雍正设立军需房及其后的军机处，最初的动机是为了支援并直接指挥西北的军事。
敌人是准噶尔的领袖噶尔丹策零。噶尔丹策零是策妄阿拉布坦的儿子，清朝的官方文书，称他为“准噶尔台吉”；他自己的称号可能是“汗”。
关于准噶尔，我们一般人知道得太少，因此而印象十分模糊。然而西洋若干地理家到今天还把新疆北部的地域，称为“准噶尔哩亚”（djungaria）。
准噶尔，原也不过是新疆北部四个蒙古人卫拉特（oirat）之一。其他的三个卫拉特，是和硕特、土尔扈特、杜尔伯特。准噶尔占了伊犁一带（全新疆最肥沃的地方），于明朝末年把土尔扈特从塔城附近的雅尔逼走，迁去俄国境内的伏尔加河流域。剩下的两个卫拉特，也敌不过准噶尔。以乌鲁木齐一带为发祥地的和硕特，在清朝初年逐渐把主要力量移到青海。额尔齐斯河流域的杜尔伯特，更不足以与准噶尔抗衡。
在康熙年间，准噶尔的领袖叫做噶尔丹。他的名字比雍正年间的噶尔丹策零少两个汉字“策零”。我们其实不妨称他为“老噶尔丹”；这“噶尔丹策零”可以称为“小噶尔丹”。
老噶尔丹被康熙打败，自杀而死。他之所以自杀，是因为侄儿策妄阿拉布坦早已“归顺”康熙，于康熙的支持之下，袭取准噶尔老家，弄得他于兵败以后回不去。
策妄阿拉布坦相当地“妄”。他派一个大将策零敦多卜驻在拉萨。这策零敦多卜其后被岳钟琪赶走。
策妄阿拉布坦受了如此教训，却野心不死，又唆动青海和硕特的领袖罗卜藏丹津对清朝造反。结果，罗卜藏丹津又被岳钟琪（于年羹尧的指挥之下）打得落花流水，丢了妻子儿女，化装为一个老太婆，逃去新疆，请求策妄阿拉布坦保护。策妄阿拉布坦让他住在伊犁。雍正向策妄阿拉布坦要求“引渡”，被拒绝，雍正很气，但一时无可奈何。
策妄阿拉布坦在雍正五年病死，领袖的地位由儿子小噶尔丹继承。雍正看不起小噶尔丹，想打。朝廷中有很多人反对，张廷玉却极为赞成。于是，雍正便调集五万精兵，交给一位身高貌美、善耍长枪大刀的傅尔丹，浩浩荡荡地开往外蒙古的科布多，由西北路进攻准噶尔。
这是雍正七年（1729年）三月的事（雍正在上一年便已设了军需房，秘密准备一切）。傅尔丹的名义是靖边大将军，他是满洲镶黄旗人、开国元勋费英东的曾孙，在康熙征讨老噶尔丹之时，曾经受任为振武将军，驻扎阿尔泰。雍正三年，他驻扎在巴里坤。其后，内调为“内大臣”，在雍正六年升为吏部尚书。
在雍正拨给靖边大将军傅尔丹的五万多人之中，有六千名是“京师八旗兵”，九千名是“车骑营兵”，八千八百名是奉天（辽宁）等处的兵。此外，又有从科尔沁各旗（辽北）与土默特各旗调来的蒙古兵。
雍正虽不是一位喜欢穷兵黩武的人，对这次遣派傅尔丹出征的事，却十分铺张了一番，特地为傅尔丹在太和殿行了“授钺礼”，而且先期到太庙去祭告，到南苑去检阅车骑营兵。
傅尔丹到了阿尔泰山麓，颇想一鼓作气，越过此山，冲到伊犁，活捉罗卜藏丹津。雍正由军机处发下密旨，叫他不可轻进，并把他与进驻巴里坤的“宁远大将军”岳钟琪，在雍正八年召回京师，“面授机宜”。
这时候，岳钟琪已经在巴里坤筑了东、西二城。傅尔丹于回到前方以后，也在雍正九年筑了科布多城。
雍正九年六月，傅尔丹捉得准噶尔的一个间谍。据这间谍说，小噶尔丹已经派出三万兵，向科布多进攻，其中将领之一是策零敦多卜的儿子“小策零敦多卜”。小策零敦多卜已经到达一个叫做“察罕哈达”的地方。
