北匈奴的崩溃，使南匈奴在政治上和人力、物力上取得空前的优势，得到暂时与表面上的繁盛。因为在南单于屯屠何时代，北匈奴降于南匈奴的有二十多万，比南匈奴原来的人口还要多。南匈奴在蒙古高原和西域地区，成为汉朝以外唯一一支具有重要影响的力量。但是，屯屠何希望利用东汉的力量达到“破北成南，并为一国”，在匈奴族中唯我独尊的野心却未能实现。继屯屠何之后，单于安国于永元五年立。《后汉书·南匈奴列传》说：“安国初为左贤王而无称誉。左谷蠡王师子素勇黠多知，前单于宣及屯屠何皆爱其气决，故数遣将兵出塞，掩击北庭，还受赏赐，天子亦加殊异。是以国中尽敬师子，而不附安国。安国由是疾师子，欲杀之。”南单于除了不能获得内部的绝对控制权，对东汉王朝也丧失了完全的政治独立性，只能作为东汉的藩属。南匈奴从此不再像西汉时代的匈奴，甚至也不能像此前的北匈奴那样成为一个独立的国家了。不过，东汉王朝与南匈奴确立的这种藩属关系，对双方来说都还是一个新鲜事物。南匈奴一时还不能忘却过去作为独立国家的地位，东汉王朝一时也不能取得驭属这样一个此前如是强大的敌国的经验。终汉之世，南匈奴时叛时服，东汉驻匈奴管理官员不断失误，北部与西北边境烽火时闻，乃不足为奇。但是在这一时期中，无论是匈奴内部的动乱，还是与东汉复起的战争，都是暂时性与局部性的，不再构成西汉与东汉前期那样大规模的敌国战争了。本章将次第叙述这一过渡时期的动乱现象。
南匈奴内部动乱始于安国单于初立，并与东汉驻匈奴官员处置失当交织在一起。《后汉书·南匈奴列传》说：
其诸新降胡初在塞外，数为师子所驱掠，皆多怨之。安国因是委计降者，与同谋议。安国既立为单于，师子以次转为左贤王，觉单于与新降者有谋，乃别居五原界。单于每龙会议事，师子辄称病不往。皇甫棱知之，亦拥护不遣，单于怀愤益甚。
六年春，皇甫棱免，以执金吾朱徽行度辽将军。时单于与中郎将杜崇不相平，乃上书告崇，崇讽西河太守令断单于章，无由自闻。而崇因与朱徽上言：“南单于安国疏远故胡，亲近新降，欲杀左贤王师子及左台且渠刘利等。又右部降者谋共迫胁安国，起兵背畔，请西河、上郡、安定为之儆备。”和帝下公卿议，皆以为：“蛮夷反覆，虽难测知，然大兵聚会，必未敢动摇。今宜遣有方略使者之单于庭，与杜崇、朱徽及西河太守并力，观其动静。如无它变，可令崇等就安国会其左右大臣，责其部众横暴为边害者，共平罪诛。若不从命，令为权时方略，事毕之后，裁行客赐，亦足以威示百蛮。”帝从之，于是徽、崇遂发兵造其庭。安国夜闻汉军至，大惊，弃帐而去，因举兵及将新降者欲诛师子。师子先知，乃悉将庐落入曼柏城。安国追到城下，门闭不得入。朱徽遣吏晓譬和之，安国不听。城既不下，乃引兵屯五原。崇、徽因发诸郡骑追赴之急，众皆大恐，安国舅骨都侯喜为等虑并被诛，乃格杀安国。
单于安国被杀之后，单于适之子师子继立为亭独尸逐侯鞮单于。新降的北匈奴人本来就因师子驱掠他们而怀恨，又加以安国联结他们排挤师子，师子立为单于，他们就反叛起来。《后汉书·南匈奴列传》说：“（师子）永元六年立。降胡五六百人夜袭师子，安集掾王恬将卫护士与战，破之。于是新降胡遂相惊动，十五部二十余万人皆反畔，胁立前单于屯屠何子奥鞬日逐王逢侯为单于，遂杀略吏人，燔烧邮亭庐帐，将车重向朔方，欲度漠北。”反叛的北匈奴王侯士众是在屯屠何时代投降南匈奴的，但他们所胁立的单于，却是南匈奴前单于的儿子逢侯。他们欲度漠北，重立王庭，所以，匈奴表面上又暂时分为南、北。在东汉王朝直接出兵的干预下，经过数年的斗争，才平定了逢侯。《后汉书·南匈奴列传》说：
