1939年9月，霍比特人已抵达林谷，远征的计划已经布置妥当。与此同时，英国9月3日宣战的消息也传到了牛津，很快就会改变所有人的生活。建筑物墙外都堆满成千上万包沙袋，每个市民都配备了防毒面具。铝盘和铁锅都被上交，用以制造枪炮子弹和坦克，实行灯火管制，人人都得提高警惕。在市中心，各学院的地窖和中世纪时期的地道也都被改作防空掩体，考试厅被征作军用医院，耶酥学院的板球室变成了临时收容所。整个城市，或者说整个国家到处都贴着诸如“节约能源”“为胜利而战”“为母亲而战——她并非软弱可欺”等标语。市郊的汽车制造厂的生产线上生产着一辆又一辆的坦克和飞机。
在诺思莫路20号的书房里，托尔金极力忘记外界世界的纷扰，沉浸在中土的幻想中。因为纸张短缺，所以《魔戒》中间部分的初草稿都是写在考卷背面和办公室零碎的纸片上。然而，战争还是不可避免地减缓了他的写作进度，尽管学生少了，他还是得以各种形式尽国民在战争时期应尽的义务。他对战争的看法和他所有的朋友一样，觉得完全是在荒谬地浪费生命、时间和精力。难道全世界还没从上次的世界大战中获取足够的教训吗？
托尔金毫无疑问是个爱国主义者，他热爱自己的国家，但他从来没有大英帝国的意识，他只认为自己是个英国人，他的祖先早在他出生两百年前就从欧洲中部来到此地，但他并不认同大英帝国的观念，更加不赞成英联邦协议，而认同更古老的传统。他自然痛恨希特勒，认为他是“无知之辈”。他为伟大的德国人民竟然被这样毫无价值的人所腐化感到无比愤慨。
早在战争爆发之前，他就已经深切意识到了。1938年夏，乔治-艾伦&昂温转来德国鲁滕-洛依林出版公司寄来的信，要求获得《霍比特人》的德国出版权，在信中，他们问托尔金是否有亚利安血统。
托尔金看信后极为愤慨，因为他知道出版社其实是想问他是不是个犹太人，他写了两封信，一封口气直爽，一封较缓和，但两封信都义正词严地回答了对方的提问，昂温挑了后者寄过去。让人惊讶的是，德国人并没有生气，仍然想买《霍比特人》的版权。
因为战争，写作速度缓慢了下来。因此，到1940年底时，三年过去了，托尔金才写到《魔戒》第二部，小精灵、霍比特人、小矮人和人类才刚发现巴林的坟墓，写作在此停止了整整一年。
这一间断的原因我们不得而知（这位老兄看来没有多少第一手采访资料，全然是查阅别人的记载和靠自己的揣测啊，这样也能写传记吗？）。1941年1月，托尔金的儿子迈克尔受了重伤被送进了医院，托尔金战时的义务工作更加繁重，到1941年底，他才又能重拾思路，继续写下去。
很明显地，在《魔戒》前半部分的写作中，托尔金还不太确定故事的方向。这时，金色森林国王与罗翰两个地方都还没出现，树须还是个不友好的角色，囚禁了gandalf而非saruman，而saruman当时也还没出现。
托尔金又写了一年，写到《流离失所》这一章（原第31章，成书后是第三篇第9章）。这是1942年12月，他想再写六章，整个故事便可结束。但到了1943年春，正当他打算处理好互相关联的主题，把松散的架构组成结局时，他发现自己的估计是错误的，故事不能这样写，因此整个工作到此又骤然停顿。
为了让故事得以问世，托尔金以《精灵宝钻》为指南，《魔戒》的前半部分一直谈过去的年代，有描述过去的歌曲和诗歌，也有暗示《精灵宝钻》的章节。这些描写为故事增添了极多的内容，并加深了故事的深度。《魔戒》开始不久的两段就是例子，在十一章的《黑夜刀光》中，阿拉贡提及辉煌的过去，全都取材于《精灵宝钻》的段落；后来在林谷，bilbo唱的那首伊伦迪尔的歌也是根据托尔金二十多年前所写的一首诗歌而来。
随着时间的推移，托尔金渐渐将《魔戒》的故事展现开来，新的小情节、线索和所有主题都尽情地浮现，托尔金发现自己无法忽视它们，这是故事的魅力，但同时也成为写作的困境，对托尔金说来，1943年的秋冬是他酝酿这部巨著最为艰难的时期，他完全停止了写作，部分原因就在于他过于被细节缠绕，以至于无法设计情节，还有一些压力，对他而言，这个工作是永无止境的，一方面，他感觉故事在深深吸引着自己，另一方面，光阴荏苒，昂温早已不再指望《霍比特人》的续集了，尽管托尔金一直写信告诉他们新《霍比特人》已近尾声（大忽悠），但他们深知托尔金是个完美主义者，许多编辑相信他们恐怕一辈子也看不到新书了，1942年发生了一件倒霉的事，因为存书的仓库遭空袭炸毁，《霍比特人》暂时绝版，托尔金和出版商一样感到丧气。
