逆贼耿精忠，庸懦无能，痴愚寡识，祗缘伊祖耿仲明航海来归，太宗文皇帝念其投诚之功，特封王爵，宠眷优隆。世祖章皇帝定鼎燕京，复加委任，令其统兵镇粤，中道殒身。其子耿继茂，叨恩承袭，两镇疆，恪其职守。朕眷怀勋裔，恩礼有加，及其病亡，尤深轸卹，特遣部臣，颁赐敕谕，俾耿精忠袭封王爵。自伊祖以及伊身，受恩三世四十余年。在耿精忠赖祖父之余勋，冒朝廷之崇秩，自宜感恩图报，殚竭忠忱。不意其包藏祸心，潜谋不轨，乘吴逆之变，辄行反叛，煽乱地方，罪恶昭彰，国法难宥，今削其王爵，遣发大兵进剿，指日荡平。但念其所属官兵，及地方官员军民人等，或被逆贼迫胁，虽怀忠义，莫能自明，恐大兵一到，玉石难分。有能擒斩耿精忠，投献军前者，优加爵赏；或以兵马城池纳款者，论功叙录；或力有不逮，自拔来归者，亦免罪收用；其原系所属之人，见（现）为直隶各省文武官员者，概从宽宥，虽有父子兄弟见在福建者亦不株连，勿得心怀疑畏自罹法，负朕好生之意。【《清圣祖实录》，卷47，15~16页。】
圣祖对吴三桂、孙延龄，耿精忠，以及对四川叛将的一贯政策是，把他们跟手下一般将卒、被迫“从逆”的人区别开来，对为首的，坚决镇压，部下招抚，鼓励投诚，不株连；在策略上，采取既打击、又招降的两手策略，恩威并用。这在此后战争中，逐渐发挥出重大作用。即使部属叛乱头子，圣祖也取区别的政策。他对精忠的叛乱，一面派“定南将军”希尔根统领大兵由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广东等三路进剿福建。“耿精忠歼灭，在于旦夕”，一面用力招抚，使其悔罪归顺。圣祖把精忠同三桂明显地区别开来。他把精忠与三桂做了一番比较，说：精忠“必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同，故将吴三桂子孙正法，耿精忠在京诸弟，照旧宽容，所属官兵并未加罪”。
当时，耿精忠的两个亲弟：耿昭忠，耿聚忠尚在北京，因精忠犯逆，国法难容，已把其两弟并禁于一室，其属下官员都“闲住”，不再任事。与对三桂的区别是，圣祖没有处死精忠在京的诸兄弟。【《清圣祖实录》，卷47，9~10页。】尽管派大军进剿福建，仍“念其祖父宣力累朝，泊精忠之身，遽至覆亡，宗法斩绝，朕心深为不忍”，而“吴三桂乃本身投诚之人，背恩反叛，自取诛戮。耿精忠自祖父以来，受恩三世四十余年，非素蓄逆谋，首倡叛乱者比”。他指示兵部，尽速“传谕耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸，投诚自归，将侵犯内地海贼（指郑氏兵）速剿图功，即敕免前罪，视之如初”。
于是，兵部奏遣工部郎中周襄绪、原耿精忠属下一等护卫陈嘉猷携圣祖诏书至福建，招抚精忠。圣祖又指示进剿福建的赖塔等将领，不要因为派人招抚而延缓进兵，直至精忠投降为止，如不降，就坚决消灭！【《清圣祖实录》，卷48，1~4页。】精忠既然反叛朝廷，岂肯轻易投降！圣祖派遣周、陈二人至福建，即被精忠扣留，对圣祖的招抚置之不理。【《逆臣传·耿精忠传》，卷2，28页。】
圣祖说三桂是“投诚之人”，实则是说他半路被迫加入清政权的，与清朝的关系不深。耿精忠与此不同，他的祖父耿仲明是在清关外艰难创业时代航海来归的，与清结下了患难与共的至深关系。这一历史背景，正是决定了圣祖对耿、吴采取了大同而具体又不同的政策，从而迅速分化瓦解了三桂的势力，把他孤立起来，聚而歼之。
