经过多年的争论，绝大多数学者接受了李自成遇害湖北通山说。为此，1988年国务院核定并公布湖北通山九宫山李自成墓为全国重点文物保护单位。但是1997年5月底，中国社会科学院历史研究所李自成结局课题组在北京召开了学术讨论会，使得李自成遇害通山说与禅隐石门说的争论又一次达到了高一潮。明末农民起义军领袖李自成在攻占北京、逼使祟祯皇帝朱由检自缢煤山后，仓促登极，组建大顺政权，年号“永昌”。由于在政治上，特别是军事上犯了一系列战略性错误，李自成领导的农民起义军先后在山海关、潼关被清军大败之后，只得于顺治二年(1645)正月撤出西安，向湖广转进。四月下旬九江西之战败后，李自成率领大约万余人的一支小部队，为清军八旗劲旅紧追不舍，在九宫山区被围，李自成仅率少数亲随突围，又遭到当地乡勇伏击，于五月上旬遇害于湖广兴国州通山县九宫山北麓，即今湖北省通山县九宫山北麓。

根据史实，不论是阿济格的清兵，还是南明奉弘光之命追剿的何腾蛟，还是具体下令各地方乡勇截击“闯贼”的咸宁知县陈鹤龄，都未能得到李自成的首级，于是自然有人生出种种疑问。关于其兵败后死于何时何地，因何而死，数百年来，官私史乘、谱碟、方志所记歧误错见，人各异词：有的说他是自杀，有的说他是遇害，有的说他是逃禅老死；死地也有湖北、湖南、山西、江西、贵州等几种说法。尽管湖北通山县已修闯王陵，但争沦却一直没有停息。其中流传较久、影响较大的有两种：一是死于湖北通山九宫山；二是遁入湖南石门夹山寺为僧，以奉天玉和尚名义在幕后指挥联明抗清，至康熙十三年(1674)圆寂于该寺。由于两派学者都举出大量证据，因此至今尚无定论。

“禅隐说”论者认为，近年来所发现的关于奉天玉和尚的文物，进一步说明李白成晚年确实当和尚。首先，乾隆年间沣州知州何璘曾到夹山实地调查，见到一位服侍过奉天玉和尚、陕西口音的七十岁老和尚，他告诉何璘，奉天玉是顺治初年来寺，并取出其画像，观之“肖似史书所记李自成的模样”。因此何璘撰写的《书李自成传后》中推论道；“其曰‘奉天玉’和尚，盖以奉天王自寓，加点以讳之；而玉又玺质，为天子所重，殆讫死不去僭号。”这一说法被采入《沣州志林》，其后《楚南史赘》和《小腆纪年》等也都进行摘录。

其次，李自成在崇祯十六年(1612)称“奉天倡义大元帅”，后又称“新顺王”。自号“奉天玉”，即以“奉天王”加一点来隐讳。

其三，夹山新发现的《梅花百韵》木刻版中有一首《东阁梅》说：“徐听三公话政猷”，那口气与和尚迥然不同，而像皇帝听三公阁老论政。

其四，夹山现存的三块石碑：奉天玉弟子野拂立的“奉天玉”断碑、康熙十四年杨彝子写的《重修夹山灵泉院功德碑记》和道光三十年通州知州王大猷撰写的《重修夹山灵泉寺碑志》，都证明“奉天玉和尚”就是李自成。

章太炎先生在《再书李自成事》和《李自成遗诗存录》中支持何璘的“禅隐说”，其提供的理论依据是“道俗相传为李自成”，“以自成尝称奉天倡义大元帅”。阿英在《李闯王的死》一文中也支持此说，虽然他声明“我不是绝对的‘逃禅’论者，因为李闯王的被击毙仍是有其可能性的”，但依然不排除“确有‘假死’和‘逃禅’的可能”。此说《直隶澧州志》、《石门县志》和《米脂县志》均已采用。与“禅隐石门”说形成鲜明对照的“九宫殉难”说。比较前一种说法，“九宫殉难”以其丰富的第一手史料，众口一词地确证了李自成的最后殉难埋骨地点是湖北通山县九宫山麓小月山牛迹岭。

