北归还是南下元宪宗八年（1258）秋，忽必烈的使者赶赴四川前线，向蒙哥大汗汇报了佛道大辩论的情况。蒙哥大汗对此并不感兴趣，他命忽必烈代塔察儿总领东路军，按原计划继续进攻鄂州。十一月，忽必烈自开平启行。第二年五月，在小濮召开谋士会议。忽必烈根据宋子贞等人的建议，决定以“伐罪、救民、不嗜杀”作为东路军南征的旗帜。这7字方针，不仅对忽必烈东路军的顺利进军起到了促进作用，而且成为忽必烈此后作战的指导方针，帮助他打败了南宋的几十万大军，最后灭亡南宋，统一中国。八月，忽必烈率军渡过淮河，不久传来蒙哥去世的消息，有人建议忽必烈回师和林夺取汗位，忽必烈认为不能草率收兵，仍率主力攻克了大胜关，其汉军主将张柔父子等攻克了淮南五关中最为险要的虎头关，蒙古名将霸都鲁与淮南宋军主力决战于挂车岭，提都控印（选自《图说北京史》）
宋军大败南逃。忽必烈的军队抵达长江北岸，与九江隔岸相望，准备强行渡江。这时，南宋内部也展开了一场和战之争。权相丁大全主张迁都以避蒙军之锋。而贾妃族兄贾似道，却大搞政治投机，，公开反对迁都，坚持抗战，从而捞取了一笔政治资本。宋理宗任命贾似道为丞相兼枢密使，率10万禁军支援鄂州，扼守长江冲要。南宋将领吕文德则率军从重庆顺流而下，进援鄂州，乘夜突围入城。九月，木哥亲王送来了蒙哥大汗去世的正式讣告，并请忽必烈撤军北上，“以系天下之望”。究竟是立即北归，还是继续南下，这是当时忽必烈面临的一个生死攸关的问题。赦经上《班师议》，全面分析了忽必烈的处境，提醒忽必烈应该像木哥亲王所说的那样，立即班师北还，以系天下之望。但与诸位谋士及蒙汉众将商议的结果相反，忽必烈并没有立即北归，反而加强了对鄂州城的攻势。十月，忽必烈指挥蒙军三路并进，包围鄂州。
和林的阿里不哥进一步加紧了夺权活动：他一面派出数路使者，通知诸王大臣会丧和林，并举行库里台选汗大会；一面派亲信脱里赤等到燕京一带征兵征粮，企图将忽必烈的领地控制在自己手里。郝经等再次建议忽必烈及时班师，说：该进则进，该退则退，凡事应该以祖宗为念，以社稷为念，以天下苍生为念。奋发乾刚，断然班师，亟定大计，消祸于未然。如此则大宝有归，社稷安矣！当时忽必烈有10万大军屯兵鄂州城下，三面都有宋军，想做到全师而归，是相当困难的，为此，郝经为蒙军制定了周密的撤军计划。忽必烈采纳了郝经的建议，准备撤军北归。但为了迷惑敌人，却采取了声东击西的战术：他声称要发兵直趋南宋首都临安。贾似道大惧，立即派使者宋京求和。宋答应将长江以北划归蒙古，向蒙古称臣，每年纳贡20万两匹银绢。忽必烈立即把东路军兵权交给霸都鲁、兀良合台，令其率军撤回江北，自己则轻装简从，带着刘秉忠、姚枢、郝经、廉希宪、阿合马、董文忠兄弟日夜兼程，奔回北方。在北归途中，他进一步了解到阿里不哥企图夺权的迹象，立即遣急使到鄂州，命令霸都鲁、兀良合台立即撤围北归。同时采纳廉希宪的建议，派廉希宪去游说东道诸王领袖塔察儿等人。
开平称汗忽必烈北归燕京后，并没有像原来郝经建议的那样前往和林会丧、参加和林的选汗大会，而是立即解散了阿里不哥的亲信脱里赤所召集的军队。支持忽必烈的耶律铸和木哥亲王也逃离和林，来到开平，投奔忽必烈。元世祖中统元年（1260）三月一日，忽必烈率蒙古劲旅抵达开平。西道诸王合丹，东道诸王塔察儿等前来会合，忽必烈召开库里台大会。出席会议的有以木哥亲王为首的诸弟，以塔察儿、也松哥为首的东道诸王，以阿必失哈、合丹、合必赤、蒙哥都为首的西道诸王共40余人，还有以霸都鲁、兀良合台、失吉忽秃忽为首的蒙古大将，以按陈为首的几位驸马，以及刘秉忠、姚枢、郝经、王文统、廉希宪等各族谋臣，史天泽、张柔、张弘范、李璮等汉军7大万户，以及吐蕃和大理的代表等。会议共进行了24天，诸王贵族一致同意拥立忽必烈为蒙古汗国大汗，并举行了隆重的即位仪式。
