在四辅臣执政的六年期间，三藩渐成割据之势。他们各握兵权，拥兵自重。尚可喜、耿精忠各有旗兵15佐领，绿营兵7000人左右，丁口各2万。【魏源：《圣武记》，卷2，61页。】按1佐领甲士200人计算【《逆臣传·吴三桂传》载：“甲二百设一佐领”。】，15佐领应为3000人，加上绿营兵，各有军队万余人。这是朝廷准予额设的兵数尚、耿两藩所设兵员【详见《清世祖实录》，卷133，9页。】，除此，他们各“旗下所蓄养甚众”【许旭：《闽中纪略》载：“时王府额计有万余，而旗下所蓄养甚众。”】，恐怕要超过额兵数。吴三桂的兵员最多，实力最雄厚。他平定云贵后，兵力多达7万余人，后屡经裁减，又有一些将领调离云贵，带走一些军队，仍定制53佐领，计甲士万余人、绿营兵12000人，总共23000余人，还有丁口数万。【《逆臣传·吴三桂传》，卷1，10~11页。】三桂掌握的军队远远超过了尚、耿二王的兵力，比他们的总和还多一些。实际上，三桂的军队远不止2万，他明里裁军，暗地里继续征兵，他“按地加粮，按粮征兵”，因此，他的军队有增无减。【《八旗通志·蔡毓荣传》（初集）卷197，4608页。参见《滇策》，“艺文志”3，“蔡毓荣筹滇善后第一疏”。】如果加上他在外省的心腹将领所领的军队，受其控制的军队就更多了。三藩掌握南方数省的兵权，各领精兵猛将，形同军事割据。
尚、耿同三桂一样，都享有政治上，经济上的种种特权。他们恃此来扩展自己的实力。尚可喜专制广东，在广东私设征收苛捐杂税的“总店”，连日用鸡豚及蔬菜水果等不税之物一概加倍抽税，其他如铜、铁、锡、木材等除按规定纳税外，又加私抽税，此种盘削，每年不下十余万两白银。【郝玉麟：《广东通志》，卷62，“艺文志”4；吴兴祚：《议除藩下苛政疏》】总之，“凡米谷鱼盐，刍茭布帛之属，市侩侵渔，利归王府”【刘嗣衍：《广州府志》，卷28，“金先祖传”。】。广东有通海之便，尚可喜大搞海上私贩，牟取巨利。“藩府之富几甲天下”。【《觚剩》，卷8，“粤觚”下。】耿藩所在的福建，盛产鱼盐，其“利为天下最”，百姓皆以此为生。【许旭：《闽中纪略》】耿藩“横征盐课”，“荷派夫驿，勒索银米”，掠取大量财富。【《清圣祖实录》，卷94，13页。】他利用海运之便，跟荷兰及东南亚各地大搞走私贸易，无所顾忌。他们同三桂一样，各在自己的统治区非法从事种种经济活动，已经损害了国家的利益，带来了不良的政治影响。
吴、尚、耿一方面搜刮民财，聚敛财富；一面伸手向朝廷索取千百万粮饷和经费，用于养兵和行政及生活开支。三藩所属将吏士卒所需俸饷，动以巨万，征调各省“协济”云贵、广东、福建。以顺治十七年为例，云南一省年需俸饷900余万两，“天下正赋钱粮其数当不及此也”【王命岳：《耻躬堂文集》，卷4，“论滇饷疏”。】！加上福建、广东两省饷银。共需2000余万两。而这年的全国军饷也才不过1700余万两。康熙五年（1666年），左都御史王熙指出：“直省钱粮，半为云贵、湖广兵饷所耗。就云贵言，藩下官兵岁需俸饷三百余万，本省赋税不足供什一（十分之一），势难经久。”【《清史稿·王熙传》，卷250，9694页。】因此说“天下财赋，半耗于三藩”【《圣武记》，卷2，62页。】，实非虚语。朝廷尽量满足他们的要求，还是常常不够用，因欠饷而发生兵士逃亡、暴动的事时有发生。每有饷不足，他们就连章告急；有了剩余，隐匿不报告，支用情况，也不叫户部核查。三藩需求浩大，常使各省为难，也使负责钱粮的户部疲于奔命，整个财政为此陷入困难的境地。【《明清史料》丁编第8本，“平西王吴三桂密奏本”。】
三藩的存在，在经济上已成为国家的巨大负担。
至撤藩前，尚可喜年老多病，获准由其长子尚之信理事，【《清圣祖实录》，卷37，9页。】他“以凶虐横于粤”；耿精忠“以税敛暴于闽”，三桂在云南“尤骄纵”。【《圣武记》，卷2，62页，参见《清史稿·吴三桂传》】
显而易见，三藩问题日益变得严重起来。造成这一后果，要而言之，有两个方面的原因。一是吴、耿、尚“三王”有意保持和扩大自己的实力；二是从顺治到康熙初年，两朝给予他们过多的特权和优待，在客观上鼓励和助长了他们的势力的恶性膨胀。他们久握精兵，横行一方，自行其是，不能不与日益加强的中央集权和国家的统一产生尖锐的矛盾。因此，造成这个政治后果，朝廷应负有不可推卸的责任。