于是遣行车骑将军邓鸿、越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽将左右羽林、北军五校士及郡国积射、缘边兵，乌桓校尉任尚将乌桓、鲜卑，合四万人讨之。时南单于及中郎将杜崇屯牧师城，逢侯将万余骑攻围之，未下。冬，邓鸿等至美稷，逢侯乃乘冰度隘，向满夷谷。南单于遣子将万骑，及杜崇所领四千骑，与邓鸿等追击逢侯于大城塞，斩首三千余级，得生口及降者万余人。冯柱复分兵追击其别部，斩首四千余级。任尚率鲜卑大都护苏拔廆、乌桓大人勿柯八千骑，要击逢侯于满夷谷，复大破之。前后凡斩万七千余级。逢侯遂率众出塞，汉兵不能追。七年正月，军还。
冯柱将虎牙营留屯五原，罢遣鲜卑、乌桓、羌胡兵，封苏拔廆为率众王，又赐金帛。邓鸿还京师，坐逗留失利，下狱死。后帝知朱徽、杜崇失胡和，又禁其上书，以致反畔，皆徵下狱死，以雁门太守庞奋行度辽将军。逢侯于塞外分为二部，自领右部屯涿邪山下，左部屯朔方西北，相去数百里。八年冬，左部胡自相疑畔，还入朔方塞，庞奋迎受慰纳之。其胜兵四千人，弱小万余口悉降，以分处北边诸郡。南单于以其右温禺犊王乌居战始与安国同谋，欲考问之。乌居战将数千人遂复反畔，出塞外山谷间，为吏民害。秋，庞奋、冯柱与诸郡兵击乌居战，其众降，于是徙乌居战众及诸还降者二万余人于安定、北地。冯柱还，迁将作大匠。逢侯部众饥穷，又为鲜卑所击，无所归，窜逃入塞者骆驿不绝……十二年，庞奋迁河南尹，以朔方太守王彪行度辽将军。南单于比岁遣兵击逢侯，多所虏获，收还生口前后以千数，逢侯转困迫……（元初）四年，逢侯为鲜卑所破，部众分散，皆归北虏。五年春，逢侯将百余骑亡还，诣朔方塞降，邓遵奏徙逢侯于颍川郡。
以上是单于安国与左贤王师子因互相猜忌而引起内乱，以致新降的北匈奴士众胁逢侯反叛及其失败与投降的经过。单于师子立四年死。单于长的儿子檀于和帝永元十年（公元98年）继立为万氏尸逐鞮单于。
北匈奴经过东汉王朝的沉重打击而日趋衰弱，余众西逃，其中有一部分成为后来的悦般国，还有一部分仍然活动于阿尔泰山附近或乌孙以东。到了和帝末年，他们又遣使到东汉诣阙贡献，请求和亲，但东汉拒绝承认北单于作为匈奴最高统治者的合法地位。《后汉书·南匈奴列传》说：“（永元）十六年（公元104年），北单于遣使诣阙贡献，愿和亲，修呼韩邪故约。和帝以其旧礼不备，未许之，而厚加赏赐，不答其使。元兴元年（公元105年），重遣使诣敦煌贡献，辞以国贫未能备礼，愿请大使，当遣子入侍。时邓太后临朝，亦不答其使，但加赐而已。”南匈奴单于实际上取得了代表匈奴的唯一领袖地位，但北匈奴在西域也仍拥有与东汉王朝对抗的力量。
北匈奴自被窦宪、耿夔与南匈奴大败之后，残众逃窜，分居各处，后来可能又聚集起来。东汉有吏士屯田西域，北匈奴一时不敢再与东汉争夺西域。安帝永初元年，东汉罢免在西域之都护，又撤退各处屯田吏卒，这又给予了北匈奴争取西域，利用西域的人力与物力扰乱东汉的机会。《后汉书·西域传叙》指出：“北匈奴即复收属诸国，共为边寇十余岁。敦煌太守曹宗患其暴害。”这么一来，东汉与北匈奴再度争夺西域。同处又指出：“元初六年（公元119年），乃上遣行长史索班，将千余人屯伊吾以招抚之，于是车师前王及鄯善王来降。