1861年后，清朝封建统治者和外国侵略者互相勾结，共同镇压太平天国运动；太平天国方面则政治危机日深，军事形势日恶。面对逆境，太平天国广大将士不屈不挠地顽强抗击中外敌人，坚持斗争，最后终于悲壮地失败了。
内部危机加深
安庆失守前后，太平天国政治上的危机日益严重，洪秀全找不到别的武器，来代替已威信大降的拜上帝教理论，也始终没有从天京变乱等一系列挫折中完全振奋起来。相反，面对人心不振、将领抗命等现象，他更沉溺于宗教和迷信了。1861年3月，他把太平天国改名为“上帝天国”，旋又易名“天父天兄天王太平天国”；又规定在军、民等之前都加上“天”字，诸如天朝、天军、天民、天官、天将等；还下诏强调“爷、哥、朕、幼坐朝廷”，即强调太平天国一切权力归爷（天父）、哥（天兄）、朕（洪秀全）、幼（洪秀全之子）专有。这种改国名和加强宗教色彩的办法，当然无补于实际政治状况。在面对各种矛盾而束手无策之下，洪秀全动辄用“天话责人”，经常“言天说地，并不以国为事”。 他沉溺于迷信中已不能自拔了。
与此同时，队伍内结党营私、贪赃枉法、纪律败坏等现象已很严重。洪仁玕主政后力图整顿，但没有成效。他参加革命太迟，没有战功，威信不著，加以没有得力助手，孤掌难鸣。洪秀全受人挑唆，对洪仁玕一度不予信任，在安庆失守后，将他与陈玉成一道革职，重新起用不得人心的洪仁发、洪仁达和林绍璋等人。这些人重主朝政后，卖官鬻爵、贿赂公行，日甚一日。接着，洪秀全又滥封王爵，大批无才无德的人，通过行贿等手法，被封为王。到1864年7月，太平天国已有二千七百多个王，严重破坏了前期选贤任能的政策，造成朝政混乱，赏罚颠倒，以及拥兵自重等情况恶性大发展。
随着朝政的混乱，纪律败坏的现象日益严重。陈玉成牺牲后握有太平天国最大兵力的李秀成，拥有七八十万官兵，但其中绝大部分是他进军江西、湖北和攻取苏、浙时，才扩充的，包括很多会党分子、土匪、地痞，以至清军的败兵降将。其纪律比太平军老战士相差甚远，严重影响了太平军的名声和战斗力。李秀成在苏、浙地区推行“招降一切”的政策，使得各地反动势力得以保存，以至受到保护，进行猖狂的破坏。例如，浙江诸暨包村的大地主包立身，纠集地主武装一两万人，盘踞包村半年多，与太平军顽抗；苏州永昌地主徐佩瑗，在苏州、常熟之间有水陆勇几千人，与附近地主武装勾串，一呼四应，不下数万人；江浙水网地区还有地主、流氓、土匪等组成的“枪船”武装进行活动，等等。这些地方势力，有的公然武力对抗太平天国，有的表面应酬，暗中与清朝官方联络，充当内线，或拉拢、腐蚀太平天国官员，策动叛乱。同时，他们还在农村烧杀抢掠，欺压农民，胁迫农民参加地主武装，扰乱太平天国后方。
与上述情况相应，太平天国一些高级官员意志衰退，生活腐化。李秀成和他的“左右之手”纳王郜永宽，以及主管常熟军政的钱桂仁、骆国忠，主管苏州政事的熊万荃等人，都拥有大量私财。李秀成在苏州和天京皆有华丽的王府。
天国政治上的衰败，加速了运动的最终失败。
苏浙战场瓦解
1861年祺祥政变后，清政府进一步重用曾国藩，任命他统辖苏、浙、皖、赣四省军务，节制四省各级文武官员。1862年1月底，又授以“协办大学士”衔。曾国藩受到大用后，布置了三路夹击太平天国的战略：曾国荃率湘军主力由安庆沿江东下，主攻天京；左宗棠率另一部湘军进攻浙江；李鸿章率淮军从上海西犯苏南地区。左宗棠（1812—1885年），湖南湘阴人，举人出身，1860年率湘军五千人赴江西和皖南，与太平军作战，1862年2月受任浙江巡抚，率湘军入浙。李鸿章（1823—1901年），安徽合肥人，进士出身，青年时从学于曾国藩，后回安徽办团练。1861年，他在原淮南团练基础上，仿湘军模式，纠集一帮安徽地主，组成七千人的淮军，1862年4月起，由上海反动官绅雇英国轮船从安庆运到上海。不久，清廷任李鸿章为江苏巡抚。他在上海勾结和依靠外国侵略者，淮军很快发展为中国近代继湘军之后的又一支最大的地主武装。
