如以忠孝着眼，四公子中人品之高，莫如方以智。桐城方家为海内有名的世家。清初方家享大名者，为方拱乾父子，而遭遇颇不平凡。方拱乾字坦庵，在崇祯朝以翰林而为东宫讲官。当南明时，有王之明冒名太子，自北而来，真假莫辨，形成一大纠纷。拥福王者，当然以为假，亟亟乎想求得确证，因召方拱乾辨认。方明知其假而沉默，意在作无言的抗议，致不满于福王及马阮等人，其人风格可想。
方拱乾有五子，命名有一原则。所谓“文头武尾”，即第一字以一点一划起笔，第二字以斜钩收尾。长子名玄成，字孝标，号楼冈，为顺治极见宠信的文学侍从之臣，因而遭“北派”朝士之忌。而方拱乾则因辨识真假太子一案，得罪了“北派”首脑之一的刘正宗。新仇旧怨交并，掀起了南北之争。满清则正好“以汉制汉”，汉人中心存明室者，南人为多，因而南北之争中，满清自然助北制南，于是而有南士饱受荼毒的“丁酉科场案”。
丁酉为顺治十四年。此案在中国考试制度史上，是空前绝后的一页，自有科举以来，从无如此大狱。后此者虽有咸丰八年戊午科场案，斩大学士柏菱于菜市口，但远不如丁酉案株连之众且酷。吴汉槎即以此案被累，遣戍宁古塔。后由愿贞观营谋于纳兰成德，吴氏夫妇白首同还，为清初文坛一大盛事。笔者曾作《金缕曲始末》，收入惊声出版社印行的拙作《文史觅趣》中。
丁酉科场案南闱弊端之发，始于有人参劾江南主考方犹“弊实多端，物议沸腾”，特引新科举人方章铖为例，章铖即方拱乾第五子。此奏的目的在打击方拱乾，结果演变成正副主考及十六旁考“骈戮于市”，方章铖等八举子“父母兄弟妻子并流徙宁古塔”的奇狱。方拱乾、方玄成父子，于康熙登极后赦回。方玄成则以牵涉于戴名世的《南山集》案，身后更被奇祸，全谢山《江浙两大狱记》：
“桐城方孝标以科第起，官至学士。后以族人方犹丁酉主江南试，与之有试，并去官遣戍。遇赦归，入滇受吴逆伪翰林承旨。吴逆败，孝标先迎降，得免死。因著《钝斋文集》、《滇黔纪闻》，极多悖逆语；戴名世见而喜之，所著《南山集》，多采孝标所纪事。”因此，《南山集》文字狱起，方玄成反成“大逆之首”。其时玄成已故，刨坟破棺，骨扬灰。此一刑罚，甚于鞭尸。全家复充军黑龙江。孝标子登峄，登峄子式济，父子同戍。式济著《龙沙纪略》，收入《四库全书》，是《方舆书》中很有名的一本著作。式济子名观承，一年一度，徒步出关省亲，亲历山川险要，饱阅人情世故。即以阅历官直隶总督时，颇着循声，为乾隆朝不由科第、不由军功而官至封疆的极少数汉人之一。
方孝标与吴三桂有一段渊源，《清史稿》本传：
“（康熙）十二年，孝标年五十七，夙慕滇黔山水；会有所亲某，知责阳府，乃往游。未几，吴三桂反滇中，黔抚曹申吉亦叛附，凡外籍之寓滇者，悉拘留，孝标故为佯狂……防之稍疏，孝标乃逸去。”所记实有未谛。
按：方玄成自放还后，因“玄”字避圣祖御名之讳，改以字行。康熙初年漫游闽粤滇黔，所至为诸侯上客，皆尊称为“方学士”。今按方孝标《钝斋诗选》，康熙六年有《上靖南王四十八韵》、《靖南世子四十韵》，乃为靖南王耿继茂、世子耿精忠所作，而靖南已早由广州移镇福州，此为方孝标于康熙六年游福建的证据。
又，康熙九年《上祝平王亲王一百韵》，乃吴三桂六十寿诗，此为方孝标是年在昆明的确证。诗中更明白叙世交，以子侄自居。及入滇由吴三桂所招邀，如“通家曾黍窃，犹子愧趋跄”、“先人前代末，怀庙讲筵旁，独力挑簧鼓，深心保栋梁”、“远蒙垂问语，更感寄书望”等等，可以想见，当方拱乾在崇祯朝为讲官，侍经筵时，即与吴三桂相识，并曾力为保荐，交情不同泛泛。而况吴三桂此时每年以江南所输巨额军饷，及自营贸易，多擅专利，富逾于国，招致名士，厚加供养，以方学士的盛名，即令非通家之好，亦必在礼聘之列。《清史稿》所记，仿佛方孝标与吴三桂未谋面者，大误。
但所谓“逸去”，则为事实。此则全谢山《江浙两大狱记》，谓“入滇受吴逆伪翰林承旨”，为不确。诗集中有《滇南留别诗四章》为先期逸去一证，《钝斋二集》序云：“赐环以后，又十余年，放浪于山高水长间，偶游楚粤，再逢世难，再寻云南岳，得遂忠贞。”为先期逸去又一证。
至吴三桂门下，确有方姓而得重用，可当“翰林承旨”之类官职者其人，乃是徽州人方光琛。光琛字献廷，明朝礼部尚书毛一藻子，已中进士而因顺治十八年“奏销案”革去举人，于是中了进士亦不算。方光琛一怒而走西南，入吴三桂幕府。周寿昌《思益堂日札》云：
“撤藩议起，三桂坐花亭，令人取素所乘马与甲来。于是贯甲骑马，旋步庭中，自顾其影叹曰：‘老矣！’光琛从左厢出曰：‘王不欲失富家翁乎？一居笼中，烹饪由人矣！’三桂默然，反遂决。”
《清史稿-方玄成传》：
“爰有歙人方光琛者，从吴三桂叛，三桂宠以为相。其子侄九人亦俱受伪职，最著名者名学诗、学体。三桂败，皆伏法，惟学诗在逃。而戴名世案，部疏据《南山集》原文，称孝标为方学士，不复具名。北音士与诗同，满文又同为一字。圣祖阅清字疏曰：‘是非漏网之方学诗耶？’廷臣不能晓。圣祖因为语往事甚悉。盖圣祖实误以方学士即此漏网之方学诗，又误以方光琛为孝标族人……圣祖五十一年正月谕曰：‘案内方姓人俱系恶乱之辈，方光琛投顺吴三桂，曾为伪相；方孝标亦曾为吴三桂大吏，伊等族人不可留本处。’四月又谕：‘方孝标曾为吴逆伪学士，逆三桂之叛，系伊从中怂恿。伪朱三太子一案，亦有其名，今又犯法云云。’”
按：桐城方家著名者有二，一在城内，一在城外。方以智与方玄成同姓不同宗。方光琛家在皖南，更不相干。谈方以智而先撮叙方玄成、方光琛生平大概，岂非离题太远？盖别有说焉。
近读余英时《方以智晚节考》，考定方以智于康熙十年，因案被逮，自裁于文山诗“惶恐滩头说惶恐”的惶恐滩。余君之言如此：
“密之若于历史上求人格之‘认同’，则文山实其首选。甲申之岁，密之不死，可以见谅于世人者也。辛亥（康熙十年）再陷缧绁，上距永历之亡，亦既已十易寒暑矣！此时而仍不惜对簿虏廷，苟延残喘，密之虽号愚者，余知其决不出此也。然而古人有言，死得其所。就密之当时所处之情势言，其最适当之死所，殆莫若惶恐滩……次子中通题其诗曰《惶恐集》，幼子中履亦颜其斋曰‘汗青阁’。此决非因偶然巧合，遂得附会。”论断固甚精当，但方以智所犯究系何案，未能考获。余君又言：
“今据中履《宗老臣梅先生七十序》，可见至少辛亥之难，密之子孙皆在被收之列，无得免者。此事又见中履《亡妻张氏行略》。其言曰：‘先公晚遭患难，余侍左右，不复能顾家。家人齑粉在俄顷，吏卒汹汹围守。’中履两言‘全家齑粉’，决非行文夸张。则密之罪状，必属谋反之类。盖依律，非大逆不能牵累及于子孙也。若更参照魏季子所言，闻者咋舌摇手，如疫疠猛火不敢近，其事岂不昭然若揭乎？惜今所能推知者，仅止于此。至于构陷者究属何人，其所持之具体理由又为何，苟无新史料发现，恐终将成为千古疑案矣！”
笔者的看法不然，此案如能深入细考，疑团未必不能破。如前所述“方学士”、“方学诗”的误会，即在提供一条线索。
