耿、郑联盟，为时仅数月，便归于破裂。精忠以盟主自居，向郑经发号施令，封郑经为“大将军”，派人送去敕印。郑经很不服气，说：“靖南王乃食清朝的俸禄，且系明朝叛逆，为何封我郑经！”心中很是恼怒。【《文献丛编》（一），34页。】郑经以其实力和领有地盘，自然不肯屈居精忠之下，何况他是明朝“叛逆”，而自己是堂堂正正的明朝的海中孤忠，岂能受他敕封？他自感受辱。他们之间又在是否尊奉明朝的问题上加剧了矛盾，以至闹到公开指责的地步。进据漳浦、海澄的郑经的守将出示布告，在声讨清朝窃据中原的一段文字之后，先赞三桂“隐忍滇黔，生聚训练，三十余年如一日，合千万姓为一家，静候天时，暗奉嗣主（指朱氏后裔），孤忠可鉴，大义不磨”。布告又说，三桂遣官“密令本将军致札郑、耿二王，共举义师，扶嗣主，戮（努）力王室，恢复神州，中兴之业已成”。紧接着就指责精忠自三月十五日“建旗之后”，颁发指令“俱称敕旨”，皆用皇家专用的黄绫，“从不遵大明正统”。他既然“已无旧主之念”，怎能服万姓之心！因此，“不旬月间，上下解体”。布告称颂“郑王”本与他为“兄弟之国”，能“克全名节”，是一般人难以做到的。他虽处海外孤岛，而不剃发，“尊王朔”，“老存继主”，可谓“忠孝凛然”。我们本愿与耿王“屈体联合”，“齐驱并驾”，不料耿王“妄自尊大”，把我等视为“附庸”，“僭窃尊号”，已可见其人之心！布告中还提到，他们只“遵照吴王原檄布，中兴大义，惟郑王为盟主，复我大明三百余年之基业，澄清东南之半壁”。布告要求他们所占领的各邑郡文武官员士绅百姓要“同思水木本源，共作王家柱石”【《文献丛编增刊》（－），44~45页。】。
布告反映了台湾郑氏政权的基本立场，声明不再与耿精忠合作，只愿与三桂联合，共扶明后，恢复明朝基业。看来，郑氏还不知道三桂已无意复明，限于交通不便，一时还得不到确切消息。耿精忠很担心郑氏与清兵的夹攻，便谋求三桂之助。三桂从他的利益考虑，当然不希望他们之间互相攻击，就派礼曹钱点到福建做两家和解的工作。此时，郑氏方面也已知道三桂的政治意图，对吴开始不满，郑经的大将刘国轩说：“吾家在海外数十年，称奉明号，今吴号‘周’，耿称‘甲寅’。所以，我带兵来是要攻你们两家的。如你们归正奉明号，我不难进镇江，上南京，否则你们两家都是我的敌国！”【《平吴录》，8页。】因为吴、郑、耿各持一端，各有企图，政治目标不一，这就在反清的阵营中产生了不可调和的原则分歧。钱点无法化解郑、耿的矛盾，连三桂一方与郑氏的矛盾也解决不了，钱点无言以对，只好灰溜溜地离开了福建。叛乱集团中的各派系的原则分歧，最终导致他们的彻底失败。
当叛乱集团内部矛盾日益尖锐对，清朝方面加紧了对耿精忠的军事进攻。从康熙十三年七月以后，清兵在江西、浙江战场开始取得进展，不仅顶住了耿部的进攻，连连取得了胜利，还收复了一些失地。
据清官方战报：
七月，杭州将军、都统喇哈达报：耿军总兵阎标率部万余人，自温州、处州进攻金华。清军副都统鄂申巴图鲁亲率满汉官兵迎战，大败耿军，斩杀七千有余、将官以百计，活捉阎标等以下将官一百七十二员。【《清圣祖实录》，卷48，26页。】
八月，江西总督董卫国报：南赣总兵官刘进宝等击败耿军，恢复石城（属江西，今仍名）。【《清圣祖实录》，卷49，1页。】
同月，“平南将军”都统赖塔报：自七月十三日至十八日，清兵同进犯金华的耿军展开激战，共九次，大败耿军，收复诸暨、义乌（均属浙江，今仍名）二县。【《清圣祖实录》，卷49，4~5页。】
浙江总督李之芳报：严州副将鲍虎督率官兵，一日六战六捷，恢复寿昌（浙江金华西北）。【《清圣祖实录》，卷49，5页。】又报：耿军犯绍兴府新昌县（今仍名），被清军击败溃逃。【《清圣祖实录》，卷49，6页。】
参赞军务护军统领桑遏、副都统席布报：精忠令闽军自建昌（江西南城）北进，与前来平叛的清军在抚州（江西抚州市）遭遇；清军把叛军杀退，获得了胜利。【《清圣祖实录》，卷49，7页。】
