三桂得到消息，没有轻敌，决定亲自率部平叛。九月二十一日，他从昆明出发，直奔石屏（云南石屏）。那嵩遣朱养恩屯兵老武山，为其外援，又设伏大竹箐，以待吴兵。石屏土官龙世荣知道那嵩之计，便引导吴三桂绕行别道，至伏兵之后。十月九日，三桂至沅江，兵锋甚盛，朱养恩不敢救援。那嵩乘夜，出兵劫吴营，被击退，三桂下令掘壕，立木城围困沅江，又造浮桥，遏其水路。直至十一月初四日，沅江仍没有攻下。三桂向城内射去一封信，劝诱兵民活抓那嵩投降，否则，城破之日，将全城人都杀死。
那嵩也向城外射来一封信，罗列三桂入关以来罪状，而且还署其旧职衔，称“山海关总兵吴三桂开拆”，三桂读后，大怒，挥军急攻，十一月六日，将城攻破。吴兵争先进城，那嵩从北门驰回家中，与妻妾登楼举火自焚，其子那焘、女婿等至亲都各回自己的住室自焚，许名臣、许世勋等自杀，高应凤、孙应斗、周长统、马秉忠四人被俘。【《庭闻录》，卷3。《清世祖实录》，卷130，11页载：高应凤等被歼于阵中。】吴兵进城，大肆屠杀，不少百姓死于非命，据载：“屠其众十余万”。【《明季南略》，卷15，481页。】
三桂平定了沅州之乱，局势很快安定下来，率部于十二月二十三日还军，回到昆明。
顺治十六年十月二十二日，当三桂正激战于沅江时，世祖下达命令，授三桂全权治理云南。他指示吏、兵二部说：当云南“初定之时，凡该省文武官贤否，甄别举劾，民间利病，因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂该藩（指三桂）总管奏请施行。内外各衙门不得掣肘，庶责任既专，事权归一，文武同心，共图励策，事无遗误，地方早享升平，称朕戡乱柔远至意。俟数年后，该省大定，仍照旧令各官管理。其应行事宜，尔等即行议奏。”【《清世祖实录》，卷129，9~10页。】
吏兵两部举行会议，根据世祖指示，做出如下决定：“云南省凡应行事宜，听该藩遵奉上谕举行，各衙门应遵旨，不得掣肘。至于云南通省文武大小官员，悉听该藩酌举人地相宜者补授候题，请到该部之日，议复实授。如无应补之人，该藩题明前来，臣二部即行另补可也。理合会复，恭候命下，臣等遵奉施行。”
十一月初一日，世祖批准了吏兵两部的决定。【《明季南略》，卷15，482页。】
世祖和吏兵两部把云南的人事权、民政、军事、钱粮及一切事务，包括对地方的兴利除弊，实施各项措施等所有权利都授给三桂掌管，由他直接请示世祖批准。地方官员，从总督、巡抚到各政府部门都不得干预。吏兵部甚至把任免官吏权也交给三桂，凡他提名的，吏兵部不过履行任免手续罢了。这样，三桂集军民政财文大权于一身，成了凌驾于地方官之上的“太上皇”，实为世祖钦定的代理人。
世祖对云南和对三桂实行了特殊的政策，除此，在任何他省都无此规定。世祖说得很清楚，这是由于云南的特殊情况而采取的特殊政策。因为云南为“远徼重地”，又是“初定”，局势还不稳定，不得不由军事上一强有力的人物掌管一切，“事权归一”，以便应付紧急情况的出现。责成三桂掌管一切，实则是对云南实行军事管制。同时世祖也明确说明，此系暂行办法，不是永久不变，等数年后，云南形势“大定”，各职权仍归各官负责。然而，世祖和其廷臣的这一良好愿望，随着时间的推移和形势的变化竟走向了反面，为三桂培植个人势力和威望创造了条件，给国家酿成了一大隐患。
世祖把云南的一切大权授给了三桂，其他统帅也陆续调离云南。多尼于十二月奉命回京，预定十七年五月到京。【《清世祖实录》，卷135，16页。】征南将军赵布泰于次年二月率部班师【《清世祖实录》，卷132，3页。】，线国安也在此之前调回广西。【《清世祖实录》，卷130，4页。】经略云贵的总督洪承畴也在云贵基本平定后，因目疾发作，不能正常理事。他的右眼久已失明，左眼已“昏聩”，行路须人扶持，“文字不能看见”。他自感身体衰朽，“精力已竭”，不能经理粮饷各事，上奏再三恳请解除职务，休养治病。【《明清史料》丙编第2本，9页“经略洪承畴揭帖”。】世祖予以批准，要他回北京“调理”。【《清世祖实录》，卷129，10页。】
