三桂追击永历，已到了边界尽头，鉴于磨盘山的教训，不敢穷追。二月三十日，吴三桂与诸将帅自云南西部中缅边界经由永昌、大理、姚安等地胜利班师。
在三桂返回昆明途中，溃散在云南的永历旧部纷纷投降。三月十一日，行经姚安时，永历东阁大学主张佐辰、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、都察院钱邦芑等一批官员159人，先后降清。【《庭闻录》，卷3；参见《爝火录》，卷29，933~934页。】同时，他选用了部分降官任职，命王在极为金仓守道、卢桂生为大理府知府、倪巽生为姚安知府、米聪为顺宁知府。
二十三日，三桂与各将帅及其所部回到昆明，从而结束了这次为时一年的军事行动，以南明的彻底失败而告终。
云南是南明永历政权的根据地，苦心经营了十余年，实力较为雄厚，对三桂的征剿做了比较顽强的抵抗。这个政权同已灭亡的弘光、隆武政权一样腐败，内部的不断党争和相互倾轧，严重地削弱了自身的力量，而在三桂等强兵猛将的进攻面前，总是惊慌失措，没有作拼死的抵抗，加之指挥失误，招致军事上一败涂地。在短短的两个多月时间里，竟把云南全盘丢掉，最后连安身之地也化为乌有，被迫投到缅甸避难。
吴三桂自1644年降清，从东北一直打到云南边陲，驰骋中国南北大地，历15年之久。他立下的不世之功，已填满了清朝为他准备记功的功劳簿。清朝廷肯定不会亏待他，将用更高的赏格来酬谢他！
七、留镇云南
吴三桂、多尼、赵布泰三路大军，从北至南，横行云贵，以破竹之势，扫荡南明永历政权，击败其十万之众，把它撵得东奔西逃，以至无立足之地，最终逐出中国境内。吴三桂在云贵的胜利，对清朝具有重大意义。永历政权在云贵割据十余年，有孙可望、李定国、白文选、刘文秀等一大批猛将和久经战阵的农民军余部的扶持，实力相当雄厚。他们以云贵为基地，联络四川、湖南，威胁山陕。李定国曾试图打破两广的阻隔，欲与沿海的郑成功联成一气，如此举成功，就会造成相当时期内的东南、西南与南方等地区跟清朝的对峙，清朝也就难以实现它一统天下的政治目标。局势的变化，并没有使南明如愿以偿。
尽管李定国对两广的多次努力归于失败，却保住了对云贵的牢牢控制。而在四川，也保有川东与川南的地盘。在三桂进川的前后，清军曾与农民军余部、南明展开了激烈争夺，付出了很大代价。朝廷对此不能不有所忧虑。它忧在永历政权的存在，不仅阻碍它的统一，从长远看来，势必会危及它已得到的胜利。因此，世祖和他的诸臣在决定对云贵用兵时，不惜厚集兵力，投入一切财力、物力，务收一劳永逸之效。
三桂等人没有辜负朝廷的期望，仅以整整一年的艰苦作战，以完全的胜利实现了朝廷的衷心之愿，最终把云贵置于它的统治之下，从而彻底解除了它的“南顾之忧”，使它刚刚建立的统治得到了进一步的巩固。这时，除了东南沿海厦门、漳州等地区尚控制在郑成功之手，整个大陆基本实现了新的一统局面。因此，“滇黔底定，率士同欢”。朝廷视此为国家一大喜事，群臣要求，“所有祭宣示典礼，应如仪举行”。世祖也忍不住内心的喜悦，对此批示道：“祭告典礼著察例具奏。大兵开服滇黔，业成一统，皆赖上天眷命，太祖太宗功得贻庥，非朕德威所能自致，何敢居功！”他不敢居功，便取消“宣捷表贺”等典礼【《清世祖实录》，卷123，11页。】，指示可祭告天地、太庙、社稷。此典礼在九月举行。【《清世祖实录》，卷127，3页。】清朝的这番举动，足以说明它对云贵何等重视！
此次用兵云贵，虽说三路进军，三桂亲自指挥的一路军却发挥了重要作用，尤其向云南推进时，三桂一路领先，承受了主要战场的作战任务，同李定国的精锐展开激战，冲锋陷阵，独得头功。朝廷给赏，自然不在话下。但朝廷首先考虑的是，如何巩固对云贵的占领，加强对这两省的管理。所以，云贵一经克捷，立即选任大吏任职。