建国定制郝经、王文统、刘秉忠、王鹗等成为忽必烈夺权及政权建设的主要设计者。王鹗起草了即位诏书，宣布“祖述变通，正在今日”，表示要实行一条与蒙古族祖先不同的治国路线。忽必烈一上台就依照汉族封建王朝的传统，“以即位诏天下”，不再自称“大汗”，而改称皇帝。其即位诏书开宗明义，表示要“建极体元，与民更始”。几个月后，又建元中统，改变了蒙古国不建立年号的传统。11年之后，忽必烈又正式建国号为“大元”，下诏说：“诞膺景命，奄四海以宅尊；必有美名，经百王而继统。肇从隆古，匪独我家。”“既成于大业，宜早定于鸿名”，“可建国号曰大元，盖取《易经》乾元之义”。自成吉思汗建国以来，蒙古汗国以族名为国名。忽必烈根据汉族的古文献《易经》，改国号为“大元”，进一步表明他所统治的国家，已经不再是蒙族一个民族的国家，而是中华民族多民族的统一国家了。
元朝的政治制度在元世祖忽必烈时基本上确定下来，忽必烈根据汉族谋臣的建议，采用了唐宋以来中央集权的政治制度，并在原来的基础上有所改进和发展。元朝的中央机构有中书省、枢密院、御史台、宣政院等。中书省总理全国行政事务，由太子任中书令，下设右左丞相、平章政事等，下辖吏、户、礼、兵、刑、工六部。这是对金朝尚书省的沿续和改造。元初中书省、尚书省曾一度并存，尚书省专管财赋，不久并入中书省。中统四年（1263），忽必烈沿宋金旧制，设枢密院，负责全国军务。枢密院的设置，标志着元朝军事制度的逐步完善。至元五年（1268），忽必烈为了纠正“任职者多非其材，政事废弛”的现状，根据汉人张雄飞、西夏儒生高智耀的建议，仿效前代，在中央设立御史台，“为天子耳目”，负责“纠察百官善恶”、谏言“政治得失”。
元朝的地方行政机构也是对金制的继承和改造。金朝尚书省臣去地方直接统领军政，称“行尚书省事”。元朝建立后，忽必烈派中书省臣去地方执政，称为行中书省事。以后“行中书省”就变成固定的官府名称，又成为地方行政区划的名称，简称行省或省。行省制度是秦汉以来郡县制的发展，是我国政治制度的一项重大改革，它奠定了明清以来直到今天省区的规模，对于我国统一的多民族国家的巩固和发展具有十分重大的意义。
在少数民族地区和边疆地区设有宣抚使司、宣慰使司、安抚使司或宣慰使司都元帅府，下设万户府、千户府等。吐蕃地区由中央的宣政院直接管理，宣政院还掌管全国佛教事务。同时设立了澎湖巡检司，负责管辖澎湖和台湾。吐蕃自古以来就是中国的领土，但正式成为我国行政区划的一部分，则是从元朝开始。台湾在这时已正式列入中国的版图。
但在北方和东北地区，元朝还承认蒙古诸王的权利，中原各地的贵族食邑也可以照样世袭。蒙古原来的斡耳朵制、怯薛制和投下制在一定程度上被保留下来，只是形式和内容发生了一些变化。郭守敬像这样一来，就出现了诸王、封君和行省并立的局面。这是两种不同的政治制度的并立，它反映了蒙古统治者不得不服从中原地区的社会现实，又反映了他们对蒙古贵族不得不实行妥协。