在上海和浙江的外国侵略军，也在这时公开与清军一起，向太平军疯狂进攻。1862年1月，太平军借克复浙江的威势，第二次进军上海。李秀成谆谕上海军民，要求在沪外国人与太平军“两不相扰” ，但当太平军向上海进军前夕，上海清朝地方政府与在沪外国侵略者，于1月3日成立“中外会防公所”，为清政府向外国具体筹划“借师助剿”，并兼管洋枪队的有关事务。在太平军到达上海外围时，英、法军队和洋枪队合作，主动向松江太平军出击。至此，外国侵略者已完全拉下“中立”伪装，其正规军队亦公开助清政府向太平天国进攻了。太平天国肩起反抗外国侵略者的重任。
李秀成到上海外围不久，即去苏州过年，进攻上海的总指挥由慕王谭绍光担任。1月14日，太平军在奉贤大败洋枪队后，迅即攻占县城及南汇、高桥、周浦等城镇。3月1日，英、法军队和洋枪队进攻闵行附近萧塘，取得一些胜利，清政府把洋枪队改名“常胜军”。从4月到5月，英、法侵略军和新到的俄军，连同“常胜军”，在七宝、王家寺、嘉定、周浦、青浦等地疯狂进攻太平军，太平军损失严重，但也使敌人受到重创，包括打伤英国侵略军司令何伯，击毙法国侵略军司令卜罗德（a.protet）。5月17日，刚率精锐从苏州赶到的李秀成，在太仓杀伤侵略军和“常胜军”几百人，歼清军五千人，破敌营垒三十几座，并乘胜于次日克嘉定。6月9日，谭绍光在青浦活捉“常胜军”副统领法尔思德（e．forrester），进围松江。在太平军多次打击后，外国侵略军对太平军闻而生畏，左宗棠写信说：“夷人之畏‘长毛’，亦与我同，委而去之，真情毕露。” 但李秀成一直对外国侵略者存畏惧之心，怕打硬仗，加以天京吃紧，洪秀全多次下诏回军，因此在6月18日太平军与淮军作战失利后，李秀成留下谭绍光等少量部队驻嘉定、青浦、太仓等地，自率大军撤围去苏州。第二次进攻上海，又失败了。
之后，外国侵略军、“常胜军”和淮军经重新部署，增加力量，转守为攻。1862年10月24日陷嘉定，进逼常熟。1863年1月16日，常熟因守将骆国忠叛降敌人而陷落。接着，太仓在5月1日失陷，昆山在6月1日失陷，苏州外围的夹浦和吴江等地也随之落入敌手。8月下旬，淮军和此时已由英国军官戈登（c．g．gordon,1833—1885）指挥的“常胜军”约四万人，气势汹汹地扑向苏州。苏州指挥官是英勇善战、坚强不屈的慕王谭绍光。他指挥守军奋力抗敌，多次粉碎敌人的猛攻，使敌人损失严重，而苏州依然屹立不动。但郜永宽、汪安钧等八个将领，却在12月4日的一次军事会议上，卑鄙地刺杀了谭绍光，携带人头向敌人献城，苏州终于陷落。两天后，这八个叛徒亦被李鸿章处死。
苏州的陷落，标志着太平天国江苏战场的基本瓦解。
在浙江，太平军1861年底克宁波后，英、法侵略军忙从上海开赴宁波，1862年5月10日向太平军进攻，迫使太平军撤出。之后，仿照常胜军之法，英、法侵略军分别组成了由华人充士兵、洋人当教官的中外混合武装，即“绿头勇”（又称“常安军”和“定胜军”）和“花头勇”（又名“常捷军”），并调华尔常胜军到浙江。这些侵略武装于8月占余姚，9月占慈溪。太平军英勇反击，在慈溪打死华尔，常胜军失去头目，退回上海。1863年1月17日，由法国海军军官勒伯勒东（le brethon de caligny）指挥的常捷军，进攻绍兴，太平军当即击毙这个法军头目。2月19日，绍兴太平军又打死常捷军新统领买忒勒（一译达耳第福tardlif de moidrey）和英国军官定龄（tinling）。但敌我力量消长异势，绍兴仍于3月15日失陷。
