四川再度叛乱，打乱了从四川进军云贵的战略部署，原定赵良栋统师出征云贵，也“不能如期进定云南”，专力于平息谭洪等人的叛乱，【《平定三逆方略》，卷54，17页。】但这一事件并没有影响到其他两路军出师，圣祖仍督令章泰、蔡毓荣、赖塔等仍按原定日期出师。
康熙十九年（1680年）九月十二日，蔡毓荣部自沅州率先出师。沅州正靠近贵州东部的湖南境内，有一河，名沅水（贵州境内段称沅河），可从沅州直通贵州镇远。清军借助水陆之便，迅速进入贵州境内。在同后继部队大将军章泰部会合后，向镇远进发。守城的吴军将领张足法、杨应选等，未作任何抵抗，已于清军到达的前一天夜里悄悄逃走了。清军没费一箭一矢，于十月十二日接收了镇远府城，派出轻骑兵西追，收复偏桥（镇远西）等地。
圣祖自京中发出指令，以七百里加急，昼夜飞驰到镇远。他写道：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阳，必据鸡公背、铁索桥诸处。”他要求各将帅、大臣等“务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义”。他特别提醒诸将：遵义乃是叛军的后路，突入四川的吴军“势必退归”。因此，在川的各将领要“乘势长驱，荡平疆圉”。在这道指令中，圣祖还要求赖塔等部统领广西满汉大军“速进云南”【《平定三逆方略》，卷54，i6~17页。】。
章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等各将官按圣祖指授的进兵方略，督率满汉大军直取贵阳。他们从镇远出发，先后夺取清平等城镇，于十月十七日大破吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复平越西的新添、龙里（今仍名）两镇。贵阳遥遥在望。章泰、蔡毓荣不给吴军以喘息时间，挥军速进，于二十一日直抵贵阳城下。
在清军刚出兵贵阳时，吴世璠急召夏国相、高启隆、王会等速从四川还军援贵阳，令马宝、胡国柱等继续在四川作战。援兵未到，清兵已进至贵阳郊区。世璠惊慌失措，与其将领刘国炳、叔父吴应期等率众乘夜逃回昆明去了。于是，贵州省城贵阳及轻易地为清军所得。世璠的侍郎郭昌同文武官员202人投降清军。经章泰招降，原任清提督李本琛率大小文武官员上缴伪印札归诚。
章泰挥军奋进，于十一月初，先后夺取了安顺、石阡、都匀、思南等城，平远（织金）知府郑开枢等献平远城投降。十日，清军进至永宁州，击败吴军，夺取了永宁，突至鸡公背。一万三千余吴军见守不住，焚烧盘江铁索桥，慌忙逃走。【《平定三逆方略》，卷55，12页。】盘江铁索桥是云贵间的咽喉，清军夺据，可以长驱无阻，直抵昆明城下。普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等迎清军投降，表示愿架设浮桥，帮助清军顺利地渡过盘江。
贵州省基本平定。章泰、蔡毓荣等在贵阳“秣马已经月余”，正在等候圣旨进兵命令，忽闻平远府被吴军攻下。原来吴世璠以高启隆为大将军，会同夏国相、王会、王永清、张足法等，共两万人马，一举攻陷了平远府。清大将穆占统兵反攻，于康熙二十年正月二十二日将吴军击败，高启隆败逃，王会等率领部下投降。平远府再次被收复。圣祖下了一道严令，即速取云南。于是，大军浩浩荡荡直奔昆明。【《清史稿·吴三桂传》，卷474，12850页。参见《平定三逆方略》，卷56，1页；《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。】
世璠逃回云南后，吴氏集团已处于崩溃之中。他的叔父吴应期是吴氏集团中的一个核心人物。他从湖南逃到贵州，曾去朝见世璠，因为是自家人，留在内庭款待。在酒宴席上，应期想到这一连串的失败，眼看连自家性命也难保，便把一切责任推到方光琛身上，大骂方光深是“首祸”，追悔莫及。国相等内外亲属都在场，被他这一骂，皆痛哭失声。他们已感到末日来临，后悔当初起兵，才落得今日之下场！但为时已晚，事到如今，也只有挣扎下去了。应期此次随从世璠从贵阳逃回云南，一路上招集散逃兵士，又得一两千人，至交水（今曲靖附近交河）驻扎，没有去昆明。他的打算是，重新集结逃散的吴军，企图回昆明搞宫廷政变，废弃世璠，取而代之。
