朝廷认识到，吴三桂的建设有利于巩固它的统治，很快就批准了他的奏疏，并责成他就新设的三府拟定新名。康熙五年（1666年）二月，朝廷正式命名土司安坤故地比喇为平远府、大方为大定府、水西为黔西府；改比喇镇为平远镇，调云南曲寻、武霑总兵官刘文进任平远总兵官。【《清圣祖实录》，卷18，7页。】
当吴三桂远征水西未返时，康熙四年（1665年）三月，云南省城以东诸土酋乘机联合起兵反清，有宁州（云南华宁）土酋禄昌贤、新兴（玉溪）王耀祖、嶍峨（峨山彝族自治县）禄益、石屏（今仍名）龙韬、龙飞扬、沅江（今仍名）那烈、蒙自（今仍名）李日森、李世藩、路南（今路南彝族自治县）秦祖召、陆凉（今陆良）资洪、弥勒（今仍名）祖维摩、沈兆鳞及王承祖、王义、王先任、王先伦等乘云南空虚，同时起兵。此次起兵，以王耀祖为首，建年号“大庆”元年，谋取昆明，分遣王义、齐正攻陷易门（今仍名），转攻昆阳（今普宁）、河西（嶍峨西）；禄昌贤攻陷宁州，再攻江川（新兴东，星云湖北）、通海（今仍名）、宜良（今仍名），取澂江府（澄江）；禄益夺取了嶍峨县城、“开国公”赵印选攻弥勒（今仍名）、龙韬等攻石屏（今仍名），然后进袭广西。还有王朔、李世璠等攻陷临安府城（今建水）。
王耀祖分遣将士攻城夺地，当地州县官不是被活捉，就是逃之夭夭。顿时，“滇南大震”。
云贵总督卞三元、云南巡抚袁懋功、提督张国柱等急忙调兵，分路反击。三桂在水西得到告急的消息后，即遣总兵赵得胜援石屏、王辅臣摄弥勒，自己率所部返回昆明。四月七日，在新兴一战，将王耀祖擒获，击破大营城，进援易门，阵斩马麟甲、李明阳，将易门包围，十七日，击破易门城，活捉齐正、王义等人。接着，分遣左都督何进忠、副都统高拱、总兵赵得胜等进兵至宜良县的竹子山，恢复宁州，禄昌贤在城破前先逃。王辅臣等击破木城九座，在弥勒城下俘获赵印选。形势急转直下，嶍峨、石屏、临安诸城都重新被吴军夺回。其余州县城池，也都“获保全”。这次规模颇大的抗清活动，很快遭到了失败，在三桂的指挥下，把他们给镇压下去了。【有关此次军事活动，详见《清圣祖实录》，卷15，19~20页；卷16，8~9页；《庭闻录》，卷4，5~8页。】
康熙五年（1666年）初，三桂就云南的形势报告说：“云南省诸土酋禄昌贤等作乱，臣同总督卞三元、提督张国柱等，分兵进剿，平贼寨数十处，远近蛮猓，闻风嶍伏。滇南大定。”【《清圣祖实录》，卷18，2页。】而云南以东“逆首，悉已擒戮”。还剩有王伯、王龙、李六九、李伯牛等人，事败后或藏于深沟密林，或逃奔交趾。三桂派遣右都统吴国贵、总兵官马宁等“分路搜剿”，并分别把他们俘获处死。各路清兵都已撤回到自己的驻防地。【《清圣祖实录》，卷18，7页。参见《庭闻录》，卷4，7~8页。】三桂乘大获全胜之机，又派都督吴应期、总兵官马宁等进攻乌撒，阵斩“助逆”的郎岱、土酋陇安藩及水西土目阿豆等人。【《清圣祖实录》，卷19，15页。】康熙六年正月，朝廷又接到三桂的奏报：吴应期同马宁，在乌撒又擒获女酋陇氏及部众万余人，“蛮疆复定”。【《清圣祖实录》，卷21，6页。】
吴三桂镇压昆明东部和南部以苗、瑶等少数民族为主的反清斗争，是他留镇云南四年后规模最大的一次军事活动，历时半年多而告结束。苗族等少数民族的抗清斗争经此次洗劫，损失惨重，元气大伤，从此，便无法再组织起新的反抗活动，三桂也进一步巩固了他在云南的统治。
在平定了云南东部的反清活动后，康熙五年八月，三桂又有设流官之议。拟设开化府、永定州二个行政区，开化府应设知府、同知、经历、教授各一员；永定州则设知州、州判、吏目、学正各一员。【《清圣祖实录》，卷19，19页。】九月，朝廷又做出决定：改乌撒土府为威宁府，划归贵州省管辖。【《清圣祖实录》，卷20，3页。】康熙六年（1667年）二月，在威宁府设威宁镇，任命定广总兵官塔新策任威宁总兵官，所属标下三营，各设游击、守备等将官职。【《清圣祖实录》，卷21，10页。】
