嘉庆一朝，闹过三次兵变。
第一次兵变，发生于嘉庆十一年（1806年）七月。那时候白莲教刚被打平不久，有很多乡勇补了正规军兵额，其中有六千名驻扎在陕南的宁陕，因为当地生活费用贵，每人的饷加发五钱银子，规定以后每三年减一钱，以至于完全取消津贴为止。谁知到了嘉庆十一年，陕西布政使藉口户部的公文未到，把津贴完全不发，“新兵”想领四钱都领不到，不用说五钱了。他们于是杀了副将、劫了银库造反。
清廷派了他们的老长官德楞泰与杨遇春，带九千兵来“剿”他们，仅仅和他们在方柴关打了一个平手。幸亏杨芳勇敢，单骑走入他们的营垒中劝降，才算化大事为无事，牺牲两个发难的新兵（陈先伦与陈达顺），销案。
糊涂的清廷，却斥责德楞泰等人姑息，把德楞泰免去“钦差大臣”事职，杨遇春由“固原提督”降为宁陕镇总兵，杨芳则不仅免去总兵之职，而且遣戍伊犁。已降的新兵首领蒲大芳等二百多人押至新疆，到了新疆以后一律砍头。
第二次兵变，发生在这一年十二月，地点是四川绥定（达县），由总督勒保打平。第三次兵变，发生在次年的正月，地点是陕西西乡，由德楞泰打平。这两次，被杀的新兵均极多。
在林清、李文成失败以后，嘉庆十八年年底，陕西岐山县的三才峡，有所谓“箱贼之乱”。为首的姓万行五，本是一个制造木箱的工匠。清廷派总督长龄，会同提督杨遇春，总兵祝廷彪、吴廷刚等人去打，打到十九年的二月，才算解决。
湖南与贵州的苗胞，自从乾隆皇帝厉行改土归流的高压政策以来，一再武装抵抗，死伤极多，但始终不愿屈服。清廷也因此损了不少兵马，耗了不少金钱。乾隆的宠臣福康安与和珅的弟弟和琳，均在嘉庆初年病死于对苗作战的前方。据说，清廷调动了七个省的军队（绿营与驻防军）几十万人之多，花了几千万两银子，才“稳住”了局面。倘不是有一个小官凤凰厅同知傅鼐实施碉剿战略，又用屯田养兵之策，一共屯垦了十二万亩以上，这“苗民起事”可能把清朝拖亡为止。
在云南的维西厅地区，彝胞很多。清朝的官吏欺侮他们，引起了他们的领袖腊者布在嘉庆七年（1802年）二月起事。清廷又只得动员正规军，派琅玕率领，去和腊者布作战，战了三个月，才获得胜利。
在云南的另一处临安地区，夷胞也动起武来。时间是嘉庆二十二年（1817年）三月，领袖叫做高罗衣。清廷派云南总督伯龄去打，勉强打赢。到了次年三月，高罗衣的本家侄儿老五再度起兵，也是费了三个月工夫，才被总督伯龄打平下去的。
清朝在嘉庆时开始有外患，然而政府与人民均无感觉。政府与人民所感觉到的，仅是重重叠叠的内忧而已。
当时政府与人民对西洋各国无知。连近在澳门的葡萄牙人，究竟属于何国，都茫然不晓，笼而统之称他们为西洋人。葡萄牙人自己，也乐得夜郎自大，把他们的国家在华文公文上称为“大西洋国”。至于，这大西洋国位于何处，面积多大，距离中国多远，清朝的大小官也懒得打听。
自从明世宗嘉靖三十六年（1557年），葡萄牙人租借澳门以来，中国明、清两朝的两广总督位置，一向是最肥的“缺”。到两广去当总督或总督以下的官与吏，叫做“发洋财”。洋人以澳门为居留地，到广州来做买卖，除了缴纳关税、船税与五六十种附加税收以外，还得送礼。