以农为本在忽必烈刚刚当上皇帝的中统元年（1260），就设立了十路宣抚司，并命令各路宣抚司挑选通晓农事的人当劝农官。第二年又以姚枢为大司农，并在各路设立了劝农司，从中央派出8名通晓农事的官员为八路劝农使，由他们分头去考察各地的农业生产情况。接着又发布了官吏升降的条例，明确规定“户口增”、“田野辟”是考察地方官吏的主要标准。至元七年（1270），在中央正式成立司农司，“专掌农桑水利。仍颁布劝农官及知水利者，巡行郡邑，察其勤惰。所在牧民长官提点农事，岁终第其成否，转申司农司及户部，秩满之日，注于解由，户部照之，以为殿最。又使提刑按察司加体察焉”。忽必烈不仅在中央和各地设立了专门负责农业生产的机构，而且专门派出了督促农业生产的官员，责成各级官吏、各有关部门甚至包括提刑按察司都要过问农业，并把农业生产的好坏作为官吏升降的主要标准。这是一种各级官吏督促农业，全国上下大办农业的政策，这种重农政策对元初农业生产的恢复和发展起了一定促进作用。正是在这种情况下，元朝出现了3本有名的农书，即《农桑辑要》、《农书》和《农桑衣食撮要》。《农桑辑要》是由元朝司农司组织农业专家集体编写的，它是继北魏贾思勰《齐民要术》之后，又一部比较全面地介绍我国北方农业生产技术的专书。其中有20多种作物是《齐民要术》没有记载的，尤其是关于棉花的种植和加工技术，记载得十分具体。它在我国农业发展史上占有重要的地位。由封建政府出面组织编写农书，这在我国历史上还是很少见的。
为了达到“田野辟”、“户口增”的目的，忽必烈还颁布了一系列命令，禁止蒙古军队的掠夺、屠杀及其他破坏农业生产的行为，在《元史?世祖本纪》中几乎年年都有关于这类命令的记载。1271年，忽必烈颁布了《户口条画》，对全国户口进行了一次大清查，将诸王贵族、权豪世家非法占为“驱口”的百姓追查出来，让他们编籍为民。在采取以上措施的同时，还对各地灾民实施救济。自忽必烈上台以后，各种救济也是史不绝书。甚至还采取奖励生育的措施，如中统二年（1261）九月，“河南民王四妻靳氏一产三男，命有司量给赡养”。
土地是农业生产的主要生产资料和劳动对象，农民是封建社会的主要劳动力。在生产力水平很低的封建社会里，劳动人手增加了，耕地面积扩大了，农业生产就会不断提高，国家的财政就会得到可靠保证。经过30年的努力，到了至元二十七年（1290），元朝的户口达到13196206户，58834711人。《元史?食货志》在说到户口和垦田面积的迅速增加时说：“此其敦本之明效可睹也已。”又说：“终世祖之世，家给人足。”
重商政策与理财四大臣在历代封建王朝中，惟有元朝既重农又重商，重视商业，信任商人。不仅国家直接派人经营多种官营商业，实行政府专卖，垄断专利，而且蒙古贵族也多与商人相结合从事各种商业活动或进行高利贷剥削。同时，元朝政府还任用各族商人出任中央政府的高官和各级政府的官吏。因此元朝的商业、交通和对外经济文化交流都比较发达。
元朝统治者所以重视商业，无非是为了解决“民生”与“国用”的问题，是为了满足统治阶级的需要，解决国家的财政问题。从成吉思汗时起，蒙古贵族为了满足自己的贪欲，在战争过程中主要进行掠夺，在平时则十分重视通商。畏兀儿及西域各国的商人对蒙古贵族的征服战争都曾经做出过很大贡献。到忽必烈掌权时，面对接连不断的战争以及迫切需要恢复的各项事业，财政问题成为新政权能否存在下去的关键。庞大的军费和财政开支只靠农业税收难于维持，因此发展商业、信用商人成为忽必烈解决财政问题的重要手段。正是在这种情况下，出身汉族的财政官员王文统、出身花剌子模的阿合马、吐蕃人桑哥以及汉族商人卢世荣等，才先后以理财、经商爬上了高位。在忽必烈掌权的35年中，有近30年都是利用这些人理财经商，他们发挥自己的专长为朝廷积聚财富，支持了忽必烈的征服战争，解决了国家的财政困难，却又得罪了其他官僚和汉族地主阶级，因此他们又先后被杀，做了牺牲品，而在《元史》中都被列入了奸臣传、叛臣传。这反映了儒家功利派与义理派的矛盾、西域商人和汉族地主阶级的矛盾、重农抑商的“汉法”和重商的“回回法”的矛盾。忽必烈为了解决实际困难，实行实用主义的用人政策，信用这些理财经商之人，但又屈服于汉族地主阶级和汉化较深的蒙古贵族的压力，处罚功利派。如何看待这一问题，一直是元史研究中的热点问题之一。
