接着，串通诸臣开会，压他们表态支持立福王。可是，谁也不敢提出自己的想法。吕大器负责执掌礼、兵两部印，迟迟不到会，给事中十九人联名送帖，令其速来，吕大器这才从容而至，不肯附和立福王的意见。会议从黎明开始，一直议到中午，还没议出结果。给事中李沾厉声说：“今日有异议者，以死处之！”刘孔昭怒气冲冲，当面大骂吕大器，不得出言惑众！韩赞周大叫：“快取笔来！”吕大器在他们的威胁下，再也不敢说话。与会诸臣心怀恐惧，不敢持异议。【《爝火录》，卷3，200页。】史可法得知情况，无可奈何，被迫同意立福王。【《明季南略》，卷1，6~7页，“南京诸臣议立福藩”。】立新君的大事几经周折，在马士英等人策划下，就这样定了下来。福王朱由崧已到了仪征，南京方面派出礼部官员前往迎接。
崇祯十七年五月十五日，福王朱由崧在南京即帝位，以次年为弘光元年。
朱由崧一即位，马上封赏百官。以史可法、马士英为兵部尚书、张慎言为吏部尚书、高弘图为礼部尚书。史、马、高三人俱为东阁大学士。其他各官都得升授新职晋爵：进黄得功为靖南侯、左良玉为宁南侯、高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。史可法提出，分长江以北地区为四镇：命刘泽清辖淮海，驻于淮北，经理山东一带军事；高杰辖徐州，泗州（安徽泗县），驻于泗州，经略山东、河南开（州）、归（德）地区的军事；刘良佐辖凤（阳）、寿（州），驻于临淮（安徽凤阳东、淮河南岸），掌管河南陈（州）、杞（县）一带军事；黄得功据滁（州）、和（州），驻于庐州（安徽合肥），经理光（州）、固（始）地区的军事。各镇设额兵三万，所需额粮钱，由各镇自行征取。各辖区军民，州县各官均听本镇节制。设督师一人驻扬州，节制四镇。【《明季南略》，卷1，26~27页，“史可法请设四镇”；《小腆纪传》，卷1，3页，“弘光上”。】
这四镇大都与农民军所占地区接壤，设置的目的，就是以四镇阻挡农民军南下，并以此作中兴计。史可法说得很清楚：“国家设四藩于江北，非为江左偏安计也，将欲立定根基，养成气力，北则为恢复神京之计，西则为澄清关、陕之图，一举而遂归全盛耳。”【《明季南略》，卷2，77页。】
马士英果然以拥戴之功格外受重用。朱由崧下达旨意：“马士英保障东南，肤功更著，着加太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。”【《明季南略》，卷1，27页。】本来，他应出外督师，诸臣也希望他去，把史可法留在南京，主持大计。但马士英根本就不想离开南京，企图把持朝政，就对史可法虚情假意地说：“您的威名素著，军士们都钦佩您。您能经营于外，而我居中，各帅听令，一切事都好办。”史可法明白他的意思，也想避开他，就说：“居者守，行者御，莫能偏废，敢辞难乎！”向朱由崧请求到扬州督师。南京城士民听说史可法要出镇扬州，舆论哗然：“为何夺我史公？”太学士陈方策等人上疏：“淮扬，门户也；京师，堂奥也。门户有人而堂奥无人，这能行吗？”朱由崧正倚重马士英，不愿他出镇督师，拒绝了舆请，下达旨意：“辅臣可法，身系安危，朝廷鉴知已悉。”【《爝火录》，卷3，162~164页。】批准史可法去扬州督师，特加太子太保衔，令百官至郊外饯行。
朱由崧即位一个多月，说话谦和，处事谨慎，待人平和，拘拘守礼。他听从各方面的建议，选贤任能，部署军事，判定施政措施，宣布实行“国政二十五款”，颇有一番维新的气象。人们对“中兴”大业抱有希望。
但是，这一切都不过是表面现象。从弘光政权成立时起，就已经重开党争，党同伐异，而且愈演愈烈。以马士英为首，结党营私，排斥异己。他起用崇祯钦定的“逆案”（指魏忠贤案）中在册的人物阮大铖，进而加剧了这一斗争。像正直的大臣大学士张慎言、高弘图、吕大器、姜曰广等先后被排挤出朝廷，史可法在外督师，受到孤立。马士英操纵朝政，“浊乱国是”。弘光朱由崧变改初衷，原形毕露，他“深居禁中，惟渔幼女，饮火酒，杂伶官演戏为乐”。他大兴土木，修兴宁宫，建慈禧殿，靡费了大量资金，开宴、赏赐无度，已使国库“匮乏”、“朝政浊乱”。【《明季南略》，卷2，104页。】
