圣祖没有料到的是，就在他发出上一指示数日后，即二月二十七日，孙延龄据桂林叛变，投向了吴三桂。孙延龄也是辽东人，其父孙龙原为孔有德末弁，早在太宗时期，随孔有德降清。孔有德南下，留镇广西，其父升为将官，孔有德便将自己的独生女孔四贞许配给延龄。此时四贞年幼，他们尚未成婚。后来，孔有德殉死于桂林，延龄的父亲也死于阵中。朝廷给予恤典，批准延龄袭父二等男爵，又加一等云骑尉，特赐四贞白银万两，每年俸禄视同郡王待遇。四贞长大，便与延龄结了婚。康熙五年五月，圣祖命延龄为镇守广西将军，统辖有德旧部，驻守桂林。

延龄以妻父而贵，独掌一省的军权，他也效法吴三桂，“骄纵无忌”，凡本省武职官员任免，他都擅自决定。康熙十一年九月，御史马大任弹劾他擅自用权，随意任免武职官员。兵部庇护延龄，驳斥了马大任的参劾，而延龄得寸进尺，请旨严斥马大任，兵部了解情况，“申禁之”。十二年七月，他的部下都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人上疏，揭发他诸多不法事：贪污国家财政、纵容部下残害百姓、昼闭城门、乡民不敢入城等罪状。他们的揭发材料先送交广西总督金光祖，他据实上奏。

圣祖特派兵部侍郎勒德洪赴粤审理此案。这时，御使鞠珣乘机进言，说孙出身微贱，又属外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩图报，胆敢为非作歹，委任其兄孙延基总管属下兵事，军心未服，已引起“讦告纷纷”。他请求将延龄调回北京，其属下兵士，或令归属八旗，或仍令驻守广西，另派一将官统辖。

兵部奉命讨论此事，认为延龄已为王永年所揭发，朝廷已派大臣前往桂林调查，应等待其调查结果，然后再议处。

勒德洪桂林之行，很快将王永年所揭发的各条款调查清楚，情况属实。据此，兵部请圣祖将延龄治罪。圣祖斟酌再三，予以宽大，免予处分。【《逆臣传·孙延龄传》，卷3，18~20页。】

孙延龄对王永年等人揭发他，怀恨在心。对朝廷派勒德洪前来调查他的问题，心中不满，敢怒不敢言。他把仇恨都集中到王永年身上，伺机报复，正当他怨恨之际，云南突变，朝廷命他与王永年等同守广西，等待机会进兵云南。延龄对他的仇人王永年同他一样受重用，心中很不服气，又怕他再参劾自己，心里很不安。这时，吴三桂派人送来给他的一封亲笔信，内中向他通报云南已经起兵，要求他在广西立即采取行动，事成共享富贵，百般引诱延龄起兵。延龄得三桂书信，颇为高兴。以为机会终于来到，他首先想到的是必杀王永年等人，以泄心头之恨！也发泄了对朝廷的不满情绪。就跟三桂的关系来说，彼此颇有一点瓜葛。据说，孔有德当年曾与三桂联过姻，将女儿孔四贞许配给三桂的次子，其次子未成年夭折，婚姻不成，三桂就认四贞为“义女”，才嫁给了孙延龄，他自然也成了三桂的“义婿”。由于这种关系，延龄跟三桂颇为密切。【《平滇始末》3页；参见《广阳杂记》，卷3，164页。】他得到三桂鼓动起兵的信，又得知三桂已派他的从孙吴世琮为大将军，率领大军即将来粤西，他不再犹豫，便于康熙十三年二月，宣布起兵。