数月，北匈奴复率车师后部王共攻没班等，遂击走其前王。鄯善逼急，求救于曹宗，宗因此请出兵击匈奴，报索班之耻，复欲进取西域。邓太后不许，但令置护西域副校尉，居敦煌，复部营兵三百人，羁縻而已。”《资治通鉴·汉纪四十二》“永宁元年”条说：“北匈奴率车师王军就共杀后部司马及敦煌长史索班等，遂击走其前王，略有北道。鄯善逼急，求救于曹宗，宗因此请出兵五千人击匈奴，以报索班之耻，因复取西域。”《后汉书·西域传》“车师”条说：“至永宁元年，后王军就及母沙麻反畔，杀后部司马及敦煌行事。”应该指出，车师后王在班超离开西域之前六年，即汉和帝永元八年（公元96年），曾被东汉讨伐而逃入北匈奴，但后来为东汉所攻杀。同处又说：“八年，戊己校尉索 欲废后部王涿鞮，立破虏侯细致，涿鞮忿前王尉卑大卖己，因反击尉卑大，获其妻子。明年，汉遣将兵长史王林，发凉州六郡兵及羌虏胡二万余人，以讨涿鞮，获首虏千余人。涿鞮入北匈奴，汉军追击，斩之，立涿鞮弟农奇为王。”车师与北匈奴的关系最为密切，东汉的势力若薄弱，则很容易归附北匈奴，虽则北匈奴本身这时不过只留下一些散居各处的残众。
鉴于北匈奴对西域的争夺，永宁元年，汉安帝根据班勇的提议，复置西域副校尉居敦煌，遥控西域。此事见于《后汉书·班勇传》：“于是从勇议，复敦煌郡营兵三百人，置西域副校尉居敦煌。虽复羁縻西域，然亦未能出屯。”这种做法并非实行班勇的全部计划。这就是说，朝廷虽然复敦煌郡营兵三百人，也置西域副校尉，但没有遣长史将兵屯楼兰西，当焉耆、龟兹径道。而其结果正如班勇所预料的：“其后匈奴果数与车师共入寇钞，河西大被其害。”1 因此，边境守将又不得不提出对策。《后汉书·西域传叙》说：“延光二年（公元123年），敦煌太守张珰上书陈三策，以为：‘北虏呼衍王常展转蒲类、秦海之间，专制西域，共为寇钞。今以酒泉属国吏士二千余人集昆仑塞，先击呼衍王，绝其根本，因发鄯善兵五千人胁车师后部，此上计也。若不能出兵，可置军司马，将士五百人，四郡供其犁牛、谷食，出据柳中，此中计也。如又不能，则宜弃交河城，收鄯善等悉使入塞，此下计也。’”朝廷于是又把这件事交公卿们讨论。尚书陈忠乃上疏给安帝说：“今北虏已破车师，势必南攻鄯善，弃而不救，则诸国从矣。若然，则虏财贿益增，胆势益殖，威临南羌，与之交连。如此，河西四郡危矣。河西既危，不得不救，则百倍之役兴，不訾之费发矣……臣以为敦煌宜置校尉，案旧增四郡屯兵，以西抚诸国。庶足折冲万里，震怖匈奴。”
安帝采纳了陈忠的提议，并以班勇为西域长史，将 刑士五百人，西屯柳中。《后汉书·班勇传》说：“明年（延光三年）正月，勇至楼兰，以鄯善归附，特加三绶。而龟兹王白英犹自疑未下，勇开以恩信，白英乃率姑墨、温宿自缚诣勇降。勇因发其兵步骑万余人到车师前王庭，击走匈奴伊蠡王于伊和谷，收得前部五千余人，于是前部始复开通。还，屯田柳中。四年秋，勇发敦煌、张掖、酒泉六千骑及鄯善、疏勒、车师前部兵击后部王军就，大破之。首虏八千余人，马畜五万余头。捕得军就及匈奴持节使者，将至索班没处斩之，以报其耻，传首京师。”同处又说：“永建元年（公元126年），更立后部故王子加特奴为王。勇又使别校诛斩东且弥王，亦更立其种人为王，于是车师六国悉平。其冬，勇发诸国兵击匈奴呼衍王，呼衍王亡走，其众二万余人皆降。捕得单于从兄，勇使加特奴手斩之，以结车师匈奴之隙。北单于自将万余骑入后部，至金且谷，勇使假司马曹俊驰救之。单于引去，俊追斩其贵人骨都侯，于是呼衍王遂徙居枯梧河上。是后车师无复虏迹，城郭皆安。”
