一年后，这位大明的最后一个太子突然出现在浙江金华，很快被弘光政权得知，护送至南京。经明朝老臣和太监辨识，有说是真太子，有说是假冒。福王惟恐是真太子，害怕夺了他的皇位，也支持假冒的说法。而持“真太子”说的大臣就不敢再坚持了。福王下令严刑拷问，必使这个青年人承认假冒，以便斩草除根。消息很快传到各镇将耳中，议论纷纷。宁南侯左良玉确信此人系真太子，上疏请求“保全太子，以安臣民之心”【《爝火录》，卷9，420~422页。】。福王批答，予以驳斥。左良玉不服，心中不平，而马士英又裁他的兵饷，进而激怒了他。他的部属都气愤不过，极力鼓动左良玉兴师问罪。于是，左良玉发布讨马士英的檄文，并率本部人马赴南京“清君侧”。武昌成了一座空城，自成毫不费事地进占了全城，改称“瑞符县”，驻留长达五十余天。
阿济格、吴三桂等随后尾追到武昌，把城包围起来。自成命刘宗敏、田见秀指挥五千步骑兵出战，结果又被清军击败了！在强大的清军的进逼之下，大顺军无心作战，大量逃亡，不少人投降了清朝。自成眼看武昌守不住，被迫弃城，继续向东撤退。四月初，清军与吴三桂部分水陆两路尾追至兴国州（湖北阳新县）附近的富池口，与大顺军遭遇，乘其不备，再次给予重创。大顺军沿江奔向江西九江。同月下旬，进至距九江四十里的地方，安营扎寨。清军随后追到，双方展开大战。清军攻破大顺军老营，李自成部众被彻底击垮，全军覆灭，他的大批将领或被歼或被俘，还有的投降了清军。和硕英亲王阿济格、吴三桂把自西安至九江追剿农民军的情况作了如下奏报：
流贼李自成亲率西安府马步贼兵十三万，并湖广襄阳、承天（湖北钟祥）、荆州、德安（安陆）四府所属各州县原设守御贼兵七万，共计二十万，声言欲取南京，水陆竝（并）进。我兵亦分水陆两路蹑其后，追及于邓州、承天、德安、武昌、富池口（湖北阳新县富水附近）、桑家口、九江等七处，降者抚之，拒者诛之，穷追至贼老营，大败贼兵八次，兵尽力穷，窜于九公山……
阿济格在这份奏报中，具体地开列了在九江一战中所获得的战果：“俘自成两叔伪赵侯、伪襄南侯并自成妻妾两口；获金印一颗，又获伪汝侯刘宗闵（敏）并一妻两媳、自成养子伪义侯姜耐、伪齐侯顾英妻、伪总兵（原明降将）左光先并一妻三子，及术士伪军师宋矮子（即宋献策）。”清军追剿李自成总计，“凡十有三战，获驼三十一、马嬴六千四百五十、船三千一百八艘；又有故明宁南侯左良玉子（左）梦庚。总督袁继咸、守道李犹龙、巡按黄澍率总兵十二员、马步兵十万并家口，泊舟于九江之东流县界扬子江中，俱投降，共带大小船艘四万。合计河南属城十二、湖广属城三十九、江西属城六、南京属城六，共六十三城，已尽设官抚定矣。”【以上见《清世祖实录》，卷18，4~5页。】
阿济格、吴三桂率部自陕西而南，转而沿江东下，一路势如破竹，剿抚并用，拓地开疆，全歼李自成主力，收降南明左光先之子左梦庚及其大批将士达十万余众，缴获数以万计的军需和其他大量物资，取得了重大战果。特别是歼灭了李自成主力和俘获刘宗敏、宋献策等重要人物，是对农民军的致命打击，因而从根本上解除了清政权的一个心腹之患，也解了三桂的心头大恨。他为父报仇，向阿济格提出，把刘宗敏交给他，欲施千刀万剐，来祭祀其父的亡灵。阿济格不敢迁就这一要求，说：“国法规定，不得任意行刑。”他按照刑法规定，把自成的两位叔父和刘宗敏“斩于军前”。【《清世祖实录》，卷18，5页；参见《流寇志》，卷14，226页。】
其他重要人物如何处理，阿济格、吴三桂的奏报中没有涉及。据信宋献策和左光先等都投降了清朝。【谈迁《北游录·纪闻下》，“宋献策”，另见《清世祖实录》，卷40，5页。】丞相牛金星父子也已逃跑，投了清军，其子牛佺（或铨）后被委任为黄州知府，又升任湖广粮储道，牛金星得到清政府的保护，安度晚年至死。【《清世祖实录》，卷45，12页。】据载：户科给事中常若柱劾奏“闯贼伪丞相牛金星从闯为贼，弑君残民，抗拒王师，力尽始逃，是王法所不宥者”。他还指责其子牛铨“同父为贼，今冒滥为官……”，要求将他们父子“立正国法，以快人心”。世祖认为，此奏“殊不合理”，指示给常若柱处分。