顺治十六年正月，世祖指示吏部：“云贵地方初辟，节制弹压，亟需总督重臣。贵州巡抚赵廷臣，久历疆，堪胜此任，著升云贵总督，其贵州巡抚员缺，著以山西按察使卞三元升补。应加职衔，尔部酌议具奏。”【《清世祖实录》，卷128，4页。】
世祖亲自点了名，吏部只能“遵旨”照办。过了几天，吏部回奏：赵廷臣原系都察院右佥都御史职衔，现应升兵部右侍郎兼都察院右副都御史，总督云贵等处地方军务兼理粮饷。卞三元应升都察院右副都御史，巡抚贵州，兼理湖北、川东等处地方，提督军务。吏部完全是照皇帝的旨意拟的决定，当即得到世祖批准。【《清世祖实录》，卷123，12页。】
二月间，提升广西浔州府同知曹士奇为贵州布政史司参议，分守贵宁道；提升分巡苍梧道佥事李本晟为云南按察使司副使，管按察使事。【《清世祖实录》，卷123，21页。】
新的任命，很快轮到了吴三桂。此事是由经略洪承畴提出来的。在吴三桂三路大军夺取云南已成定局时，他亲自从贵阳赴昆明，察看形势，立即向朝廷请示：云南山川险峻，幅员辽阔，非内地可比。请命议政王贝勒大臣密议：三路大兵作何分留驻守？贵州中路汉兵、广西汉兵，作何分布安设？在另份奏疏中，又说：云南同贵州相比，“尤为险远，土司种类甚多，治之非易”，所以，元朝用亲王坐镇，明朝以黔国公沐英世守。他要求议政王贝勒大臣“为久长计，苗（吴）兵驻镇，俾边疆永赖辑宁”【《贰臣传·洪承畴传》】。兵部讨论了此事，议决：应留拨大帅官兵镇守云南。事关重大，请世祖作出裁决。世祖命议政王大臣会议讨论。他们提出，平西王吴三桂、平南王尚可喜、已故靖南王耿仲明之子联继茂三藩，应移一王驻镇云南。在云贵收复后，汉中已属内地，兼有四川阻隔，不必派藩王驻防。应移一王分镇粤东（广东）、一王分镇蜀中（四川）。三位藩王驻何地，“恭候上裁”。
议政王大臣会议没有明确提出三王各应驻何地，但倾向性意见已属明显。尚可喜与耿继茂已驻广东，家口随带。以两王能力而论，显然尚氏为高。广东地处南疆，临海，与郑氏势力相近，必有一能力强的藩王驻守，无须考虑，应推尚可喜镇守广东为宜。三桂与耿继茂，无论从能力、资望，两者都不能相提并论。洪承畴和廷臣都强调云南地方辽阔，情况复杂，而且永历还在边界外，李定国尚隐蔽在云南山林之中，仍是一大隐患。显然，镇守云南，非三桂莫属。三桂南征云贵时，已将家口随军搬迁，这预示着他不再回汉中。至于四川，有云贵为保障，已属内地，朝廷不以为扰，由耿继茂镇守也成自然之事。
顺治十六年三月二十三日，这天恰好是三桂率师回到昆明，而世祖在北京作出决定：命三桂驻镇云南、尚可喜驻镇广东、耿继茂镇守四川。【《清世祖实录》，卷124，14~15页。】关于继茂的驻镇地又有几次改变。到十二月，改命移镇广西。【《清世祖实录》，卷130，16页。】次年（顺治十七年）七月，世祖突然下令：耿继茂“停赴广西，率领全标官兵并家口，移驻福建”。【《清世祖实录》，卷138，14页。】吴、尚、耿三藩驻镇地就这样确定下来。
吴三桂是否愿意留镇在遥远的天涯之地——云南，无法揣度。但有一点可以肯定，他离开辽东家乡时还是一个刚满三十岁的青年人，到此时已在外奔波十五年，论年龄，也已四十五岁，大概不愿再回到那经战争残破而荒凉的关东，他已过惯了南方的生活。还有一点也可以肯定，三桂明白，朝廷把一个新辟的大省交他镇守，是对他的器重与信任。跟尚可喜相比，他们的地位是平等的，但在很多方面得到更多的优待；跟继茂相比，虽同是王爵，更占有明显的优势。何况论年龄与资望更在三桂之下，不过驻四川罢了。所以，比较之下，三桂驻云南，从心里不该有异议吧！