兄弟之争中统元年（1260），忽必烈即位后，立即派出一个百人使团，向阿里不哥“告即位”。阿里不哥自然不会承认忽必烈的大汗地位，扣押了这个百人使团，并立即召集自己的支持者在和林举行库里台选汗大会，推举自己为蒙古大汗，随后派两支军队南下讨伐忽必烈。忽必烈只好御驾亲征，一场内战不可避免地爆发了。双方在和林郊外摆下了战场，阿里不哥战败，被迫退至其领地乞儿吉思之地，派使者向忽必烈假投降。忽必烈留下军队保卫和林，自己回师开平。
中统二年（1261）秋，忽必烈因贾似道背信弃义，扣押了蒙古汗国的议和使团郝经一行，准备南下伐宋，并颁发了一份讨宋檄文。阿里不哥乘机再次叛乱，双方相持半年，阿里不哥因为缺少粮草供给，渐渐支撑不下去了。为了摆脱困境，阿里不哥派使者率领一支军队到察合台汗国去征集财物、牲畜、马匹与武器。察合台汗国可汗阿鲁忽向忽必烈表示，不愿与阿里不哥一起反叛，愿意诚心拥戴忽必烈为大汗。阿里不哥放弃和林，率军攻进察合台汗国。进入察合台汗国后，阿里不哥的军队烧杀抢掠，无恶不作。蒙哥汗妃和她的儿子们也对阿里不哥极为不满，向其索回传国玉玺投奔了忽必烈。陷于绝境的阿里不哥只好又投降。
平定李璮之乱中统二年（1261）秋，乘阿里不哥攻占和林、忽必烈亲征之机，汉军万户李璮在山东地区发动叛乱。李璮的父母本是山东义军红袄军的领袖李全和杨妙真。李全夫妇曾一度投降宋朝，成吉思汗南征时被打败，方才归附蒙古汗国。窝阔台大汗在位时，李全在一次与宋军作战中战死，李璮承袭父职，领益都行省，已经30年。后来王文统投靠李璮，唆使李璮借南宋以自重，趁机扩充军事实力。李璮以他为谋主，企图独霸山东。后令其子李彦简拜王文统为师，王文统又将其女嫁给了李璮，从此二人成为姻亲。后来忽必烈任命王文统为中书省平章政事，李璮则企图与王文统里应外合，伺机造反。在忽必烈大军从和林往开平撤退时，李璮正式发布讨蒙檄文，举兵造反。“至元通行宝钞”纸币（选自《成吉思汗》）他指挥自己的军队全歼了当地的蒙古守军。同时派使者到临安，向南宋献涟、海等三城，请朝廷派兵配合支援。忽必烈派出蒙、汉军直接转师南下，前往山东平叛。又派赵璧行中书省事于山东，配合军队共同讨逆。鉴于山东、河北诸地守军空虚，忽必烈下旨允许各地皆可征兵守城。如果兵员不足，可括木速蛮、畏兀儿、也里可温（基督徒）、答失蛮（伊斯兰教徒）为兵。李璮率军攻占了济南，并计划从济南北伐。这时阿术、史枢的平叛先锋军已经兵临济南城下。随后，右丞相史天泽也兵进山东，完成了对李璮的包围。李璮几次带兵突围，都被挡了回来。同时，李璮的南宋援军夏贵与青阳梦炎一进山东，发现蒙军、汉军人多势众，吓得不敢继续前进，悄悄撤了回去。济南内无粮草，外无救兵，成为一座死城。最后，济南被攻破，李璮被杀。
李璮作为汉军世侯、地方大员，专制山东30余年。不仅王文统嫁女于他，塔察儿亲王的妹妹也是他的妻室。据了解，在他叛乱之前，曾分头写信给山东、河北世侯，企图得到大家的支持。此事牵涉面甚广，如处理不当，会引起天下大乱。忽必烈采纳了刘秉忠等人建议，采取首恶必办，胁从不问的善后方针。除王文统严惩外，山东、河北世侯与李璮有联系者，除举兵从叛者外，其他一概不问。此后，忽必烈下了一道旨意：“居大藩者，子弟不得亲政；父兄子弟并仕同途者，罢其子弟；诸侯总兵者，其子弟勿复任兵事。”同时颁发“禁民间私藏兵器”的命令。时隔不久，忽必烈又颁布了一份诏书：“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。”这一规定确定了蒙古人在全国各地的政治领导地位，也注意发挥汉族地主和回回人的作用，建立起了蒙、汉、色目人的联合专政。但同时也为元朝的四等级制埋下了伏笔，最后导致民族矛盾激化，元朝短命而亡。这大概就是李璮事件给忽必烈带来的负面影响吧！
