云南团练火器总兵官王永祚，为镇守云南蒙化、景东、楚雄、姚安（今仍名）等处总兵官；
抒城侯狄三品为镇守云南广南，罗平（今仍名）等处总兵官；
祁阳总兵官、都督佥事刘文进，为云南曲靖、寻甸、武定、沾益等处总兵官。【《清世祖实录》，卷141，11页。】
以上，援剿四镇的将官和云南各地将官，多是由三桂提议、提名，朝廷例行手续批准的。
三桂所选用的四镇和云南各地区军事长官，多是原明朝和农民军的将领。四镇将领中，马宁原是明朝参将，于顺治二年降清，隶属汉军正白旗，官至四川右路总兵官，随三桂征讨永历。王辅臣曾参加明末农民起义，于顺治六年降清，隶属汉军正白旗，十年，任湖广总兵官，随征永历。沈应时降清后，以四川左路总兵官充任后镇总兵，这三人，在降清前都是武官，不属于李定国的部下，只有杨武是李定国的部将，率其所属残兵三千余人投降了清朝。此后，四镇总兵官又有所变动。前镇总兵于康熙十二年七月换成平西藩下护军参领陶继智充任，左镇总兵于八年七月改由王屏藩充任。右镇总兵于九年十一月改任云南副将王景，至十一年五月又撤换，以平西藩下参领张足法充任。后镇总兵在顺治十八年七月改任李定国部将祁三升，至康熙十二年正月再改任平西藩下长史、三桂的女婿卫朴。
很清楚，三桂起初新任命的四镇总兵官，有的是李定国的部下，有的已经是绿旗兵的武官，有的是平西藩下的佐领。后来，三桂屡经撤换，选任了自己的心腹将领。显而易见，他的目的是巩固自己的势力，这是没有疑问的。【［日］神田信夫：《平西王吴三桂の研究》，明治大学《东洋史》第2册，昭和二十七年。】三桂所任命的云南各地区军事长官，同样是来自或农民军，或原明（包括南明）将领。他们大多是在三桂南下云贵征讨永历时，陆续被收降的。三桂对他们来者不拒，编入他的正规部队，并充分利用他们的力量来击败永历和李定国的抵抗。在战事基本结束时，他请命朝廷，授予正式的官衔，这些人摇身一变，成为大清王朝的命官，被三桂收为自己的心腹将领。
在设置“援剿四镇”的同时，吴三桂开始重新改编投诚的明朝与农民军的降卒。按照他设计的组建方案，拟设立两大系列营，分别命名为“忠勇营”、“义勇营”。在这两大营中，各分设中、前、后、左、右5营，总共计10营，每营设马步额兵1200名。因此，“忠勇”与“义勇”每大营马步兵6000名，合两营兵为12000人。两大营的将官，各有总兵官5员，游击5员、守备5员、千总10员，把总4员。以两大营的各小营共10营而言，每营有总兵官1员、守备1员、千总2员、把总4员。【［康熙］《云南通志》，“兵防”，卷13，参见《清世祖实录》，卷133，3页。】
吴三桂提名十员将领为各营总兵官，还开具姓名，增补中军、游击、守备等各军职。
三桂的上述报告，驰送北京，吏、兵二部立即进行讨论，没有提出任何疑义，“悉如所请”，一致通过，然后奏请世祖批准。世祖一看吏、兵二部已完全同意三桂的请求，而他自己也十分宠信三桂，便不假思索，挥笔批准。
三桂提名十员总兵官分领以下各营：
“忠勇营”所属五营和总兵官是：
“忠勇”中营右都督马宝
前营都督佥事李如碧
左营都督佥同知高启隆
右营参将刘之复
后营副将塔新策
“义勇营”所属五营和总兵官是：
“义勇”中营右都督王会
前营副将刘称
左营左都督马惟兴
右营都督佥事吴子圣
后营副将杨威
这支一万二千人的军队，是由投诚的降卒组成的，而各营的各级长官，也皆由“投诚将官”担任。总兵马宝、培新策、马惟兴、游击曹福德等人，是在顺治十二年五月率众四千余、马一千余匹，自澜沧江外降清。马宝、马惟兴都是孙可望信赖的战将，在永历政权中进封为公爵，他们在李定国、白文选与孙可望的斗争中，支持了定国，致使可望遭到失败。【［明］金钟：《皇朝末造录》，卷上，151~152页。浙江古籍出版社，1986年版。】。在永历政权接连被清军击败后，才投向了吴三桂。再有总兵李如碧，高启隆、吴子圣、王会、杨威，游击邓望功、韩天福、王朝兴等人，都是永庆政权的战将、武官，如吴子圣爵封“怀仁侯”【《皇朝末造录》，卷上，154页。】，居于重要地位。