这时，由江西入浙的左宗棠，也在1863年3月初攻陷严州、汤溪、金华，3月下旬进抵杭州附近的富阳。9月20日，法国军官德克碑（p．d'aiguebelle）率常捷军一千五百人，配合左宗棠湘军攻陷富阳。从10月起，左宗棠和常捷军进围杭州和余杭。这时，太平天国已只剩天京和苏南、浙北几个孤城了。孤立无援的杭州太平军，与优势之敌作殊死战，经五个多月艰苦抵抗，终因敌我力量悬殊，无法再守，1864年3月30日深夜弃城突围。敌人入城后疯狂屠杀。常捷军统领德克碑因“功”被授给头等功牌，并赏银一万两。
杭州的失陷，标志着浙江战场亦已基本瓦解。
天京陷落
苏、浙战场的瓦解，天京也岌岌可危了。从1862年5月底起，湘军水陆主力已进逼天京城下，洪秀全严诏李秀成从上海班师回救。李秀成率主力于6月从上海撤围去苏州后，不顾洪秀全严催，拖至10月才率十万大军从苏州赶到天京。从10月13日开始，与围城湘军展开激战。这次战争激烈异常，至11月26日，太平军仍不能击破敌人。这时，军粮、军衣严重不足，太平军难以久持，李秀成下令撤兵。洪秀全严厉责备李秀成，令他进兵西去，接应当时正从西北赶来的陈得才大军，收平长江北岸，驱使湘军驰援，以分散其围城力量。李秀成不赞成这个战略，只派林绍璋、洪春元等率一部分兵力，渡江去皖北，自己却回到苏州。拖至次年2月底，才集中了约三十万兵力，渡江北上。由于当时沿途各地已被战争破坏得一片荒凉，粮食供应很难，加上湘军窥破太平军战略，更死死咬住天京，重重围攻，致使太平军的军事行动未能达到目的，反而损失了十几万人。李秀成率疲惫之师，虽于6月返回天京，但天京解围之望更小了。
天京形势图
1863年11月，清军已攻陷天京外围和长江以北所有城镇、要塞，外援断绝，天京已肯定守不住。李秀成建议“让城别走”，即撤出天京，另找立足之地。但洪秀全昧于大势，拒绝采纳。他还说：“朕之天兵多过于水，何惧曾妖（指曾国藩）者乎！” 洪秀全迷信他的皇上帝固执己见，已达到荒谬可笑的程度。但是，他却确实有在任何敌人和困难面前决不低头的坚强毅力。从1863年夏起，天京已严重饥荒，洪秀全带头并令全城军民以吃“甜露”（即野草）充饥。直到临死前夕，他还下诏要“大众安心，朕即上天堂，向天父、天兄领到天兵，保固天京”。 1864年6月3日，太平天国运动领袖、天王洪秀全，终因忧劳成疾逝世，享年五十二岁。天王长子洪天贵福继位，时年十六岁。
在洪秀全病逝前后，太平天国军民继续顽强地抗击清军的进攻。1864年4月中旬，淮军和常胜军联合进攻常州，守将护王陈坤书率七八千勇士与敌人浴血苦战，坚持到5月11日。这天，“势如潮水的清军冲入了那两道新轰开的缺口，残存的太平军死战到底。他们虽被迫退下城墙，穿过街道，但始终作着顽强的抵抗，寸土必争。” 陈坤书在全部战役中身先士卒，战到只存几个军官和三四十个士兵，仍在护王府前死战。当他被敌人捉住押到李鸿章前时，“拒绝投降，拒绝对抚台表示任何恭顺”， 引颈就戮。