康熙六年（1667年），圣祖刚满14岁，已到了独自处理政务的时候了。七月，举行亲政大典，辅政四大臣（首席辅政大臣索尼刚去世）已完成历史使命，正式把朝廷大权移交给这位少年天子。过了两年，康熙八年（1669年）五月，圣祖毅然下令逮捕了专横跋扈的四辅臣之一鳌拜，才真正把权力收归自己手中。圣祖亲政，乾纲独断，标志着以君主为核心的中央集权在迅速加强，一个新的历史时期已经开始。不言而喻，形同割据的“三藩”跟日益加强的中央集权的矛盾和冲突就不可避免了。
圣祖久有撤藩之意，据他自己说，“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤”【《清圣祖实录》，卷99，8~9页。】。他听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，“夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上”。至康熙三十一年，字迹还保留在柱子上。【《清圣祖实录》，卷154，10页。】圣祖以敏锐的目光洞察三藩对国家已构成腹心之患，把它列为自己执政所必须解决的三件大事的头等大事，时刻思虑裁撤的时机与办法。
圣祖深虑“三藩俱握兵柄，恐日久滋蔓，驯致不测”【《清圣祖实录》，卷99，8页。】，虽早有撤藩的打算，又以三藩掌握精兵猛将为忧，不敢贸然采取行动。在撤藩前的一两年间，即从康熙十一年到十二年初，圣祖十分关注云贵的动向，有目的地进行人事变动，多方笼络三桂的部属。
康熙十一年（1672年）七月，圣祖突然决定“叙征缅甸，获伪永历朱由榔及进云南、贵州、征水西功”，大赏三桂属下有功将士；授给都统何进忠为一等精奇尼哈番，护军统领夏国相、副都统吴应正为一等阿思哈尼哈番；都统吴国贵、副都统高得捷、高拱、参领傅其栋为二等阿思哈尼哈番；已故副都统杨珅之子杨延先为一等阿思哈尼哈番；已故副都统李天植、傅文元之子李廷璧、傅天柱为二等阿思哈尼哈番；自护军参领杨奉元等以下127人，都各授给世职不等。【《清圣祖实录》，卷39，12页。】
征云贵事已过去了十余年，却迟至康熙十一年才叙功给授，从中可以窥见圣祖有意施恩于三桂将领，加深他们对朝廷的感情，使他们对朝廷怀恩图报。
圣祖提拔三桂部将，委以重任。康熙十一年五月，圣祖任命三桂藩下参领张足法为云南援剿右镇总兵官。【《清圣祖实录》，卷39，6页。】张足法从参领一下子提到总兵官，实为破格提拔，圣祖特在北京接见他，面授机宜：“兹特简授尔边疆总戎之职，尔其练习兵卒，修整器械，俾兵民相安，副朕一体爱养至意。”【《清圣祖实录》，卷39，12页。】同年六月，把云南“义勇营”总兵官马惟兴调到福建兴化任总兵官。【《清圣祖实录》，卷39，8~9页。】七月，特派一等侍卫吴丹前去传达他的谕旨：“兹授尔福建滨海重地，特加恩赉，异于别镇，尔须加意镇守，以尽厥职。”赏给马惟兴金盔甲全副、表里各两匹。【《清圣祖实录》，卷39，16页。】圣祖的谕旨和赏赐，向马惟兴明示，皇帝特别看重他，给予比其他总兵官更优厚的礼遇。圣祖对张足法、马惟兴的提升和谕旨，接见、派专使赏赐，都是不同寻常的。在此之前，圣祖还提升参领王永清为贵州黔西总兵官，升云南左镇中军副将王景为云南援剿右镇总兵官，【《清圣祖实录》，卷34，12页、14页。】圣祖的举动，使人强烈地感到，他有意识地在分化三桂的势力，力图把他的心腹人物拉出来，作为朝廷的耳目，以备将来之用。
与此同时，圣祖也把自己亲信之人派往云贵。康熙十年（1671年）初，圣祖简派吏部右侍郎曹申吉为贵州巡抚。【《清圣祖实录》，卷35，6页。】此人不争气，后来三桂叛乱时，他叛清降吴。调原任贵州巡抚佟凤彩出任河南巡抚。同年四月，云南巡抚李天浴“疏请终养”，圣祖批准。【《清圣祖实录》，卷35，24页；卷39，19页。】五月，另派原任江宁巡抚朱国治为云南巡抚。【《清圣祖实录》，卷36，4页。】云贵总督是在康熙七年底任命的，原任总督卞三元是三桂的人，他提出“终养”老母，圣祖也不慰留，马上提升直隶巡抚甘文焜为云贵总督，八年初，又加兵部尚书衔，以重事权。【《清圣祖实录》，卷27，21页；卷28，5页。】康熙十一年五月，升陕西陇右道李兴元为云南按察使司按察使。【《清圣祖实录》，卷39，2页。】