经过几次征剿和严厉镇压，云贵的局势又归于平静。三桂却不能安闲无事，他要继续保持边疆不宁的态势，给人造成一个印象；他在云南的军事力量非但不能减弱，相反，应当大力加强！因此，他在康熙六年三月，又发出了蒙古入侵的警报！
据他陈奏：蒙古干部台吉聚兵丽江、北胜，“请移兵捍御”。五月，他又报：蒙古干都台吉遣人至北胜州，“乞赴滇通商”。至六月，蒙古已经占据丽江中甸地。这就是，蒙古先以兵压境，再求以通商，进而占地不走。九月间，三桂巡边，上疏请求亲征。他写道：
蒙古移兵夺的，离丽江北胜不远，自中甸出丽江或由永宁走北胜，逼我门户，一举足而入堂廉。我兵既少，万难捍御，若待蒙番压境，方议发兵，相去一千四五百里，安能求危疆于一旦乎？万一事出意外，敌人阑入边境，不惟省城摇动。全滇土司未免各怀幸乱之心，一旦变从中起，内外受敌，兼办殊难，计宜先发制人，庶几事当有济。今拟留都统吴应期固守省城，臣亲到彼中酌形势，相机堵剿。【《庭闻录》，卷4，10页。】
九月二十八日，率部离昆明，缓缓而行。十一月，行至大理驻扎。他从这里给朝廷上了一道奏疏，称：蒙古已从夺的撤兵。现今隆冬，冰雪已深，料敌人不能再来，我已分布各营官兵固守明户，即暂回师。【《庭闻录》，卷4，10~11页。】
其实，并无蒙古入侵之事，不过是与之通商。三桂却有意成张声势，作出亲征的举动，以渲染事态的严重性。此后，这类事仍不断发生。【《明清史料》丁编第8本，711页。】如，康熙七年（1668年）七月，三桂又报称：蒙古占据中甸，丽江土知府木懿被捉。实际情况是，三桂“私割中甸畀诸番屯牧，通商互市”【《清史稿·吴三桂传》，卷474，12842页。参见《八旗通志·石琳传》，卷196，4593页。】，却假报蒙古入侵。
康熙十年（1671年），三桂巡兵北胜州，一位姓赵的将官向他报告：“西番人入寇。”这纯属无中生有，假报敌情。经多次体验，三桂的部将已猜度出他的本意，因此镇守边疆的将领为迎合三桂，不时地虚报军情，故意夸大事态，三桂不但不责怪，还很满意。这就鼓励了诸将继续假报军情，他往往以“江外野贼”入侵等假情报欺瞒地方属吏大员，进而欺瞒朝廷。【《明清史料》丁编第8本，734~736页，739~740页。】
自从平定云南、贵州的土司反抗，“内地宁谧”无战事。惟诸土司或蒙古各部落互相械斗构怨，不过是“自相仇杀”，开始并无内侵之意，多属“边将生事挑衅”，逼使他们同边镇发生某些摩擦。如西藏人，或蒙古人的游散骑兵，偶尔进至边外个别地段，也“未尝大举深入也”【《庭闻录》，卷4，10页。】。
这的确是实情。康熙四年七月，贵州总督杨茂勋就如何治理贵州，曾向朝廷发表自己的政见。他说，贵州“苗蛮”等族，“以仇杀为寻常”，治理之道，不能不与内地有别。凡是聚众劫杀，侵犯地方的，自应发兵剿除。但他们大多生活在山沟之中，互相仇杀，并未侵犯地方，只须照以往旧例，令当地头目，讲明是非曲直，让当事者或愿偿命，或愿赔偿牛羊人口，任取一种处罚。然后向上级申报存案就可以了。因为“苗蛮”重视财物而轻性命，依此断案，已足惩罚。时间一久，他们会从中明白理义，“必悔悟自新，不复争杀”。这才是“兵不劳而坐安边境之道也”【《清圣祖实录》，卷16，3页。】。
杨茂勋强调的，只有聚众劫杀、侵犯地方的，才动以兵威，进行镇压；其余多属内部因争财货或私人有仇而互相攻杀的，不必兴兵，只按旧例判以一方处罚，即可消除冲突。他认为，这才是不用军队而安边疆的正确办法。
三桂却不取此治边之道，借故报警，动辄出兵，兴师动众，耗费粮饷，在所不顾。他“挟封疆”以自重，张扬边事，“自负万里长城”【《庭闻录》，卷4，11页。】，他的目的，就是千方百计巩固他在云南的独尊地位；同时，他要借云贵的“边事”，给朝廷造成一个印象：云贵人难以治理，局势很不稳定，除了他这个强有力的人镇守云贵，他人不足当此重任！三桂的这一招，颇有效验，朝廷屡屡奖赏他，惟依赖他为大清王朝坚守南疆。
