沉鱼落雁之容，更兼聪明伶俐，善解人意，深得明神宗的喜爱，可谓是三千宠爱集一身。与王恭妃册封的艰难相比，郑氏的进封可以说是一帆风顺，万历十一年（1583年）册封为德妃，万历十二年（1584年）进封为贵妃。万历十四年（1586年）生子朱常洵后，神宗便以生子有功为名，将其位号进封为皇贵妃。而王恭妃虽然早早地生了皇长子，却连贵妃的位号也没有得到。神宗欲进封郑氏为皇贵妃时，曾遭到大臣的指责，户科给事中姜应麟在奏折中指出，封郑氏为皇贵妃而不进封王恭妃，于情于礼都不合适，因此要求神宗收回进封郑氏为皇贵妃的成命，如果一定要进封郑氏，也应该先进封王恭妃为皇贵妃。史载神宗看到奏折后大怒，用手连连拍着桌子大骂，结果姜应麟被降职到边远地区任杂职，郑氏被进封为皇贵妃，而王恭妃依然没有得到进封。

史载郑氏生了皇三子朱常洵后，便倚宠向神宗要求立朱常洵为太子，而神宗因为宠爱郑氏，爱屋及乌，对皇三子朱常洵也非常喜爱，有意立他为太子。《先拨志始》记载，北上西门（紫禁城西北门）之西，有大高元殿，供奉真武大帝，郑氏与明神宗曾特地到大高元殿行香，并在殿中设下将来立朱常洵为太子的“密誓”，并“御书一纸，封缄玉盒中”，由郑氏保存。正因为神宗一直有意立朱常洵为太子，因此对皇长子朱常洛便态度冷淡。按常规，皇子七八岁时便应出阁讲学，接受教育，但神宗直到朱常洛十三岁时才在群臣的力争下勉强同意让他出阁讲学。而朱常洛在举行冠礼、大婚甚至册立皇太子时，也没能得到正常的待遇，“一切典礼俱从减杀”。

朱常洵出生后，郑氏被进册皇贵妃，群臣意识到神宗有废长立幼之意，首辅申时行便上疏要求“册立东宫”，称“祖宗朝立皇太子，英宗以二岁，孝宗以六岁，武宗以一岁，成宪具在”。结果神宗仍以朱常洛年纪太小为由，称过两三年再举行册立。到了万历十八年（1590年），申时行再次提出册立东宫，神宗仍然借口“长子犹弱”加以拒绝。由于申时行等内阁大臣纷纷采取“杜门求去”的方法抗争，神宗无奈，便答应到万历二十年（1592年）春举行册立仪式。到了万历二十年（1592年），神宗再次反悔，以“小臣烦激，违旨侮君”为名，将要求册立东宫的大臣或夺俸或杖责或斥逐为民。万历二十一年（1593年），朱常洛12岁，神宗已经无法以皇长子年幼为借口，便找了个新借口，称皇后年尚少，也许还会生儿子，因此要再等两三年，如果皇后还没有生子再行册立。此论一出，举朝大哗。

正当朝中大臣对册立东宫一事争论得沸沸扬扬时，李太后感到不能不出来说话了。王恭妃原是她宫中的宫女，李太后是喜欢她的，也心疼长孙朱常洛，因此决定干预此事。有一天，神宗到慈宁宫向母亲请安，李太后借机问神宗：“外廷诸臣多说该早定长哥（明代宫中称太子为长哥），如何打发他？”神宗回答：“道他是都人（明代宫中称呼宫女为都人）的儿子。”李太后闻听此言不由大怒，正色训斥道：“母以子贵，宁分差等？你也是都人的儿子！”

神宗原本只是想为不立朱常洛为太子寻找个理由，却忘记了李太后也是宫女出身，早年以宫女身份为隆庆皇帝生下了朱翊钧（即明神宗）才进封为贵妃，换句话，自己也是都人的儿子，如果都人的儿子就不能立为太子，自己这个皇帝也当不成了。听到母亲训斥，神奈惶恐万状，急忙伏地请罪。经过这次事件，神宗自知理亏，不得不让步，同意册立朱常洛为太子。

然而，尽管朱常洛被册立为皇太子，地位却并不稳固，一方面神宗册立他为太子并非出自真心，另一方面郑贵妃时时想造成“易储”的局面。朱常洛的皇太子地位岌岌可危，使朝野上下那些维护祖宗法度、维护正统观念的人们忧心忡忡，民间也议论纷纷。神宗对太子的冷淡使得太子地位始终未能真正巩固，这导致了“妖书案”、“梃击案”等一系列疑案的出现，使当时的政坛因此动荡不定，为日后的党争之祸种下了祸根。