圣祖对耿精忠采取了招抚与镇压的两手策略，他在派使臣去福建招抚的同时，已布置三路兵马进征福建，命浙江将军图喇驻杭州，兼防海疆。【《清圣祖实录》，卷47，17页。】至耿精忠叛变，全国的形势，已是叛乱四起，清朝兵力不足用，不得不调取北部边防的宣府、山海关等处兵马，以加强进攻福建的兵力。【《清圣祖实录》，卷48，23页。】
圣祖正在调集兵马征讨，精忠已经开始了军事行动。他与吴三桂约定，双方配合作战，他主攻邻近的江西、浙江两省；跟广东潮州总兵官刘进忠联络，令其煽乱广东、广西；遣使渡海，约台湾郑经政权进攻大陆，许以福建南部沿海郡邑割归郑氏政权；又南联琉球王国，索取军需，以为外援。精忠的这一战略，点燃了东南沿海的熊熊战火。他还未出兵，已向所属府州县和外省份发起兵的檄文，使福建全省顿时陷入混乱，迅速波及邻省浙江、江西、广东等省。地方守土军政官员纷纷响应。从康熙十三年五月到年末，沿海各处叛变的消息不绝于清朝官方的报道：
五月，浙江平阳（今仍名）兵变，总兵官蔡朝佐被擒；【《清圣祖实录》，卷47，23页。】
六月，浙江温州所属罗清营相继降精忠；黄（即黄岩，属浙江）总兵官所属太平营亦变；【《清圣祖实录》，卷48，16页。】
七月，浙江嘉兴，湖州两府“土贼猖獗”；【《清圣祖实录》，卷48，23页。】
八月，江西饶州（鄱阳）营兵变，“贼势猖獗”；【《清圣祖实录》，卷49，2页。】
宁海、象山、新昌、余杭（均属浙江）四县“贼众蜂起”。【《清圣祖实录》，卷49，10页。】
耿精忠叛清，为吴三桂开辟了东线第二战场，形势变得对三桂更加有利。精忠的军事行动，首先从福建省开始。他派曾养性、白显忠、江元勋等为将，分别占据本省中部和偏北部的延平（今南平）、邵武（今仍名）、福宁（今霞浦）、建宁（今仍名）、长州（今长汀）各战略要地。未进兵的地区，凡檄文所至，纷纷响应。很短时间，福建全省皆叛归精忠。
接着，耿精忠出兵江西，浙江。他以白显忠为将出西路，攻江西。显忠派出部将李连、李太等进犯建昌（江西南城）、广信（江西上饶）等地。【《清圣祖实录》，卷48，9页。】以马九玉为将，出仙霞岭中路，进攻浙江金华、衢州（今衢县）等地。
以藩下都统曾养性率部万余人为东路，攻入浙江，专攻沿海地区。曾养性是沈阳人，顺治时，初从耿氏征广东，归其藩下。康熙十一年，授为藩下左翼总兵官。精忠叛变，他是主要参与和策划者之一。【《逆臣传·曾养性传》，卷2，39页。】此人十分骁勇敢战，深为精忠所倚重。起兵时，封他为都督。他奉命攻入浙江，先至平阳（今仍名），该城游击司定猷献城降，合兵后，渡飞云江（今仍名），围瑞安，攻不下，转赴温州。守城总兵官祖宏勋迎降。耿兵势大振，聚兵十万，挥众北上趋台州（今临海）地区，破乐清（今仍名），长驱下天台、仙居（今仍名），北上取绍兴府属嵊县（今仍名）。他联络宁海、象山、新昌、余姚（均称今名）“土寇”，授予其首领鲁朝全、褚楚白等人为总兵官、都督，指使他们骚扰绍兴、宁波。他分遣部众攻金华，自率一部取黄岩（今仍名），该城总兵官阿尔泰降。他又西进至常山，率兵两万，二次进击衢州。【《逆臣传·曾养性传》，卷2，39~40页；参见该书“耿精忠传”，卷2，26页。】到康熙十四年初，曾养性横行浙江，攻势达到了顶点！清军不惜一切代价，与耿藩叛兵展开了激烈的争夺。
台湾郑氏政权，从郑成功到他儿子郑经，一直坚持奉明朝年号，力图反攻大陆，恢复明政权，自感力不从心。正巧精忠起兵，很想借助郑氏的力量来壮大自己的势力，约他重返大陆，共同攻击清朝。郑经和他的谋臣非常高兴，把它看成是千载难逢的大好时机，便毫不迟疑地委派大臣冯国轩率上万人马，从福建沿海登陆，占领了漳州、海澄（海龙）、同安、绍安、泉州及建宁等处，有大小船一百余只，驻洛阳桥附近，招兵买马，号召当地壮男入伍。
