四月，他给圣祖上疏，为自己辩解。他说，滇、黔叛乱之始，他已两次向朝廷做了报告。朝廷以桂林重地，曾指示要集兵固守，他遵奉旨意，屡次下文，通知两广总督金光祖“居中调度”，要提督马雄赴桂林面商机宜。不料他们两人引诱他的部下都统王永年等人“谋害”他，幸好他们的阴谋一朝败露，本旗官兵就将王永年等人除掉。金光祖“以奸计未遂”，诽谤他谋叛作乱，欺骗朝廷。孙延龄又提到前赐“抚蛮将军”之职，所赐敕书与印信，经肇庆时，竟被金光祖扣留不发。因而他实际上并没有接受这一任命。如今，在衡州（湖南衡阳）、永州（湖南零陵）之间，有云南兵数万，威胁广西。他“固顶踵，不惜勉图报效”，可是，金光祖、马雄等仍视他为仇人，把他抛于陷阱之中。因此不得不申诉自己的苦衷，请皇上明辨。【《文献丛编增刊》，7~8页。】

孙延龄是说金光祖、马雄、王永年等人逼他无奈，才被迫采取行动，除掉王永年等人。但他回避起兵响应三桂叛乱的事，只字不提。圣祖一眼就看出，孙延龄“潜通吴逆，饰词诬奏”，不说老实话。【《清圣祖实录》，卷47，25页。】他对孙延龄的政策，必须予以镇压，特命广东的平南王尚可喜、两广总督金光祖、提督马雄会商，如有“可剿之势”，即速进兵广西，剿灭孙延龄；如一时不能速进，可等朝廷发去大兵后，“协力剪灭”。他传谕马雄，要固守所守地方，“相机灭贼”，倘抵御不住，可率官兵赴广东，与尚可喜等协守广东。圣祖也设想过，如孙延龄“改过来降”，他准备予以从宽处理。但又告诫他们，不可以此从缓进剿，必须是孙延龄果真“悔罪归诚”，才可受降，停止进兵。【《逆臣传·孙延龄传》，卷3，21~23页。】

孙延龄叛变时，广西提督马雄尚未从叛，他们之间素来就不和睦。当孙延龄派人前往柳州，勒令马雄从叛，遭到拒绝。延龄大怒，率兵进攻，被击败。然而，广西已属延龄的势力，马雄独立难支，而三桂兵已进入广西，声势正盛，他无法守住柳州。他准备放弃抵抗，投降三桂。他说：“我降平西王，不降孙延龄！”平时，孔有德旧部将就不服延龄，况且马雄已同延龄交战，结怨更深，他宁降三桂，耻于居延龄之下。他派人前去湖南请降。三桂大喜，立授马雄为“怀宁公”。【《广阳杂记》，卷3，164页。】广西都统线国安亦步其后尘降吴。【《逆臣传·线国安传》，卷3，35页。】

是时，福建的靖南王耿精忠已反，向江西展开了进攻；三桂在湖南督战，与清兵相持，牵制了清大批援军，未能如圣祖之愿进兵广西，延龄才得以维持下去，称雄广西，自称“安远大将军”，向广西平乐、梧州等各处发布命令，起兵反清。他招收万羊山土寇，派去部分旧军，把他们组成五旗，每镇兵士两千人，纵容他们分掠附近各县邑。他又自封为“安远王”。三桂给广西各州府颁发印信，授其党羽傅奇栋为广西巡抚，李迎春为布政使，程可则为按察使。

由于孙延龄与马雄相继叛清，线国安刚刚病死，广西“守土文武官或望大兵赴援，或被群贼胁从，不复与延龄为敌”【以上见《清史列传·孙延龄传》，卷3，23页。】。延龄与马雄仍然对立，互相攻击。据来自两广总督金光祖派人哨探的可靠消息，直到康熙十年十一月初，“孙逆调兵前去征剿马提督”，结果又被杀败。【中国第一历史档案馆：《三藩档案》，案字552号。】

吴三桂本来就看不起孙延龄，很看重马雄。但为了共同的利益，他仍力图调解两人的矛盾，也未见明显效果。三桂为夺取湖南战场的关键性的胜利，屡次命令甚至威胁延龄出兵湖南助战，延龄“以部众不从”为由，婉言拒绝。三桂很恼火，对延龄逐渐起了疑心，感到此人靠不住，密令人时刻注视延龄的动向。