兹先简述方以智生平。《清史稿》本传：
“方以智字密之，桐城人。父孔，明湖广巡抚，为杨嗣昌劾下狱，以智怀血疏讼冤得释，事具《明史》。”
按：方以智为父讼冤一事，名闻天下。如缇萦上书救父，论本人有罪无罪，犹在其次，得救的主要原因，在孝思感格天子。《明史卷二百六十-方孔传》：
“方孔字潜夫，桐城人，万历四十四年进士，天启初为职方员外郎，忤崔呈秀削籍。崇祯元年起故官，夏归，定桐城民变，还朝；十一年以右佥都御史巡抚湖广，击贼八战八捷。时（熊）文灿纳献忠降，处之谷城；孔条上八议，言主抚之误，不听。而阴厉士马备战守；已而贼果叛，如孔言……会（杨）嗣昌代文灿……嗣昌既以孔抚议异己也；又忮其言中，遂因事独劾孔，逮下诏狱。子简讨以智，国变，复弃家为僧，号‘无可’者也；伏阙讼父冤，膝行沙堰者两年，帝为心动，下议：孔护陵寝功多，减死戍绍兴。”
“简讨”即“检讨”。方以智以崇祯十三年进士，授翰林院检讨，为四公子中惟一通籍者。所谓“护陵寝功多”，乃指“显陵”。世宗以外藩入承大统，其父与献王葬于湖北钟祥松林山。“帝为心动”一节，又见《清史稿-方以智传》：
“其闭关高坐时也，友人钱澄之亦客金陵。遇故中官为僧者，问以智；澄之曰：‘君岂曾识耶？’曰：‘非也！昔侍先皇，一日朝罢，上忽叹曰：“求忠君必于孝子。”如是者再。某跪请故，上曰：“早御经筵，有讲官父，巡抚河南，坐失机，问大辟，某薰衣饰，容止如常时，不孝若此，能为忠乎？闻新进士方以智父亦系狱，日号泣持疏求救，此亦人子也！”言讫复叹，俄释孔而辟河南巡抚。外廷亦知其故乎？’澄之述其语告以智，以智伏地哭失声。”
按：此记中“中官”所说的后半段，与事实有出入，方孔出狱戍绍兴，不可能当河南巡抚。崇祯所说“问大辟”的河南巡抚为李仙风。崇祯十四年正月，李自成陷洛阳，乘胜围开封。巡按御史高名衡守城，李仙风自河北驰援，解围。《明史二百六十七-高名衡传》。
“仙风既还，与名衡互讦奏。帝以陷福藩罪，诏逮仙风，以襄阳兵备副使张克俭代。”
当李自成破京时，方以智正在京供职。《清史稿》本传：
“会李自成破潼关，范景文疏荐以智。召对德政殿，语中机要。上抚几称善，以忤执政意不果用。京师陷，以智哭临殡宫，至东华门被执，加刑毒，两足骨见不屈。”
按：范景文原任南京兵部尚书，即《板桥杂记》作者余淡心所说的“南大司马”。后以杨嗣昌夺情辅政，上疏力争不可，忤旨革职。崇祯十五年复起，召拜刑部尚书，旋改工部。李自成破潼关在崇祯十六年十月，其时首辅为陈演，乃是温体仁一系，宜乎方以智不见用。
范景文入相在崇祯十七年二月。崇祯在位十七年，共用过五十个宰相，而正人君子只有属于东林的文震孟、钱龙锡、孙承宗、范景文等人。李闯破京，范景文从容殉国。《明史》二百六十七，列传一百五十三，体例特殊，开首大书：
“崇祯十有七年三月，流贼李自成犯京师。十九日丁未，庄烈帝殉社稷。文臣死国者，东阁大学士范景文而下，凡二十有一人。福王立南京，并予赠谥。皇清顺治九年，世祖章皇帝表彰前代忠臣，所司以范景文、倪文璐……二十人名上，命所在有司，各给地七十亩，建祠致祭，且予美谥焉。”
按：范景文在南明时赠太傅，谥文贞。清朝赐谥文忠。据《明史》本传，范景文并没有政绩，所可传者，只有从容赴义一事：
“都城陷趋至宫门。宫人曰：‘驾出矣！’复趋朝房，贼已塞道，从者请易服还邸。景文曰：‘驾出安归？’就道房庙草遗疏，复大书曰：‘身为大臣，不能灭贼雪耻，死有余恨。’遂至演象所，拜辞阙墓，赴双塔寺旁古井死。”
此传聊聊数笔，但已足够传其人。忠臣毕竟可为，而生死之间正确的抉择，实为读书人生当乱世的第一大事。至如方以智，被俘不属，则为忍死须臾，自计尚有后责，本传接前又云：
“贼败，南奔，值马阮乱政，修怨欲杀之，遂流离岭表，自作序篇，口叙祖德，下表隐志，变姓名卖药中市。桂王称号肇庆，以与推戴功，擢右中尤。扈王幸梧州，擢侍讲学士，拜礼部侍郎东阁大学士，旋罢相，固称疾，屡诏不起。尝曰：‘吾归则负君，出则负亲，吾其缁乎？’”『txt小说天堂在线书库http://www.xiaoshuotxt.net/』『txt小说天堂经典书库http://xiaoshuotxt.com/』『电子书下载http://txt.xiaoshuotxt.com/』『幻魂文学网http://www.huanhun.com/』
其时方孔年已六十余，方以智子职臣节，不能两全，所以说：“归则负君，出则负亲。”本传接云：
“行至乐被执，其帅欲降之，左置官服，右白刃，惟所择，以智趋右，帅更加礼敬，听其为僧。”
按：广西有两平乐，在东为县，在西为村。方以智被执的平乐是阳朔以南的平乐县。“帅”则三藩之一的孔有德，《清史稿-孔有德传》：
“（顺治）七年……帅入广西境，克全州，十二月遂拔桂林，明永历帝走南宁，留守大学士瞿式耜死之。斩靖江王以下四百七十三人，降将吏一百四十七人。桂林、平乐诸属县皆下。”
按：孔有德入桂林，在是年十一月初五，瞿式耜被难，则在闰十一月十七。清军入广西，自全州进兵桂林，乃由东北趋西南，而方以智则由桂林向东南趋避，故行至平乐被执。计其时在十一月间。
余英时《方以智晚节考》，考其逃禅之地，引施闰章（愚山）诗及年谱，以为在梧州云盖寺。其言如此：
“清兵陷广西平乐村，事在一六五零年（顺治七年）。则密之逃禅，即始于此时。施愚山《浮山吟》诗有云：‘比山一片云，飞落苍梧野。忽值南风吹，旋归庐岳下。’其下双行夹注曰：‘药公家浮山，避地梧州云盖寺。值余奉使西粤，始同归，抵匡庐。’考之愚山先生年谱卷一：‘顺治九年壬辰（一六五二）卷：三月，奉使广西，达桂林。’秋七月桂林陷。从平乐经江西而归”。正与诗注合。则密之最初落发，殆即在梧州之云盖寺。”
按：方以智出家后无常名，称“无可”、称“五老”、称“药地”、称“墨历”，此非好奇，亦是避逻者耳目。“药公”乃愚山对方的尊称，浮山则为桐城的别名。
余英时以为方以智至庐山后，即挂单归宗寺，引施愚山《初至归宗寺同药公作》诗为证。此则不然，方以智归宗寺不过暂驻而已，旋即还里。其时在顺治九年之冬，侯方域与方密之书，一则曰：“往在昆陵，陈子定生私以问仆云：‘密之之还，何也。’”侯方域访陈贞慧于宜兴在是年冬天，年内还家。而此时陈已知方还里，则计途程，不可能在归宗寺久驻。再则曰：“归雪苑，遇何次德，具为述密之还里月日甚详。”何次德名杲，桐城人，在是年冬天与侯相会于商丘，而述“密之还里月日甚详”，更为方以智已归桐城的确证。
方以智于顺治九年南归，其最初托迹之处，于考定其生平殊有关系。余著《方以智晚节考》，以为有自平乐归后，即在匡庐挂锡，其实不然，已如前述。为补余著之疏，进一步略考方南归后初期的行踪如下：
一、施愚山《无可大师六十序》云：“余昔奉使，经苍梧……至匡庐同游五老、三垒间，旬日始别。”