特殊的选官制度和学校科举的缓慢恢复元世祖时定制：“官有常职，位有常员，其长则蒙古人为之，而汉人、南人贰焉。”“故一代之制，未有汉人、南人为正官者”。从中央到地方，从元初到元末基本如此。于是形成了一种特殊的任官制度：由政治经验不多的蒙古贵族担任长官，处于“监临”地位；由汉人官吏办实事，负责日常行政；同时配备一位权位相当的色目官吏进行防范和牵制，这是民族压迫、民族歧视在用人政策方面的制度化。与这种制度相适应，又形成了元朝选官的特殊途径：第一是根据家庭出身选官，即主要看出身成分，不是看实际才能；第二是从吏员选官，元代称为“吏进”。据元朝人的统计，由吏升官的官员占元朝官员的百分之八十以上。元制规定，职官升迁，从七品以下属吏部，正七品以上属中书省，三品以上由皇帝决定。实际上元朝州、县官多在外铨选，即使由吏部或中书省监督，各级官员的权力也很大。因此吏员要升官，只要能讨上级喜欢就行了。这就为请客送礼、贪污受贿、结党营私、上勾下连创造了条件，元朝的吏治腐败、政治黑暗与此有很大关系。
忽必烈重视儒学，希望由儒学培养一批“经国安民”的人才，让人们遵守“三纲五常”之道，借以巩固自己的统治。元代尊孔碑（选自《成吉思汗》）但在整个元代，儒学并未提高到独尊的地位，在佛、道、儒三教中，儒教一直被排在第三。元朝的皇帝一般都不习汉文，朝廷大臣中的蒙古勋贵，也很少有人留意儒学，因此在元朝，学校的恢复是十分缓慢的。《元史》记载，到至元二十四年（1287），元中央才正式“立国子学，而定其制”。这时离成吉思汗建国已过了81年，离元朝统一也有8年了。元朝在中央设立蒙古国子学和回回国子学，蒙古国子学学习的内容是用蒙古文翻译的《通鉴节要》等，学员学有成就，出题试问，“观其所对精通者，量授官职”；回回国子学是至元二十六年（1289）设立，学习亦思替非文字即波斯文，主要任务是培养波斯文翻译。这是我国历史上最早的外国语学校。元朝的书院大部分具有地方官办学校性质，虽其学术作用并不太大，但它对元代文化的普及和理学的传播却有较大贡献。民间的书院，则为各地乡邻子弟提供了学文化的机会，主要不是进行学术研究，而是做普及工作或为科举做准备。
元统治者对科举的作用认识得更慢，恢复得更晚。元世祖至元初年，丞相史天泽“条具当行大事，尝及科举，而未果行。四年九月，翰林学士承旨王鹗等，请行选举法，远述周制，次及汉隋唐取士科目，近举辽金选举用人，与本朝太宗得人之效，以为‘贡举法废，士无入仕之阶，或习刀笔以为吏胥，或执仆役以事官僚，或作技巧贩鬻以为工匠商贾。以今论之，惟科举取士，最为切务，矧先朝故典，尤宜追述’”。元世祖虽认为“此良法也，其行之”，但因朝廷大臣反复讨论多次，意见不一，遂“事不施行”。至元二十一年，丞相火鲁火孙与留梦炎等言：中书省臣奏，皆以为天下习儒者少，而由刀笔吏得官者多，认为“惟贡举取士为便。凡蒙古之士及儒吏、阴阳、医术，皆令试举，则用心为学矣”。后来许衡又议学校科举之法，主张罢诗赋，重经学，定为新制。元仁宗时虽然推行了科举，但在政治生活中并没占多重地位。因此有人认为，元代科举出身的官员仅占百分之四。元朝有“九儒十丐”之说，人分十等，儒生被排在第九位，只比乞丐处境好一些。这种说法反映了元朝知识分子社会地位、政治地位低下的事实。
