《永乐大典》保存了大量我国14世纪以前的文艺、史地、哲学、宗教和应用科学等方面的丰富资料，既是中国文化遗产的瑰宝，也是世界文化宝库的珍品。《永乐大典》编纂完毕后，又重录过一部，为永乐正本。藏于南京文渊阁的《永乐大典》原稿本煨烬不存。嘉靖帝深爱《永乐大典》，决定重录。重录本与永乐正本的格式、装帧一致，称为“嘉靖钞本”或“副本”，藏于皇史宬，雍正时改藏翰林院。历经第二次鸦片战争、八国联军的劫毁，《永乐大典》几乎丧失殆尽。但这些屡遭灾难的是《永乐大典》副本，那么正本又在哪儿呢？
在上一个世纪末，中国社科院文学研究所研究员栾贵明公布了他30年的研究成果：《永乐大典》正本极可能仍存于世，存于北京十三陵中保存最好的永陵中。《永乐大典》正本失踪之谜又引起了世人极度的关注。《永乐大典》编纂于明成祖朱棣永乐年间，这部大型百科全书保存了大量的我国14世纪以前的文艺、史地、哲学、宗教和应用科学等方面的丰富资料，远比西方的百科全书早三百余年，《永乐大典》既是我国文化遗产中的瑰宝，也是世界文化宝库中的珍品。然而《永乐大典》的命运多蹇，历尽磨难和摧残。
由于《永乐大典》卷数浩繁，清钞完毕后，无法刊刻，当时只是重录过一部，不过缮写一精一妙，这便是人们常说的“永乐钞本”或“正本”，藏于明朝北京的文楼。明英宗正统十四年(1449)，藏于南京文渊阁的《永乐大典》原稿本煨烬不存。明世宗嘉靖三十六年(1557)，皇宫失火，深爱《永乐大典》的明世宗一夜连下三四道御旨，《永乐大典》在劫一逃。为免不测之虞，明世宗决定重录，重录工作进行了六年，至明穆宗隆庆元年才完成。重录时制定了严格的规章制度，重录本与永乐正本的格式装帧一致。重录本便是人们常说的“嘉靖钞本”或“副本”，藏于嘉靖十三年(1534)建造的皇史宬，雍正时改贮在翰林院。于是，《永乐大典》有了两个钞本。
在明清之际，由于管理不善，《永乐大典》副本亡佚二千余卷，清代乾隆年间开四库全书馆时加强了管理，失书明显减少。一俟《四库全书》修成，《永乐大典》似为多余之物，乏于严格的管理制度，迨至光绪二十年(1894)翁同稣入翰林院检查，发现只存书八百册了！历经清咸丰十年(1860)的第二次鸦片战争、光绪二十六年(1900)八国联军的劫毁，《永乐大典》几乎丧失殆尽。这些屡遭灾难的属《永乐大典》副本，而《永乐大典》的正本又何去何从呢？
《永乐大典》全书22877卷，凡例、目录60卷，分装10095册，约三亿七千多万字。这部上万卷的皇皇巨著，在重录之后，下落很是不明，确实让后人感到蹊跷。有关《永乐大典》正本的下落，历来就有三类说法。
第一类是被随葬说。
1957年，在劳动改造思想的时候就关注《永乐大典》正本失踪之谜的钱钟书就为栾贵明提出《永乐大典》正本失踪之谜的研究课题，栾贵明一做就是30年，其研究成果披露于世的就是被随葬说。就在1986年，中华书局编审张忱石著《永乐大典史话》中也表示这一说法。
在明成祖时，编纂好《永乐大典》，之后，明代的帝王中只有孝宗和世宗这两位很喜欢读书的皇帝常常阅读《永乐大典》。如孝宗曾把《永乐大典》中的医药秘方抄赐给太医院，世宗则更是喜爱《永乐大典》，在他的案头上常备着几册《永乐大典》，他按韵索览。而在明代，有这样的习俗，就是把死者生前所喜爱的书籍随葬。那么，这部《永乐大典》正本随葬于世宗永陵的可能性就很大了。现在所见到的永陵，其规模明显比明代其他的皇陵要大，是可以随葬《永乐大典》正本的。有一个值得费解的是，世宗嘉靖帝下葬后，隆庆帝不断褒奖了编撰儒臣，而关于这部皇皇巨著，公私书目和正史野史阙载，那么正本成了陪葬品的疑点很显得突出了。据《明实录》记载，从三月二十二日嘉靖帝下葬二十余日起，隆庆帝在不到两个月的时间里竟然连续褒奖《永乐大典》的编撰儒臣，四月十日嘉奖徐阶等十数名儒臣“同知经筵席”，四月十五日，又以“重录《永乐大典》成”为由，再行褒奖。而《明实录》对《永乐大典》正本藏处只字不提。不过，被随葬这一说法的证实与证伪只有借助于考古发掘了。
第二类是被烧毁说。至于被烧毁的时间，就存在两种看法。
一种认为，发生在明亡之际，李自成领导农民起义，肆意烧毁，《永乐大典》正本可能就毁于一旦。至明末清初，皇宫内外就有人疑窦丛生了。如明末宦官刘若愚在《酌中志》里提出：“旧《永乐大典》二部，今又见贮于何处也？”
明末清初的著名学者顾炎武在《日知录》里表示《永乐大典》正本“全部亡佚”。
郭沫若也持此说法，他在《重印永乐大典序》中说：“从此正本与副本分藏于文渊阁与皇史宬。明亡之际，文渊阁被焚，正本可能毁于此时。”
另一种认为，清代初年《永乐大典》正本改贮乾清宫，嘉庆二年(1797)乾清宫发生过一场大火，《永乐大典》正本未能幸免于难。不过，就在乾隆年间，《永乐大典》正本的存在与否就值得怀疑。乾隆初编制的《天禄琳琅书目》里就没收《永乐大典》正本，而编制时是将宫中的善本集中于乾清宫旁的昭仁殿的。乾隆帝就曾赋诗表示过对不见《永乐大典》正本的无奈：“《大典》犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。简及释道欠一精一覆，久阅沧桑惜弗全。”第三类是被藏在夹墙说。
明代的皇史宬是皇家档案库，专门存放《实录》、《圣训》、《玉牒》类。重录本藏于皇史宬。有人认为，《永乐大典》正本即藏在皇史宬的夹墙内，以备不测。皇史宬全砖石结构，抵防水火性能极强，而皇史宬大殿墙壁构造与其他建筑很不一般，它的东西墙厚度达3.5米，，南北墙厚度达6.1米，这一奇特之处用意何在呢？将《永乐大典》正本秘藏在皇史宬的夹墙内，是有可能的。
沧海曾经难为水。不过，很值得欣慰的是，解放后，新中国注重文化遗产，对《永乐大典》副本不断收集，并影印出版，功在当世，利在千秋。
