一、经文据《丽藏》玄奘译本,与世所习诵者异。
二、科依义疑(录者案——扶桑体具实观述:《药师琉璃光如来本愿功德经义疏》三卷,收入日本《大正藏》中)。
三、问多增文,答据《义疏》,间或遗略,时有润文;而观解表法多缺。
四、唯引他文而略疏释,引文止处,未易见者,旁加(文)字。
五、若属私意,则上冠‘案’字,以区别也。
六、案经谓此文唐疏者,指《药师本愿经疏》(隋本),唐慧观撰。系敦煌石室所发现之佚本。
七、经文句读,据大师写本。(目次中甲一之‘一’,即内文子目之‘初’字。)
八、析疑文标点,乃后人所加。