嘉靖以后，广东的海洋贸易最初原由葡萄牙人独占。等到荷、英两国相继于万历二十八年（1600年）及万历三十年（1602年）成立联合东印度公司与英国东印度公司，葡萄牙人因霸权被荷、英冲破而衰弱下去。于是荷、英两国就展开猛烈的争霸战，结果英国获胜。
郑成功光复台湾，与荷兰结下了仇，荷兰转而对清朝表示好感，清朝让荷兰人在厦门做生意。同时，郑成功与他的儿子郑经也让荷兰的敌人英国人在台湾做生意。
荷兰人在厦门的时间不长，到康熙五年便停止了，原因是康熙下旨“禁海”，把闽、浙两省沿海三十里的地带都禁止人民居住，以割断台湾与大陆人民的来往。
郑经的儿子郑克塽，于康熙二十二年（1683年）降清。次年，康熙开放“海禁”，而且在广州、澳门、宁波、镇江分设四个海关，称为粤海关、闽海关、浙海关、江海关，欢迎外国商人前来贸易。
乾隆在乾隆二十二年（1757年），改变康熙的“四口通商”的政策，封闭广州以外的三个港口，只许洋人在广州一个地方贸易。
并且，不许洋人把妇女带来广州，亦不许在广州雇用中国女仆。洋人只能把“家”放在澳门，到广州来的时候只能住在所谓“商馆”，由清朝政府所指定的若干家“公行”负责照料。洋人在广州不许乘轿子，也不许买中国书、学说中国话。
“公行”，后来共有十三家，俗称“十三行”（行字读杭）。十三行是清朝政府与外国商人之间的中间人，实际上等于代表清朝政府实施“国营国际贸易”。洋商买货，须向十三行买；洋商卖货，须向十三行卖。洋商纳税、送礼、上禀帖，也须由十三行经手。
十三行的老板，当然必须“从中取利”。英国东印度公司的当局认为，与其让十三行赚不少钱，何如与清朝政府或中国人民直接贸易？与其在广州一口贸易，何如到广州以外的其他许多港口贸易？因此，便在乾隆、嘉庆两朝，好几次派使臣来中国办交涉。
英国第一次派遣大使来华，是在乾隆五十二年（1787年）。所派的人叫做卡思卡儿特，但是他在抵达中国国境以前中途病死。
第二次，是在乾隆五十七年（1792年），所派的人叫做马戛尔尼，此人位居伯爵；另有一个副使斯当东，是一个“爵士”，地位在公侯伯子男之下。
马戛尔尼与斯当东二人，在乾隆五十八年的夏天到达热河的避暑山庄，觐见乾隆，行了屈一膝之礼，获得相当的赏赐。他们向清朝要求在广州以外的宁波、珠山（舟山群岛）与天津等地通商，租借舟山一岛，在京城设立货仓，让英国商人在广州自由居住，自由来往于广州、澳门之间。这些要求，统被乾隆拒绝。
这一年，是1793年，英国已与革命的法国进行战争。英、法两国从此或断或续地一直打到嘉庆二十年（1815年）为止。
中间，在嘉庆七年二月，英国的兵船开入澳门，说是为了保护澳门，防备法国海军袭击。葡萄牙人与清朝的两广总督吉庆均很气愤，颇想用武力对付，但英国兵船在澳门停留五个月就走了，因为英、法已经讲和。
嘉庆十三年（1808年），英、法又打了起来，于是英国的兵船重行来到，在阴历八月初二日（9月21日）把澳门占领。
这时候的两广总督是吴熊光。吴熊光派人责备英国商人的领袖“大班”，不得要领。事实上，大班是英国东印度公司委派的，无权管辖英国政府的海军。
吴熊光就下令“封舱”，停止英国商人与华人公行之间的贸易。一个多月以后，英国兵船昂然直入，驶进虎门，停泊在黄埔岛。这显然是侵犯中国的领海，向清朝政府挑战。