托尔金并未意识到他遭遇困境的原因，注重细节正是他一贯的工作方式，这方面的杰出才能也是《魔戒》和《精灵宝钻》神奇的特质，就是因为探索整个故事的各个层面，用丰富的色彩对故事背景进行渲染，才使托尔金的著作蕴涵着更为深邃的思想，更使人信服，但他也经常会被错综复杂的情节和无数细节所淹没，因此不能透彻地看清整个故事，而日常生活中的一件小事就会在他的潜意识里引发更深层次的思考。
他的邻居偶然说起她屋外的白杨树因为修剪，许多树枝落下来，可能会造成安全隐患，在雷雨天气来时，树可能会倒在她房子上。托尔金向来是个爱树之人，他认为老太太杞人忧天，婉言劝她别把树砍掉，那天晚上，托尔金梦到了这件事，当他醒来，就写下了一篇自传性质很强的故事《尼格的树叶》。故事主角尼格是位画家，成天迷于修改多年来一直未完成的画的细节。他知道来日无多，死神很快就会将他掳走，但又因为诸多琐事，总难以专心，终未能在死前完成作品。接着故事转入描写尼格在炼狱中重画自己的作品，在上天堂之前，终于能完成心愿。这是托尔金写作困境的寓言，他曾向当时正在南非服役的儿子克里斯托弗说，每写一页纸都使他感到极度痛苦，每一段情节对他都是一种考验。
1944年夏天，托尔金继续写作。到七月时，他已将写至第四篇（即后来的第二册《双塔》末尾）。这时，frodo已被魔兵抓住，merry和pippin则准备在即将到来的几场大战中大展身手。阿拉贡和甘道夫获得了力量，已做好迎接命运的准备。托尔金已经完成了四分之三，虽然他自己当时还不知道。但是，1944年秋，写作工作又全都停了下来。这一回托尔金是真的筋疲力尽了。
这一次中断历时一年多，也是这本书自八年前开始写作以来最长的一次停笔。欧洲的战争已经于1945年5月7日结束了，克里斯托弗回来继续他的大学学业，刘易斯曾一度做过他的导师，到了秋季，刘易斯建议他加入因克林。在托尔金的所有孩子中，他与父亲的写作关系最密切（他后来是他父亲著作权的执行者和编辑），c.s.刘易斯说他可以将《霍比特人》和《魔戒》朗诵得比原作者还要精彩。
那年夏天，托尔金被聘为默顿学院英国语言文学教授，与原来所在的彭克鲁克学院相比，他更喜欢默顿学院较为自由的气氛，而且他的薪资也略有提高，但仍不足以解决他的经济困难，托尔金的儿子们都已离开了家，约翰当了牧师，住在英国中部，迈克尔已经结婚，有了一个儿子，克里斯托弗成了学者，这个家不再需要诺思莫路20号这么大的房子，如果把房子卖了，对托尔金的收入大有帮助（但未来三年他们住的房子又小又难看，最使他苦恼的是他失去了宽敞舒适的大书房，取而代之的是一个屋顶低矮的小阁楼）。
在战争结束后的两年里，托尔金一点一滴地辛勤耕耘，直到1947年夏天，他感觉自己可以将一部分稿子交给他最喜欢的小批评家雷纳?昂温看。此时雷纳已经是牛津大学的学生了。
7月28日，托尔金在伦敦与斯坦利?昂温共进午餐，并将《魔戒》的第一部分交给他，雷纳花了几天时间就将它读完，并被强烈地吸引住了。他在读书报告中称《魔戒》为一本奇异的书，与《霍比特人》有着极大的不同，他并不算是真正写给儿童读的，如果成年人有耐心一读，将会从中获益匪浅。公司当然愿意出版本书。托尔金到了极大的鼓舞，但他仍然拖着不肯将它写完。故事情节全都设计好了，各条线索也安排妥当，但托尔金就是没法在这断断续续耗费他十年心血的史诗作品上再投注心力。正像他早年写《精灵宝钻》时对每一个细节呕心沥血，却一直不能确定它已真正完成一样，他因为太投入到中土世界，而无法把书中的角色带到最后一页，甚至最后一章。
1947年底，他终于将故事全部写完。但在后来的两年里，他又一再修改，甚至重写其中的片段，他回到前面的章节穿插说明文字，把所有松散的丝缕合并一致，最后，到1949年秋，他终于停笔。整部传奇重新打字定稿，终于可以拿出来让人阅读了。而他想到的第一个读者便是他的朋友c.s.刘易斯。
