十二月二十二日这天，郎廷枢察知他们的反叛活动，当即抓住他的家人黄裁缝等四人前去本旗旗主告变。与他同时，周公直也来告密，他提供的情况更为严重：有三十余名生人集聚在他家，正在密谋。事关重大，宜速不宜迟。正黄旗都统图海、祖永烈等迅速点起官兵，亲自率领前去捕拿。他们包围了周公直的宅院。镶黄旗副都统纪哈里等也率官兵前来助剿。
当密谋起事的陈益等人发觉被官兵包围时，已经无法逃出。陈益便放火拒捕，镶黄旗拜他喇布勒哈番鄂克孙首先冲入院内，大队官兵继进，经过短暂的战斗，将陈益等三十余人全部拿获，又进而广为搜捕，共捕获首要人员李株等及参与其事的达数百人之多，“首犯”杨起隆逃走。【以上见《清圣祖实录》，卷44，15~16页。】朝廷下令，立即关闭城门，严行搜查。城内百姓惊恐，流言四起，很多人准备搬到城外西山躲避。圣祖不得不下道谕旨，极力安抚百姓。【以上见《清圣祖实录》，卷45，4页。】
圣祖责成刑部等衙门进行审讯。据被捕者供称：他们的人很多，额前都裹白布，身扎红带为标记，约定康熙十三年元旦之日在内城举事：趁各官员入朝时，“各杀其主”，被杀官员的官职即由该官的家奴充任。不料郎廷枢的家奴黄裁缝于夜间喝醉了酒，胡言乱语，走漏了机密。由于郎廷枢告密【《云南备征志》，“平定三逆述略”，卷20，20页。】，使这项计划流了产，为首的杨起隆被捕获后处死。如果这一计划实现，给清朝造成的危害是相当严重的。圣祖感到后怕，他亲自过问和处理这一事件，必欲严惩首要分子。刑部领会圣祖意图，提出一份判决报告；拟将李株、黄裁缝等二百余人按“谋反律”凌迟处死（又称“寸磔”，即俗称“千刀万剐”），他们的亲属，自祖父以下，父、子、孙、兄弟及同居之人，不分异姓，还有叔伯兄弟之子，凡男的年十六岁以上者，都处以斩刑；男十五岁以下，及“本犯”的母女妻妾姊妹及财产都入官。【《清圣祖实录》，卷45，9页。】
圣祖审核，改定：李株、黄裁缝等九人凌迟处死，蔡文以下一百九十四人改为斩头。他“不忍”株连过多，将“各犯”的家属亲戚，一律从宽处理，免罪释放，其家产也免入官。此事件牵连千余人，圣祖一概不予追究。【《清圣祖实录》，卷45：“黄裁缝等12人俱凌迟处死”，余犯改为“处斩”，并没有具体人数。《平定三逆方略》，卷1，20~21页：李株等9人凌迟处死，蔡文以下194人处斩。两书记载稍异，今从《平定三逆方略》】
破获杨起隆于京中举事的密谋四个月后，即康熙十三年四月初，圣祖又得到了河北总兵官蔡禄密谋叛乱的紧急奏报。这一惊人信息，是安塘笔帖式向侍卫关保透露的。据他报告，河北总兵官蔡禄交通襄阳总兵官杨来嘉，策划起兵，谋应吴三桂。蔡禄与杨来嘉原是郑成功的裨将，成功去世后，他们率部投降清朝，特赐给左都督，从优提拔，出任河北总兵官。【（蒋氏）《东华录》，卷10，162页。】三桂在云南一起兵，他便着手准备发难。他制造鸟枪，购买骡马，与杨来嘉往来同谋。他命兵丁以捕鱼为名，身披铠甲而行，实则是军事演习，连当地百姓也觉察出他将谋反，都很害怕。这一情况，正巧被奉命前来出差的侍卫关保侦知，回京立即向圣祖报告。圣祖马上派遣内大臣阿密达领护军速赴蔡禄驻防地怀庆（河南沁阳），“详问蔡禄捕鱼之由”。次日，阿密达即率兵起行。【《平定三逆方略》，卷5，2~3页。】
阿密达到达怀庆，蔡禄不出城迎接。入城后，阿密达直奔蔡禄衙署，他的部下施放箭矢、火炮抗拒。阿密达率部冲进衙署，将蔡禄父子及其侄儿蔡鼎席与同谋者一并擒获，于四月二十四日，押解北京。圣祖对此非常高兴，表扬阿密达说：“你此行不过十天，就办成了这件事，阻止了一场叛乱，朕深为欣慰。但人命至关，需审实罪由，方可正法，不要株连无辜。至于所获人口，可散给士卒，应重赏受伤人员，以示鼓励。”阿密达奉命审讯，获取了足够的证据。他们供认，曾几经派人与杨来嘉联络，谋划投靠三桂；还计划，如清兵来怀庆，关闭城门抗拒，突围往太行山据守。圣祖据此罪状，定成死罪，将蔡禄父子、侄儿和同谋者都处斩，其余“概不株连”。【《东华录》，卷10，163页。】河南怀庆地区紧靠畿辅，邻接秦、晋、齐、楚，属“四达”之地。蔡禄与杨来嘉相结，如“扑灭不早，则中州骚动，兵民为不宁矣”！圣祖夕发谕旨，即令速行，为内外所不知。阿密达突然至怀庆，又出蔡禄之不意，未等他部署抗拒，措手不及之际，就束手被擒，而“抚定其一军”，百姓无惶忧，“乱萌销遏”，从而“大江南北安堵如故”。【《平定三逆方略》，卷5，14~16页。参见《清圣祖实录》，卷47，12~13页。】捉获蔡禄父子，也消除了清朝的一次政治危机。的确，自此事件后，在北京地区再没有发生叛乱的事件，这就保证了后方的安定，以便顾全力平息三桂的叛乱。
