正月十三日，陕西总督哈占派遣一官员，把圣祖的敕书送来略阳，辅臣与众将领“恭设香案，跪听宣读”，倍受感动：“臣听闻之下，肝肠寸裂，心胆俱碎，恨不即自灭亡！”惟有向北京方向“号泣，抚众哀鸣而已”。他怀抱感恩之情，如泣如诉地写道：“草木尚尔知春，犬马亦思报主。臣独何忍负我皇上！”接着，他申诉事变起因。事情的远因，还在莫洛初到任陕西时，辅臣提出要进京谒见皇上。圣祖指示，可与经略面议。他自平凉奔赴西安，见到了莫洛，以当年洪承畴所实行事宜向他陈述了几点想法，希望莫洛从中吸取其经验教训，但莫洛听不进去，不以其忠言为忠，反以其言为忤谬，对他遂生猜嫌。莫洛没把辅臣放在眼里，他的司官们也个个“侧目”，瞧不起他。辅臣写到这里，申辩说：“我是奉旨意特远道来西安，向他陈说方略的，说得是与不是，他何曾答复一句话！竟然置之不理。辅臣是个刚烈性子的人，为人倔强，当年三桂对他很好，也仅是件不大的事，伤了他才决意走的。他岂能容忍莫洛如此高傲！自此“怀恨在心”。当时，他便顾虑文武不和，“恐误大事”，于是，向圣祖要求随军南征，离开此地，脱离莫洛而已。圣祖答复，无论到湖南，还是到四川，都是给朝廷效力，眼下需要他留下。辅臣就留了下来。此事，已种下了怨恨、嫌猜。
辅臣又说到第二件事：那是在去年（康熙十三年）八月，辅臣一再请求，莫洛才同意给他添马兵两千，同时却将辅臣所属固原官兵的好马“尽行调去”，而把“被瘦茶马”发给他。到了九月，马还未到；十月初，就催他起程进川。这明明是逼迫于一时，“陷臣死地”，报复他多说话、提建议之怨。及至部属发动兵变，并非他的本意，他至死不从，“几欲自尽”。但事变已成事实，他如死，莫经略的事必加于自己身上，因此“臣死亦不能明”，故“忍耻以至今日”。圣祖赦免其一切过犯，要他还平凉，即表示“臣敢不仰遵圣意”！最后，他请求圣祖派使臣到陕西，宣布圣意，使“官兵各得生全”，“俯加存恤”即使“粉臣之骨，碎臣之尸，臣亦死且甘心焉”。
同月二十四日，圣祖批示按，据档案原件，辅臣奏本为康熙十四年正月十五日，圣祖批示为正月二十四日。核之【《清圣祖实录》，卷52，6页，记在“癸酉”条下，为正月十四日，与原档所记相差十天。】，关于遣使安插官兵，前已有旨，辅臣所属官兵照旧归伍，即率他们回平凉，至于莫洛部属兵丁愿归农者，由地方官“加意安插”，愿到辅臣处充兵的，可与哈占商量“收补入伍”。关于差使臣事，从北京到陕路途遥远，官兵久待不便，一切事宜即照前已发谕旨执行。至于辅臣忠贞，“朕所悉知，屡疏陈奏，心迹已明”。应“殚心供职，以图后效，不必复行引罪”以上详见【中国第一历史档案馆：《三藩档案》，“陕西提督王辅臣密奏本”，案字577号。】。圣祖将此敕谕交祝表正，返回陕西，再向辅臣招抚。不幸的是，他也被辅臣杀害了。【《清圣祖实录》，卷52，6页。】
王辅臣的奏本和圣祖的批示，已清楚地说明宁羌州兵变，实非出自他事先的策划，乃是莫洛欺压汉官兵，激成变乱。《圣武记》、《逆臣传·王辅臣传》等书均说王辅臣“怀叛志”、“阴生异志”等，此说不确。莫洛的悲剧，是他以满族贵族大员傲视王辅臣，不平等地对待他，不仅引起他本人的不平，连他的部属也愤愤不已。当时从陕西到四川，历程艰辛，粮饷不足，忍饥挨饿，好马被换成劣马，更增加了行军的艰难，加之当时形势混乱，军心不稳，故易启事端，一触即发，终于造成了莫洛之死。他不过是统治集团优待满人、排斥汉人政策的牺牲品。这一事件，从一个侧面反映了三桂叛变包含着民族矛盾的诱因。这也是不容否认的事实。
正在湖南战场指挥作战的吴三桂，一直在盼着陕西王辅臣、张勇起兵的好消息。他知道，他们一旦起兵，将会带动整个西北乃至中原响应，成为又一大战场，那时，将会给清朝造成多么巨大的军事与政治的压力！随着时间的流逝，仍不见任何动静，他派去的使者也一去不复返。一年过去了，他对辅臣、张勇不再抱有希望。就在康熙十三年底与次年正月之交，突然传来辅臣在宁羌起兵的消息，三桂精神为之一振，毫不迟疑地拨出二十万两白银，铸印“平远大将军陕西东路总管”，交付已叛降的秦州知州巴三纲转赠给辅臣。【《圣武记》，卷2，65页；参见《清圣祖实录》，卷53，11页；《逆臣传·王辅臣传》】
