兵马俑三号坑面积只有520平方米，虽然比一、二号俑坑要小得多，但形象地展示了古代军事指挥部的实况。既然是个指挥机关，那么三号坑的统帅是谁？为什么没有在三号俑坑发现这位统帅，是当时造俑坑的人疏忽了吗？三号坑与一、二号坑相比，虽然较小，但可能是一个军事指挥部。俑坑呈比较奇怪的凹字形平面布局，分为车马房和南北厢房。在三号坑内，仅出土彩绘战车一乘，陶质武士俑68件，其中南厢房42件，北厢房22件，青铜兵器35件。三号俑坑内出土的步兵铠甲俑不作战斗队形排列，而是仪卫的列队，两两相对，夹道式排列，这很可能是保卫室内统帅的一支部队。三号坑出土的30件兵器是古代一种无刃礼器，，称为殳。一些专家认为，三号俑坑内武士俑是保卫将领的仪仗队，也称殳仗队。
三号坑北厢正厅内发现残鹿角一件，南厢房内发现动物朽骨一堆，这在一、二号坑内都没有发现过。那么这些动物的朽骨到底说明什么问题？有专家认为，这是古代战前举行的卜战仪式，也就是说，三号坑北厢房是用于战前卜战的场所，而南厢房动物朽骨的发现表明，这里可能是将领们讨论制定军事计划的谋划厅。一些考古学者认为，三号坑和一、二号坑是同时修筑的，相互之间应该是一个有机联系的整体。但三号坑面积较小，形制特殊，坑内武士相向夹道排列，与战斗队形不同，武士俑手里的兵器是礼仪性质的，这一系列情况表明，三号坑是一个具有特殊性质的俑坑。他们得出结论，认为三号坑是一个指挥部，统率一、二号坑．具有古代军幕的特征，也称为幕府。
不过也有学者不同意，认为三号坑是古代军祭的社宗，是用来进行军祭的场所。古人打仗前都要祈祷，希望自己的祖先和神灵帮助他们打胜仗，所以这里是祈祷的场所。这种祈祷也叫战祷，要用牛羊来祭祀，所以有了动物的朽骨。
三号坑的车马房为一东西向的长方形，东与门道相对，北与北厢房相连，南与南厢房相通。出土的一乘彩绘木质战车就是在这里发现的。车舆不仅彩绘着华丽而鲜艳的纹饰，同时于车左侧还发现一个直径42厘米的彩绘花盖。一号俑坑出土的战车上往往只有3个陶俑，而三号俑坑的这乘战车上有4件陶俑，中间的御手俑和军吏俑一前一后排列，其余两件车士俑位于左右两侧。那么三号坑的战车为何要特别地配以4个军士？专家们发现，春秋时期就有一种乘坐4人的指挥车。袁仲一先生认为，三号坑的战车位于队列的最前端，似为前驱车，又名先驱车，行军时导行在先，作战时挑战敌方先驱，即在战前向敌军致战，表示必战的决心，然后两军交锋。
南厢房出土的42位甲武士俑，分别排列在前廊、过厅、前室和后室。在南厢房还发现过帐钩等饰件，前后室之间当时悬挂着帷幕，将前后室隔开。从这些方面来判断，南厢房当是供军事将领议事和休息的场所，前室是军事将领研究和制定作战方案的合谋厅，后室为军事将领休息的寝室。三号坑是一个军事指挥部的观点，得到了大多数人的赞同。从理论上讲，这里应该出土一位高级统帅，他是整个兵马俑坑的领导者，但遗憾的是并没有发现。在驷乘车后发现过一件军吏俑，估计是三号俑坑内的最高指挥者，但从着装看不及一、二号坑中出土的中级军吏俑的地位。那么，这支秦军的统帅到底在何处？
关于兵马俑的统帅，学术界是这样解释的。
秦俑坑考古队的《秦始皇陵东侧第三号兵马俑坑清理简报》指出，在三号坑西侧约150米处，发现了一个大型甲字形古墓葬，墓室面积为300平方米，深12米。由于它距三号坑较近，因而人们怀疑可能与三号坑是一组建筑，人们俗称此墓为“将军墓”，墓主人可能就是秦兵马俑军阵的统帅。这种观点受到了一些人的怀疑，因为墓还没有发掘，墓主是男是女还未可知，根本不能断定与三号坑有必然的关系。这座墓的墓道在北，墓室在南，与秦陵兵马俑坑的东西向不一致，很难认为与兵马俑坑有必然的有机联系。
一种观点认为，三号俑坑受到了秦末项羽火烧，当时是把三号坑中的统帅当作主要攻击目标，因此三号坑破坏最为严重。从今天发现的陶俑来看，坑内的68件陶俑绝大多数被砍头，只有六七人未受到这种待遇，但俑身均发生移位，这种景象与一、二号坑完全不一样。人们推测在破坏三号坑时，破坏者把俑头作为战利品拿走了，作为三个坑的统帅自然是最大的战利品，当然受到了破坏。考古人员在三号俑坑的北厢房内，发现一束20件的铜殳，可能是破坏者故意所为，意为对秦人进行了缴械。殳作为仪仗，本应都是握在秦俑的手里，但被捆在一起扔在一边，其意思是十分明了的。因此作为三军统帅的将领，自然今天是无法寻到了。
还有人认为，秦始皇开始了高度的中央集权，他自己本身就是这支军队的最高统帅。在兵马俑西边3里外的秦陵地宫中，秦始皇亲自指挥着这支庞大的军队，三号坑内根本就不可能出现秦军最高统帅。
一些专家通过对史书的考证，也提出了新颖的观点。他们认为，秦朝军队是牢牢地控制在秦王手里的。作战前，秦王以虎符作为发兵的信物。平时，朝廷和驻守各地的将领各执虎符的一半。如果需要调动兵马，使者必须持朝廷的一半来到大将处，与大将的另一半相匹配者，大将才接受调兵的命令。回过头来看看一、二号坑，都是军阵的性质，是屯驻的坐阵，不是出征作战的战阵，也许军幕已张，而将帅秦始皇还没有正式指派呢。