关于李自成的下落和最后结局，阿济格、吴三桂作了这样的报告：
在江西九江击败大顺军后，其余众“窜入九公（宫）山，随（遂）于山中遍索自成不得，又四方搜缉。有降卒及被擒贼兵俱言自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不能脱，遂自缢死。因遣素识自成者往认其尸。尸朽莫辨，或存或亡，俟就彼再行察访。”【《清世祖实录》，卷18，4页。】
阿济格、吴三桂的报告是不准确的。他们从降卒的传闻中得知自成自缢而死，当找出认识自成的人去辨认其尸时，因尸体已经腐烂，无法辨识，便又不敢肯定自成或死或逃，所以才表示再作进一步察访。
其时，李自成确系已死。究竟死于何处、何时、因何而死，史书记载最为分歧，今人对此亦论断不一。以死地而言，有通城、通山、辰州、新昌等说法；以死的时间而言，有顺治二年四月、五月、六月、九月【《明史·李自成传》，卷309。】等说法，有的甚至定为顺治三年，乃至康熙年间。除此，还有未死之说，认定李自成出家当了和尚，则有五台山、武当山、湖南石门夹山寺、野寺（湘黔交界的清水江之畔）诸寺庙为僧的种种奇说轶闻。所有这些说法，都不符合事实。考史书各说及今人的深入考证，可以确认李自成战死于湖北通山县九宫山下。
李自成之死的经过是这样的：
李自成在兴国州（湖北阳新县）附近的富池口被清军击溃后，他自率约3万人的部队向西南方转移，中途将此部队交由“他贼统之”，奔向江西。而他自己只率18骑（有写20骑，有写28骑等），直插通山县，计划翻越九宫山到江西，与大部队汇合。九江大战，大顺军溃败，刘宗敏等重要骨干被俘，显然战斗时，李自成没有在场。因为他与少数亲随自走一条路，目的也是为了迷惑清军对他的追击，因此暂时躲过了九江之战的劫难。可是，当他来到通山县九宫山下，路经李家铺河滩时，厄运突然而迅速地降临在他的面前！
自成在李家铺饮马时，不曾料到清军突至，慌忙迎战，边战边逃。他的随从瞬息间败亡已尽，他只剩下孤身一人，单骑逃脱，他沿着九宫山迤西一线羊肠山路向江西宁州方向逃去。他慌不择路，经小源口，误入葫芦造。从九宫山口的李家铺到小源口，约35里，再前行七八里，便是长约两里许、两边山势峭壁、中有一线之通的葫芦造。自成从这条无人迹的沟中走出，面前有一岭，叫牛迹岭。他必须翻过此岭。正赶上大雨滂沱，他只好下马，用手牵着，步履艰难地一步步登岭。他从岭上下来，已疲惫不堪，还要翻越小月山。山下就是山里朱寨，是程姓的聚居地。自成突然出现在山里朱寨墙外，惊动了山下程姓族人。
就在这时，源口寨乡勇头目程九百领着一群乡勇，翻过小月山，前来追击李自成。因为到处是崎岖的山路，无法骑马，程九百就与李自成以手搏斗，两人厮打在一起，滚到泥潭之中。自成已占上风，坐到了程九百的臀下，想抽出腰刀杀死他。刀原有血渍，鞘又灌进了泥水，抽不出来。程九百拼命呼救，他的一个外甥姓金，适巧赶来，便举起铲，照定自成头部，狠狠一击，自成当即遇难身死。这正是顺治二年（1645年）五月二日。
【关于李自成牺牲的经过，详见《荒书》、《弋闯志》、《通山县志》等书。转引自童恩翼：《李自成通山之死实地考察记》，载《武汉师范学院学报》，1983年第3期。该文对自成死地和死时等均作了令人信服的考察。】
〔编按：最新文献显示，李自成于湖北通城县九宫山元帝庙，被姜姓村民打死。〕
一代英雄，农民战争的杰出领袖李自成，就在阿济格、吴三桂的穷追之下，终于牺牲了生命！尽管吴三桂没有直接杀害李自成，但他对李自成的死负有不可推卸的责任。