此时掌实权的是世璠的岳父郭壮图，他已掌握应期的动向，不待他有所行动，便跟大将线密谋此事。策划后，线便打着受壮图派遣的旗号，率部援贵州，至交水，骗应期慰劳军队，乘其无备，将其逮捕，当场用绳索勒死。壮图得到已处死应期的密报，也立即在昆明下手，把应期的两个儿子世琚和世珵一并勒死。【参见《庭闻录》，卷5、《平吴录》、《平滇始末》】应期父子一死，吴氏政权便牢牢地掌握在郭壮图手中。世璠还未成年，不过十五六岁，凡事都决于他的岳父。内部倾轧，骨肉相残，进一步削弱了吴氏政权的实力，人心继续涣散下去，愈发不可收拾。
在湖南刚平定时，康熙十八年五月，大将军察尼曾派人赴云南招抚郭壮图，信中说：将军于平西王“属半子”，“大权在将军掌握，而雄才大略又足以左提右挚”，如能密图“归正”，将首推第一功，“胙土分茅以酬”。同时还给夏国相一封招降信。【《明清史料》第10本，980页。】郭、夏为三桂的心腹至亲，不会轻易出降，对招降置之不理。圣祖欲招降昆明，均归无效，只有用武力解决了。他正确地估计到，“目前逆贼困迫已极，旦夕危亡，若不乘机剪除，恢定滇土，更需何日”！他再次命令章泰尽速进兵，不得推诿延迟。因为章泰恢复贵州后，先借口“秣马”，逗留不进；后又以叛军势大而推诿，按兵不动。圣祖决意取云南，下了一道严令：如仍“逗留”，不疾速进兵，将以重罪论处。【《平定三逆方略》，卷56，3页。】康熙二十年（1681年）正月，章泰起兵前进。
当章泰恢复贵阳时，圣祖就下令，赖塔一路广西大军速由南宁出兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔奉命，率领大军从南宁出发，经田州（田阳）、泗城（凌云），抵西隆州（隆林各族自治县），于十一月十五日进入云南边境。【《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。】吴将何继祖等聚兵万余，在离安笼所三十里坚守石门坎隘口。此地高耸云天，羊肠石径，易守难攻。赖塔派都统贝勒希福、马奇等率前队清兵先进攻，他与金光祖等诸将分兵二队，作为后继。次年（康熙二十年，1681年）正月一日，清军乘势进攻，大败吴军，夺取了石门坎隘口，收复安笼所城，吴总兵陈义魁等率众迎降。【《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。】
何继祖自石门坎败逃，至新城所，会合吴将詹养等，又聚兵两万余人据守黄草坝，用大象迎战。二月二日，赖塔督率满汉清兵进战，从早上五六时战至午后二三时，终将吴军击败，夺取二十二营，俘获詹养、王有功及吴军一千余人。赖塔率大军继续进兵，从黄草坝奔曲靖府，吴总兵尹士元、道员刘世忠率将吏不战而投诚。然后，遣兵取交水城（云南沾益北），断吴军中路，吴将线败走【《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。】。
线是在北盘江江西坡（贵州晴隆与普安之间）被章泰部击败后而逃到交水城的。江西坡之战打得十分惨烈，章泰于二月初五日至安南卫，八日进至江西坡。线率吴军万余人拒战。江西坡崇隆险峻，曲折盘旋，绕山而上，如缧纹。吴军依险，出大象布阵。还没交战，清兵及其战马就被大象吓惊，回头奔溃，蔡毓荣派正红旗兵督战，却制止不住。吴军驱赶大象趁势而进，清正红旗兵也返身奔逃。清军疾走两日夜，方停止退却。清兵“死尸山积”，大约死于吴军之手的，有十分之二三；互相践踏，被大象踩死、自相争着逃命而彼此格杀而死的，约占十分之六七。至康熙末年，在坡下种地，往往锄犁出白骨，可见当年这场战斗伤亡之多。【见《庭闻录》，卷5。参见《清史稿·吴三桂传》，仅载：“师初战，为线等所败。”而《平定三逆方略》、《清圣祖实录》、《八旗通志·蔡毓荣传》及该书《章泰传》等皆不载此次失败。】
