最后，还须交代三桂最宠幸的爱妾陈圆圆的下落。当初，就是这个女人促使三桂“冲冠一怒”，弃明投清，从而改变了自己的命运。清军入昆明后，在三桂的籍簿上确无陈圆圆的名字，亦不见其人。她到哪里去了？下落何处？这已成为至今未解的一个历史之谜。据《平滇始末》、《平吴录》等书所载，城破时，圆圆同郭皇后，还有一个叫印太太的，一同自缢而死；又一说“陈沅（圆）不食死”；还有的说，她当了尼姑隐居起来而得善终；还有的说投滇池而死。众说不一。清代野史说，陈圆圆的墓在昆明商山寺，甚至说她死于康熙二十八年（1689年）。墓已不复存在，也难辨真假。
直到20世纪80年代初，据报载，在贵州岑巩县水尾乡马家寨发现了陈圆圆墓，有碑一通，上面镌刻：“吴门聂氏之墓”六字。“吴门”非指为吴（三桂）家人，而暗示圆圆籍贯苏州，亦即“吴门”之意。至于“聂氏”，也是用他人之姓代用，这大概是为了避讳政治嫌疑才隐姓瞒名的，碑文明载当年圆圆由昆明来到贵州岑巩平西庵为尼（庵今仍存，在今岑巩县大有乡桐木寨）。何时到此？大抵是三桂反后，兵驻湖南，或许她为避祸，而悄悄远离昆明，来此僻地隐居，故能得以善终。又据报，这个寨子有三百多户人家，除一家之外，都姓吴。他们自称是吴三桂的后代，祖上有训，要为陈圆圆墓保密，所以墓才保存到今天。【《中国旅游报》1986年11月11日，“陈圆圆及其墓地”。】圆圆墓旁是三桂的心腹大将马宝的衣冠塚。这一切，都表明此墓的真实性。这一事实如能成立，那么，可以认为，圆圆早在昆明城破前已离开这一危地，三桂的后人或于破城前后也躲过清军盘察和追索，而与圆圆来到贵州岑巩这一穷乡僻壤，在这里了此终生了。这只是推测，还缺乏足够的史实依据。因此，有关圆圆晚年及死后埋葬地之谜，有待于进一步揭开。
与吴三桂同时代的清代著名诗人吴梅村唱出了《圆圆曲》，只道出了三桂与圆圆的初期恋情和历经曲折而重新结合的一段艳史，却是以吴氏全家的白骨为代价换取的。三十多年后，三桂与圆圆各走一途，又以吴氏灭族的血的代价而最终结束了这一度显赫世家的历史！吴氏家族的兴衰，乃是人间一出悲喜剧。从历史的眼光来看，三桂的一生是“恶的历史”，权势欲和政治上的野心最终毁灭了他自己，也毁灭了他的子孙，累及中国蒙受了八年之久的战争灾难。清朝为保持它的统治地位，不遗余力地进行了这场战争，取得了最后的胜利。这场战争，是它对全国的重新统一。也许因为它进关后所得到的胜利来得太快、太容易，所以历史赋予它新的使命：从北到南，从东到西，重新进行统一战争，补了入关后的一课。战争无疑消耗了它的实力，损失了巨大的物力、财力和人力。然而它的胜利，足以弥补所受到的损失，并且变得空前强大，使它成为不可争辩的中国统治者！圣祖和他的大臣们已充分估计到赢得这场战争胜利的深远意义，这从康熙的《滇平》一诗中，得到了充分的反映。这首诗是圣祖在得到清军克取昆明，三桂的余党投降的消息时，不由得感慨万端，挥毫而成：
洱海昆池道路难，
捷书夜半到长安（指京师北京）。
未矜干羽三苗格，
乍喜征输六诏宽。
天末远收金马隘，
军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，
此日方同万国欢。
【《康熙御制诗选》，38页，春风文艺出版社，1984年版。】
通往云南的道路何等艰难！可是，胜利的捷报仍然在半夜传送到北京。赢得这场战争的胜利，并非是专用武力征讨，而是恩威并重，使云南的各民族受到感化。幸喜战事结束，开始减少对云南军队征调和物资的征收。在南天边收复了昆明，兵士们可以解下穿在身上感到寒冷的铠甲征衣了。回想起过去几年来的焦虑和艰辛，至今日才同天下百姓举国同欢。