首先看追歼李自成的清廷靖远大将军和硕英亲王阿济格于顺治二年(1645)闰六月的奏报：“贼兵尽力穷，窜入九宫山，随于山中遍索李自成不得，又四处搜缉，有降将及被擒贼兵俱言自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不能脱，遂自缢死。因遣素识李自成者往认其尸，尸朽莫辨，或存或亡，佚就彼再行察访。”过后不久，事实基本上就弄清楚了。如顺治二年冬，大顺军叛徒、清荆州总兵郑四维在给皇帝上的奏议中抱怨说：“皇上只知闯逆已除，不知余孽尚在”。

再看南明总督湖广、川、贵、广东、广西五省军务兵部尚书何腾蛟的《逆闯伏诛疏》：“(闯王)以二十八骑登九宫山为窥伺计，不意伏兵四起，截杀于乱刃之下……而闯逆刘伴当飞骑追呼曰：‘李万岁爷被乡兵杀死马下，二十八骑无一存者’。一时贼党闻之，满营聚哭。”

费密的《荒书》对李自成殉难及确认经过描写可谓详尽之至：“自成亲随十八骑，由通山县过九宫山岭即江西界。山民闻有贼至，群登山击石，将十八骑打败。自成独行至小月山牛迹岭，会大雨，自成拉马登岭。山民程九伯者，下与自成手搏，遂辗转泥泽中。自成坐九伯臀下，抽刀欲杀之。刀血渍又经泥水，不可出。九伯呼救甚急，其甥金氏以铲杀自成，不知其为闯贼也。武昌已系大清总督，自成之亲随十八骑有至武昌出首者。行查到县，九伯不敢出认。县官亲入山，谕以所杀者流贼李自成，奖其有功。九伯始往见总督，委九伯以德安府经历。”而在《钟祥县志》“武官”条“经历”栏中，还真找到了程九伯的名字，以此足可断定《荒书》史料的可靠性。另据通山县博物馆毛彦斗《通山金石铭李闯》一文称，通山各地发现了不少足以印证李自成殉难九宫山的金石铭文。其一为双龙首鎏金马橙,1955年征集于通山县横石镇，现存通山县“李自成博物馆”,1994年四月经国家鉴定为国家二级保护文物。据光绪八年《九宫山志》记载：“道光年间，牛迹岭居民锄地得马橙二。江北人胡某营肩贸易于其地，先后出钱数百换得之，洗刷细视作黄金色，上有‘永昌’年号，闯物无疑也。”其二为“李延碑志”。1982年三月，县文管所调查反映，说在1950年以前九宫山九一宫前曾竖有一块“李延碑志”,1959年扩修云中湖水库时将此碑砌筑了水库大坝。据找到当时参加施工的民工回忆，大略记得“李延碑志”和“顺治丙戌岁仲冬吉旦立”十来个字。其三为东台寺寺钟、石碑铭文。东台寺寺钟上有铭文280余字，其中有“崇祯十七年，闯贼踞庵”字样。东台寺石碑刻于道光甲辰十二月初八，碑题为《东台寺孙家庵恒一陽一禅寺海龙春会序》，，碑文470余字，文中亦有“崇祯之末，毒遭闯踞”字样。

自从1980年湖南石门县李自成调查组挖掘奉天玉和尚墓，发现并征集到一批文物，对文物做出种种解释以论证“禅隐说”之后，两派争论一直不休。经过多年的争论，绝大多数学者接受了李自成遇害湖北通山说。但1997年5月底，中国社会利学院历史研究所李自成结局课题组在北京召开了学术讨论会，使得李白成“遇害通山”说与“禅隐石门”说的争论又一次达到了高一潮。