三桂最看重兵权。他征云贵时，世祖授予“大将军印”，执掌征伐大权。按规定，事平后，即应上缴“大将军印”，而三桂迟迟不交。康熙二年（1668年），有一内大臣对留在京师的额驸、三桂的长子吴应熊说：“以前，永历在缅甸，边疆事多，所以才给你父亲将军印，为的是重事权，便于集中号令。如今天下大定，还据有不还，这是为什么？”很明显，内大臣是受辅政大臣的委托，授意应熊作他父亲的工作，赶快把“大将军印”交上来，无论对朝廷，对三桂都可相安无事。这等于给三桂一个面子，免得由皇帝亲自下诏索要“大将军印”，有失三桂的尊严。应熊明白朝廷的意图，及时向他父亲通报情况。三桂不得已，这才上疏，把“大将军印”交回朝廷，心里却闷闷不乐。【《庭闻录》，卷4。】
吴三桂上缴了“大将军印”，并不意味着他已失去兵权，云贵两省的兵权仍然牢牢地控制在他的手中，而且他还掌握着很有战斗力的数万军队，足以构成一威慑力量。他要巩固住自己的政治地位，惟一的办法是，不断加强自己的军事实力。自从他降清征讨李自成、张献忠农民军、剿灭永历政权，南征北战，已经过去了二十余年。当年跟随他出生入死的一大批将领，有的已经年老，有的战死、病死，有的中途散失，所剩无几。三桂也已是年过半百，接近六十的老人。可以想见，人事沧桑变化之大！三桂当年所依靠的人，转眼之间，都退出了政治与军事舞台。他不能坐视自己的力量的削弱。
于是，他开始大量起用诸将的子弟和从四面八方招来的宾客中选择有用人才，加以训练。战争已经结束，不能通过战争来选拔人才，只能靠平时的训练。他以《黄石素书》、《武侯（诸葛亮）阵法》等兵书为教材，让他们学习，掌握军事知识，培养和提高他们的军事素质，“以备将帅之选”，也就是把他们当作将帅的预备军官。三桂的这一做法，对谋取前程的青少年有很大的诱惑力，刺激了他们的热情，他们纷纷报名，踊跃参加训练。“一时少年浮夸之士，人人自以为大将军材也。”【《四王合传·吴三桂传》】
加强军事力量，离不开战马。在当时的物资与技术条件下，马是最重要的工具，是克敌制胜的强大手段。经过大规模的征战，马匹大量倒毙，从四川进来的马匹力弱，难以临阵，三桂密令其养子陕西总兵王屏藩、王辅臣等人，从西藏（西藩）地区选取适于征战的勇健之马，每年进马三千匹，从西藏地区绕道至云南。马匹同武器装备等军用物资一样，都受朝廷的严格控制，根据实际需要进行调拨。个人私运武器、战马，都是违法的。三桂瞒着朝廷，私自购进大批战马，是何用意？这里用得上这句俗话：“居心叵测”。他拥兵自重，不能不使人感到怀疑。
十二、广殖货财
吴三桂受命镇守云贵之初，国内战争基本结束，朝廷开始把注意力转到恢复和发展经济上来，逐步采取各种措施，医治战争创伤，力图重建封建经济。但经历了长时间的大规模战争，国内经济遭到了严重破坏，短时间内还不能收到实效，国家财政仍然处于十分困难的境地。圣祖即位时，他父亲并未给他留下丰厚的遗产，而是一座空虚的国库，入不敷出，康熙初，每年尚缺饷额四百万两。【《皇朝经世文编》，卷29。】
国家困难如此，而云贵两省在长期战乱之后，无处不凋残，百姓生活尤为困苦。云南“东接东川，西达猛缅，北拒蒙番，南达安南（越南），四周边险，而中间百蛮错处”，多与少数民族杂居【《八旗通志·蔡毓荣传》，卷197，4606页，东北师大出版社，1987年版。】，绵延数千里，这里“原系山土瘠薄之区，刀耕火种之地”【《八旗通志·石琳传》，卷196，4590页。】。四境封闭，虽与贵州、四川、广西为邻，却“水不通舟，山不通车”，与邻省“从无告籴邻封，借资商贩之事”。因为“山多田少，民鲜盖藏，官无余积”，全省“赋税无多，每岁供兵，俱仰给予协济”。