《后汉书·西域传》“车师后王国”条又叙述顺帝阳嘉以后东汉与北匈奴争夺西域的史略云：
阳嘉三年（公元134年）夏，车师后部司马率加特奴等千五百人，掩击北匈奴于阊吾陆谷，坏其庐落，斩数百级，获单于母、季母及妇女数百人，牛羊十余万头，车千余辆，兵器什物甚众。四年春，北匈奴呼衍王率兵侵后部，帝以车师六国接近北虏，为西域蔽扞，乃令敦煌太守发诸国兵，及玉门关候、伊吾司马，合六千三百骑救之，掩击北虏于勒山，汉军不利。秋，呼衍王复将二千人攻后部，破之。桓帝元嘉元年（公元151年），呼衍王将三千余骑寇伊吾，伊吾司马毛恺遣吏兵五百人于蒲类海东与呼衍王战，悉为所没，呼衍王遂攻伊吾屯城。夏，遣敦煌太守司马达将敦煌、酒泉、张掖属国吏士四千余人救之，出塞至蒲类海，呼衍王闻而引去，汉军无功而还。永兴元年（公元153年），车师后部王阿罗多与戊部候严皓不相得，遂忿戾反畔，攻围汉屯田且固城，杀伤吏士。后部候炭遮领余人畔阿罗多，诣汉吏降。阿罗多迫急，将其母妻子从百余骑亡走北匈奴中，敦煌太守宋亮上立后部故王军就质子卑君为后部王。后阿罗多复从匈奴中还，与卑君争国，颇收其国人。戊己尉阎详虑其招引北虏，将乱西域，乃开信告示，许复为王，阿罗多乃诣详降。于是收夺所赐卑君印绶，更立阿罗多为王，仍将卑君还敦煌，以后部人三百帐别属役之，食其税。帐者，犹中国之户数也。
范晔在《后汉书·西域传叙》中指出，自建武至延光，西域三绝三通。又说：“自阳嘉以后，朝威稍损，诸国骄放，转相陵伐。元嘉二年，长史王敬为于阗所没。永兴元年，车师后王复反攻屯营。虽有降首，曾莫惩革，自此浸以疏慢矣。”从北匈奴与东汉争夺西域的史实来看，北匈奴虽然经过窦宪、耿夔与南匈奴以及鲜卑的沉重打击，但其残余势力仍然存在于西域。其实自汉和帝以后，北匈奴的主要根据地是在西域，所以从匈奴方面看起来，西域对于它的盛衰存亡有着密切的关系。因为匈奴故地既为鲜卑所占，匈奴更需要西域的人力与物力。东汉中叶以后，朝廷内部逐渐有了问题，加以南匈奴的内乱与反叛，再加以鲜卑的频繁侵略与西羌的时时背叛，东汉对于西域更难兼顾。这本来是北匈奴在西域发展力量的最好机会，可是到了东汉末年，鲜卑檀石槐崛起，势力伸张到乌孙，又使北匈奴受到更沉重的打击，所剩残众更少了。
到了安帝永初年间，南匈奴单于檀又起兵攻略内地。《后汉书·南匈奴列传》说：“永初三年（公元109年）夏，汉人韩琮随南单于入朝，既还，说南单于云：‘关东水潦，人民饥饿死尽，可击也。’单于信其言，遂起兵反畔，攻中郎将耿种于美稷。秋，王彪卒。冬，遣行车骑将军何熙、副中郎将庞雄击之。四年春，檀遣千余骑寇常山、中山，以西域校尉梁慬行度辽将军，与辽东太守耿夔击破之。”《后汉书·安帝纪》“永初二年”条说：“六月，京师及郡国四十大水，大风，雨雹。”又说：“是岁，京师及郡国四十一雨水雹，并、凉二州大饥，人相食。”韩琮所说的“关东水潦，人民饥饿死尽”，即指这两年中的水灾、风灾、雹灾。单于信了韩琮的话后反叛，同时也是得到了乌桓的帮助才敢这样做的。《后汉书·班超梁慬列传》记述这次南单于的背叛较为详细，录之于下：