这首诗，道出了圣祖接到捷报瞬间的奔涌的感情，充满了激情和无限的喜悦。他首先想到的是云南各族百姓从此可以获得安宁，广大兵士们解甲，不再遭受征伐的牺牲和痛苦。全国人民同他都忍受了数年的艰辛，终于迎来了与天下同欢的新局面！
彻底平息吴三桂发动的大规模的武装反抗斗争，从根本上消除“三藩”的隐患和威胁，国家重归一统，由大乱走向大治，大清江山从此得到巩固。圣祖和廷臣们都把这一件事，视为清建国史上特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。圣祖则于康熙二十年（1681年）十二月二十日，“颁诏天下”，其文略曰：
朕缵承丕绪，统御寰区，仰惟天地眷佑之庥，祖宗付托之重，圣祖母太皇太后慈训之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期于兵革寝息，海宇安。不意逆贼吴三桂，负国深恩，倡为变乱，阴结奸党，同恶相援，抗违诏令，窃据疆土，滇、黔、闽、浙、楚、蜀、陇、两粤、豫章之间，所在驿骚，肆骋痛毒。吴三桂僭称伪号，逆焰弥滋，负罪尤甚。
朕恭行天讨，分命六师，剿抚并施，德威互济，或絷颈于阙下，或骈戮于师中。擒扑诛除，以次收服。乃吴三桂即膺神殛（指三桂病故），逆孙吴世璠，犹复鸱张，据大诏之一隅，延残喘以拒命。朕惟贼患一日不除，则生民一日不靖，策厉将士，屡趣师期。于是虎旅协心，进逼城下，贼众计穷势蹙，通款军门，约日献城，凶渠授首，师克之日，市肆不扰，边境晏如，捷书既至……神人胥悦，遐迩腾欢。
念自变乱以来，军民荼苦，如在水火，披坚执锐，卒岁靡宁，行齎居送，千里相望，被兵之地，既罹于锋刃，供亿之众，复困于征输。朕悯恤民艰，不忍辄加额赋，间施权宜之令，用济征缮之需，意在除残，事非获已。而身处宫寝之内，外厪闾阎之依，中夜屡兴，旰食不暇，惄焉思治，八载于兹。今群逆削平，疆圉底定，悉剪除历年之蟊贼，永消异日之隐忧，用是荡涤烦苛，维新庶正，大沛宽和之泽……诞告天下，咸使闻知。【《清圣祖实录》，卷99，14~16页。参见《明清史料》丁编第10本，988~990页、《实录》删除《明清史料》所全载“恩诏”即对有功人员的奖励和对负罪之人的宽大处理的部分。】
这是一篇典型的官样文章，完全是从清朝的立场对这一事件做了总结，观点未必尽正确，事实未必尽真切。不管怎么说，清朝大胜了，吴三桂大败了。清朝完全有理由也有权力来按自己的政治需要书写历史！
二十、“诸逆”授首
吴氏政权的覆亡，招致整个家族的毁灭。吴氏是一个庞大的家族，几乎没有一个善终的。除了吴三桂和他的妻子张氏死于昆明城陷之前，免受斧钺之苦，其余无不死于非命：其子、孙、侄如其子吴应熊、其孙世霖、世璠，侄吴应期、女婿等等，或惨死于阙下，或毙命疆场，或饮刃于宫室，或相残于萧墙，而他们的家属或株连同死，或没入官府为奴，连三桂的美妾亦被夺占。他储积的庞大家产也于一日之间化为乌有。结局是很悲惨的。三桂的部属、同盟者，其首要分子和骨干也几乎难逃厄运，纷纷被押上断头台。这是三桂失败的直接后果之一。
吴氏满门灭绝，并未使圣祖和廷臣们感到丝毫怜悯，相反，他们认为必须这样做。他们看到吴氏家一颗颗人头落地，报以满意的欣慰。政治斗争如同战场上两军格斗，你不杀他，他一定会杀你，二者必居其一。谁若手软，或稍一迟疑，性命就会被对方取去！所以，同自己的最危险的政敌作殊死之斗，根本不需要怜悯，也不需要有点滴的同情，要的就是铁的手腕，流血的镇压。这才是一个政治家的特色呢。圣祖当之无愧！战争已经结束了，一切生死予夺大权重新操在圣祖和朝廷之手。本来，乱源业已清除，照理说，一切都成为过去，应面向未来，如何治理国家。但是，事情远未结束，他们还感到只镇压吴三桂一族还是不够的，必欲把其党羽全部干净、彻底地消灭掉，如斩草必须除根，不留一点儿令人不安的隐忧。于是，清洗与镇压同时进行……