修建大都早在元宪宗二年（1252）七月，成吉思汗的大将木华黎之孙霸都鲁就曾向忽必烈建议说：“幽燕之地，龙盘虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠。且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之所，非燕不可。”忽必烈开始萌发以燕京为都城的想法。1260年，忽必烈即位后，新任丞相安童和刘秉忠等人也建议以燕京为首都，认为漠南汉地已归我所有，中原、江南亦旦夕可下，故而定鼎、驻跸之所不应再在漠北的和林，即使开平也不宜定为首都，一是因为开平初建，人口稀少，农、牧、手工业都不太发达，很难满足一个大国首都的物资需求；二是交通不便，定都开平，也不利于对全国的统治。于是建议：可以参考唐朝的两都制和辽金的陪都制，以燕京为国都，以开平为陪都。这年下半年，忽必烈下令成立提点宫城所。刘秉忠、谢仲温等负责新城址的选定，城池、宫阙的规划，包括祖社朝市之位、经营制作之方等；张柔、张弘略父子、段天佑、也黑迭儿等行工部事，领导宫城的修建工作；郭守敬负责新都的水利建设。至元四年（1267）正月，刘秉忠受命营建新都城的宫城。作为一位精通儒学和佛教的著名学者，刘秉忠对元大都的总体设计基本上遵循了《周礼?考工记》的规定和《周易》中阴阳八卦的原则，而明清北京城则是在此基础上的进一步完善。
辨方正位，为天下本元大都城内东西南北各有9条大街，其中大街宽24步，小街宽12步，胡同宽6步，也符合“国中九经九纬，经途九轨”的说法
太庙位于齐化门内，社稷坛位于平则门内，一东一西，一左一右，也体现了《考工记》“左祖右社”的原则；朝廷及官署在南，市场则集中在积水潭北岸的日中坊，体现的正是“面朝后市”、“日中而市”的原则。
中轴布局，左右对称“中轴布局，左右对称”也是北京城和皇宫规划设计的一个重要原则，它体现了惟我独尊、皇权至上和“王者必居天下之中”的封建皇权思想。整个北京城的建筑布局都是围绕皇宫这个中心展开的，其中有一条贯通南北的中轴线。元大都是沿丽正门、灵星门、崇天门、宫城的大明门、延春阁出厚载门；明清时是从外城最南端的永定门北行，依次通过大明门（清改称大清门）、承天门（清改称天安门）、端门、午门、皇极门（清改称太和门），抵达皇极殿（清改称太和殿），再往北穿越景山中峰，最后至于鼓楼、钟楼，体现了皇城“中”与“正”的尊贵位置。而北京城前后起伏、左右对称、气象万千、恢宏壮美的建筑格局，也正是由这条中轴线而产生的。有些专家学者曾经做过实地测量，他们发现，从大明门到景山内万岁山距离为2500米，而从大明门到太和殿庭院中心的距离是1545米。二者相比，其比值正好是黄金分割率的0?618。古代的设计师将太和殿放在这个最佳位置上，如果不是偶然的巧合，真可谓是匠心独运了。
象天法地，敬天法祖元大都的规划和皇宫的建筑设计都蕴含着象天法地、敬天法祖的传统文化的内涵。元明清的皇宫都坐落于北京城的中心，象征的正是三垣中的中垣——紫微垣高居中天、永恒不变，体现了帝王的至尊、皇权的至重；中垣受众星拱卫，皇宫受天下朝贡，体现的则是万众所归、人心所向；皇城之内旧有积水潭，皇宫附近有北海、中海、南海，则取象于紫微宫后的天河银汉；三海之上建有琼华岛、广寒殿，又有瀛洲、太液池之称，象征的则是神话传说中的东海三神山——蓬莱、方壶、瀛洲；紫禁城中内廷三宫——乾清宫、交泰殿、坤宁宫正应三垣之数，而东西六宫则象征周围的12颗星辰；紫禁城中的乾清宫为皇帝所居，此地位于宫城之中，又属禁地；而天市垣在紫微垣之北，因此元代建城时市场设在紫禁城北面。