这时，天京城内为数只有几千的太平军作战人员，在粮食已尽，极其艰险的处境中，与清军作最后的殊死搏斗，屡次给清军以重大杀伤。曾国藩和曾国荃攻陷天京以后，在给朝廷的奏折中，写道：此次攻城，“剿洗老巢之难”，“拼死鏖战之苦，实为久历戎行者所未见。自得天保城后，城中防守益密，地堡城扼住去路，百计环攻，无隙可乘”。 湘军以五万之众，对付三四千太平军能战之士，在经过如此激烈的长久争夺后，1864年7月19日（太平天国甲子十四年六月六日，清同治三年六月十六日）中午，以炸药轰开天京太平门东侧城墙，蜂拥而入。守在城上的太平军仍奋战不已，迫使敌人后退。督战的湘军头目举刀砍杀后退的士卒，迫使前冲。太平军与冲入之敌展开肉搏，直到流尽最后一滴血，无一降者。到黄昏，天京终于陷落。
湘军入城后，见人即杀，见屋就烧，见财就抢。曾国荃带头抢劫天王府后，又放火焚烧。其他各王府，也受到同样处理。天京全城大火延烧了七天，繁华的古都南京，顿作一大片瓦砾堆。湘军还残杀全城居民，曾国藩奏称：毙太平军十余万人，“秦淮长河，尸首如麻” 。其中十分之九都是老幼妇孺。
天京城破时，洪天贵福和李秀成等突围而出，但失散。李秀成逃匿天京东南的荒山，被清军俘获。他在清军囚笼中写了几万字的“供词”，叙述天国始末、本人战绩，总结天国失败教训，同时也充满对清廷恭维阿谀之词，甚至向清军表示：“我愿将部下两岸陆续收全投降，而酬高厚，以对大清皇上，以赎旧日之罪”。 这是严重的失节行为，不论他当时究竟有何种想法，向清军如此作态，任何辩解都不能减轻自己造成的污辱。写完“供词”后，即被曾国藩下令杀害。洪天贵福则辗转到湖州、广德。1863年底奉命出京催粮的洪仁玕，以及湖州守将黄文金，在广德与洪天贵福会合，他们计往江西，准备会合侍王李世贤的大军，再图进取。不幸黄文金病死于浙江昌化白牛桥途次。洪仁玕护送洪天贵福入江西，10月9日在石城杨家牌，遭敌人袭击。洪仁玕当场被执，洪天贵福在逃散后，于25日被执。两人皆于11月在南昌先后被杀。
洪仁玕在“供词”中，表示决心以死殉天国的事业。他写道：“人各有心，心各有志”，今日国亡被俘，只知学习南宋民族英雄文天祥，“至于得失生死，付之于天，非吾所敢多述也”。 临刑之际，他还写《绝命诗》以明志，最后两句诗是：“我国祚虽斩，有日必复生。” 洪仁玕的“供词”、绝命诗和他最后的表现，充满了一个志士视死如归、威武不屈的高贵品质，读来令人肃然起敬。
天京的陷落，主要领导人的牺牲，标志着太平天国运动的结束。
在天京陷落前，已有几十万太平军从苏、浙和皖南突围而出，集中在江西、福建边区。天京陷落后，这几十万人分别在侍王李世贤、康王汪海洋、来王陆顺德等率领下，进入福建，占领漳州等地。李世贤在这里颁布各项政策，打算建立新的根据地。清政府派闽浙总督左宗棠为钦差大臣，从海路用外国轮船运湘、淮军，到福建大肆进攻。李世贤率军在漳州坚守至1865年5月15日，战败放弃漳州，26日又与清军在永定塔下激战失利，汪海洋借故不救。李世贤落荒而逃，经三个月昼伏夜行，于8月19日到达广东镇平（今蕉岭），入汪海洋军营。汪海洋因怕李世贤责怪他见危不救等原因，夜间刺杀了李世贤。接着，来王陆顺德也在广东长乐（今五华）被叛徒出卖遇害。南方太平军余部，乃在汪海洋率领下占嘉应州（今梅县），在此屡次打败进犯之敌。1866年2月1日，汪海洋战死，其部将偕王谭体元代率其众，2月7日从嘉应州突围，在城南群峰峭削的黄沙嶂为敌追及，力战不利，坠崖受伤被捕而死。至此，南方太平军余部亦遭歼灭。