（永初）三年冬，南单于与乌桓大人俱反。以大司农何熙行车骑将军事，中郎将庞雄为副，将羽林五校营士，及发缘边十郡兵二万余人，又辽东太守耿夔率将鲜卑种众共击之，诏梁慬行度辽将军事。庞雄与耿夔共击匈奴奥鞬日逐王，破之。单于乃自将围中郎将耿种于美稷，连战数月，攻之转急，种移檄求救。明年正月，慬八千余人驰往赴之，至属国故城，与匈奴左将军、乌桓大人战，破斩其渠帅，杀三千余人，虏其妻子，获财物甚众。单于复自将七八千骑迎攻，围慬。慬被甲奔袭，所向皆破，虏遂引还虎泽。三月，何熙军到五原曼柏，暴疾不能进，遣庞雄与慬及耿种步骑万六千人攻虎泽。连营稍前，单于惶怖，遣左奥鞬日逐王诣慬乞降，慬乃大陈兵受之。单于脱帽徒跣，面缚稽颡，纳质。
《后汉书·南匈奴列传》亦说：“单于见诸军并进，大恐怖，顾让韩琮曰：‘汝言汉人死尽，今是何等人也？’乃遣使乞降，许之。单于脱帽徒跣，对庞雄等拜陈，道死罪。于是赦之，遇待如初，乃还所钞汉民男女及羌所略转卖入匈奴中者合万余人。”
自单于檀即位以后，西北尤其是东北边境的情形很复杂。乌桓、鲜卑与南匈奴本为汉朝的藩属，保护东北边境以防备北匈奴。可是自北匈奴被攻破之后，鲜卑的势力向西伸张，领有北匈奴故居的蒙古高原。乌桓的势力虽不若鲜卑那么强大，但他们所居的地方与东汉东边接壤，又与南匈奴接近，所以，乌桓的一举一动也很为重要。三者之间若互相征伐，东汉当然不会袖手旁观。它们有时又互相勾结，以扰乱东汉边境。单于檀与乌桓勾结而反叛，就是一个明显的例子。自然，东汉在这种情形下，往往也利用某一种或某两种人去攻击反叛的种族。所以从单于檀至单于休利的四十余年（公元98—140年）中，南匈奴、乌桓、鲜卑与东汉的关系也很复杂。据《后汉书·乌桓鲜卑列传》记载，安帝永初年间单于檀的反叛，不仅与乌桓勾结，与鲜卑亦有联络。“及明、章、和三世，皆保塞无事。安帝永初三年夏，渔阳乌桓与右北平胡千余寇代郡、上谷。秋，雁门乌桓率众王无何，与鲜卑大人兵伦等，及南匈奴骨都侯，合七千骑寇五原，与太守战于九原高渠谷，汉兵大败，杀郡长史。乃遣车骑将军何熙、度辽将军梁慬等击，大破之。无何乞降，鲜卑走还塞外。是后乌桓稍复亲附，拜其大人戎朱廆为亲汉都尉。”
《后汉书·乌桓鲜卑列传》指出，明帝、章帝时，鲜卑也保塞无事。自窦宪、耿夔等击破北匈奴后，鲜卑占有其地。到了和帝九年，辽东鲜卑攻肥如县，十三年，又寇右北平，因入渔阳。殇帝延平九年，鲜卑又寇渔阳。“安帝永初中，鲜卑大人燕荔阳诣阙朝贺，邓太后赐燕荔阳王印绶，赤车参驾，令止乌桓校尉所居宁城下，通胡市，因筑南北两部质馆。鲜卑邑落百二十部，各遣入质。是后或降或畔，与匈奴、乌桓更相攻击。”
关于南匈奴、鲜卑、乌桓与西羌对于东汉的“或降或畔”，以及他们之间互相勾结或互相攻击的概况，《后汉书·南匈奴列传》中有几段记载，兹录之于下：
建光元年，邓遵免，复以耿夔代为度辽将军。时鲜卑寇边，夔与温禺犊王呼尤徽将新降者连年出塞，讨击鲜卑。还，复各令屯列冲要。而耿夔徵发烦剧，新降者皆悉恨谋畔。
单于檀立二十七年薨，弟拔立。耿夔复免，以太原太守法度代为将军。
乌稽侯尸逐鞮单于拔，延光三年立。夏，新降一部大人阿族等遂反畔，胁呼尤徽欲与俱去。呼尤徽曰：“我老矣，受汉家恩，宁死不能相随！”众欲杀之，有救者，得免。阿族等遂将妻子辎重亡去，中郎将马翼遣兵与胡骑追击，破之，斩首及自投河死者殆尽，获马牛羊万余头……
先是，朔方以西障塞多不修复，鲜卑因此数寇南部，杀渐将王。单于忧恐，上言求复障塞，顺帝从之。乃遣黎阳营兵出屯中山北界，增置缘边诸郡兵，列屯塞下，教习战射……