孙延龄叛清原不是很坚定的，起因还是从王永年等人参劾他而引起的。他不过是借三桂的势力以逞私怨、报私仇。孔四贞由于她父亲孔有德在世时与朝廷的密切关系。也不愿落个“叛贼”的恶名。她还顾虑孙延龄所作所为会给父亲一生英名带来损害，因此，她感情深处并没有跟朝廷彻底决裂。延龄在家里惧怕四贞，毫无疑问，四贞的思想对他有所影响。延龄起初对三桂俯首听命，随着他的势力的增长，也不那么听命于三桂了。这一切，三桂都看在眼里，表面上，还是一如既往宠信他，心里却谋划除掉他。

孙延龄的思想转变，是从傅弘烈的劝导开始的。傅弘烈原任庆阳知府，当三桂处于鼎盛之时，首先揭发三桂图谋不轨。为此事，他丢了官，被谪戍广西苍梧。延龄反叛时，他就谋划恢复事，便假意投降吴三桂。被授为“信胜将军”，开始与延龄交往，两人关系处得很友好。在这种情况下，他着手做工作，以大义启发延龄归顺朝廷。康熙十六年，弘烈迎大兵于江西，先致书将军舒恕，通报四贞将说服她的丈夫延龄归顺，她无刻不以朝廷隆恩为念，如果赐敕赦免延龄罪，封四贞为郡主，广西瞬息可以平定。舒恕马上向圣祖报告，圣祖即指示：督辅理事官麻勒吉相机招抚，并授弘烈为广西巡抚，配合大兵进征。

孙延龄将要归顺的事，很快就被三桂侦知，他密令从孙吴世琮赴桂林，将延龄干掉。他明里是来调解延龄与马雄之间的矛盾，使之讲和。吴世琮至桂林，没有进城，把他的部队都安置在城外，派人进城请延龄前来议事。延龄不知是计，接到邀请，就出城面见世琮。世琮敷衍一阵，延龄也不疑心。议完事，延龄告辞，出了营门，直奔自己的坐骑。他刚上马，世琮早已安排了人，一使眼色，杀手趁延龄不注意，从背后一剑刺去，穿透前胸，延龄当即扑倒在地身亡。【《广阳杂记》，卷3，165页。参见《逆臣传·孙延龄传》，卷3，24页。】孔四贞善骑射，世琮对她很客气，不准部下伤害他，并把她和有关亲属都护送到昆明。世琮派他的将官李成栋留守桂林，而延龄的部众仍由孔有德旧将统辖。

吴世琮召见被监禁的马雄镇，转述三桂意旨，好言劝他投降。雄镇须发怒张，圆睁两眼，大声怒斥世琮：“我是朝廷大臣，义守封疆。我之所以不马上死，是想手刃你们这些叛贼，归报我的圣主！今志不遂，只有一死，何必多言！”世琮见雄镇语气严厉，毫无降意，就令人把他带到别的营帐，指使能说会道的心腹，进一步劝降，还备办了酒席款待。雄镇上前把菜肴和酒饭掀翻在地，将酒杯等器物狠狠地摔得粉碎。世琮大怒，下令把雄镇及其妻妾、儿子、家人都绑了起来，牵出去，让他们坐在地上，一群士兵抽出刀，把他们围在中间，然后下令行刑。当着雄镇的面，先杀他的幼子世洪、世泰，再杀其家仆等九人。雄镇骂不绝口，毫无惧色。最后举刀杀他，仍然面不改色，怡然饮刃而死，年四十四岁。他的夫人李氏、妾顾氏、刘氏、两个女儿、长子世济妻董氏、妾苗氏等得到雄镇父子被害的消息，都在府中自尽了。【《清史稿·马雄镇传》，卷252，9726页。】世琮杀害了马雄镇一家，还不解恨，下令把他的尸体抛到田野。暴尸四十余日，才被人收拾骸骨埋葬了。【《庭闻录》，卷5，12页。】康熙十八年，雄镇壮烈而死的事迹上达朝廷，圣祖嘉叹不已，赠雄镇父子太傅、兵部尚书，赐葬加祭，谥“文毅”。

三桂除掉了孙延龄，杀害了马雄镇一家，从而把广西全省置于他的直接控制下，他解除了后顾之忧，便专力于湖南，同清军展开战略争夺战。