李自成率领的农民起义军攻占北京外城后，崇祯眼看无力回天，就下令后宫的嫔妃自尽，以免落到起义军手中，他亲手剑砍袁妃、长公主，并紧急召来太子。当时太子才十六岁，崇祯命他逃出北京，他自己则与宫内太监王承恩一起登上煤山上吊自杀。经过了明清更替的大动荡，崇祯太子下落开始不明，又于清朝初期几次出现，难辨真假，南明小朝廷的弘光时期以及清顺治、康熙时期都曾因为太子案，很多人受到株连被杀。太子案一直到康熙四十七年才渐渐平息。太子是否逃匿出宫？逃出宫后究竟逃到了什么地方？最后的下落如何？

明朝的末代皇帝崇祯帝朱由检共有七个儿子，其中四个死得较早，到明灭亡时，仅剩下周皇后所生的太子慈烺、定王慈灿（或作慈炯）和田妃所生永王慈炤（或作慈焕）。慈烺1629年生，是崇祯长子，于崇祯三年（公元1630年）被立为皇太子。《明史纪事本末》中称，李自成攻下北京城后，太子慈烺与定王慈炯、永王慈炤一起被起义军所掳获。后来吴三桂引清兵入关，李自成率军与吴三桂对战，当时曾挟持太子与二王一起前去。据说，当战局不利的时候，李自成挟太子一起登上高岗观战。后来，李自成不敌战败，就与吴三桂议和，吴三桂提出用归还太子与二王并离开北京城为条件，换取停战。李自成同意了，就将太子等人交给了吴三桂。这样说来，太子就落入了吴三桂的手中。据此，有人提出，太子已经遇害。这一说法在后来的其他史书中也得到了证实。《石匮书后集》中的《烈帝本纪》及《太子本纪》记载，在李自成战败后，太子趁机逃脱，被吴三桂部下捕获，但不知道他是太子，就命他负责打马草喂马两个月，之后太子又逃出，藏在老百姓家里，后投奔外舅周奎家，周奎担心私藏太子会惹来祸端，就将太子献给了清摄政王多尔衮，经过一番辨认，最终被害。这里所不同的是，太子并不是被李自成交给了吴三桂，而是在乱军之中被吴三桂军所获。同样，有关这一说法的细节叙述，各家也不太一致。据《国寿录·崇祯太子》中的记载，太子出逃后，先是被卖豆腐的老婆婆发现后收留下来，当知道他是太子时，就让他隐姓埋名住了三个月，因为贫困负担不起，之后送往周奎处，以下则相同。《甲申传信录》等书中也有比较类似的记述。这些说法都认为太子最终被清廷抓获，然后遇害。

说到太子后来被杀的过程，《石匮书后集》中的记载充满波折。据说，太子被送交清廷后，老百姓听说明朝太子还活着，就纷纷前去探望，多尔衮担心会引起明朝官民的反抗，就宣称太子未必是真的，同时安排人进行辨认，并事先做了些准备，所以，太子以前的老师谢升、周奎等人迫于压力，不敢承认是真太子，但有个叫钱凤览的官员却坚持说太子是真的。但无论是真是假，清廷都不会容许的，最终太子和钱凤览都被杀害。另外还有人提出，李自成攻下北京后，下令搜索太子，太监栗宗周将太子献出，李自成就把太子幽禁于刘宗敏家里。后来卫士私下将太子放出，来到南明小朝廷——南京，清兵攻入南京后，太子被人献出而遇害。

但是，对太子被杀一说，有人提出不同的看法，认为太子仍然活着，因为据《明季遗闻》描述，在李自成战败向西逃走的时候，有人看到李带着太子和二王一起走的。对《明季遗闻》的作者邹流绮，有人做了考证，发现他是清朝顺治时人，他在书的《自序》中提到此书完成于顺治十四年（公元1657年），那么他生活的年代距离明末的甲申之变仅仅十年左右，而且本书的写作又是在父辈记载的基础上完成的，因此认为邹流绮很有可能是甲申之变的目击者。这一提法也有一定的可靠性，因为在后来编修的《明史》中就采纳了邹的说法，认为当时交给吴三桂的太子是假的，真太子始终留在李自成营中。

如果太子确实未落入清廷手中，那么随李自成西行之后，太子的下落究竟如何呢？由于此后的历史记载中再也没有说明，所以，从吴三桂营中出逃的太子的去向就成了明末清初的一大议论热点。《明季太略·太子一案》中说，太子后来被人带到皇姑寺藏了起来，又和太监高起一起潜逃到天津，然后像传言中的建文帝一样，出海南下，不知所终。《野史无文》则记载太子曾逃往南京的南明小朝廷，清兵攻陷南京后，他被人献出后被带往北方，不知所终，有的说是被杀了。还有的说，明末清初兵荒马乱的，太子后来死于乱军之中。但这些说法均无证据证实。就像前面提到，单是崇祯太子遇害于清朝刑部的说法，就有很多版本，所以太子的下落始终是个谜团。

到了南明小朝廷弘光朝时，发生了王之明假冒太子一案，引起全国轰动，使得本已扑朔迷离的太子下落一事更加错综复杂。根据邹流绮的记载，弘光朝时的一天，有个官员突然秘密奏报，说有人发现太子在浙江出现。之后此人就被带到南京，为了弄清楚真假，还找了一些熟悉太子的人在朝堂之上进行了一番对证，询问当年与太子相关的事情，结果发现，这个人对于太子曾经历过的重大事件一无所知。最后，经过反复的审问，这个人才承认是高一陽一人王之明，是假冒的太子。假太子案引发了马士英与黄得功、左良玉、何腾蛟等人之间的争权夺利，加速了明王朝残存势力内部的分裂。清康熙时期有人借崇祯太子之名举行反清起义，牵连并死了很多人，结果也被证实是假的。

后来，随着清朝统治的巩固，有关崇祯太子下落的讨论就成了一个禁区，而且随着时间的推移，人们更加难以作出定论，这一话题渐渐沉寂了下去。直到辛亥革命后，民国建立，没有了政治的压力，有关明末崇祯太子的下落在广东梅县地区又成为了人们谈论的一个话题。原来，长期以来，在这一地区都流传着这样一个故事，说在明亡以后，嘉应州（今梅县地区）的一陰一那山灵光寺有一个和尚十分特别，他的法号是“奯”（音huo），死后一直被当地人供奉为“太子菩萨”。有人认为这就是当年下落不明的崇祯太子。经过学者考证，他是被担任过太子侍读的李士淳带到了这一地区的。李士淳在明末也被李自成起义军所俘获，与太子在一起，并且李士淳受到了起义军的很好的待遇，并未被关起来，是很有可能助太子逃出去的。当地的《嘉应州志》、《程乡里志》、李士淳本人所编的《一陰一那山志》及一些民间传说都可以证明，李士淳确曾被李自成俘虏，，而且被封过官。根据这一说法，太子最终出家为僧，可以很明显地看到受建文帝下落的影响。

总起来说，崇祯太子的下落已经成为一个千古之谜，之所以会出现这么多不同的说法，如同建文帝的下落之谜一样，在某种程度上是明末清初对恢复明王朝正统统治心存幻想的士子文人们的一种希望，希望有朝一日能够集结在崇祯太子的周围，重建明朝的统治。