五年夏，南匈奴左部句龙王吾斯、车纽等背叛，率三千余骑寇西河，因复招诱右贤王，合七八千骑围美稷，杀朔方、代郡长史。马续与中郎将梁并、乌桓校尉王元发缘边兵及乌桓、鲜卑、羌胡合二万余人，掩击破之。吾斯等遂更屯聚，攻没城邑。天子遣使责让单于，开以恩义，令相招降。单于本不豫谋，乃脱帽避帐，诣并谢罪。并以病徵，五原太守陈龟代为中郎将。龟以单于不能制下，逼迫之，单于及其弟左贤王皆自杀。单于休利立十三年。龟又欲徙单于近亲于内郡，而降者遂更狐疑。龟坐下狱免。
陈龟因逼迫单于及弟左贤王自杀，又欲徙其近亲于内郡，招致其近亲与士众对东汉狐疑，所以朝廷把陈龟下狱。这是东汉驻匈奴官员又一次政策失误的表现。
值得注意的是，南匈奴左部句龙王吾斯、车纽背叛，又招诱右贤王共围美稷，东汉除发动乌桓、鲜卑军队外，还利用羌胡军队去攻击吾斯、车纽等。但是羌胡虽与东汉攻击南匈奴，后来亦反叛，并联合匈奴别部的王侯攻击东汉。《后汉书·南匈奴列传》说：
（永和五年）秋，句龙吾斯等立句龙王车纽为单于。东引乌桓，西收羌戎及诸胡等数万人，攻破京兆虎牙营，杀上郡都尉及军司马，遂寇掠并、凉、幽、冀四州。乃徙西河治离石，上郡治夏阳，朔方治五原。冬，遣中郎将张耽将幽州乌桓诸郡营兵，击畔虏车纽等，战于马邑，斩首三千级，获生口及兵器牛羊甚众。车纽等将诸豪帅骨都侯乞降，而吾斯犹率其部曲与乌桓寇钞。六年春，马续率鲜卑五千骑到彀城击之，斩首数百级。张耽性勇锐，而善抚士卒，军中皆为用命。遂绳索相悬，上通天山，大破乌桓，悉斩其渠帅，还得汉民，获其畜生财物。夏，马续复免，以城门校尉吴武代为将军。
汉安元年秋，吾斯与奥鞬台耆、且渠伯德等复掠并部。
这种情形之下，东汉一时难于应付，除用兵外，还采取了暗杀的方法。《资治通鉴·汉纪四十四》“汉安二年”条说：“十一月，使匈奴中郎将扶风马疐遣人刺杀句龙吾斯。”同卷“建康元年”条又说：“夏，四月，使匈奴中郎将马疐击南匈奴左部，破之。于是胡、羌、乌桓悉诣疐降。”《后汉书·南匈奴列传》所载略有出入：“冬，中郎将马疐募刺杀句龙吾斯，送首洛阳。建康元年，进击余党，斩首千二百级。乌桓七十万余口皆诣疐降，车重牛羊不可胜数。”
顺帝汉安二年，还有一件事值得注意，即单于休利死后，东汉在京师立兜楼储为单于。《后汉书·南匈奴列传》说：“呼兰若尸逐就单于兜楼储先在京师，汉安二年立之。天子临轩，大鸿胪持节拜授玺绶，引上殿。赐青盖驾驷、鼓车、安车、驸马骑、玉具、刀剑、什物，给 布二千匹。赐单于阏氏以下金锦错杂具， 车马二乘。遣行中郎将持节护送单于归南庭。诏太常、大鸿胪与诸国侍子广阳城门外祖会，飨赐作乐，角抵百戏。顺帝幸胡桃宫临观之。”这个情景颇与西汉宣帝时南匈奴单于呼韩邪入朝称臣时相像，不过呼韩邪是已立为单于后入朝称臣的，而兜楼储却先在京师由东汉立为单于后，才派使护送回南庭。这也说明，这一时期的南单于臣属东汉的程度与呼韩邪时代根本不同。
单于兜楼储立五年而死，继立为单于的是居车儿。他立于桓帝建和元年（公元147年），号伊陵尸逐就单于。居车儿与桓帝是同一年即位的。
从桓帝永寿元年（公元155年）至延熹元年（公元158年）的数年间，匈奴曾一再反叛。《后汉书·南匈奴列传》说：“至永寿元年，匈奴左奥鞬台耆、且渠伯德等复畔，寇钞美稷、安定，属国都尉张奂击破降之。”《后汉书·皇甫张段列传》对于这件事记得较为详细，兹录之如下：