按：旬日始别者，非仅施别于方，亦方别于施。两人“从平乐经江西而归”，同游庐山后，施北上回京复命，方则东归桐城。
二、归桐城未几，即去金陵，在高座寺坐关。侯方域《与方密之书》，自道在宜兴时，即闻方“止于高坐寺”。又送《何子归金陵序》末有语：“今闻于高生寺为僧，何子归，试以语之。”此何子，亦为侯方域“述密之还里月日甚详”的“何三次德”。何次德，行三，名杲。
按：序中着一“闻”字，显见得方以智在高坐寺，非何杲告于侯方域者，甚至亦非何杲所知，以意测度，方以智既已出家，无在俗家久住之理，到桐城后，亦必择一古刹挂单，还家一谒老父，嘱咐妻子尽心侍养，旋即飘然远引，止于金陵高座寺。或者何杲亦不及知。
余著用力甚勤，何以独于此节疏忽？当是为《清史稿》所误。《清史稿-方以智传》“其闭关高坐时也”云云，已见前引。而此传实采自马其昶《桐城耆旧传》，原文为“先生闭关高座寺也”，落一“寺”字，遂大有出入。因为“高坐”，或作“高座”原为禅门用语之一，讲经说法，例必高坐，虽落一“寺”字，文义依旧可通，因而余君偶然放过。
侯方域所说的“高坐寺”应为“高座寺”。以《送何子归金陵序》证之，此寺确在金陵。但查《嘉庆一统志》、《清凉山志》，以及《实用佛学辞典》，均无此寺。但《高僧传》有慧进者，驻锡“京师高座寺”，卒于齐武帝永明三年，年八十五。此京师即金陵，原来高座寺乃“南朝四百八十寺”之一。六朝古刹，至清犹存，应该亦是有名的丛林，熟于僧史者，必能述其涯略。但可决其必非天界寺，因为天界寺建于明洪武中，非六朝之遗。
方以智晚年逃禅，虽示不仕清的决心，亦以俗缘未断，只觉君亲两不可负。至于对恢复明室，经过弘光、永历两个年号，实已灰心。因此，康熙十年被逮，说是“密之罪状，必属谋反”之类，亦颇有商榷的余地。
方以智晚年定居江西吉州青原山净居寺，死于康熙十年，历来皆不知其死因。邓石如辑《清诗记事初编》，叙方以智次子中通生平，兼及其父云：
“以智晚年住持庐陵县河南十里青原山，康熙十年辛亥，以事被累入粤，卒于道中……今读此集陪诗卷四为《惶恐集》，纪其事甚详。‘惶恐’者，以智卒于万安舟中，即文山集之惶恐滩也。中通亦在桐城就逮，事历二年，经皖、赣、粤三省，赖周亮工营救得白，又以他事坐系获释。究为何事，一字未及。”
邓石如又述方中通之学云：
“中通……当从西洋人穆尼阁布算，又问学于汤若望，熟读利玛窦之书，通历算之学，与汤圣弘……梅文鼎为友。撰《数度衍》二十四卷，附录一卷；别刻《陪集》以载诗文。迄康熙二十九年庚午，曰《陪古》三卷、《陪诗》七卷，《陪词》一卷，又刻《续陪》四卷，则诗文不分。”
按：方中通诗文集，称为《陪集》，表示诗文皆得自父授，不足以自成一家，为《浮山集》（方以智诗文集）陪衬而已。
余英时据邓记，断为方以智乃被逮赴广东时，舟过文山《过零丁洋》诗中所提到的惶恐滩，有感而自裁，其论断是：
“甲申之岁，密之不死，可以见谅于世人者也。辛亥再陷缧绁，上距永历之亡，亦既已十易寒暑矣。此时而仍不惜对簿虏廷，苟延残喘，虽密之号愚者，余知其决不出此也！然而古人有言，死得其所；就密之当时所处之情势言，其最适当之死所，殆莫惶恐滩若。此所以舟过万安，抵惶恐滩头，密之遂不得不死矣！”
余英时此论，极其精确。方以智之死，即在不愿“对簿虏廷”，死志固已早萌，但死非其时、其地，则易滋人误会，以为畏罪自尽，此为方以智所决不甘于忍受者。是故，笔者以为可以进一步论断，自裁于惶恐滩，乃方以智早经选定的毕命之地。
方以智获罪，究为何事？余英时亦未能考据，仅据方以智幼子中履文集中，“两言‘全家齑粉’”，以为“密之罪状必属谋反之类”。这样推断，自然合理，但方以智实无“罪状”，不过他人诬以谋反而已。而此诬也，实亦并不难辩白。不知者，一闻方以智被逮的原因，“咋舌摇手，如疫疠猛火不敢近”，知者则必能辨诬的信心极强。
方以智为人所诬，几罹巨祸，以不甘对簿虏廷，而自裁于惶恐滩。自况其追步文信国的节概，据邓石如、余英时先后考证，已成定论。所成疑问者有二：第一，被诬者是何案？虽可想像为“谋反大逆”，究系哪一桩逆案？“通海”之余波，永历之遗烈，还是三落之变，或者“朱三太子”案?第二，方以智有子三人，长幼无恙，独独仲子方中通两受其祸，此又何说？
我以为这两个疑问，决非无望解决。清初文集、笔记以及官文书，浩如烟海，若能遍搜，或有水落石出之一日。求证之先，笔者“大胆”提两个“假设”，借为线索。
先说第二个疑问，窃以为仇家构陷，怨从子起而“祸延显考”。如前引，方中通乃清初“畴人”之一。而清初历法之争，科学打倒玄学，乃中国科学发展史上极重要的一页，亦为形成康熙性格中极可宝贵的科学精神，而成就其为中国历史上一位异常杰出的统治者的诱因，所关匪细，值得不惮烦一述始末。
明朝的戊申《大统历》，实即元朝郭守敬所造的《授时历》，但节气及日月食的推算，参用《回回历》。回历与阳历大同小异，一年三百六十五天，分十二宫，即十二个月，正至三月各三十一天，四月三十二天，五至六月各三十一天，七至八月各三十天，九至十月各二十九天，十一、十二月各三十天，遇闰年则十二月加一天。
《大统历》用至成化年间，日月食时刻的推算，常有失误，但宪宗不罪钦天监的官员，以为“天象微渺”，推算有误，不足为非。像宪宗这样的庸主，当然不会知道天象运行有常，若得其法，是可以准确推算的。他的意思是，天象下应人事。英宗北狩，遇土木之变，蒙尘塞外。景帝即位，迎英宗回京，幽居南内，结果又有夺门之变而复辟。这一连串的大变化，是任何人所梦想不到的，岂非“天象微渺”难凭？
弘治、正德间，误差的现象越来越严重。很明显的，《大统历》的所谓“历元”在元世祖至元十八年辛已，至正德年间已历时二百三十多年，分秒之差，年积月累，失误自大，于是改历之议复起。聚讼纷纭，莫衷一是，到了世宗即位，他是笃信神仙的，嘉靖七年、十九年两次推算日当食而未食，证明误差已到了非修正不可的时候，也就是《大统历》的缺点已充分暴露，到了非改不可的时候。而“帝喜以为天眷”，因而终嘉靖之世，无人敢言改历。
万历末年，西学传入中土。利玛窦挟天算之学为有识之士所尊重，推算天象，屡次获得证明，精确胜于古法。至崇祯初年，在徐光启的极力主张，以及思宗的支持之下，修历之议逐渐成为事实。但尊古法者固极力顽抗，思以逞异说而取富贵者，亦颇有人，因此修历共设四局，各搞各的。四局者：大统、回回、东局、西局。西局由徐光启的继承者山东参政李天经主持，成员皆西洋天主教士；东局则别具一说，而多少具有投机性质的历学家魏文魁所领。崇祯十年正月初一日食，四局预推的结果如次：
一、大统：食一分六十三秒。
二、回回：食三分七十秒。
三、东局：游气侵光三十余秒。
四、西局：京师见食一分一十秒。应天（南京）及各省分秒各殊。云南、太原不见食。此外初亏、食甚、后圆时刻亦各异。