与太平军余部在南方坚持斗争的同时，安庆失守后由陈玉成派往西北、由扶王陈得才和遵王赖文光等率领的太平军，在天京陷落前急速东下进援天京，1864年6至7月间进入鄂、皖之间，一路上会合了很多捻军人马，但为敌人所阻，不得继续东下。同年11月，陈得才在霍山与清朝僧格林沁军作战，战败自杀。在此之前，捻军基地雉河集已在1863年3月被僧格林沁军攻陷，首领张乐行被杀，力量已经大大削弱。为了共同对付敌人，1864年底，西北太平军和捻军共推赖文光为首领。赖文光按照太平军制度整编捻军，使之有统一的纪律和组织领导，并鉴于北方平原地区宜于骑兵行动，其主敌僧格林沁的军队是骑兵部队，因而改为以骑代步，采用“以走致敌”，即飘忽作战，忽东忽西以拖疲敌人，然后乘机歼敌的战术。这支改编过的捻军和西北太平军的联合部队，习称新捻军，有较强的战斗力。
1865年初，新捻军在河南大败僧格林沁，5月18日，在山东曹州（今菏泽）高楼寨设伏，一举全歼僧格林沁军。僧格林沁这个双手沾满太平军和捻军将士鲜血的凶恶刽子手，也被一刀砍死。这支清朝王牌军的覆没，使清廷十分恐慌，急调曾国藩主持“剿捻”军事。曾国藩改变做法，采用在东自运河，西至沙河、贾鲁河，南自淮河，北至黄河之间建立防线，以困死新捻军的恶毒计划。但新捻军于1866年9月24日在河南中牟冲破沙河、贾鲁河防线，粉碎了曾国藩的狂妄计划。清政府便改派李鸿章主持“剿捻”。
1866年10月20日，赖文光把新捻军改为东、西二支，他和鲁王任化邦、首王范汝增等，率东捻军于同年年底从河南入湖北。1867年6月入山东，他们在突破运河敌人防线时受挫，继而在抢渡六塘河、黄河时又受挫。1867年11月19日，鲁王任化邦在江苏赣榆被叛徒杀害。24日，东捻军又在山东寿光战败，首王范汝增战死。此时，东捻主力已丧失殆尽。1868年1月2日，赖文光率二千多人渡过六塘河，5日，在扬州瓦窑铺被清军俘获，10日在扬州被杀。赖文光在“供词”中，写道：“古之君子，国败家亡，君辱臣死，大义昭然，”表示他今天也决心“一死以报国家，以全臣节”。 至此，东捻军全部覆没。
西捻军由梁王张宗禹等统率，从河南入陕，1866年底逼近西安，次年初在灞桥附近歼灭湘军三十多营。清政府调左宗棠入陕。西捻军正在军威大震时，因闻东捻军危急，乃于12月过黄河，迅速经山西、河南，入直隶，欲以威胁北京来解东捻军的困境，但这时东捻军已覆亡了。西捻军到此进退失据，被敌人包围，虽突围入山东，但已势孤力单。1868年8月16日（太平天国戊辰十八年七月一日，清同治七年六月二十八日），在山东茌平徒骇河边，西捻军全军覆没，张宗禹不知所终。
至此，坚持斗争达十八年之久的太平天国运动，最终失败了。
失败原因及历史意义
读完轰轰烈烈的太平天国运动史，人们不禁要问：为什么它最终悲壮地失败了呢？
从客观上说，由于太平天国革命发生在中国已开始沦为半殖民地半封建国家的时代，它所要对付的敌人，不但有掌握全国政权、作为整个封建势力中心的清朝统治者，而且还有外国资本主义侵略者。外国侵略者为了奴役中国，维持中国半殖民地秩序，从军事、经济、政治等各方面支持清朝政府，共同残酷地镇压太平天国。因此，太平天国所遇到的敌人，相对地说是强大的。洪仁玕在临刑前总结太平天国失败的教训时，就认为：“我朝祸害之源，即洋人助妖之事”，“如洋人不助敌军，则吾人断可长久支持。” 正如毛泽东在论述近百年中国革命的经验时指出的：“历来中国革命的失败，都是被帝国主义绞杀的，无数革命的先烈，为此而抱终天之恨。” 就太平天国运动来说，情况也是如此。