永寿元年，（奂）迁安定属国都尉。初到职，而南匈奴奥鞬台耆、且渠伯德等七千余人寇美稷，东羌复举种应之，而奂壁唯有二百许人，闻即勒兵而出。军吏以为力不敌，叩头争止之。奂不听，遂进屯长城，收集兵士，遣将王卫招诱东羌，因据龟兹，使南匈奴不得交通东羌。诸豪遂相率与奂和亲，共击奥鞬等，速战破之。伯德惶恐，将其众降，郡界以宁。
羌豪帅感奂恩德，上马二十匹，先零酋长又遗金 八枚。奂并受之，而召主簿于诸羌前，以酒酹地曰：“使马如羊，不以入厩；使金如粟，不以入怀。”悉以金马还之。羌性贪而贵吏清，前有八都尉率好财货，为所患苦，及奂正身洁己，威化大行。
迁使匈奴中郎将。时休屠各及朔方乌桓并同反叛，烧度辽将军门，引屯赤阸，烟火相望。兵众大恐，各欲亡去。奂安住帷中，与弟子讲诵自若，军士稍安。乃潜诱乌桓阴与和通，遂使斩屠各渠帅，袭破其众。诸胡悉降。延熹元年，鲜卑寇边，奂率南单于击之，斩首数百级。
《后汉书·南匈奴列传》记南单于诸部与鲜卑、乌桓并叛，大概是南匈奴诸部和鲜卑、乌桓并叛，南单于并不与谋，说明反叛是局部性的，所以张奂乃率南单于去攻伐其反叛者。《后汉书·南匈奴列传》记载了东汉王朝根据性质处理这件事的经过：“延熹元年，南单于诸部并叛，遂与乌桓、鲜卑寇缘边九郡，以张奂为北中郎将讨之，单于诸部悉降。奂以单于不能统理国事，乃拘之，上立左谷蠡王。桓帝诏曰：‘《春秋》大居正，居车儿一心向化，何罪而黜，其遣还庭。’”
单于居车儿立二十五年而死，其子某立于灵帝熹平元年（公元172年），号为屠特若尸逐就单于。熹平六年，单于某与中郎将臧旻出雁门击鲜卑檀石槐，大败而回。单于某死于该年，继单于位的是他的儿子呼徵。呼徵立于灵帝光和元年（公元178年），次年因与中郎将张修不相和，张修擅自杀之，更立右贤王羌渠为单于。张修没有得到朝廷的许可这样做，是犯了很大的错误。东汉朝廷用槛车押他回朝，处死抵罪。单于羌渠立于灵帝光和二年，《后汉书·南匈奴列传》说：“中平四年（公元187年），前中山太守张纯反叛，遂率鲜卑寇边郡。灵帝诏发南匈奴兵，配幽州牧刘虞讨之。单于遣左贤王将骑诣幽州。国人恐单于发兵无已，五年，右部 落与休屠各胡白马铜等十余万人反，攻杀单于。”《后汉书·灵帝纪》“中平四年”条说：“十二月，休屠各胡叛。”同卷“中平五年”条又说：“五年春正月，休屠各胡寇西河，杀郡守邢纪……三月，休屠各胡攻杀并州刺史张懿，遂与南匈奴左部胡合，杀其单于。”单于羌渠死后，其子右贤王於扶罗继立为持至尸逐侯单于。於扶罗就是后来晋代刘渊之祖。於扶罗于中平五年立为单于后，国人杀其父羌渠单于者又反叛，另立须卜骨都侯为单于。於扶罗不得已，乃到京都，欲见皇帝自为辩白。时灵帝已死，天下大乱，於扶罗也反叛。《后汉书·南匈奴列传》说：“会灵帝崩，天下大乱，单于将数千骑与白波贼合兵寇河西诸郡。时民皆保聚，钞掠无利，而兵遂挫伤。复欲归国，国人不受，乃止河东。”
到了献帝初平二年（公元191年），於扶罗归附于袁绍。《资治通鉴·汉纪五十二》“初平二年”条说：“初，何进遣云中张杨还并州募兵，会进败，杨留上党，有众数千人。袁绍在河内，杨往归之，与南单于於扶罗屯漳水。”张杨与於扶罗虽然归附袁绍，但袁绍不见得很信任他们。《资治通鉴》又载赵浮谓韩馥曰：“袁本初军无斗粮，各已离散，虽有张杨、於扶罗新附，未肯为用，不足敌也。”於扶罗不能见用于袁绍，便“劫张杨以叛袁绍，屯于黎阳”。在这个时候，於扶罗既被国人反对不能回国，反叛於扶罗的王侯们所立的须卜骨都侯单于立一年又死了，“南庭遂虚其位，以老王行国事”2 。《资治通鉴·汉纪五十二》“初平四年”条载：“曹操军甄城。袁术为刘表所逼，引兵屯封兵，黑山别部及匈奴於扶罗皆附之。”於扶罗单于立于灵帝中平五年（公元188年），死于献帝兴平二年（公元195年），在位七年。他死之后，弟呼厨泉于同年立为单于。於扶罗因国人反对不能回国，呼厨泉也无法返回，只能居于河东平阳。