事后证明，惟有西局所推皆验。于是崇祯决定废《大统历》用新法。而遵古者，抗章交谏，并策动太监作内应，反对新法，这样迟延到了崇祯十六年，三月初一日食，又是西局所测独准。这年八月下诏：“西法果密，即改为大统历法通行天下。”可惜“未几国变、竟未施行”。
入清则顺治二年即用新历，名为《时宪历》。清史稿《汤若望传》：
顺治元年，睿亲王多尔衮定京师。是岁六月，汤若望启言：“臣于明崇祯二年来京，用西洋新法修正旧历，制测量明星晷，定时考验诸器，近遭贼毁，拟重制进呈。先将本年八月初一日日食，照新法推步，京师日食限分秒，并起复方位，与各省所见不同诸数，开列呈览。”王命汤若望修正历法……八月丙辰朔，日有食之，王令大学士冯铨与汤若望率领天监官赴观象测验，惟新法吻合。大统、回回二历时刻俱不协。世祖定鼎京师，十一月，以汤若望掌钦天监事。汤若望疏辞，上不许；又疏请别给敕印，上亦不许，并谕汤若望遵旨，率属精修历法，整顿监视，如有怠玩侵紊，即行参奏。加太仆寺卿，寻改太常寺卿，十年三月，赐号“通玄教师”。
汤若望在华已将二十年，深通中国人情世故，“疏辞”及请“别给敕印”，都是为了不愿得罪原来的钦天监官。而“上不许”者再，非冲龄的顺治能赏识汤若望，乃是因为顺治生母孝庄太后，此时已皈依天主教，而以汤若望为教父之故。
不久，汤若望又加通政使衔，进秩正一品，使得旧派既妒且恨。于是到了顺治十四年四月，旧派由已革“秋官正”吴明炫发难，对汤若望展开攻击。《汤若望传》：
“十四年四月，革职回回科秋官正吴明炫疏言：‘臣祖默沙亦黑等一十八姓，本西域人；自隋开皇己未，抱其历学，重译来朝，授职历官；历一千又五十九载，专管星宿行度。顺治三年，常印汤若望论臣科，凡日月交食，及太阴五星陵犯，天象占验，俱不必奏进。臣察汤若望推水星二、八月皆伏不见，今于二月二十九日仍见东方；又八月二十四日夕见，皆关象占，不敢不据推上闻，乞上复存臣科，庶绝学获传。’……别疏又举汤若望舛谬三事……八月，上命内大臣爱星阿，及各部院大臣登观象台，测验水星不见。议明炫罪，坐‘奏事诈不以实’，律绞，援赦得免。”
历官旧派攻新，第一回合败下阵来，第二回合则大获全胜，其事在顺治崩治，康熙即位以后。清史稿《杨光先传》：
“杨光先字长公，江南歙县人。在明时，为新安酐千户，崇祯十年上疏劾大学士温体仁、给事中陈启新等，舁棺自随；廷杖戍辽西。清初，命汤若望治历，用新法，颁时宪历，书面题‘依西洋新法’五字。光先上书谓非所宜用。既又论汤若望误以顺治十八年闰十月为闰七月，上所为摘谬，辟邪诸论，攻汤若望甚力，斥酐奉天主教为妄言惑众。圣祖即位，四辅臣执政，颇右光先。”又《汤若望传》：
“新安卫官生杨光先，叩阍进所着摘谬论，选择议，斥汤若望新法十谬。并指选择荣亲王葬期，误用洪范五行，下议政王等会同确证。议政王等议：历代旧法，每日十二时，分一百刻，新法改九十六刻，康熙三年……天佑皇上，历祚无疆，汤若望只进二百年历。选择荣亲王葬期，不用正五行，反用洪范五行，山向年月，俱犯忌杀，事犯重大。”以下定罪，计汤若望及钦天监高级官员等七人，凌迟处死，又召五人斩。奏上令复议，结果杀了五个人。汤若望免罪，而“自是废新法不用”。
按：荣亲王为世祖第四子，生百日而殇，时在顺治十五年正月。尚未命名，追封荣亲王。其母董鄂妃为世祖所深宠。吴梅村《清凉山礼佛诗》四首，大半为董鄂妃而咏，第一首《王母携双成》；第二首《可怜千里草》，皆切“董”姓。
由《杨光先传》“四辅臣执政、颇右光先”一语来看，此案的背景，乃是满清入关后的宫廷第二次大争斗。争斗的双方，一方就是“四辅臣”。“四辅臣”者，即为康熙以冲龄即位，世祖临终遗诏托孤的顾命四大臣：索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳖拜。其中鳖拜最跋扈，结遏必隆与苏克萨哈为仇，索尼位高望重而无如之何。四辅臣间虽有矛盾，而护持旧派的立场，却是一致的。
另一方就是所谓“孤兄寡妇”了。当世祖驾逝时，康熙只有八岁，行三。皇二子名福全，亦在冲幼。大位不传皇二子而越次传皇三子，是因为顺治的生母孝庄太后定策时，征询汤若望的意见。汤若望只指出一个事实，皇三子已经出痘，皇二子则未。顺治刚以天花不治，现实的教训特别强烈，所以皇三子得承大统。笔者每以为历史的改变，常出于一种偶然的因素，在当时了无足异，而事后考察，关系极大，如汤若望之于满清，真可谓“一言兴邦”。不然者，以福全为帝，满清能否延二百余年的历祚，实在大成疑问。
由上所叙，可知杨光先的上书攻击汤若望，纵非有意迎合，而四辅臣的“颇右”杨光先，则无疑地为借此打击孝庄太后及其所领导的新派分子的一种手段。可惜，杨光先很不争气，《清史稿》本传：
“康熙四年，议政王等定谳，尽用先光说，谴汤若望，其属官至坐死。遂罢新法，复用大统术。除光先右监副，疏辞不许；即授监正，疏辞复不许。光先编次其所为书，命曰：‘不得已’。持旧说绳汤若望，顾学术自审不逮远甚，既屡辞不获，乃引吴明为监副。明、明炫兄弟行。
“五年，光先疏言，今候气法久失传，十二月中气不应，乞许臣延访博学有心计之人，与之测器测候。并饬礼部采宜阳金门山竹管，上党羊头山黍，河内葭荸子备用。”
按：所采各物乃作测器之用，且亦曾下诏求畴人，其人未至，而杨光先已经无法干得下去了。本传记：
“七年，光先疏言……臣病风痹，未能董理。下礼部，言光先职监正，不当自诿。仍令访求能候气者。是时，朝廷知光先学术不胜任，复用西洋人南怀仁，治理历法。”
汤若望是德国人，时已去世。南怀仁是比利时人，为汤若望的学生，其时在康熙七年底，圣祖已经亲政，故知用南怀仁出自御裁。未几，南怀仁疏劾吴明。《汤先生传》：
“南怀仁疏劾明，造康熙八年七政民历，于是年十二置闰，应在康熙九年正月。又一岁两春分、两秋分，种种舛误，下议政王等会议。议政王等议：历法精微，难以遽定，请命大臣督同测验。八年，上遣大学士图海等二十人，会监正马佑，测验立春、雨水两节气，及太阴、火木二星缠度，南怀仁言悉应；明言悉不应。议政王等疏请康熙九年历日交南怀仁推算。上问：‘先生前劾汤若望，议政王大臣会议，以光先何者为是；汤若望何者为罪？新法当日议停，今日议复，其故安在？’议政王等疏言……南怀仁历法，上合天象。一日百刻，历代成法，今南怀仁推算九十六刻，既合天象，自康熙九年始，应按九十六刻推行。”
按：康照的本意是要明辨是非，而议政王等复奏，显然未搔着痒处。若为庸主，自是不了了之。而康熙有意要根究新旧历法之争在学理上孰是孰非，是者为何，非者为何？因而学天文，习算学，为中国第一个深入西方科学领域的帝王。孟心史先生谓康熙在这方面的造诣，“儒者专门习之，仅与相副”。又谓：“若再假以年，更为国中学人鼓倡，或早与西人科学之进步相提携矣！”此亦极中肯之言。总之新旧历法之争，启发了清圣祖重真理、辨是非的科学精神，影响其人格的形成，关系极大。圣祖之能成为一个杰出的统治者，平三藩、兴文教、重民瘼、察官吏，凡理之所在，笃信力行而不疑，实为其自我训练而具有的科学精神所使然。《清史稿》二百七十三卷附论：
