三桂自请辞总管等权，朝廷迅速照准，实际是削去他在云贵的军政大权，圣祖和他的心腹大臣也担心引起三桂的怀疑，便马上进行安抚。康熙七年（1668年）正月，提升三桂的儿子和硕额驸吴应熊为少傅兼太子太傅。为显示皇恩浩荡，一视同仁，同时还提升已故靖南王耿仲明的孙子耿聚忠、耿昭忠及平南王尚可喜三子尚之隆为太子少师。【《清圣祖实录》，卷25，10页。】相比之下，吴应熊的爵位仍高于耿聚忠等三人，这向三桂明确暗示，朝廷对他们父子恩遇独厚。朝廷在提升应熊爵位后，约于康熙八、九年之交，命他赴云南探望父亲三桂，又一次表示出朝廷对他关怀备至。【《清史稿·吴三桂传》，卷474，12842页。】命应熊出京探病，足以安慰三桂。在这方面，朝廷既显出胸怀大度，符合人之常情，还不透露其怀疑，仍然信赖如常。三桂也知趣，于康熙九年八月初给朝廷奏报：八月二十六日，“仍遣吴应熊自滇赴京”。【《清圣祖实录》，卷34，8页。】应熊探病后，三桂不敢多留儿子，很痛快地打发他回北京，表示出他对朝廷的不变的忠心。
三桂辞去云贵总管后，已无多少事可干，仅据《清圣祖实录》，自康熙六年辞去云贵总管后，《实录》极少载三桂事，而直接记录几乎绝无。由此可见，三桂政事已大为减少，军事活动也基本停止。差不多每天跟自己的侄儿、女婿等至亲靠近的人在一起宴乐。闲来无事，就跟他们到“箭道”演武场较射比箭。远处悬一铁甲为目标，凡箭能射中、穿透铁甲的，“罪函人”；箭矢弯曲而不能穿透铁甲的，“罪矢人”。后又改为赏赐。此事被朝廷知道（显见朝廷密切注视三桂的一举一动），圣祖就派侍卫吴丹前去昆明，携带弓箭数千副，代表朝廷，赏赐给三桂的将士。三桂陈兵于校场，率左右梅勒、固山、章京等将领，接受赏赐，遥向圣祖谢恩。仪式举行完毕，三桂陪同吴丹检阅将士，比射箭法。多谋的吴三桂隐匿精壮将士，专派老的上场比射。吴丹回京复命，报告了他对三桂的考察，朝廷对三桂的疑虑稍为减轻。【《平吴录》，5页。】
康熙十一年（1672年），三桂满60岁，举行大寿庆典。应熊同他的爱妻及其子世璠一同来昆明祝寿。三桂非常高兴，悄悄对方光琛等人说：“可见朝廷不疑我，你们都要谨慎些。”【《平吴录》，5页。】
朝廷与三桂互相猜疑，也是难免之事。朝廷虑三桂势大，与它分庭抗礼，威胁皇权；三桂一心世守云南，疑朝廷不履行诺言，惟恐撤其藩地。自云南安定后，彼此猜忌日益加深，但双方都很谨慎，尽量消除对方对自己的怀疑。从朝廷方面说，鉴于历代教训，它不会贸然行动，挑起纷争，激化矛盾，这不符合以圣祖为首的统治集团的愿望。从三桂方面说，他也不愿意跟朝廷决裂，而决裂就意味着战争，这同样不符合三桂的根本利益。双方都想避免矛盾加深，也各自做出一定努力，企图缓和气氛。所以，双方的猜疑也时强时弱。但是，三桂以及尚可喜、耿精忠三藩的“独立王国”与清朝中央日益加强的专制体制之间有着无法克服的矛盾。
从满汉关系来看，在广大汉人特别是在士大夫阶层，对满族贵族的统治还不是心甘情愿的，民族矛盾在一定程度上存在着。清朝统治者自知是一个少数民族统治有数千年文化积累的广大汉人，时时存有临渊履冰之虑，尤其是三个汉人异姓王占地如此广大，兵力如此厚实，资财如此雄厚，清朝统治者无论如何都不能高枕无忧，它已把三藩问题看成是一个隐患，因而高度警惕，密切注视他们的举动。它对“三王”种种优待，意在笼络，采取不断加恩，不断晋爵，乃至联姻，都是为了稳住他们，一旦时机成熟，它还是要撤藩，以求一劳永逸地从根本上消除隐患。这就是说，从主观上看，朝廷也不愿三藩永久地存在下去。因此，三桂等三藩跟朝廷的矛盾是不能消除的，双方的破裂，仅是时间问题！