从主观上说，由于太平天国还只是一次没有先进阶级领导的农民战争。“在封建社会中，农民受着严重的剥削，要求解放，而且敢于用武装斗争来争取解放。但是农民究竟是分散的小生产者，他们不可能制定明确的革命纲领，并用这个纲领来团结所有的革命群众；他们不可能长期地维持革命的纪律，借以集中自己的力量战胜强大的敌人；他们缺乏用科学的方法总结革命经验，并用这些经验来指导革命实践的能力。” 太平天国颁布过《天朝田亩制度》和《资政新篇》，但或者由于其绝对平均主义方案注定了不可能实现，或者由于其他主客观条件决定了无法实行，太平天国提不出一个切实可行而又能动员广大群众，尤其是广大农民的纲领，这就不可能长期保持农民群众的革命热情，把战争引导到胜利。太平天国在初期从上到下都保持严格的纪律和艰苦朴素的精神，但在建都天京以后，却首先从领导人开始，滋长享乐、保守思想，逐渐破坏了团结一致的局面，导致发生内乱、分裂和一系列不正常事件。到后来，朝纲败坏，许多将领拥兵自重，敛财自肥，腐化堕落，甚至发生一连串投敌叛变行为，从而瓦解了革命的士气，加速了运动的失败。太平天国用以指导运动的理论是拜上帝教，它在开始时起过动员和组织群众的重大作用，但它终究不可能解决在发展中不断出现的大量新问题、新矛盾，不能及时地、适当地总结经验，避免重犯错误，提高水平。因此，在太平天国史上同样性质的错误往往一再重复，得不到及时纠正。尤其是到了晚期，洪秀全深深沉溺在“天父天兄”的迷网里，失去对现实的清醒认识，以至这个理论反而日益成了太平天国前进的障碍。
太平天国的历史有力地证明，在半殖民地半封建的中国，如果没有工人阶级的领导，即使像太平天国那样伟大的农民战争，也不可能完成反帝反封建的民主革命任务，“这个革命必须由无产阶级领导才能完成” 。
太平天国运动，是中国两千多年来农民战争发展的最高峰。从金田起义到新捻军覆没，这次运动历时十八年，势及十八省，其历时之久，规模之大，斗争之烈，都不仅在中国，而且在世界农民战争史上，也是罕见的。
太平天国曾组织了强大的武装，从紫荆山麓打到长江南北、大河上下，掀起惊天巨涛，攻占过六百多个城池，多次打得清政府惊恐万状，岌岌可危。太平天国建立了从中央到地方的各级政权，与清政府对峙了十多年，颁布或执行了许多体现中国人民反对压迫、要求平等和独立的制度及内外政策，显示了广大农民的反封建积极性和巨大的创造力，表现了中国人民维护独立和自由的民族尊严。
太平军所到之处，杀土豪，打地主，毁寺庙，斥妖邪，极大地冲击了整个封建统治秩序。尽管在运动失败后，封建势力疯狂反攻倒算，但在太平天国统治较久的地区，地主阶级的势力毕竟削弱了，如苏州、常州一带“被难之后，富户百无一存”，浙江有些地区“境内之田，尽非原户”。至于清朝政权，在经过太平天国重重打击后一蹶不振，中央集权大大削弱，以后虽然仍有“洋人”的撑腰，湘、淮军的保驾，也挽救不了迅速衰败的命运。四十几年后，终于被伟大的民主革命先行者孙中山领导的辛亥革命所推翻。
太平天国也沉重打击了外国侵略者。以洪秀全为代表的天国英雄们，坚持民族气节，在政治上严词拒绝外国侵略者的一切无理要求，在军事上勇敢回击他们的武装进攻，打得他们闻风丧胆。
太平天国鼓舞了近代中国革命人民的斗争决心，伟大的孙中山早年曾以“洪秀全第二”自居，盛赞洪秀全是“反清第一英雄，很可惜他没有成功。” 辛亥革命中起过重大作用的秘密会党，也在太平天国以后有很大发展。哥老会是在太平天国以后发展到两湖的，浙江的会党也是在太平军入浙后复炽的。
太平天国运动对亚洲各国也有很大影响，日本走上独立发展的道路的一个重要国际原因，是印度人民的反英起义和中国太平天国运动，甚至朝鲜九十年代的东学党起义，也有着太平天国运动的影响。
太平天国运动最终失败了，但农民英雄们可歌可泣的斗争业绩，他们建树的历史功勋，是不可磨灭的。