“历算之术，愈入则愈深，愈进则愈密。汤若望、南怀仁所述作，与杨光先所攻讦，浅深疏密，今人人能言之。其在当日嫉忌远人，牵涉宗教，引绳批根，诚一时得失之林也。圣祖尝言：‘当历法争议未已，己所未学不能定是非。乃发愤研讨，卒能深造密微，穷极其阃奥。’为天下主，虚己励学如是，呜呼，圣矣！”此亦非溢美之词。
历法之争，新派在学理上既已获胜，政治上的冤狱，当然亦能获得平反。议政王等先议：“请将光先夺官，交刑部议罪。上命光先但夺官，免其罪。”
就在这时候，十六岁的康熙，做了一件出人意料而确可令人佩服的大事，《清史稿-圣祖本纪》康熙八年记：
“五月……戊申诏逮辅臣鳖拜，交廷鞫。上久悉鳖拜专横乱政，特虑其多力难制。乃选侍卫，拜唐阿年少有力者，为扑击之戏。是日，鳖拜入见，即命侍卫等掊而系之。于是有善扑营之制，以匠臣领之。庚申，王大臣议鳖拜狱上，列陈大罪三十，请族诛。”
“拜唐阿”是满洲话，亦为侍卫之一种，扈从时职司前驱。康熙制鳖拜，处心积虑而声色不动，参与机密者只极少数的心腹侍从，颇疑曹雪芹的祖父曹寅亦为其中之一。曹寅以后深得恩眷，盖非无故。康熙自诛鳖拜，始得独揽大权，宫廷中新旧两派之争，至此局面大定。于是南怀仁上疏，为师讼冤。《杨光先传》：
“南怀仁等复呈告光先依附鳖拜，将历代所用洪范五行，称为《灭蛮经》，致李祖白等无故被戮。援引吴明诬告汤若望谋叛。下议政王等议：坐光先斩。上以光先老，贷其死，遣回籍，道卒。刑部议，明坐奏事不实，当杖流。上命笞四十，释之。”汤若望则复封号，视原品赐恤，封号原为“通玄教师”，因圣祖名玄烨，避讳改玄为微。
这一冤狱的平反，在杨光先、吴明一系的旧派，自有刺骨之恨。随时谋求报复，亦在意中。方氏父子被诬，可能即为旧派对新派的一种报复。
按：清初畴人，首称“南王北薛”，南王为吴江王锡阐、北薛为山东薛凤祚，俱通中西之学，与新旧两派皆有交往。纯属旧派者，常州龚士燕，康熙六年应募入京，为旧派钦天监官所引重，康熙八年“定用西法而古历卒不行”，因于后二年“以疾归”，实为锻羽而归。
方中通则纯为新派，其学出自穆尼阁、汤若望。穆尼阁其人，不如汤若望、南怀仁知名，非研究天主教史者，不能道其生平，今于刘声木《苌楚斋随笔》卷四中得一条：
“顺治间，泰西教士穆尼阁寄寓南京，喜与人谈算学，并不招人入耶稣教。”方中通的算学，得自穆尼阁，而历法则由汤若望所授。汤若望且曾授历法于方以智。两代世交，渊源不浅，有诗为证。
方中通《陪集》中《陪诗》卷二，有五律一首，题为《与西洋汤道未先生论历法》。道未即汤若望的别号。诗云：
“千年逢午会，百道尽文明。（原注：依邵子元会运世推算，正逢午会，万法当明。）汉法推平子，唐僧重一行。（原注：先生崇祯时，已入中国，所刊历法故名《崇祯历书》。与家君交最善，家君亦精天学，出世后，绝口不谈。）有书何异域，好学总同情。因感先生意，中怀日夕倾。（原注：予所得穆先生火星法最捷，故相质论。）”
按：此诗当做于汤若望罢官以后、未死之前，计其当在康熙五年至七年之间。旧派历家方以排去汤若望为快意，而方中通与汤若望有所交游，其为遭忌，亦无足怪。
方中通《陪集》，余英时先生亦未得寓目。《方以智晚节考》所刊“重要参考资料”，方中通《题结粤难文至感泣书此》、《论交篇赠侈俨若》两诗，乃转引自《清诗纪事初编》。此书录方中通诗四首，除上述两诗，另两首。一即《与汤道未论历法》，一为《木兰女庙》。细玩余先生所曾引的两诗，于方家“粤难”经过，亦大有可以参悟之处。《题结粤难文》云：
“君不见，一门争死称孔氏，弟兄子母垂青史。又不见，西川豪杰附党人，耻不与党先自陈；彼为友朋尚如此，何况俨然为人子？……回忆难作捐我躯，不料此躯存斯须。”又《论交篇》云：“忆昔患难倾门户，不肖捐躯系园土。”两言“捐躯”，又道“耻不与党先自陈”，似乎“粤难”之作，方中通先不在被收的名单内，乃是挺身自任，思为父代死。方以智三子俱孝悌，何以长幼俱无动作，而独中通奋身？此或者祸由中通而起，非如此不足以为人子。再进一步推究，方中通的“自陈”，当然先经过“家庭会议”同意，而同意的缘故，可能非方中通自到公堂，不足辨其父之被诬。至于系狱以后，又有不肯出狱的情形，《题结粤难文》有句：“怜我不肯脱罗网，委屈导我真缠绵”；又云：“非是不遵宛转之深情，乃深痛吾老亲之不测”，其情事如见。盖问官必以案内无方中通之名，宛转开导，劝其自脱罗网，而方中通坚不出狱。所以然者，方以智自裁于惶恐滩，究系畏罪，还是完节，心事不明，必待昭雪，使方以智的本心大白，始肯出狱。明乎此，始知《论交篇》中“感余热血怜余痴”的“痴”字，应作何解。
问题是在这里，方中通何以必欲“代父直心直如矢”？《论交篇》中又道，“我父生前受名累，身后患难尤难堪”，何以谓之“身后患难”，又何以较之生前尤为“难堪”？惟一的解释是方以智的被诬，乃是名节被污，其所恶有甚于死者。不愿“对簿虏廷”，下拜于异族衣冠之前，惟有一死，可免此厄。而既死则不独自洗其无端之污。且当时谈及方案，如遇猛虎瘟疫，避之惟恐不速不远，则期望公道自在人心，舆论能为之洗刷，亦不可能。是故方中通“不畏死，血满纸，痛哭陈情详院司”。而方中通妻陈舜英，《粤难作夫子被羁》一诗：“便捐男子血，成就老亲名。君指天为誓，余怀刃是盟”，亦道出底蕴，方中通“指天为誓”者，必是父诬不白，宁死不出狱。此与季辛吉名誉不能洗刷，便当辞职的坚决表示，意思约略相仿。
于此，可知方氏仇家所构陷方以智的罪名，必然以智九死所不甘诬服者。论案情，则自为牵涉及于可召族诛巨祸的谋反大逆，但以忠于明室的遗民反清，理所当然，即或被诬，于名节何损？而竟非以死相争不可，则所诬以何案，略知清初史实者，皆可指而出之。留待后论。
我又颇疑，构陷方以智者，为方中通的至交，甚或曾同问学于穆尼阁。《论交篇》起始，以二十余句强调人情险，决非无因而发，余如次：
“交道诚难论，何况在今日，变幻态无穷，险情不一。张耳、陈馀少相知，安知凶终机在刎颈时？孙膑、庞涓不同学，安有复有鲸刖之惨，马陵之悲？茫茫天地一开眼，古今人情若印板，愈厚愈密愈益疏，四海九州之人如同产。噫嘻肤上毛，欲割便挥刀；区区胶投漆，何得久坚牢？又如相依复相迁，幸舍代舍迁不倦；今朝武安座上逢，昨晚魏其门下见。较量轻重只争毫发间，趋舍何必死生与贵贱？”
此诗引用古人凡五，“今朝武安座上逢，昨夜魏其门下见”，乃指籍福。“幸舍代舍”典出《史记孟尝君传》，处宾客的馆舍分三等：传舍、幸舍、代舍。总结此诗所引五古人而欲表达其对交道的看法是：见利忘义。引孙膑、庞涓的故事，则又似同学忌才。总之，整首诗以三分之一的篇幅以证交道难论，决非全然为了反衬下文“忽然一遇侯公子”，而是有本事在内的。