二、宸衷独断
世祖顺治帝在世时，先后封吴三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜四人为王，并令他们携带家口前往南方征剿南明残余势力。当两广、云贵、福建等省渐次平定，命他们就地驻镇。然而，他们中有的人并不愿意留在南方，提出申请，欲解兵柄北归。
最先提出北归的是定南王孔有德。顺治九年，孔有德上疏：“粤西（广西）业已底定，臣生长北地，与南荒烟瘴不习，每解衣自视刀箭瘢痕，宛如刻划，风雨之夕，骨痛痰涌，一昏几绝。臣年迈子幼，乞圣慈垂鉴，即敕能臣受代，俾臣早觐天颜，优游绿野。”
孔有德陈情，言词恳切，令人生怜爱之心。他长期征战，多处受伤，留下了斑斑伤痕，经受不住南方湿热气候的煎熬，烟瘴之气更使北方人感到畏惧。他惟一的一个儿子还不足十岁，倘若自己一旦染病，妻与子何以依赖！他不愿留镇广西，实出自内心的真情。他期望解除兵权，回到北京，天天伴侍皇帝，得以清闲无事，“优游绿野”，以终天年。他在奏疏中的最后这段话，强烈地表示了功成引退之意。
世祖为了大清王朝的安宁，需要他镇守广西，没有批准他的请求，下旨委婉地挽留：“览王奏，悉知功苦，但南疆未尽宁谧，还须少留，以俟大康。”【《贰臣传·孔有德传》，14~15页。】世祖这番话，也是实情。因为李定国的势力还在，不允许孔有德撤军北还。果然，就在他上疏不久，于同年七月，被李定国包围于桂林，城破自焚死。幼子被害，无人袭爵，“定南王”自此而爵除。
比孔有德稍晚些时候，顺治十年，平南王尚可喜，以痰疾不时发作为由，第一次疏请“解兵回京调养”，也表示了引退之意。世祖同样挽留：“潮（州）逆初定，地方事多，正资悉力料理，以奠岩疆，不必遽以病请。”【《尚氏宗谱》，“先王实迹”。】顺治十二年，他第二次申请北归，直截了当要求朝廷给予安置地，或在山东兖州故明鲁王原封地，或在辽东“旧地筑居安插”。意在向皇帝表明自己在政治上已无进取心，只想到为子女将来的生计，而个人只愿养病闲居。他大概仿效王翦代楚请美田，以释始皇疑心的故事，力图消除皇帝对他的疑心。世祖批示：“王图根本，情理允协”，但不同意他马上引退，要等天下太平时一并另议。【《元功垂范》，卷上，顺治12年条。】孔有德、尚可喜的态度，都反映了他们对朝廷抱有疑惧情绪，惟恐自己的权重位高，将来遭到不测，而尚可喜对个人的前程考虑得更深一些。
在孔、尚二王要求引退之时，吴三桂尚在汉中驻镇，他似乎还没有想到引退的事。至顺治十四年，他奉命进军云贵，在战事结束后，他驻镇昆明，也没有引退之意，而是欲仿效明黔国公，世守于此。
上述情况说明，直到世祖去世，朝廷毫无撤藩之意，相反，对孔、尚的引退，一再挽留，授以重权。而对三桂，尤其看重，把云贵两省的军政大权一并授给了他。这为当时形势和同南明斗争所需要，世祖坚持他们应留下去。他曾表示，应等到天下太平无事时“一并另议”。世祖没等到这一天，就去世了，把这一重大问题留给了他的儿子——圣祖玄烨去解决。
圣祖继位时，由索尼等四辅政执掌朝政，他们继续执行世祖的政策，依赖他们镇守南疆，对付南明残余势力和叛服无常的少数民族的土司及海上郑成功的抗清力量，对吴、尚、耿三王百般笼络，听任三藩自行其是。当外部矛盾——同南明和农民军余部的斗争结束，内部的矛盾便突现出来。世祖钦命，把“三王”留镇南疆，本意是以三王“世守边圉，以为藩镇”，借以“藩屏王室”，维护清朝的稳定统治。然而，事物的发展却走向了清朝统治者愿望的反面。四辅臣的政策，恰好鼓励与助长了三藩势力的急剧膨胀，不仅不能护卫王室，却形成了一股与它抗衡的政治军事力量。