且不说弘光政权如何腐败，在面临战争这个关系命运存亡的问题上，也是举足失措。他们天天讲“讨贼”、喊“中兴”，报君父之仇，把主要危险和敌人看成是李自成和张献忠等农民军，以全力防御。其实他们对北方的情况一点也不了解，还看不到威胁南明存亡的已不是农民军，恰恰是清政权。六月间，史可法在《款清灭寇疏》中，还强调：“目前最急者，无逾于办寇矣。”事实是，农民军已被清、吴军击败，退到陕西后，一蹶不振了。而清已据有北京及其畿辅地区，正在准备南下。史可法及南明决策人还不以为意，说：“但清既能杀贼，即是为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特宥其前辜，借兵力之强而尽歼其丑类，亦今日不得不然之着数也。”
他们把清入京看成是帮助明朝复仇的友好举动，主张继续借用清兵全歼农民军。【《爝火录》，卷4，235页。】在此之前，马士英先自提出：“若可羁縻专力办贼，亦是一策。”【《爝火录》，卷4，231页。】他认为，崇祯末，授意陈新甲与清议和，当时是“下策”，而“今之上策也”。【《爝火录》，卷3，189页。】与清议和，实行“联虏击寇”的方针，是举朝一致的意见，已成为南明一项国策。殊不知清朝岂能满足于北方数省之地！他们对清抱有不切实际的幻想，不久就被冷酷的现实所打碎。
南明统治集团对吴三桂抱有同样的幻想。当他们陆续得到三桂战败农民军的“捷音”时，无不兴高采烈，“举手加庆”，简直把吴三桂看成了大救星、大英雄！太仆少卿万元吉盛赞吴三桂“惟凭忠义，当闯百万，遂能屡挫贼锋，凯奏收京，功成勒鼎”【《爝火录》，卷4，249页。】。南明群臣都捧他，把他比作中兴唐朝名将郭子仪、李光弼，与郭、李“同功”。【《明季南略》，卷2，66页，“贺士奇言慎刑赏”。】还有的甚至说：“吴三桂克复神京，功在唐郭、李之上！”【《爝火录》，卷4，222页。】大学士马士英向朱由崧奏报吴三桂战败农民军的事，朱由崧大夸“三桂倡义讨贼，雪耻除凶，功在社稷”【《爝火录》，卷3，197页。】。
他们以为，有吴三桂的累战累胜，又有清兵的援助，感到明朝中兴有望。于是，纷纷建议要同三桂取得联系，派兵进至黄河一带，与三桂成“犄角”之势，可置农民军于死地。有的提出：“宜速檄三桂提全师，及号召秦晋两边宿将义旅，并力入秦”，与左良玉部“前后夹攻，指顾扫灭（农民军）”。【《爝火录》，卷4，221页。】为了鼓励吴三桂效忠南明，不惜封爵之赏。大学士马士英首先建议，对“吴三桂宜速行鼓励，接济其用”【《爝火录》，卷3，189页。】。五月二十八日，朱由崧赐封吴三桂为蓟国公，子孙世袭，【《小腆纪年附考》，卷6，21页。】加赐坐蟒滚纻丝八表里、银二百两。户部发银五万两、漕米十万石，责令沈廷扬负责，自海道运送给吴三桂。其他有功将士，由吴三桂开列名单，以便给予升赏。【《弘光实录钞》，卷1，172页。】参见《爝火录》，卷3，197页，【《明季南略》，卷1，40页。】
在给吴三桂封爵时，南明弘光政权还不知道他已降清，还认为他借了清朝的兵平息了农民军，对国家创下不世之功。他们所提建议都不过是不合实际的一厢情愿。当然，他们也根本不知道清兵此次进关的目的，一直把它当成是扶危济困的“义师”。为此，弘光政权打算派一个代表团，前去北京。一则对清出兵为明复仇表示感谢之意，同清议和，平分江山；一则面见三桂，把勅书与封赏交给他，以使他为南明效力。
代表团由三人组成：以左懋第为正使，陈洪范、马绍愉为副使。为重事权，特加左为兵部右侍郎、兼都察院右佥都御史，加给兵部职方司郎中马绍愉太仆寺少卿，进总官兵陈洪范为太子太傅左都督，还有锦衣卫祖泽溥作为重要随员同行。七月六日，朱由崧召见他们，托以重任之事。尚书顾锡畴起草的《恭拟祭告陵园文》、《祭告大行皇帝后文》、《吴三桂封爵制书》、《勒谕铁券》、《黎玉田、高起潜勅命》、《谕宣北京人民》、《谕宣彝御书》等七个文件，进呈朱由崧过目，然后交付左懋第等携带北行。经与会诸臣讨论，确定了北使议和的方针，一致同意颁赏吴三桂。【《明季南略》，卷2，135页。】授权使团执行如下命令：在天寿山特立园陵，为崇祯改葬，与清议和，可割山海关外地，每年给钱十万为限；往来国书按古称“可汗”；通使礼仪，宜遵“会典”，不得曲膝，以致辱命。【《小腆纪年》，卷7，4页。】