至于当时新旧派历法之争，则不仅学术之辨，意气之争，更关乎生死祸福，穷通富贵，其事之严重，以及争斗之烈，远超过后世的想像。只以在学术上康熙亲自主持，且新优于旧，亦成定论，故旧派无法翻案，其争斗过程，遂亦渐渐泯灭，蛛丝马迹，犹可想见仿佛。阮元辑《畴人传》，杨光先传后有论。
“论曰：钱少詹大昕曰：‘吾友戴东原尝言：欧罗巴人以重价购《不得已》而焚毁之，盖深恶之也。光先于步天之学本不甚深，不旋踵而败，宜哉！然《摘谬十论》……则固明于推步所不能废也。元（阮元自称）所藏《不得已》卷末有杂记数条，不著撰人名氏，中一条云：歙人言，光先南归至山东暴卒，盖为西人毒死。”洋人购杨光先所著《不得已》而毁之，其事不可知。戴东原虽为大儒，于永乐大典中搜得王锡阐、梅文鼎所未及见的算书，能正调补脱，可知其天算之学的造诣，但戴氏著作中，有《气穴记》一卷、《葬法赘言》四卷，是犹不免将天文地理与堪舆混为一谈。则于历法恶西洋而为杨光先张目，亦无怪其然。至于“西人毒死”杨光先，就情理而言，殊不可能。不过，杨光先一疏，谓选荣亲王葬期错误，用心实嫌恶毒，汤若望被诬既已大白，杨光先陷诸台官于死而竟不抵罪，自为死者家人亲友所不甘，因而采取报复行为，或者有之。
以上假设祸由方中通而起，乃因介入新旧历法之争而结怨；或者为人见利忘义而出卖，皆待进一步求证，始可判断此假设有无成立的可能。但方以智被诬的谋反案，必与吴三桂有关。换言之，即助吴三桂谋反，则笔者自信，此一假设，定必不误。
吴三桂叛清，事起于康熙十二年冬，但异谋早著，而满清忌吴，则更早始于吴三桂入缅杀永历帝以后。刘健述所著《庭闻录》卷四：
“康熙元年十一月十一日，诏加吴三桂爵平西亲王。二年，奏缴大将军印。有内大臣论三桂子额驸应熊曰：‘往日永历在缅，边方多故；故予芳父将印，重事权也。今天下大定矣！据之不还何为者？’三桂不得已具疏上之，怏怏不怿。”
此为忌吴的明证。康熙自言，亲政后以三事自矢，必欲底成。其一即为撤藩。自鳖拜伏诛，开始积极着手，而以吴三桂为第一目标。
按：康熙八年五月诛鳖拜后，六月以米思翰为户部尚书，九年二月以金光祖为广东广西总督，马雄镇为广西巡抚，四年以蔡毓荣为四川湖广总督，七月以王辅臣为陕西提督，十年五月以朱国治为云南巡抚，十一月以明珠为兵部尚书。据此人事调动，可以析出其意义如下：
一、康熙自诛鳖拜后，立即开始部署撤藩，而以米思翰调补户部尚书为其起点。
二、撤藩的第一目标为吴三桂，亦以吴三桂难制为第一顾虑。康熙九年对西南、西北文武大员的调动，完成了对吴三桂包围的态势。
三、康熙十年调朱国治为云南巡抚，为对吴三桂态度强硬的表示。而以明珠为兵部尚书，则是决心用兵了。
这三点分析，可从上述诸人的背景、性格求得解释。兹先述米思翰，此人出身于满洲八大贵族之一的富察氏，至乾隆年间极贵，米思翰子李荣保，为高宗孝贤纯皇后之父。李荣保子傅恒为大学士，傅恒子福康安“一身被异数十三”，而实为高宗的私生子，笔者别有考证，不赘。《清史稿-米思翰传》：
“米思翰……授内务府总管，辅政大臣从假尚方器物，力拒之。圣祖亲政，知其守正，授礼部侍郎，八年擢户部尚书，列议政大臣。是时，各直省岁赋，听有政使存留司库，蠹弊相仍，米思翰疏请通饬各直省，俸饷诸经费所馀，悉解部。由是勾稽出纳权，尽属户部。十二年，尚可喜疏请撤藩。吴三桂、耿精忠疏继入，下户兵工部，米思翰与兵部尚书明珠议，三藩并撤。有言吴三桂不可撤者，以两议入奏，米思翰坚持宜并撤，议乃定。”
撤藩原为康熙早己默定于心的决策，但当时满清亲贵大臣中或畏三藩势力，或受三藩笼络，反对撤藩者甚多。吴三桂子应熊又尚至为额驸，等于他父亲派在京中的坐探，所以康熙对撤藩之意守持甚密，惟与少数近臣密商，米思翰与明珠皆力赞帝意者。其后米思翰一家之贵，固与此不无关系。明珠贪黩弄权，而康熙曲予优容，在撤藩之先，康熙深思熟虑，早已料定，决不能如宋太祖杯酒释兵权之轻易。如最后决裂，不能不用兵，则所持者何？自应有一打算，用米思翰为户部尚书，并即展开整理财政的工作，即为筹饷的开始。
至于用金光祖、马镇雄、蔡毓荣，或因其熟悉地方，或因其忠诚可靠，或因其才具出众，而目的皆在对付吴三桂。王辅臣之被任为陕西提督，用心更昭然若揭。而康熙之笼络王辅臣，更出常情之外。刘献廷《广阳杂记》有极生动的描写。记王辅臣与吴三桂之侄应期交恶，以三桂袒侄，致使辅臣寒心，以巨金“遍贿朝廷左右暨用事者”，得补为平凉提督，以后的情事云：
“报至滇南，平西闻之，如失左右手。叹曰：‘小子费亦不贺矣！家私几何，乃如此胡为耶？’及至辞王，王待之愈厚，执手涕泣曰：‘尔至平凉，无忘老夫！汝家贫，人口众，万里迢迢，何以当此？’遂出帑二万两，以为路费。”
吴三桂亦可谓善于补过，输诚之心，惟恐不至。但手段不及康熙，《广阳杂记》记召见王辅臣的情况如此：
“上坐内廷以待，望见喜曰：‘有武臣如此，朕复何忧？’自此恩泽频加，赏宾屡及；无日不诏人，语必移时。廷臣骇然，不知其何自也。都下哄传，以为平西有密语，令主入奏……上谓之曰：‘欲留汝于朝，朝夕接见，但平凉边庭重地，非汝不可，其命钦天监择好日以行。’时值岁暮，而定期岁内；上又谓之曰：‘行期近矣！朕不能舍，上天在迩，其陪朕看灯，过而后行。’更命钦天监择吉日于上元之后。居期入辞，温语良久，授以方略，重加赏赐。御座前有蟠龙豹尾枪一对，上指谓辅臣曰：‘此枪先帝遗以付朕者。朕每出必列此枪于马前，以无忘先帝。汝先帝之臣，朕兄帝之子，它物不足珍，其分此一枪以赐汝。汝持此往镇平凉，见此一枪如见朕，朕见此枪如见汝矣！’辅臣拜伏于地，泣不能起。”
雍正以后之笼络年羹尧，即师父故智，但矫揉造作过甚，令人肉麻。康熙之笼络王辅臣，则确能使被笼络者死心塌地。当时康熙所以不惜降尊纡贵如此，正可反证他对吴三桂防范之周之密。至于吴三桂既反，王辅臣竟未能发挥康熙所预期的作用，则又为另一回事，论王辅臣本心，固未负康熙。
康熙十年调朱国治为云南巡抚，为康熙决意制服吴三桂，不惜决裂的表示。朱国治其人，在康熙初年，为江南士林的公敌。
朱国治不久去官，走得很不光明，无名氏《研堂见闻杂记》云：
“抚臣朱国治既以钱粮兴大狱，又杀吴郡诸生一二十人，知外人怨之入骨。适以丁忧罢。故事：隶旗下者例不丁忧，守丧二十七日，即出视事。公守丧毕，具疏请进止。朝议许其终制，另推新抚韩公世琦尚未莅位，朱恐吴人为变，仓猝离位，轻舟遁去，吴中为幸。朝议以大臣擅离泛地，拟降五级，而严旨切责，革职为民。”