二月二十八日，孙延龄诈称议事，把诸将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将陆续起身离座时，延龄布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被杀死，几乎同时，副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等三十余人都被伏兵迅速歼灭。紧接着，延龄派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署。一点也无防备的马雄镇和家属被围在宅院里，束手无策。孙延龄出示三桂的命令，要挟雄镇投降。他也是辽东人，降清后，属汉军镶红旗。历任工部副理事官，左佥都御史、国史院学士。康熙八年，授山西巡抚，未上任，又改任广西巡抚。【《清史稿·马雄镇传》，卷252，9725页。】他坚守臣节，坚决不从叛，他穿好了朝服，面北叩拜，说：“臣无能，仅以一死报国！”他把自己的居室门关好，上吊自尽。还没有气绝，被家人发现，踢开窗户，把他救了下来。马雄镇料知自己很难逃脱，只能设法让儿子逃出虎口。他趁孙部围守不严，先让长子马世济偷偷溜出衙署。世济总算逃了出来，辗转到了江西赣州，江西巡抚董卫国将广西情况紧急上报朝廷。圣祖始知广西发生叛变，立即遣使至江西，护送世济进京，当面听取了报告。圣祖感念马氏忠诚朝廷，特授世济四品京卿。大约又过了数月，马雄镇写了一份奏疏，交给长孙马国祯，乘夜凿开墙洞逃出。看来，孙延龄尚未发觉，马雄镇又指派心腹二人，保护他的次子马世永逃离桂林。长孙与次子先后抵达京师。

开始，孙延龄并不想杀死马雄镇，他的目的是想劝降，这对他是有利的。所以只派兵把雄镇一家围在家中，等待他回心转意。时间一长，围禁松懈，再说，围他们一家的将士中难免不有马雄镇的人，或者有的出于同情心，没有严密围禁，致使他的子孙接连逃出去。这件事终于被孙延龄知道了，心中又恨又怕。马雄镇不肯屈服，他决定再次逼降。他让哥哥孙延基率兵闯入巡抚衙署，把雄镇围在中间，拔出刀，逼视他。突然，雄镇上前抢过一个士兵的刀，还没等这个士兵反应过来，他已举刀自刎，血溅全身，几名士兵如梦初醒，一拥上前夺刀，在争夺中，一个士兵不慎，竟把自己的三个手指削掉了！雄镇自刎，还未及致命处，又活了下来。孙延龄气急，但没有处死他，命人把他锁在另一间居室里，严加看管起来。

这时，三桂督令孙延龄尽快采取军事行动。他下令出兵，攻打平乐等地。【以上见《庭闻录》，卷5，5页；参见《广阳杂记》，卷3，164页。】

两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告。延龄起兵一个多月后，圣祖下令讨孙延龄。他对兵部发出指令：

逆贼孙延龄，原系定南王下末弁之子，本无才能功绩，祗缘定南王孔有德航海归诚，出师尽节，世祖章皇帝悯其忠贞茂著，官兵人等不忍分离，收拾散亡，俾为一族，仍以所属官员统之，养瞻加恩，概从优厚。迨朕御极，念孙延龄既配王女（孔四贞），理应量加宠荣，故授为将军，使之管理定南王所遗官兵，镇守粤西。在孙延龄叼冒崇阶，自应恪恭职掌，殚忠报效。乃历任以来，屡有过犯，及累经王永年等讦奏赃罪，部议从重处分。朕犹以定南王之功，曲加贷宥，仍令管兵如故。近复赐以抚蛮将军印，委任有加，恩宠罔替，不意孙延龄包藏祸心，背恩忘义，结连逆贼吴三桂，辄行反叛，煽乱地方，国法难容，宜加显戮！

今削其将军职衔，大兵指日进剿，立正典刑。但念其所管官兵，系定南王旧人，受恩累朝，忠义素著，必不甘心从逆，弃前勋，其所管人员及地方官兵，有能擒斩孙延龄投献军前者优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙禄；或力有不达，能自拔来归者，亦免罪收用。至于伊等父兄子弟，见（现）在京城、直隶各省者，概不株连，毋得心怀疑畏，自罹法纲，负朕好生之意。尔部即速行遍谕。【《清圣祖实录》，卷47，8~9页。】

圣祖在这道谕旨中，历数朝廷自顺治在位和他登位后给予孙延龄的种种优厚待遇，恩重位崇，确属实情。圣祖特别强调，孙延龄以微贱出身，平庸无大才却荣登将军之位，皆出于朝廷对其岳父孔有德功绩的追念和报答，而孙延龄不知感恩图报，相反，竟背叛朝廷，圣祖有理由表示他的痛恨和愤懑。其实，孙延龄叛清并没有更深远的政治目的。他还年轻，不过二十多岁，没有经历过多少艰难曲折。他一登将军之位，又兼定南王之婿，父亲死去，无人训教，不过作威作福。他被王永年等参劾，怀有报复之恶念，朝廷屡加阻止，使他不得伸展私欲。三桂谋反，对他煽惑，便不计后果，愤然起兵了。