献帝兴平年间有一件事颇值得注意，即蔡邕的女儿蔡琰为匈奴所获，妻于左贤王。《后汉书·列女传》说：“陈留董祀妻者，同郡蔡邕之女也，名琰，字文姬。博学有才辩，又妙于音律。适河东卫仲道。夫亡无子，归宁于家。兴平中，天下丧乱，文姬为胡骑所获，没于南匈奴左贤王，在胡十二年，生二子。曹操素与邕善，痛其无嗣，乃遣使者以金璧赎之，而重嫁于祀。”文姬因曹操以金璧赎回，但她对在匈奴所生的两个孩子很为留恋，感伤乱离，追怀悲愤，作诗二章，很反映这一时期匈汉两族又对抗又融合的关系。兹录其一：
汉季失权柄，董卓乱天常。志欲图篡弑，先害诸贤良。逼迫迁旧邦，拥主以自强。海内兴义师，欲共讨不祥。卓群来东下，金甲耀日光。平土人脆弱，来兵皆胡羌。猎野围城邑，所向悉破亡。斩截无孑遗，尸骸相撑拒。马边县男头，马后载妇女。长驱西入关，迥路险且阻。还顾邈冥冥，肝脾为烂腐。所略有万计，不得令屯聚。或有骨肉俱，欲言不敢语。失意机微间，辄言毙降虏。要当以亭刃，我曹不活汝。岂复惜性命，不堪其詈骂。或便加捶杖，毒痛参并下。旦则号泣行，夜则悲吟坐。欲死不能得， 欲生无一可。彼苍者何辜，乃遭此厄祸，边荒与华异，人俗少义理。所处多霜雪，胡风春夏起。翩翩吹我衣，肃肃入我耳。感时念父母，哀叹无穷已。有客从外来，闻之常欢喜。迎问其消息，辄复非乡里。邂逅徼时愿，骨肉来迎己。已得自解免，当复弃儿子。天属缀人心，念别无会期。存亡永乖隔，不忍与之辞。儿前抱我颈，问母欲何之。“人言母当去，岂复有还时。阿母常仁恻，今何更不慈？我尚未成人，奈何不顾思！”见此崩五内，恍惚生狂痴。号泣手抚摩，当发复回疑。兼有同时辈，相送告离别。慕我独得归，哀叫声摧裂。马为立踟蹰，车为不转辙。观者皆歔欷，行路亦呜咽。去去割情恋，遄征日遐迈。悠悠三千里，何时复交会？念我出腹子，胸臆为催败。既至家人尽，又复无中外。城郭为山林，庭宇生荆艾。白骨不知谁，从横莫覆盖。出门无人声，豺狼号且吠。茕茕对孤景，怛咤糜肝肺。登高远眺望，魂神忽飞逝。奄若寿命尽，旁人相宽大。为复强视息，虽生何聊赖！托命于新人，竭心自勖厉。流离成鄙贱，常恐复捐废。人生几何时，怀忧终年岁！3
《后汉书·南匈奴列传》说：“建安元年（公元196年），献帝自长安东归，右贤王去卑与白波贼帅韩逞等侍卫天子，拒击李傕、郭汜。及车驾还洛阳，又徙迁许，然后归国。二十一年，单于来朝，曹操因留于邺，而遣去卑归监其国焉。”《后汉书·南匈奴列传》说到这里为止。东汉到献帝建安二十一年（公元216年）也可说等于灭亡，因为在这一年中，曹操自称魏王。四年后，献帝逊位，曹丕称天子。
从以上可以得知，在东汉的末季，匈奴分为三部分：一为北匈奴，二为南匈奴，三为在河东平阳的匈奴。到刘氏天下为曹氏所代的时候，无论是北匈奴、南匈奴或河东平阳的匈奴，差不多皆失去了最后一点政治独立性。
1 《后汉书·班勇传》。
2 《后汉书·南匈奴列传》。
3 转引自《后汉书·列女传》。