按：三年之丧照例守制两年三个月，亦即二十七个月为服满。旗下改月为日，父母之丧只“穿孝二十七日”。朱国治具疏请进止，乃自知众怒难犯，急谋退隐。新任巡抚韩世琦，亦为汉军。隶正红旗，原任顺天巡抚。顺治十八年十月裁顺天巡抚一缺，韩世琦即改调江苏（彼时犹称江宁巡抚）。顺天即沈阳，赴调需时，而朱国治去职而未离位，形势益危。其时苏州民风尚未如后来之柔弱。天启中，魏忠贤遣东厂缇骑至苏州逮捕周顺昌，白靴校尉为吴人击杀，前之可鉴，所以朱国治轻舟遁去。至于遭遇“革职为民”的严谴，自是朝中因为秦销案办得太严刻，有意贬抑朱国治，借平民愤。
康熙十年朱国治复起，被任为云南巡抚。惟一的原因，即由于朱国治以汉人而忠于满洲，为政苛峻。如果对吴三桂采取强硬态度，则用他到云南去跟平西王周旋，是最理想的人选。康熙十二年冬，吴三桂举兵，朱国治首先被害，刘健《庭闻录》记：
“三桂召各官赴王府会议。中丞朱公率众往，贼党不候全害之，刃之下乃死，余皆被执。朱中丞……素为贼党切齿，三桂使其子飞骑传谕，不得轻杀，至则中丞已身首殊。”《研堂见闻杂记》谓朱国治被“提出开膛枭示”，则恶之甚，言之亦过甚了。
以上所引叙，皆在证明康熙对吴三挂迟早必叛，已经料定。而防范惟恐不周，亦有事实可稽。表面上几大臣言官有公然奏劾吴三桂者，无不获谴，乃是故为安抚，以待谋定后动。其实，对吴三桂的动态，无时不在注意之中。内地入滇投靠吴三桂，以及吴三桂所遣亲信赴内地活动的情况，皆有密报到京。方以智的被祸，我的假设，即因以讹传讹，误认方以智为吴三桂的亲信，潜入安徽。可能为方光琛之子方学诗曾回徽州活动，而方孝标曾入滇献诗吴三桂，故误方学诗为“方学士”。而方学士与方以智音似，满文奏折中汉人名字皆为音译，更易误会。
假设虽可大胆立论，但假设之能成立，必须经过逻辑的考验。逐次排除其不能者，至最后仅剩者，方能作为假设。今按康熙初年属于“谋反大逆”的案子，不外朱三太子的传闻，及三藩之乱。干连朱三太子的疑案甚多，且每与和尚有关，似与方以智的情况相近。但果为推戴朱三太子以起事复明，则方以智即或被诬，固与名节无损，方中通不必以死力争，一通道理已在前面谈过，无须多说。其次，谋反决非一人之事，干连必众，王夫之论族诛曾申明其义。而方以智一案不闻有他人牵连，孟心史先生《明烈皇殉国后纪》篇云：“东华录自康熙十二年始，屡破获朱三太子干连犯案，多不胜载。”是则方以智如干连朱三太子案，何以官书独无记载。凡此皆足证明，方以智与此类案件无关。
至于牵涉及于三藩之乱，如归罪于谋反大逆，则又分两种情况，一为事发的按问，一为事前的猜防。方以智案虽发于吴三桂举事之前，但吴三桂反形早著，康熙防堵甚严，已如前述，则诬指方以智为吴三桂亲信，潜入安徽等地活动，是很可能发生的事，但事必有因，或者方学诗确曾潜回徽州。行踪曾经广西，而又误传为“方学士”，于是构陷者有意张冠李戴，指“方学士”为方以智，向广西巡抚马雄镇告密，因而移文安徽，逮捕方以智归案待质。
据《方以智晚节考》所录资料及方中通《题结粤难文》、《论交篇》两诗，案发后的情况如此：
一、发难于广西。论交篇《粤西题请讲再三》可证。
二、移文安徽，至桐城方家逮捕方以智，而方以智由幼子中履陪侍在青原。官疑方家藏匿以智，是故“吏卒操兵围宅，铃析达晓”。而“道路汹涌，莫不咋指吐舌。在于人情、宾客、门人、故旧远害引避，固宜其然”（方中履《宗老臣梅先生七十序》）。则有几天的搜索，或者直至方以智被逮，方始撤围，皆可想而知。
三、桐城搜查不获，移文江西逮捕，此涉及三省的因由，情况非常单纯。
四、江西泰和富人萧孟藏方以智于复壁，其后乃由水路赴广西报案。此出于方以智自己的主张，或者他人所劝，则不得而知。但可确言者，方以智愿就复壁，绝非畏罪，而为不甘致礼于异族衣冠之前。惶恐滩自裁，亦为此意。当初披缁，大致亦为避免作清朝装束。
如上所述逮捕情况而言，凡稍知清朝司法制度者，皆可想像得到，方以智涉嫌的罪名虽异常严重，而案情固甚简单。因如案内述及方以智如何从事谋反的活动，则本人未获，家族必定被捕就审，借以侦讯方以智的一切。今观资料所载，方氏家族除中通愿同父生死，自甘投狱以外，固皆安然无恙。
然则案情简单到如何？就方中通两诗篇推断，不过查证一名字而已，大致广西原咨是：闻有安徽方学诗或方学士潜回活动，不知是否方以智？当案之初起，不明究竟自易涉张皇，所以“三省羽书急如箭”，但其事本易于辨明，最清楚的是，方以智自顺治年间南归后，足迹即从未再到两粤滇黔，是故复壁之出，不过到广西“过堂”即可结无事。而方以智即因不甘生前受辱，故自裁于惶恐滩，以文信国自拟而明志全节。但官方则必报病故，因如报自杀则必欲追究其自杀之因，究系畏罪，或有其他凌虐致死情事，岂非自找麻烦？地方官纵不明此中诀窍，但司刑名的幕友则必如此办理。
于此可知，方以智自裁，地方官报病故，而案情亦原已明了，方以智与吴三桂无涉，与方学诗或方学士不过音声近似的误传，则此案实已不了而了。但案牍未结，所以方以智的灵柩不能归葬。因就司法的手续而论，或恐须开棺相验，以及查察当时的情况，灵柩须留置于原地。
疑问是案牍何以不结？此须就两个角度来看，在官方，案子已了，形式上的结与不结，无关宏旨，而所以不结者，因别有关碍。在方中通，则案牍不结，无正式官文书宣示方以智被诬，则各节不能昭雪，因而不肯出狱，“怜我不肯脱罗网，委屈导我真缠绵”，“非是不遵宛转之深情，乃深痛吾老亲之不测”，不测者非生死不测，而是名节被污。
然则关碍为何？当康熙十年时，朝廷对吴三桂虽已有作最后制裁的决心，但表面仍作优容之状。方以智一案原为秘密防范措施中所发生的波澜，自不便公开其事。否则，便适足资吴三桂以口实，而道路流传，吴三桂将反，朝廷防制甚力，则影响民心，影响甚巨。至两年后“题结”，已是康熙十二年七月，吴三桂踵尚可喜之后，自请移藩之时。廷议中康熙谕韦臣：“三桂蓄异志久，撤亦反，不撤亦反；不若及今先发，犹可制也。”濒临决裂阶段，无所顾忌，故方案不妨题结。
最后，要破释一个关键性的问题：何以方中通抵死要辨清其父与吴三桂无涉，更不会为吴三桂效任何奔走？此即因永历帝为吴三桂所杀，昆明五华山平西王府即为永历故宫。当三桂决意反清时，曾议出师之名，不可假借，刘健《庭闻录》云：
“三桂集请士议举兵之名。刘茂遐谓：‘明亡未久，人心思奋，宜立明后，奉以东征，老臣宿将，无不愿为前驱矣！’方光琛云：‘出关乞师，力不足也，此可解于明。永历已窜蛮夷中，必擒而杀之，此不可解矣！’”
由此可知，恢复明室的名义，连吴三桂的谋士亦知不可假借，可以想见明朝遗民对吴三桂的剿绝明后之深恶痛绝。方以智曾为永历拜为大学士，虽君臣之道不终，但名分既定，旧恩难忘，则与杀永历的吴三桂，其仇不共戴天。而谓之为竟为吴三桂所用，无异认贼做父，一生名节，尽皆扫地。此所以方中通如有人子之心，必不忍坐受坐视。而方中通所一再强调其父的志节，固不在反清而在存明，表其始终为尽忠明朝的遗臣。必明乎此，始知方以智所保的晚节何在？
方以智三子，皆学行醇谨。尤其难得的是，如邓石如所云：“方氏闺门所富文采”。《清诗纪事》陈舜英条前记：