承畴与三桂早在关外降清前，已结成世交，三桂以晚辈待承畴，十分敬重，关系很深。降清后，他们继续保持密切关系，而此次又同征云贵，承畴总经略其事，无处不关照他，自无疑问。及战后，承畴又提出以一王镇守云南，仿元、明两朝成例，世守此地。他明里暗里举荐三桂，为他谋得永固的地盘。所以，三桂得以留镇云南、与承畴的支持确有一定关系。承畴行前，三桂同他密商今后大计，问以“自固之策”。承畴神秘而坚定地说：“不可使滇一日无事也。”三桂顿时领悟，立即“顿首受教”【《庭闻录》，卷3。】。承畴的谋略，就是要让云南不安定，始终处于紧张的状态，朝廷就不会收回给予三桂的一切权力，使三桂的地位日益巩固。承畴于顺治十七年正月二十日自贵阳动身，于三月初三日抵长沙，【《明清史料》丙编第2本，99~100页，“经略洪承畴揭帖”。】从此，他们天各一方，三桂也独立经营云贵了。
三桂留镇云南，是他生活的又一个转折点，也是他的政治生涯的新起点。直到他去世前，他在云南近二十年，终于酿成了清史上也是中国历史上的一幕壮观的活剧！
八、请兵进缅
永历君臣自云南腾越州逃跑，于顺治十六年二月二十六日抵达囊木河，进至中缅边界，离缅甸只有十里。缅人派兵守关，防守边界。黔国公沐天波先入关晓谕。沐氏世代守云南，云贵各土司，远至缅甸，无人不知，无人不敬重。缅人一见天波至，都下马罗拜。待天波说明事情经过，缅方同意永历入境。但他们提出条件，“必尽释甲杖，始许入关”。永历只好同意，他的卫士们和中官及随从人员，凡有武器弓、刀、盔甲、器械都从身上解下，丢至关前，多如“山积”。永历和从员被彻底解除了武装，才被接纳入关，赤手空拳地进入缅境。【［明］刘茞：《狩缅纪事》，7页。浙江古籍出版社，1986年版。】
二月二十九日，永历和他的随从人员到达蛮莫，缅方当地官员思线前来迎接，礼仪周到，谦恭友好。他们由蛮莫继续前行，至大金沙江时，已是三月初二日，缅甸国王仅派4条船迎接。因为船太少，永历选取从官646人，命他们各自买船，走小河，其余900余人，马940余匹，由陆路前进。永历离腾越时，还有将吏士卒4000余人，但在撤退的途中，纷纷逃跑，有些人病死，现只剩下这1500余人了。三月十八日，永历乘舟至井梗（又写作井亘）暂驻。缅甸国王大起疑心：“此等非避乱，乃是阴图我国耳！”发兵袭击，明将吏伤亡不少，其余被缅人强逼分到各寨住户人家，供其主人役使。这些享尽福禄的权贵们受不了污辱，气愤填胸，像内使江国泰、总兵姜承德、通政司朱蕴金等人都自缢死于树上。活着的人，资财都被劫夺，穷困无归，在江上漂泊，被暹罗（泰国）人发现，愿招他们去暹罗。以明宗室岷王之子为首的80余人，便投到暹罗去了。【以上见《狩缅纪事》，8~9页、《也是录》，211页；参见《永历纪年》、《小腆纪年附考》，卷19，29页、《云南备征志·故实》，卷19，2页。】
迟至五月四日，缅甸国王才派官员并备两只“龙舟”，吹打鼓乐，前来井梗迎接永历。次日动身，八日到达赭。缅方把永历和他的所有随从人员都安置在这里，建草房十大间，外面“编竹为城”，作为永历的宫垣。其他将吏“自备竹木”建房，为其栖身之所。每天派百余名士卒“更番护守”。【《狩缅纪事》，10页；参见《明史·诸王传》，卷120，8151页。】
永历和他的随员在赭过起了流亡生活。开始，缅方还供应食物，没过多久，供应日渐减少，因而度日十分艰难。永历又患了腿疮，“旦夕呻吟”，焦思万虑，愁肠百转，一筹莫展。【邓凯：《求野录》，212页。】然而，随从文武诸臣多“日以酣歌，纵博为乐”。缅民前来贸易，文武官短衣跣足，混在缅甸的妇女中间，“席地坐谈”，“呼卢纵酒”，毫无顾忌，大失体统，不以为耻。永历派各官每夜轮流巡更，他们便各找知己伙聚，“张灯高饮，彻夜歌号”。中秋之夕，大学士马吉翔、司礼监李国泰到王维恭处饮酒，命带来的艺人唱戏。此艺人很明事理，不禁涕泣，说：“皇上近在咫尺，王体违和，此何等时候，还欲行乐，我虽是小人，不敢从命。”王维恭大怒，拿起竹杖拷打这位艺人。哭喊声惊动了永历，传旨禁止，王维恭才不敢行凶。又有蒲缨与太监杨国明开场赌博，永历十分生气，命卫士捣毁赌场，但他的旨意谁也不执行，“争赌如故”。