三桂慷慨馈赠，似乎比清朝空口安抚更有吸引力！辅臣所居平凉，原属荒凉的边防之区，生活一向很清苦，他的部下度日维艰，粮饷不足，本来就对朝廷不满，人心思乱，而三桂的诱惑，助长了其部属与清朝的离心力，反满的民族情绪顿时高涨。三桂指示已入川的大将王屏藩和吴之茂由汉中出陇西应援，到处散布委以官职的文札，地方武装及回、蒙古等少数民族都纷纷响应，接踵而起。三桂叛后一年还平静的西北地区，迅速陷入大动乱之中。
在这种形势下，辅臣已经身不由己。他是个精细的人，凡事都看得明白。尽管朝廷对他表示出了高姿态，圣祖做出非常友好的表示，并保证他本人和家属的生命与地位不受丝毫侵犯，可他仍然疑虑重重，总担心此系朝廷的权宜之计，谁能肯定朝廷于事后不追究往事！特别是莫洛身为朝廷满族重臣，圣祖的心腹，能说就让他白白死掉吗？不管怎么说，辅臣是不能逃脱责任的。担心、后怕，使辅臣无意回归清朝，他把朝廷的招抚置之脑后，决心铤而走险！
王辅臣抗拒清兵，依附于三桂，在陕甘地区展开了军事行动。他先说降秦州副将陈善，以秦州城（甘肃天水）叛降。辅臣由略阳移至秦州，并毁掉陕甘两省边界的凤县（今凤县西南）偏桥，派其部将王好文率众把守栈道，清兵粮道不通，所运之粮不得运送。入守凤县的清兵以粮竭突围而走。【《清圣祖实录》，卷53，2页。】辅臣则留兵守秦州，自率旧部归平凉。
圣祖得知王辅臣安然回平凉，清兵粮道被断，很生气，下诏斥责“定西大将军”董鄂等人：你们到了西安，没有随经略莫洛取道秦州，却经由栈道绕路而进，托故马瘦，竟驻汉中，致使宁羌兵变；王辅臣回秦州时，你们又不跟踪追击，急忙回汉中，及至保宁清兵撤回，你们又仅留将军席卜臣守汉中，自统大军回了西安。已提醒你们，栈道险要，却不多留兵防守，竟让叛军据守，致使广元、朝天关等处又被叛军占领。这都是董鄂等人“退缩迟延”造成的，理应解除职务。但目前正临大敌之时，仍令董鄂平定秦州、平凉等地。【《清圣祖实录》，卷53，2~3页。】
圣祖的部署及其战略战术，还不能马上奏效，陕甘叛乱在迅速蔓延，扩大，清兵步步退却。由于饷道被切断，清军被迫退回西安。汉中、兴安等重镇已被三桂将王屏藩等占据。辅臣向各地发出信函和任命文件，约会起兵。固原道（今宁夏固原）陈彭受巡抚之职，定边（陕西定边）副将朱龙受任为招抚总兵，还有巩昌（甘肃陇西）游击袁承梁以城叛，副将江有仓、参将潘瑀策动阶州（甘肃武都）、文县（甘肃今仍名）、洮州（甘肃临潭东）、岷州（甘肃岷县）叛变；临洮（今仍名）守备鲁文耀叛；尤其是甘肃省城兰州被游击董正巳策反，巡抚所属弁卒作乱，占据全城。【《逆臣传·王辅臣传》，卷2，13~14页。】
据甘肃提督张勇得到的可靠情报，甘肃方面最先跟三桂、辅臣通款谋反的，就是董正巳。他差心腹先去秦州，跟知州巴三纲通信。其后，守备吴承印又串联鲁文耀、马洪，各与辅臣联络，表示愿同时起兵。兰州城千总杜士黄，充当马洪、吴承印的内应，煽动甘肃巡抚所属各军官和士卒，密谋起事。秦州知州巴三纲派其弟巴五秘密来兰州，与任职布政司的笔帖式本家人巴锡谋划，白天在董正巳家，晚上居于巴锡家，逐个作巡抚所属游击、守备各军官的策反工作。
二月五日，辅臣部向兰州进攻，董正巳等乘机夺占了全城，清巡抚华善逃出城，奔凉州去了。【中国第一历史档案馆：《三藩档案》，“张勇密题”，案字713号；参见《清圣祖实录》，卷53，8页。】兰州“外控西垂，内接临（洮）、巩（昌），为秦中要区”【《平定三逆方略》，卷12。】。此城一失，西北震动，许多城镇或叛或陷，还有一些城镇与乡村，被当地武装所把持。如三水、溶化、白水、浦城、韩城诸县，“土寇蜂起，掠劫乡村”【《清圣祖实录》，卷53，11页。】，局势混乱已到了不可收拾的地步！