他们与马宝等几乎同时携众降了吴三桂。还有，总兵刘之复和塔新策原是永历赐封的巩昌王白文选的部下，在三桂南下云贵时投诚。以上参见《庭闻录》，卷3。十营总兵，除了刘称外，其余九名总兵官和上述提到的四名游击，原都是李定国和白文选的部属。因此，“忠勇”和“义勇”两大系列营从士卒到将官，都是原明与农民军的余部，经三桂的筹划，又重新组织起来，所不同的是，仅仅换了旗号罢了。难怪有人说：“盖云南之兵，皆系孙可望旧人，非随征员也。此辈在明朝为积贼，在逆藩为叛党……”【刘昆：《南中杂谈》，转引自神田信夫：《平西王吴三桂の研究》，27页。】这是说，后来这些投诚将卒都参加了三桂叛乱的军事行动。
援剿四镇与“忠勇”及“义勇”十营，连同从辽西带来的旧将卒，构成了三桂的嫡系部队，至康熙初年，虽然有所裁并，建置有所变更，其主要成分并没有改变。
吴三桂所属的军队，除了上述援剿四镇和“忠勇”与“义勇”两大营外，还有直属于他的军队，被称为“藩下”或“藩属”，也就是平西王属下之意。这部分部队与援剿四镇等兵不同，后者为国家即朝廷所有，三桂总管云贵兵政，自然隶属他管辖和指挥。而“藩属”的军队是属平西王府本身所直接掌握。这支军队，按佐领制组织：“计五丁出一甲，甲二百设一佐领”，共53佐领。【《逆臣传·吴三桂传》，卷1、《圣武记》，“康熙戡定三藩纪上”，卷2，此记“三桂藩属五十三佐领”，下文又记“……甲二百设一佐领，积五十佐领”，似自相矛盾。魏氏所记53佐领，当源出《平定三逆方略》，卷1所记：“三桂及所部五十三佐领”。今从之。】
关于佐领数，《逆臣传·吴三桂传》没有记确数，只笼统地说“积数十佐领”，而康熙朝修《云南通志》卷13则记为佐领42，甲兵8400名。大概是最初为42佐领，而53佐领是后增加之数。【神田信夫：《平西王吴三桂の研究》】按53佐领计算，其甲兵为10600名。顺治十七年六月，户部奏疏中曾提到，“云南平西王下官甲一万员名”【《清世祖实录》，卷136，22页。】，是举其大略，与53佐领的甲兵数基本吻合。《云南通志》所记42佐领，甲兵8400名，也是按每佐领甲200计算的。其藩下人口，按五丁出一甲，10600名甲兵应合53000口人。如把未成年的幼丁和老人、妇女计在内，三桂藩下所属人口，数目是相当大的。
吴三桂所属的53佐领甲兵，由左右两都统管辖。【《云南通志》，“兵防”，卷13，“本朝开滇兵制”，参见《圣武记》，卷2，62页。】就在三桂奏请设援剿四镇的时候，顺治十七年十二月，朝廷专给他属下增设副都统六员。【《清世祖实录》，卷143，7页。】官方实录未载六名副都统的姓氏。我们从目前已看到的诸种记载中，可以确定以下将领先后被任命为“平西藩下”的都统、副都统，左右都统。他们是：
都统白含真、杨珅【《庭闻录》，卷2。】、何进忠【《清圣祖实录》，卷39，12页；《庭闻录》，卷4。】、吴应期【《清圣祖实录》，卷19；《庭闻录》，卷4。】、吴国贵【《清圣祖实录》，卷39，12页，《庭闻录》，卷4。】；
左都统吴应麒（同期）【《清圣祖实录》，卷21，6页。】；
右都统吴国贵【《清圣祖实录》，卷18，7页；《逆臣传·吴三桂传》，卷1。】；
副都统高拱、高得捷【《清圣祖实录》，卷39，12页；《逆臣传·吴三桂传》，卷1。】、石国柱、王屏藩、何进忠、马宁、沈应时、吴应正、李可植、傅文元【《清圣祖实录》，卷39，12页，《庭闻录》，卷3。】。
在都统、副都统之下，还有参将、护军统领、护军参领。这些军职的人选，史书没有系统的记述，但从零星的记载，只知李良栋、线维明、张足法等任参领；巴克勇任护军参领，夏国相、陶继智等任护军参领。【以上参见《清圣祖实录》，卷12、21、22、39、42；神田信夫：《平西王吴三桂の研究》】
