明朝灭亡，一些大臣在南京又建立了一个小朝廷，后世称之为南明，即位的皇帝是宗室朱由崧。不久，一个自称是崇祯太子的年轻人来到了南京，使朱由崧神经高度紧张，因为他的皇帝宝座就要不保。于是一场接一场一定要把这个年轻人说成是假太子的审问开场了。
当李自成农民起义军进入北京城后，崇祯帝杀妻砍女，并且召来了自己的儿子让他们各自逃命。随着崇祯帝在煤山老槐树上吊死去，统治了中国二百七十七年的明王朝宣告灭亡。
崇祯帝自杀的消息传到陪都南京，城中官员一片慌乱。一些臣僚为再树明帜，商议拥立新君。当时思宗的从兄福王朱由崧与从父潞王朱常涝正避难于淮安。按世系序次，福王当立，但福王为人昏庸。凤陽总督马士英认为福王易于控制，遂联合刘孔昭等，力主拥戴福王。翰林院詹事姜日广等人认为福王品行不端，不宜拥立，主张立较贤明的潞王。双方相持不下，各清兵部尚书史可法定夺。
史可法到南京后，提出福王有七不可立：贪、婬、酗酒、不孝、虐下、不渎、干预有司，他也主张立潞王。马士英闻讯，立即密约江北各总兵，致书南京诸大臣，说已传令将士奉福王到南京即位。马士英等握有兵权，声势较大，在既成事实面前，史可法无奈地同意了。
五月初一，福王至南京，百官入贺。史可法提出，崇祯太子存亡未卜，如果现在称帝，太子一旦南来，打算怎么办？他不主张福王马上称帝。五月四日，福王上监国之位，建南明政权。十天后，福王改即帝位，以是年为弘光元年，史称南明弘光政权，福王为弘光帝。
弘光政权建立后，极为腐败。他们天真地幻想清兵在消灭李自成后能停止南侵，并且派使携带大量金银去酬谢清军。弘光皇帝不理朝政，天天在宫里纵情声色，只知道在民间选择淑女供自己享受。
根据《明季遗闻》等书记载，1645年初，有一少年从北方南来，经南京至杭州，住进了南明鸿胪寺少卿高梦箕的侄子高成的家中，自称是崇祯太子朱慈 烺。高梦箕不敢隐瞒，密奏弘光帝和大学士马士英。弘光帝得知消息后，慌张不安，他虽然昏庸，但知道自己的皇位是怎么得来的，如果真的太子来了，必定会危及 自己的皇帝宝座。于是命太监李继周将少年迎到南京。
李继周在金华见到了太子，太子说：“朱由崧想把皇位让给我吗？”李不知道如何回答才好。太监前来迎太子，顿时在金华传开，许多官员纷纷前去参见太 子，一路上招待太子的官员接踵而至。太子到南京后，先被安置在兴善寺。弘光帝十分忧虑，不知该如何处理这件事。他先派两个原在北京皇宫里当差的太监前去观 察动静，想不到两人一见太子就大哭起来。见太子衣衫单薄，就把自己身上的衣服脱下披在太子身上。太监一回来，就遭到弘光帝一顿臭骂：“太子是真是假都难搞 清，就把他当成皇帝看待。就是真太子，我也不会让位的。”两个太监和李继周都被秘密处死。
太子到来的消息传到民间，引起轰动。南京百姓争相要一睹太子的风采，官员们也想先见上太子一面，将来能有个升迁的好机会。弘光帝一看此事已无法禁止，就传旨太子的身份必须确认，不便见百官，把太子关进了大狱。
兵部有个官员上奏说，他知道太子的底细。太子名叫王子明，高陽人，是驸马都尉王昺的侄孙，外貌酷似太子。北京陷落后南奔，遇见高梦箕家人穆虎，是穆 虎让他假冒太子来到南明的。弘光帝一听，激动万分，因为太子很有可能是假的，这样他的皇位就不会出现任何动摇的机会。他马上传旨要亲自审讯太子，这时他也 有胆量让见过太子的官员前来辨认。曾教太子读书的刘正宗和李景濂被召到武英殿密谈，在一番晓之以情动之以理后，刘正宗马上表态：“听说太子已经死了，这个 冒出来的太子我一定能够看出点问题的。”
大明门辨认正式开始。刘正宗拿出地图问图上的承华殿和坤宁宫是什么场所，想不到太子一一回答，说是自己的东宫和皇后的住所。接着刘正宗问自己以前教 的课目，太子对答如流。问题问了一个又一个，都没有问倒太子。太子笑着说：“如果你以为我是假的，我就算是假的。我本来就不想来争皇位，是皇伯让人接我到 京的。”刘正宗知道也问不出名堂，最后对弘光帝说：“样子很像太子，但回答的问题都不对。”
有个姓苏的太监忽然记起太子的胫骨上有个特别的记认，一看就知是真假，连忙向弘光帝报告。这下弘光帝就不敢让人看了，万一是真的，就很难收场了，与 马士英一商量觉得还是让人辨认比较好。他们想到了被关在监狱里的方拱干，方当年曾为太子讲过一段时间的课，如果他说不是，就很有权威了。
三月初八，刑部会审太子，方拱干前去辨认。审问官让太子跪下，太子不答应。一个官员指着方拱干问太子这个人是谁？太子说是方先生。方拱干一见太子， 既不敢说是假的，也不敢说是真的，因为这个人太像太子了，真假实在难辨。一个官员见到辨认失败，干脆直截了当地说：“你不是太子，你真名叫王子明。”太子 说：“我又没有自吹自己是太子，你们不想认也就算了，你们一年前不就是站在我父皇的朝廷上吗，如今为什么这样健忘，连一个人也不相认了。”大臣们被他讲得 哑口无言。最后内阁官员王铎说：“太子肯定是假的，不要再审了。”
这时，百姓间流传开来了马士英和王铎要杀太子的消息，一些大臣纷纷上疏责问。将军黄得功说：“假冒太子的结论是官员奉承皇帝的结果。是谁下结论认为太子是假的？依据是什么？应该向天下百姓交待清楚。先帝的儿子，也是陛下的儿子，怎能关进大狱？”
弘光帝看了奏本，气得要死，下旨烧掉黄得功的奏本，但迫于舆论只能再审太子。
这次审问官员是左都御史李沾。李沾事先让人告诉太子，要他自认是王子明。开审时，李沾直呼王子明，太子不应。李沾命人上刑罚，太子痛得大呼小叫。当年东宫伴读的丘致中实在看不下去了，抱着受刑的太子大哭，当即被关入大狱。
外面舆论越传越厉害，南明一些大臣对这件事也十分关注。弘光帝无奈之下只能作出对北来之人“好生护养”、“勿骤加刑”，待正告天下后再行申法的决 定。太子案真假还来不及搞清楚，南明小朝廷出问题了。先是驻守在江北前线的四镇总兵为争夺地盘互相开战，接着驻武昌的左良玉部以奉太子密诏“清君侧”为名 起兵，直指南京。弘光帝、马士英急调各部入卫南京，无暇再理此案，使太子案不了了之。
五月十日，清军渡江，弘光帝、马士英连夜逃出南京。混乱中，有人拥太子登武英殿，群呼万岁。清军入南京，太子不知去向，有人说被清军俘虏，有人说在 乱军中被杀。太子是真是假？当代有很多人进行了考证，有人说是伪太子，也有人说是真太子，双方各说各的理由。其实，太子的真假不要说今天我们是难以知道， 就连当时的人们也无法搞清，这早已是一个千古历史之谜。