傅尔丹很兴奋，在六月庚子日这一天率领全军出发，向察罕哈达的方向走。走到雅克赛河河边，又捉得一个准噶尔的哨兵。哨兵说：“过了河，察罕哈达再走三天可到。小策零敦多卜的兵马尚未到齐，有一千人左右。”
傅尔丹渡过河，走了五六天，还不曾走到察罕哈达；却又捉到了一个间谍，这间谍说：“有两千准噶尔兵，在前面的博克才岭。”
于是，傅尔丹指挥大军，进入博克才岭前面的库力图岭，遇到准噶尔的兵，杀了一阵，杀死四百人，其余的翻岭而去。
傅尔丹把大军移到附近的和通泊，搜剿泊边四周山中的准噶尔兵，却反而被几万名准噶尔兵切成几段，予以个别包围。两军从壬子日杀到甲寅日，一共杀了三天，傅尔丹于全军大败以后，逃出重围，回到科布多，检点残兵，仅剩下两千人左右。
军中包含当时全部满洲人的精锐，一举而丧失殆尽，勇将如济尔哈朗的孙子巴赛、鳌拜的孙子达福，以及查弼纳、马尔萨、舒楞额等人，均力战而死。自杀的将领也有好多，包括定寿、苏图、马尔齐、永国、海兰、岱豪、西弥赖。
雍正接到消息，哭了一顿，传旨给傅尔丹，说：倘若科布多不能守，不妨撤退回来。（同时，雍正也调了不少军队去科布多增防。）
雍正把傅尔丹的靖边大将军名义改颁给顺承郡王锡保，叫傅尔丹以“掌振武将军印”的名义，接替锡保的振武将军位置，受锡保指挥。
次年，准噶尔派兵来打科布多，锡保命令傅尔丹带领三千人前去抵御，又吃了一个败仗。雍正原谅他，叫他留在军前效力。
又过了三年，到雍正十三年（1735年），有别人犯了贪污案子，傅尔丹受牵连，被抓回北京论斩。幸亏雍正不久便死，没有来得及批准斩刑，傅尔丹在牢里挨到乾隆二年，被释放。
准噶尔的领袖小噶尔丹于获得和通泊的胜利以后，在这一年秋天，大举进攻喀尔喀，一直冲到鄂登楚勒河，被喀尔喀的一位多罗郡王、康熙皇帝的额驸（驸马），名字叫做策棱的抵挡住，无功而回。
这位策棱的名字，与小噶尔丹的名字（噶尔丹策零）的下半截：“策零”，以及策零敦多卜与小策零敦多卜两人名字的上半截：“策零”，都原本是同一个蒙古字。为了加以区别起见，清朝在官方的汉文文书上特地把他，喀尔喀多罗郡王额驸，写做“策棱”，不写做“策零”。
雍正升策棱为和硕亲王。
次年，雍正十年，小噶尔丹又派小策零敦多卜，带三万准噶尔兵，来与策棱决战。两军在额尔德尼昭相遇，策棱大胜，小策零敦多卜大败，损了三分之二左右，狼狈而去。
由于锡保不曾把握时机将援助策棱的兵开到，小策零敦多卜虽在大败以后，却仍能率领残部渡过推河，回准噶尔。
另一个满人大将抚远将军马尔赛，这时候驻扎在拜达里克河边的扎克拜达里克，正好邀击小策零敦多卜的残部。他事先接到策棱的檄文，不但不加理会，反而在敌军踉跄过境之时，下令紧闭关门，不让自己的部队有所举动。
在马尔赛的麾下，有胡琳、傅鼐二人气愤不过，甘犯军令，杀了守关的卫兵，带了一些人出关，杀死一千多准噶尔兵。
事后，雍正派一位钦差到扎克拜达里克，将马尔赛正法。傅鼐被任命为侍郎，胡琳的下文不详。
锡保也丢掉了大将军的职位与亲王之爵（他是在雍正九年冬天策棱第一次获胜以后，由顺承郡王晋封为顺承亲王，由靖边大将军改授为靖远大将军的）。
代替锡保的，是平郡王福彭（讷尔苏的儿子、代善的曾孙的曾孙）。福彭的名义是“定边大将军”。