浙江总督李之芳报：已派遣“授剿总兵官”李荣率官兵血战，阵杀一千余人，乘胜恢复淳安县（浙江，今仍名）。【《清圣祖实录》，卷49，10页。】
在八月间，清兵还恢复了浙江的遂安县（淳安县西南）、嵊县、东阳县（今仍名）。【《清圣祖实录》，卷49，11~13页。】在江西，刚恢复了万年县（今万年县西）、崇义县（今仍名）、抚州等地。【《清圣祖实录》，卷49，11页，23页。】
十月，“奉命大将军”和硕康亲王杰书报：福建“逆贼”一万四五千人犯遂安（浙江淳安西南），当地“土贼”王应茂等率部四千人，沿河傍山，遥为犄角。清严州（浙江建德东）副将鲍虎统率官兵迎战，击斩精忠参将王师右等四员、兵士一千一百七十余人，并乘胜追杀了二十余里。【《清圣祖实录》，卷50，3页。】
康亲王又报：精忠部将都督周列、总兵桑明等率部二万由常山（浙江，今仍名）谋犯衢州，于九月十七日被清军击败于焦园等地方，斩杀万余人。【《清圣祖实录》，卷50，9页。】
“镇南将军”尼雅翰报：精忠部都督李大元等万余兵马，屯驻南京（江西星子）崖口。他同副都统绰容托等于十月二十二日，率官兵将其击败，收复南康府，与此同时，清军又收复了万载县（江西，今仍名）。【《清圣祖实录》，卷50，13页。】
十一月，江西总督董卫国报：他属下右营游击佟国栋等率兵恢复新昌县（江西宜丰）。【《清圣祖实录》，卷50，17页。】
杰书报：精忠部将都督徐尚朝等率马步兵五万，进至金华城外，列二十余营，军势甚盛。清军副都统马哈达、都统巴雅尔、总兵官李荣、台吉察等满、蒙、汉将官，奋勇夹击，阵斩闽将吴荣先等三十余人，歼灭其兵二万余人。【《清圣祖实录》，卷50，18页。】
清军捷报频传：十一月十七日，清军克取紧邻江西的婺源（江西，今仍名），休兵一两天，即进军饶州（江西鄱阳）。圣祖闻此消息，十分高兴，写道：“比闻恢复婺源，良可嘉悦。尔等兵单，进克饶州，尤宜加意。”在夺取婺源时，清军又在江西与安徽交界的彭泽县大败耿军，“奋勇登城”，一举攻克。【《清圣祖实录》，卷51，4页。】二十日，清军由婺源进取饶州，经乐平县，乘机恢复，进至鄱阳云吉峰下。大破叛军，逼饶州城下，叛军弃城逃，遁入鄱阳湖中。饶州复归清军。【《清圣祖实录》，卷51，17页。】
清军已在江西、浙江战场上获得了一系列战役上的胜利，并收复了一些县城，但还没有从根本上扭转战局。从双方的战斗，可看出耿军的战斗力也很强，它借助军队数量的优势和各地响应，使它尚能与强大的八旗兵周旋，败而复来，清军剿不胜剿，短期内还不能明显奏效。为此，圣祖指示康亲王杰书说：“浙江贼寇，在在窃发，骚扰地方，皆由耿逆未灭之故，若剿除耿逆，则小丑自灭。”他要求杰书等将领，“或固守金华诸处，由仙霞岭、分水关入闽；或固守杭州、衢州，从金华进克温（州）、处（州）。平定浙省，剿灭闽贼，听大将军酌量速行”【《清圣祖实录》，卷50，20~21页。】。
精忠的军队在同清军的反复争夺中，实力有所消耗，军需物资如制造火药火器的原料不足，便谋求琉球国的支持和援助。康熙十五年，精忠派人航海至琉球联络，其文称：
总统兵马上将军令谕：予惟军兴之际，需用惟繁，内附之邦素称外海之名封，早识中华之大义，翊戴原无异视，尊攘谅有同心。予建义三年，提师四出，天南半壁，尽入版图，极北九边，尚烦绥靖。兹特差员前诣王国，采办硫磺，以佐军需，所望悉心指导，俾其趂候早归，庶藩屏兼资，而折冲有赖。他时入贡，伫待风帆，指日加封，游膺天眷。故谕。丙辰年五月十八日。【《华夷变态》，卷4，159~160页。】
丙辰年即康熙十五年。精忠意图有二：第一，要琉球支持他起兵，在政治上成为他的附庸；第二，索要硫磺，此为当务之急。琉球盛产硫磺，为制造火药和其他弹药所不可缺少的。要制胜清军，必须大量使用火药火器。值得注意的是，精忠不署三桂的周王年号，而以干支纪年。这清楚地表明，精忠要独立，不承认三桂的独尊地位。