“陈舜英字玉佩，溧阳人，名夏第三女，适方中通，在顺治八年。撰《文阁诗选》一卷，有中通姊方御序。清言娓娓，如叙家常，不作议论，才女也。舜英诗亦超脱，惟触事兴悲，盖境遇使然。附其女如环如璧和章，婉约可诵。方氏闺门多富多采。方孟式妹维仪有《清芬阁集》七卷；方孔妻吴令仪有《秋佩居遗稿》一卷，最有名。”
按：朱竹《明诗综》录方维仪、方维则诗，记方维仪：“桐城人，大理卿大镇之女，嫡姚孙，再期而大，遂请大归守志，有《清芬阁集》。”方维则：“大理卿大铉之女，嫁生员吴绍忠，有《松茂阁集》。”又记：“方氏三节，一为孟式，字如耀，大理卿大镇之女，嫁山东布政使张秉文，济南城溃，同其夫殉节，赠一品夫人，有《纫兰阁集》；一为维仪，年十七而寡，寿八十有四；一为维则，十六而寡，寿八十有四。”此外《方以智晚节考》曾记中履妻张莹亦为才女。张莹即张秉文之侄；亦为康雍年间贵盛无比的张英的堂妹。
张秉文殉难事见明史《忠义传》，秉文有兄弟二，一名秉彝，即张英的父亲；一名秉贞，明朝崇祯四年进士，官至浙江巡抚。入清于顺治十年由兵部右侍郎调升刑部尚书，不久改兵部，死于顺治十二年。其女张莹即方中履的妻子。
张莹亦有诗集，而见称于乡党者，德胜于才，《方以智晚节考》引方中履《亡妻行略》述辛亥之祸云：
“君处之坦然不乱。与余书札往还，惟大节是砺。君最孝于母，至是绝不归宁！曲：‘吾生死方氏，岂跬步离哉！’”所以“坦然不乱”，正因方以智之祸，罪嫌虽重，而情节固一剖即明，无所用其张皇。至于“绝不归宁”，亦为避免株连及于母家之意。类似案情，最忌不可与言而言，势必揣测多端，反致纷扰而益难澄清，张莹跬步不离方氏，确为明哲之计。
方中通的岳父，亦为显贵，即清初南派的首脑溧阳陈名夏，已见前述。《清诗纪事初编》录其诗二首，皆为五律，第一首题为《闻乱》：
“烽火传来急，风生满目尘。何方为乐土？此地慰慈亲。患难寻常事，艰危疾病身。长安消息远，愁杀未归人。”
玩味此诗，乃甲申之变时所作。“未归人”者，其父名夏。陈名夏崇祯进士，官至户、兵两科都给事中。李自成破北京，降附，为阮大铖列入“顺案”，以致不能南归，次年在大名降清。其时辗转流离，消息不通，家人不卜其存亡，所以舜英有此诗。清初南北两派，皆倚满人为重。陈名夏获罪，出于宁完我所劾，而论死则因“留发复衣冠，天下即太平”，则究非良心已死者可比。如果阮大铖不因私嫌有意办“顺案”以排击东林、复社中人，则陈名夏可能南归隐居。小人行事，往往逼人为恶，而不能与人为善，类皆如是。
第二首即为《粤难作夫子被轰》，复引一次如下：
“世外犹遭难，人问敢惜生？便捐男子血，成就老亲名。君指天为誓，余怀刃是盟。一家知莫保，不用哭啼声。”
“世外”指方以智出家，而“便捐男子血，成就老亲名”二语，最为显豁，即谓方中通决心以死为父辨诬，成就老亲的名节。
此诗虽怀必死之心，亦有“一家知莫保”的绝望，但从容冷静，实有易于辨白的把握。大致方以智案初起，不明内情者，谈虎色变，而了解误会之由来者，则皆有不难昭雪的把握，如方家宗老臣梅，据方中履记：
“宗老臣梅先生乃奋身举幡，慷慨对簿，虽黄门北寺，有所不畏。三木囊头，有所不挠。所亲危之，更进迭谏，而先生不为之夺，家人藏匿衣冠，而先生不为之沮。笑谓人曰：此吾家忠臣，吾得与之同尽，足矣！复何所恨？”
按：臣梅所谓之“忠臣”，非谓以智是明朝的忠臣，不附蓄志谋反已久的吴三桂，则是清朝的忠臣，对簿公堂，亦可侃侃而言。而要证明方以智不附吴三桂，毫不困难，此所以臣梅泰然自信如此。
《方以智晚节考》云：“桐城方氏自密之以降，两代四人皆能不亏民族大节……若密之三子，则皆可谓世袭遗民者矣！然今观陈、张二女之行谊，则方氏弟兄之苦节，实半成于闺房之内也。”
按：方氏一门，忠孝节义，四字俱全，方氏弟兄之成苦节，闺人的激励固有影响，主要的还是家庭环境的陶育。兹据《桐城耆旧传》等书，略考方氏家世，以表彰我国第一等的诗礼之家，作为本文的结束。
朱竹《明诗综-臣士下》：
“方学渐字达卿，桐城人，贡生，有《连理堂集》。”又云：“方氏门才之盛，甲于皖江，明善先生实浚其源。”明善先生为方学渐的私谥，即方以智的曾祖。
方学渐三子，长大镇、次大铉、又次大钦。《明诗综》记：
“方大镇字君静，万历己丑进士，除大名推官，擢江西道御史，迁大理寺丞，历左少卿，有《方大理集》。”又云：“少卿与邹忠介、冯荣定、高忠宪、顾瑞文诸公，讲学首善书院。书院毁，筮得‘同人于野’，遂乞休，自号野同翁。年七十庐母墓而终，乡人私谥曰文孝先生。”按：首善书院即邹忠介（元标）所办，今北平天主教南堂旧址，天启年间为阉党所毁。
大镇两女，长孟式，嫁山东布政使张秉文，济南城溃，同夫共殉。孟式博学工书善画。次维仪，嫁十七而寡，归母家守节，寿八十四。陈其年《妇人集》：“桐城姚夫人名维仪，无大师（原注：方简讨以智，法号无可）姑母也。酷精禅藻，其白描大士尤工。所著《清芬阁集》，文章宏瞻，亚于曹大家矣！”
大镇之子，即以智之父孔。妻名吴棣倩，或即以智之母。从维仪学诗，有《驮佩居遗稿》一卷，又与维仪共作《宫闺诗史》，分正邪二集。棣倩年未三十而逝，所育一女名子耀，亦即以智的大姊，由维仪抚育长大。
方子耀的丈夫名孙临，字武公，兵部侍郎孙晋之弟。当南都不守时，唐王聿键已自立于福州。杨文驰与唐王交好，而郑鸿逵又上章保荐，唐王因拜文驰为兵部右侍郎，兼右佥都御史，提督军务。杨文驰招孙临入幕府，师唐朝藩镇自辟僚佐的故事，奏荐孙临为职方主事。
明史二百七十七《杨文骢传》：
“明年（顺治三年）衢州告急，诚意侯刘孔昭亦驻处州，王令文驰与共援衢。七月，大清兵至，文驰不能御，至浦城为追骑所获，与监纪孙临俱不降，被戮。”
其时方子耀随夫在军中，清兵一至，全军大乱，遂至相失。方子耀投水为人所救，后归母家守节。
方中履之妻名张莹，兵部尚书张秉贞之女。秉贞之兄名秉彝，即张英之父。但秉贞、秉彝与秉文不会是兄弟，至少不是五服之内的兄弟，否则张莹与方以智行辈相同，不当为其子媳。
大铉官至户部主事，女即维则，朱竹所谓“方氏之节”之一。子名尔止，诗名甚著，画“四壬子图”，以陶靖节、杜子美、白乐天居上座，而己伛偻于前，示诗学瓣香所在。名“四壬子图”者，以陶、杜、白及尔止均生于壬子之故。相传尔止死后不久降乩坛作七绝一首，后两句为：“初到黄泉无所见，阎罗犹戴旧乌纱”，宛然遗民口吻，此虽拈手所作，而论者谓酷肖尔止诗格，则其人风致，亦可想见。
方以智孙辈甚多，中德三子，中通四子，中履一子，“正”字辈排行，下一字取玉字旁。有正珠者，字浦还，为中通次子，亦通数学。康熙三十一年南巡，正珠召对，问律吕之学，因进其父所著《数度衍》并自著《乘除新法》。《桐城耆旧传》云：正珠诸昆季，皆能敦行力学。而三房大钦次子仲嘉之后，最为昌盛，与本文无关，可以不必往下写了。