阴阳八卦，天地相合元大都城的规划布局，紫禁城的设计建筑，乃至三山五园等皇家园林的建设等，无不体现《易经》的阴阳八卦思想。比如，刘秉忠建造北京城时设计了11个城门，有的学者认为刘秉忠出身于佛门，当过和尚，认为北京地区原来是一片苦海，苦海中有孽龙存在。要镇住孽龙的惟一办法只有请托塔天王的三太子哪吒。他有三头六臂，北京城的南3门相当于哪吒的三头，东西城的6个门相当于他的六臂，而北城的两个门则相当于他的两只脚。《可闲老人集》有诗云：“大都周遭十一门，草苫土筑哪吒城。谶言若以砖石裹，长似天王衣甲兵。”也有一些学者不同意这种说法，如元代黄文仲在《大都赋》中说：“辟十一门，四达幢幢。盖体元而立像，允合乎五六天地之中。”《周易》中“天地之数，阳奇阴偶”，即天数1、3、5、7、9和地数2、4、6、8、10，取“天地之中和”，即将天位数的中位数“5”与地位数中位数“6”相加，合为“11”。因此，北京城11座城门的设计含有天地相合之意。从地理方位上看，南方为阳为天，故而南面城门为三，取象阳数；北方为阴为地，故而北门为二，取象阴数。其意也是与天地相合。
龙的世界，君权神授自古以来，中华民族的子孙号称“龙的传人”，而皇帝则被说成是“真龙天子”。龙是皇权的象征，因此皇宫就建成了龙的世界，龙无处不在，天子的威仪也无所不在。据统计，仅太和殿一处，就有龙12654条，若是把整个皇宫内的龙加起来，那可就是天文数字了。皇宫内的屋顶用黄琉璃瓦，三大殿台基高达8米以上，甚至大门门钉的数目也是最多的，这些都是皇宫最高地位的体现，是帝王“九五”之尊的表现。大都城是封建宗法礼制的象征，代表着帝王的权威，成为我国古代一处既具实用性，又有极强象征意义的礼制建筑群。
阴阳五行，象形化生阴阳五行学说在北京城和紫禁城宫殿的设计中也得到了充分体现。如紫禁城宫殿整体上分为外朝和内廷两部分：外朝为阳，在布局上有三朝五门，多用奇数；内廷为阴，在布局上有两宫六寝，多用偶数。两宫为乾清宫和坤宁宫（交泰殿为之后增建），六寝为东西六宫。外朝中路的三大殿坐落于土字形的汉白玉台基之上，土为阴阳五行之一，居于中央。把三台建成土字形，表示这里是天下的中央，同时，土也代表江山社稷，表明希望江山永固，社稷安定。“南三所”为皇子的宫室，由于幼年属于五行中的“木”，生化过程属于“生”，南三所的方位又是在东方，故都施以绿色琉璃瓦屋面。绿色为春天树木萌芽之色，象征旺盛的生命力，表现出皇帝对其后代所寄予的希望。而后宫中的太后、太妃的生化过程属于“收”，从五行上说，属于“金”，方位在西，所以太后的住所如慈宁宫、寿安宫、寿康宫都分布在西路。
城门宫殿，取意乾坤《日下旧闻考》记载：“元建国曰大元，取大哉乾元之意也。建元曰至元，取至哉坤元之意也。殿曰大明、曰咸宁，门曰文明、曰健德、曰云从、曰顺承、曰厚载，皆取诸乾坤二卦之辞也。”大都城南端的正门原来称为“丽正门”，合于“离”卦的卦辞“重明以丽乎正，乃化成天下”之意。北面的东门称为安贞门，则合于“坤”卦的卦辞“安贞之吉，应地无疆”。北面的西门称为健德门，取意于“乾”卦“天行健，君子以自强不息”，“大哉乾乎，刚健中正”。厚载门，则取意于“坤”卦“地势坤，君子以厚德载物”。正东门称为“崇仁门”，正西门称为“和义门”，则是体现了“立天道曰阴曰阳，立地道曰柔曰刚，立仁道曰仁曰义”的说法，含有“东仁”、“西义”之意。