福彭就任以后无甚战绩，在雍正十二年被召回，由隆科多的一个堂兄弟庆复继任。这时候，雍正已决心与小噶尔丹议和，小噶尔丹顺水推舟，上表称臣，于是阿尔泰山被明文规定为准噶尔与喀尔喀之间的疆界。
倒霉的是岳钟琪。他在雍正七年受任为“宁远大将军”，驻扎巴里坤。雍正八年奉召回京听训，营务交给“参赞军务”的四川提督纪成斌，以“护大将军印”的名义代理。纪成斌派一个满人副参领查廪，带领一万人守护牧场。这查廪荒怠职守，被准噶尔的兵把许多驼马偷走。查廪向一位汉人总兵曹勷求助，曹勷不知道准噶尔的兵来得很多，只带少数兵去追，吃了一个败仗。另一位汉人总兵樊廷再带两千绿营兵去打，打了七昼夜，才追回一半驼马。
纪成斌将查廪逮捕，想杀他。刚好岳钟琪回到防地，向纪成斌说：“你好大胆，怎能得罪满人？”便把查廪放了。
谁知这查廪恩将仇报，反而因此深恨岳钟琪。其后，岳钟琪在雍正十年失势，张广泗与查郎阿先后替代岳钟琪的职位。恰巧查郎阿是查廪的亲戚，查廪在查郎阿面前说了岳钟琪许多坏话，查郎阿一一奏告雍正，而且建议叫岳钟琪赔出被准噶尔兵抢掠去的驼马，将纪成斌与曹勷均“明正典刑”。
雍正九年三月与六月间，准噶尔两次进攻吐鲁番，岳钟琪均派兵去救。岳钟琪而且在傅尔丹战败于和通泊以后，派兵进袭乌鲁木齐，到达厄尔穆河，打了一个大胜仗。准噶尔的守军弃了乌鲁木齐逃走，岳钟琪遵照雍正的旨意，撤回巴里坤。
雍正十年春天，准噶尔进攻哈密，岳钟琪派了曹勷等人去救。曹勷在“二堡”附近大胜准噶尔兵，可惜“副将军”石云倬不依照岳钟琪的命令如期在“梯子泉”截杀（迟到了一天），让敌军由大坂（达坂城）逃走，功败垂成。
岳钟琪报了上去，雍正将石云倬治罪，换了鄂尔泰的一个旧部张广泗作“副将军”。张广泗一到任，便狠狠地告了岳钟琪一状，说他“调兵筹饷，种种失宜”，又说他在穆垒造城驻军，而穆垒是洼地，“形如釜底，不可驻军”。
雍正就在雍正十年的下半年，又传旨“还军巴里坤”，任命张广泗“护大将军印”，“尽夺钟琪官爵，交兵部拘禁”。
两年以后，大学士等奏请将岳钟琪“斩决”。雍正总算客气，改批了一个“监候”。岳钟琪坐牢坐到乾隆二年，才和傅尔丹同被释放。
岳钟琪的两个得力部下纪成斌与曹勷，已经在雍正十一年被斩。
那张广泗小人得志，于准噶尔议和以后，被雍正升任湖广总督；乾隆叫他当“经略”（这是洪承畴当过的大官）“兼贵州巡抚”，负责镇压苗民反抗。乾隆十一年，大金川的边胞起兵反清，乾隆调张广泗为川陕总督，打到乾隆十三年，毫无成绩。乾隆便起用岳钟琪，以“总兵”的卑小职位，去张广泗那里帮忙，不久又升岳钟琪为“四川提督”。
俗语说：“君子报仇，三年不晚。”岳钟琪到了军中，果然也告了张广泗一状，说他“玩兵养敌，信用（土司）良尔吉及‘汉奸’王秋，泄军事于敌”。乾隆认为岳钟琪告得对，将张广泗捉来京城斩首。
准噶尔的领袖小噶尔丹，在乾隆十四年病死。一时内部大乱，各个卫拉特的部落纷纷脱离准噶尔的羁绊。准噶尔本身的政权，落在一个称为“达瓦齐汗”的手中。杜尔伯特卫拉特的“台吉”三车棱，向清朝请求归附。科布多北边附牧于杜尔伯特的“辉特部”，乘时崛起；它的领袖阿睦尔撒纳也归附了清朝。乾隆很高兴，便在乾隆二十年的春天，利用这两人为向导，大举出兵，进攻准噶尔，为雍正一雪和通泊之耻。