吴熊光不敢应战，仍旧只有用封舱的老办法对付。英国商人公请他们的大班剌佛出面，与吴熊光商谈。吴熊光向剌佛宣读嘉庆的圣旨，圣旨里说，要调动大兵防守黄埔与澳门。结果，英国兵船在阴历十一月撤离黄埔，移泊澳门，在第二年春天撤离澳门。
事后，嘉庆怪吴熊光胆怯，将他革职，发往伊犁充军，派永保继任两广总督。永保在到任以前病死，由百龄继任。百龄来后不久便请准嘉庆，让英国商人继续贸易。
英国在嘉庆十七年（1812年）与美国发生战争；两年以后就在中国的领海捉了一艘美国商船亨透号（hunter），作为战利品。其后，又在黄埔岛附近捉了一艘两桅小船。这显然也是无视中国的主权，侵犯中国的中立。清朝的两广总督蒋攸铦向大班益花臣交涉，照样不得要领，便逮捕了一个通事（翻译）。大班下令，叫英国商人完全撤离广州。蒋攸铦软下来，于是不了了之。
英国于维也纳会议以后，决心与中国建立正常的外交关系，以促进对华的贸易。于是，在嘉庆二十一年（1816年）第三次派遣使臣来华，所派的是阿美士特勋爵。
阿美士特于阳历2月8日离开英国的朴茨茅斯港，8月12日到达天津大沽口，他被欢迎到通州的木厂公馆暂住。嘉庆皇帝派工部尚书苏楞额、理藩院尚书和世泰、礼部尚书穆克登额，劝导阿美士特演习三跪九叩首的大礼，阿美士特不肯。
到了阴历七月七日（8月29日）这一天的黎明，嘉庆在正大光明殿升朝，等阿美士特觐见。阿美士特这时已被苏楞额等连夜由通州送到宫门，却借口礼服与国书尚在通州，不肯进宫。苏楞额等向嘉庆报告，说英国的贡使临时得了急病。
嘉庆传旨宣召副使，副使也为了不愿磕头，不肯进宫。苏楞额等只得又报告嘉庆，说副使也得了急病。
嘉庆大怒，叫把阿美士特与副使由陆路送回广州，“贡表”（国书）与“贡物”（礼品）均拒绝收受。
事后，嘉庆才知道并非阿美士特与副使托病不肯入宫，而是苏楞额等不曾把磕头的道理说服他们，于是下旨将苏楞额等免职。
从此，中、英两国的邦交更加恶化。到了嘉庆的继承者道光皇帝之时，便爆发了鸦片战争。
通商问题以外，又有传教的问题，给清朝政府带来很大的烦恼。
清朝初年，直到康熙四十六年为止，天主教的传教士在中国颇受优待。这些传教士多数是耶稣会的会员，认为中国人祭祖与祭祀孔子并非崇拜偶像，因此就准许中国人于受洗入教以后，继续祭祖、祭孔。
在天主教内部，另有一派传教士不赞成耶稣会会员的看法与作风，向当时的教宗（教皇）告了一状。教宗派遣铎罗到中国来禁止中国天主教徒祭祖、祭孔。康熙知道了，将铎罗驱逐出境。
康熙特地颁发诏书：传教士必须不反对祭祖、祭孔，才由内务府颁给印票，没有印票的传教士一律逐去澳门。
雍正皇帝在雍正元年（1723年）扩大康熙的禁令：只准在中国政府任职的外国人住在北京，其余的一律不许住在中国境内（除了澳门以外）。所有的天主堂一概改为“公所”，信仰天主教便是违法。
乾隆也禁止天主教，但是天主教徒仍在暗中活动。
嘉庆由于吃了白莲教与天理教的苦，对天主教徒也十分猜疑。他在嘉庆十年把一个私自入境的传教士德天锡圈禁在热河，到嘉庆二十年又捉了另一个传教士关月旺，并加绞死。
这时候西洋各国还不十分明了中国的国力，没有藉此小题大作，否则等不到咸丰年间便会派兵来保侨护教了。