京城内杨起隆与近畿辅地区蔡禄父子的两次谋叛事件，深深地震动了清朝统治集团，时时有一种危机感袭来，使它无法安枕。而这一切，都是吴三桂带来的灾难性后果，已经危及到它的生存。圣祖和大臣们对三桂的痛恨有增无减。这种切腑之恨很快就转到了他的儿子吴应熊身上。杨起隆等人的活动，却使圣祖和他的阁臣们警觉起来，十分害怕再次发生这类事件。由此又想到了吴应熊留在京城，终究是个隐患，倘若他与其父暗通消息，危险会更大。
此时，吴应熊已被拘禁。然而，鉴于杨起隆一伙敢在京城内起事，使朝廷很快意识到，应熊的存在，对它来说，是一个巨大的祸害。于是，便对他动了杀机，必欲除之而后安！三月九日，兵部尚书王熙上奏疏，“请诛逆子”，其奏文大略如下：
逆贼吴三桂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪札，煽惑人心，今大兵已抵荆南，刻期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，擅利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大恶在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处，老贼闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体；即兵士、百姓闻之，公义所激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益成死党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分给各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，洵今日第一要著也。【《庭闻录》，卷5，5~6页。】
吴应熊是圣祖的姑父，为皇室外戚的直系亲属。王熙请杀应熊，实为国家安全计，否则，谁有胆量敢索要皇帝至亲人的命！他提出奏请，绝不是他一人的主张，可以说，代表了朝廷大臣们的普遍要求。圣祖明白，吴应熊问题的严重性质，他深体王熙等的奏请，忠诚可嘉，一心为国家，此中并无任何私人成见。所以，他一点也不怪罪他们。但要他下令处死自己的姑父，却不是件容易的事。且不说如何对得住列祖列宗，就是对自己的还年轻的姑母如何交代？处死应熊，让姑母守寡一辈子，让她承受巨大的痛苦，他这个当皇帝的亲侄儿，于心何忍！但应熊事关国家根本利害，又不能等闲视之。他在矛盾的心情中没有做出决定，他要反复考虑，才能从感情的羁绊中解脱出来。但群臣的一再奏请，迫使他加快做出最后的裁决。
继王熙之后，对朝政具有最高议决权的议政王大臣会议完全支持他的意见，累次要求速将吴应熊正法。圣祖无法再拖延下去，他在要大清江山还是要吴应熊二者之间做出了最后的选择，同意将应熊处死。圣祖为此特下一道谕旨，说：“吴三桂以枭獍之资，怀狙诈之计，阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，则行叛逆，煽乱奸宄，荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！”圣祖的愤恨之情，溢于言表。接着，他又说下去：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而典贷之也。”他本想照廷议，将吴应熊及其诸子吴世霖等人都凌迟处死，但又想到吴应熊久在京师入侍，不忍心加以残酷刑法，予以宽大处理，只将应熊与长子世霖绞死，其余诸幼子免死，没入官，其他有关重要人犯，分别正法。还有一些有牵连的，只要能宽大的，圣祖都尽量予以宽大不究。【《清圣祖实录》，卷47，6~7页。】在圣祖思想深处，不能不虑及应熊毕竟是他的姑父，处死他们父子，他的心情不会是平静的，他的姑母更不会无动于衷。但他仍为国家根本利益计，只能大义灭亲，承受感情的痛苦了。他这样做了，还要向全国公布，作为一个封建皇帝，也是可贵的。