顺治十六年，洪承畴与吴三桂用兵云南时，其粮米不得不从外省运进，同时也征收一点本地粮米，以四斛作一石征收，力图减轻当地百姓负担。另一方面，朝廷屡次“蠲免钱粮，复发帑金赈济”【《八旗通志·蔡毓荣传》，卷197，4607页、4610页、4614页。】。这种情况，延续了十余年。贵州全省同样困难。所谓“地无三尺平”，以山地居多，可耕地甚少。康熙四年，贵州巡抚罗绘锦疏报：“黔省以新造之地，哀鸿初集，田多荒废，粮无由办。”【《清圣祖实录》，卷15，4~5页。】
鉴于云贵两省的困难状况，朝廷只得从其他各省的财政中调拨粮饷，用以供养三桂王府和他的一支数万人马的庞大军队。各省的经济也刚刚在恢复中，财政相当拮据，常常不能满足云贵两省的实际需求，而路途遥远，往往不能及时运到，无法保证供给。因此，三桂初镇云贵，府库不少，却无财帛可储。我们从贵州平远镇一次兵变事件，可以想见贵州与全国各地经济困难的程度。
这次兵变发生在康熙五年（1666年）三月三十日。这一天，驻守贵州平远（原称陇纳，康熙三年更名为平远）的清兵突然纷纷叛逃。在吴三桂的管辖区出现这一事件，非同小可。他十分惊慌，却毫不迟疑地采取措施坚决予以制止，并赶紧向朝廷汇报，请求给予治军不严的处分。朝廷得到这一消息，不免大吃一惊，追问此事的缘起。据三桂说，平远士兵叛逃的原因，乃缺饷所致。贵州兵饷已缺六个月。又据被捕的叛兵魏琏等人供认：“六月无饷，以故叛逃。”【《明清史料》丁编第8本，706~710页，“平西亲王吴三桂密奏残叶”。】鳌拜等四大臣代圣祖皇帝下令调查贵州缺饷情况。
户部同云贵总督卞三元及贵州巡抚罗绘锦、都察院各部，分别对此事件展开了调查。
经查，康熙元年、二年、三年的饷银已经如数拨给贵州，毋庸调查。再查康熙四年度，拨给贵州饷银总数应为七十二万一百五十六两九钱五分五厘。这笔巨额饷银从三处凑集：
一是从贵州本省应拨出银五万七千八百九十八两七钱四分中扣除。可是，贵州连这笔钱也凑不齐，尚缺一万八千九百四十两八钱八分，此数责成陕西出地丁银补给。
一是从贵州康熙三年度存剩及四年度“截旷”银中出十四万七千三十一两。一查，没有剩余银两可供拨出，便从山东调拨来随漕耗米折银十万两。还缺四万四千余两，只好等到全部赋税奏销确数后再补拨。从山东调出来的耗米折银十万两内，又有一万八千二百四十六两分配给江西省，在康熙五年地丁银中抵补。
一是由山东调拨地丁银五十一万八千二百二十七两二钱一分五厘。正巧赶上山东这年发生旱灾，朝廷为救灾，全部蠲免，改由浙江、陕西、芜湖出关税，湖广、两浙出盐课银共得四十一万八千二百零七两一钱一分。但湖广所承担的十万两，却无力承担，很快又改拨陕西省地丁银以补其不足。
据三桂统计，从康熙四年七月十七日第一次收到从山东调来贵州的“协饷银”十万两为始，先后共七次分别收到陕西、芜湖、江浙等省区调来的饷银。调拨不足，就商求三桂暂借云南的饷银二十万两内动支银十二万九百一十两。
截止到康熙五年三月二十九日，共收上述各地及借云南的饷银为四十八万三千六十九两七钱八分。按每月支给贵州兵月饷计算，这笔钱只可从康熙四年正月初一日起支到十月二十日止，尚缺四年冬季三个月到五年正月至三月末，共计六个月的饷银。这就是说，不只平远镇一处，全贵州各镇营兵有半年“无饷银支给”。而且户部所调拨的饷银，由于外省遭灾蠲免，屡次改拨，以至不能按期解到贵州。正如户部指出，“若非平西王截借滇银二十万两，则黔兵枵腹又不止六个月矣”！已到了忍饥挨饿的悲惨境地。
再查康熙五年度，应拨给贵州兵饷银六十一万四千二百九十七两九钱九厘。按以往规定，各省调拨贵州的饷银，一向在四月起解三分之二，至七八月才抵达贵州，因此，贵州在春季三个月无饷可支。而向云南借饷二十万两，也“告乞”无饷，只能向商人借贷商银，“凑给滇兵，庶可两相安慰”。为此，从三桂及云贵总督到巡抚已屡次紧急报告，催请调饷银，终因没有及时解决，才发生平远兵士叛逃事件。【详见《明清史料》丁编第8本，706~710页。】
从三桂对平远镇兵叛逃一事所做的上述详情报告，可以看出，云贵特别是贵州缺饷的情况是非常严重的。负责解决云贵兵饷的户部竟被弄得手忙脚乱，各省自顾不暇，还要负担云贵的兵饷，不禁叫苦连天。
